BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-094B20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 33,615,828 - 33,798,177
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG330731, LOC100041340, Nrg1, 2010007E15Rik, EG666589, EG546052
Downstream geneLOC100042715, LOC628408, EG628412, Wrn, Purg, LOC666630, Hmgb1-rs17, Tex15, Ppp2cb, Ubxd6, Gsr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-094B20.bB6Ng01-094B20.g
ACCDH905419DH905420
length7191,101
definitionDH905419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094B20, 5' end.DH905420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-094B20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,615,828 - 33,616,523)(33,797,079 - 33,798,177)
sequence
gaattcactgtcacagaacaaggaacatcaagttttgatatgtgccacac
attactcattctatttataaactgcaaaatgatagtaattttaccctgtt
cacatataaattattatttctcttcattgttttgatttttaaattatttg
agaaggaaaataagtacaaaagatactttaatcaatgtaactaagaaata
tttcattttctacaacagtttatggaaaagtgctagctttaggagccagg
gaaatgctaatgtgtttattgactgtaaaaaatgttttgggaatgttatt
taatattctctgatctctgataacactcaggcttcagagtcatctcaatg
gatacatgagagaagcatgaaatcaaaaataatttaatgtaatggaagga
attaggaataagaagggactggggcatggagagatgcaccagtggataaa
agcaatattgcttcaccagaggagccaacttccccagcactcatatcaaa
aggattacaaatacctgttactttatctccaggtcagagcctctatggac
acctttcctcatattcatatacttaacacattttttaaatgtaataaaaa
tatttgatttgaagaaggacagatttgaataagagaggataatgatgggt
ttatcaaacaaggcatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagag
tgcaagggggcccagcagg
gaattccatacctaggatccaaatggtggaagaagagaactgacttctga
aagctatactgtaacttccacatgtatgttgtggtatatatgtggatgca
tgttcatgaataccctgagagagatcaataaatgagtgctgtttttcttt
tttaacataacacttccattgcactcataatttatttgaaagtttttttg
actgggtctattctatctgtatcctgatttcctaccagggattcttgtgc
catgttctgtagccactttggccttttctcccttcctccccaaaatgaat
gcctgctgtttcttattgctgaagttctctgtctttccataggcattctc
acttttgatagcccttctatagaggtacccctgcctaatgttgcctttat
cctctctgataagttgaaagagaatggctaccacaggctcatacccttaa
attgcttgatcctcagttcgtggaattgtttagtaggattatgaggcgtg
gcttgttgaagaaggtgtgtctctaagggtacgttttgaggtttaaaