BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089D17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 85,470,753 - 85,617,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRnf150
Upstream geneInpp4b, LOC671182, Il15, EG666564, LOC675800, EG666289, Zfp330
Downstream geneLOC100039688, Tbc1d9, Ucp1, Elmod2, 4933434I20Rik, Clgn, Scoc, LOC546077, LOC675854, Olfr370, Ndufb7, Gpsn2, Dnajb1, Gipc1, Ptger1, Pkn1, Ddx39, Cd97, EG384857, Lphn1, Asf1b, Prkaca, Samd1, 1700067K01Rik, 2210011C24Rik, 4432412L15Rik, Il27ra, Rln3, C330011M18Rik, Rfx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089D17.bB6Ng01-089D17.g
ACCDH901863DH901864
length1,0751,165
definitionDH901863|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089D17, 5' end.DH901864|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089D17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,470,753 - 85,471,839)(85,616,142 - 85,617,310)
sequence
gaattctccatatcccaaattcattagtcatagaaacaagaggtcccaaa
agccatgtgcagatttaatgactgtgcctcttttcctctgtggcctctga
cccatggcttctgatgctattcagtggcatgtgtcagaagacaagtcttt
cactggagtgtacaaccatgctggagagggccaggaagggtttttactgt
ttgatgccctgacaaagaatctttccttgaccaatatctactcaggctcc
cctgaactctgacaacaaggtggagattcttttattcattttacttttat
ctttttatttgtctctgtattgtgagtgttcccaaaaaactgccaacttg
gttcatccagattccaccttcaccatgatactttttctggcacattctga
tccactggttctgcctattcctcaactaaaaactcccacagttaaggggc
ttttgtttttgtaaatttagctgtgttctagactaaggcttctcgtcctc
aatcgtggcagccctgaggaaaacatgctcctagcacttgagctactagt
cagctcctggggtctttgacacactaaaccactacgtctgcttctccttc
agtgtaaaagacctgaatagcccagttcttactctcaactttgattgctc
ttcaatgtaaccaaattaaataggctccgttgtgaagatcttctgagaga
aacatatcttgatggacatgtgtagattgagaatagctgagtgagctgag
gatgtaggaagtgtgtggtcatccatcggacctaaatgactggcttacct
tttccctatgttgctgctttggaagattgggataaagagtgtccactacc
tttaggtatattggccataggaagaggtattacaatcataccatgcatag
gaacagtgtttctccaattgctattcatactctccaaactgtgcttcaga
gagagctggtgactctggatcttagtcttgcttgcagagaggagcttgac
tcaactatctgcctctcttctcaagctggtgccctgtcatgtacagaatg
tgctctgccaagatgtagaggcatc
gaattcaatataactcttgctgtccatggctcacagttggaagggaactg
tatatcacggtaagaaaggtgtggcagtgggacctgcagccaggatctct
cacatctccttggttcagcaagcagagagcaggagtgctgggcttcgact
tgttttcccctctttcctttggttcagtcaggatctcagcccatggggtg
gtgccagtcccctgcaaggtgtccccaggttctggtcaaacttctctgga
aacaatctcacagacacatcccaaagtgtgcctcgtgaatgcttttggtg
tctcctaatgaagtcaagttgacaatcccaatcacaggtaggaggaacaa
gtggtccgtggaacatgcaagacacatgtgtgaaacgctgtctggctggg
agtttcagtttgaatgctggtacatgtacacaggtggccctgcccagggc
agggctgaaaaacaccacccctccccccgagaaaatattctaccaacgtt
cagcctcaggaaaagcagatacataaagtagttagttagcttatgatttt
ctggcagtcttttgaaaacctttgtcaactaatatggactgtgtggtacc
atattcccaccctgttgattttgggactctgtactgtaattttgagcata
cgccagcgtgtggcccataggaggccctggtccattgggaagatgtgaag
gctggagttgagatgaatggtgcctacattctgggcataatagcttcatg
tctttatatgccagagcaacatctgatggtaaaaatggcctgatggaggc
ttaaagttcaaggtgctttccagtatgacacagggcatccttcttaatga
tcccttcgattatttagctgcgtacagggtaagtatggactgtccgtgcg
gatgctagctgggaaacactgttggctacccagttgctctcagaggccac
agcccagtgttttgagtttgacagagccatctctgggttctacacctcct
ggtatcttagggtatcaggctgacctgctttaaagcaatcgagatatggg
caggtggcgggtctgcatcacactggggcccttgtcgaccttcttctaag
gggggaagtcaccattctttgacttcctgaccacactcctttaaattcct
ttggcaccctagcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_85470753_85471839
seq2: B6Ng01-089D17.b_46_1120

seq1  GAATTCTCCATATCCCAAATTCATTAGTCATAGAAACAAGAGGTCCCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATATCCCAAATTCATTAGTCATAGAAACAAGAGGTCCCAAA  50

seq1  AGCCATGTGCAGATTTAATGACTGTGCCTCTTTTCCTCTGTGGCCTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGTGCAGATTTAATGACTGTGCCTCTTTTCCTCTGTGGCCTCTGA  100

seq1  CCCATGGCTTCTGATGCTATTCAGTGGCATGTGTCAGAAGACAAGTCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGCTTCTGATGCTATTCAGTGGCATGTGTCAGAAGACAAGTCTTT  150

seq1  CACTGGAGTGTACAACCATGCTGGAGAGGGCCAGGAAGGGTTTTTACTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAGTGTACAACCATGCTGGAGAGGGCCAGGAAGGGTTTTTACTGT  200

seq1  TTGATGCCCTGACAAAGAATCTTTCCTTGACCAATATCTACTCAGGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCCCTGACAAAGAATCTTTCCTTGACCAATATCTACTCAGGCTCC  250

seq1  CCTGAACTCTGACAACAAGGTGGAGATTCTTTTATTCATTTTACTTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACTCTGACAACAAGGTGGAGATTCTTTTATTCATTTTACTTTTAT  300

seq1  CTTTTTATTTGTCTCTGTATTGTGAGTGTTCCCAAAAAACTGCCAACTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTTGTCTCTGTATTGTGAGTGTTCCCAAAAAACTGCCAACTTG  350

seq1  GTTCATCCAGATTCCACCTTCACCATGATACTTTTTCTGGCACATTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCCAGATTCCACCTTCACCATGATACTTTTTCTGGCACATTCTGA  400

seq1  TCCACTGGTTCTGCCTATTCCTCAACTAAAAACTCCCACAGTTAAGGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGGTTCTGCCTATTCCTCAACTAAAAACTCCCACAGTTAAGGGGC  450

seq1  TTTTGTTTTTGTAAATTTAGCTGTGTTCTAGACTAAGGCTTCTCGTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTGTAAATTTAGCTGTGTTCTAGACTAAGGCTTCTCGTCCTC  500

seq1  AATCGTGGCAGCCCTGAGGAAAACATGCTCCTAGCACTTGAGCTACTAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGTGGCAGCCCTGAGGAAAACATGCTCCTAGCACTTGAGCTACTAGT  550

seq1  CAGCTCCTGGGGTCTTTGACACACTAAACCACTACGTCTGCTTCTCCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTGGGGTCTTTGACACACTAAACCACTACGTCTGCTTCTCCTTC  600

seq1  AGTGTAAAAGACCTGAATAGCCCAGTTCTTACTCTCAACTTTGATTGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAAAGACCTGAATAGCCCAGTTCTTACTCTCAACTTTGATTGCTC  650

seq1  TTCAATGTAACCAAATTAAATAGGCTCCGTTGTGAAGATCTTCTGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGTAACCAAATTAAATAGGCTCCGTTGTGAAGATCTTCTGAGAGA  700

seq1  AACATATCTTGATGGACATGTGTAGATTGAGAATAGCTGAGTGAGCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATCTTGATGGACATGTGTAGATTGAGAATAGCTGAGTGAGCTGAG  750

seq1  GATGTAGGAAGTGTGTGGTCATCCATCGGACCTAAATGACTGGCTTACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGGAAGTGTGTGGTCATCCATCGGACCTAAATGACTGGCTTACCT  800

seq1  TTTCCCTATGTTGCTGCTTTGGAAGATTGGGATAAAGAGTGTCCACTACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTATGTTGCTGCTTTGGAAGATTGGGATAAAGAGTGTCCACTACC  850

seq1  TTTAGGTATTATTGGCCAATAGGAAGAGGTATTACAATCATACCATGCAT  900
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTA-TATTGGCC-ATAGGAAGAGGTATTACAATCATACCATGCAT  898

seq1  AGGAACAGTGTTTCTCCAA-TGCTATTCATACTCTCCAAACTGTGCTTCA  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAGTGTTTCTCCAATTGCTATTCATACTCTCCAAACTGTGCTTCA  948

seq1  GAGAGGAGCTGGTGACTCCTGGATCCTAGTCTTGCTTGGCAGAGAGGAAG  999
      |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GAGA-GAGCTGGTGACT-CTGGATCTTAGTCTTGCTT-GCAGAGAGG-AG  994

seq1  CTGGACTCAACTATCTG-CTCTCTTCTCAAGCTGGTGCCCTGTTCATGTA  1048
      || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CTTGACTCAACTATCTGCCTCTCTTCTCAAGCTGGTGCCCTG-TCATGT-  1042

seq1  ACAGTAATGGTGCTCTGCCTAGGGATGTAGAGTGGCATC  1087
      |||| ||| |||||||||| |  ||||||||  ||||||
seq2  ACAG-AAT-GTGCTCTGCCAA--GATGTAGA--GGCATC  1075

seq1: chr8_85616142_85617310
seq2: B6Ng01-089D17.g_68_1232 (reverse)

seq1  TAGCTAGGGGTTTGCAAAGGAAATGTAAAGGAGGTGGGTAAGGAAGTCAA  50
      |||||||||   ||| || | ||| ||||||||   ||| ||||||||||
seq2  TAGCTAGGG---TGCCAAAGGAATTTAAAGGAGTGTGGTCAGGAAGTCAA  47

seq1  GGAA-GGTGACTACCACCCCTAAGAAGAA-GTC-AGCAGAGGCCCAGTGT  97
       ||| ||||||| || ||||| ||||||| ||| |  || | ||||||||
seq2  AGAATGGTGACTTCC-CCCCTTAGAAGAAGGTCGACAAGGGCCCCAGTGT  96

seq1  GATGCAGACCCGCCACCTGCCCAT-CCTCGATGCCTTTTAAAAGCAGGTC  146
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||||||
seq2  GATGCAGACCCGCCACCTGCCCATATCTCGATTGCTTT--AAAGCAGGTC  144

seq1  AGCCTGATACCCTAAGATACCAGGAGGTGTAGAACCCAGAGATGGCTCTG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGATACCCTAAGATACCAGGAGGTGTAGAACCCAGAGATGGCTCTG  194

seq1  TCAAAACTCAAAACACTGGGCTGTGGCCTCTGAGAGCAACTGGGTAGCCA  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-AAACTCAAAACACTGGGCTGTGGCCTCTGAGAGCAACTGGGTAGCCA  243

seq1  ACAGTGTTTTCCCAGCTTAGCATCCGCACGGACAGTCCATACTTACCCTG  296
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTG-TTTCCCAGC-TAGCATCCGCACGGACAGTCCATACTTACCCTG  291

seq1  TACGCAGCTAAATAATCGAAGGGATCATTAAGAAGGATG-CCTGTGTCAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TACGCAGCTAAATAATCGAAGGGATCATTAAGAAGGATGCCCTGTGTCAT  341

seq1  ACTGGAAAGCACCTTGAACTTTAAGCCTCCATCAGGCCATTTTTACCATC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGCACCTTGAACTTTAAGCCTCCATCAGGCCATTTTTACCATC  391

seq1  AGATGTTGCTCTGGCATATAAAGACATGAAGCTATTATGCCCAGAATGTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTGCTCTGGCATATAAAGACATGAAGCTATTATGCCCAGAATGTA  441

seq1  GGCACCATTCATCTCAACTCCAGCCTTCACATCTTCCCAATGGACCAGGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCATTCATCTCAACTCCAGCCTTCACATCTTCCCAATGGACCAGGG  491

seq1  CCTCCTATGGGCCACACGCTGGCGTATGCTCAAAATTACAGTACAGAGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTATGGGCCACACGCTGGCGTATGCTCAAAATTACAGTACAGAGTC  541

seq1  CCAAAATCAACAGGGTGGGAATATGGTACCACACAGTCCATATTAGTTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCAACAGGGTGGGAATATGGTACCACACAGTCCATATTAGTTGA  591

seq1  CAAAGGTTTTCAAAAGACTGCCAGAAAATCATAAGCTAACTAACTACTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTTTTCAAAAGACTGCCAGAAAATCATAAGCTAACTAACTACTTT  641

seq1  ATGTATCTGCTTTTCCTGAGGCTGAACGTTGGTAGAATATTTTCTCGGGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTGCTTTTCCTGAGGCTGAACGTTGGTAGAATATTTTCTCGGGG  691

seq1  GGAGGGGTGGTGTTTTTCAGCCCTGCCCTGGGCAGGGCCACCTGTGTACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTGGTGTTTTTCAGCCCTGCCCTGGGCAGGGCCACCTGTGTACA  741

seq1  TGTACCAGCATTCAAACTGAAACTCCCAGCCAGACAGCGTTTCACACATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCAGCATTCAAACTGAAACTCCCAGCCAGACAGCGTTTCACACATG  791

seq1  TGTCTTGCATGTTCCACGGACCACTTGTTCCTCCTACCTGTGATTGGGAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGCATGTTCCACGGACCACTTGTTCCTCCTACCTGTGATTGGGAT  841

seq1  TGTCAACTTGACTTCATTAGGAGACACCAAAAGCATTCACGAGGCACACT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAACTTGACTTCATTAGGAGACACCAAAAGCATTCACGAGGCACACT  891

seq1  TTGGGATGTGTCTGTGAGATTGTTTCCAGAGAAGTTTGACCAGAACCTGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATGTGTCTGTGAGATTGTTTCCAGAGAAGTTTGACCAGAACCTGG  941

seq1  GGACACCTTGCAGGGGACTGGCACCACCCCATGGGCTGAGATCCTGACTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCTTGCAGGGGACTGGCACCACCCCATGGGCTGAGATCCTGACTG  991

seq1  AACCAAAGGAAAGAGGGGAAAACAAGTCGAAGCCCAGCACTCCTGCTCTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAGGAAAGAGGGGAAAACAAGTCGAAGCCCAGCACTCCTGCTCTC  1041

seq1  TGCTTGCTGAACCAAGGAGATGTGAGAGATCCTGGCTGCAGGTCCCACTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTGAACCAAGGAGATGTGAGAGATCCTGGCTGCAGGTCCCACTG  1091

seq1  CCACACCTTTCTTACCGTGATATACAGTTCCCTTCCAACTGTGAGCCATG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTTTCTTACCGTGATATACAGTTCCCTTCCAACTGTGAGCCATG  1141

seq1  GACAGCAAGAGAAATATTGAATTC  1169
      |||||||||||  |||||||||||
seq2  GACAGCAAGAGTTATATTGAATTC  1165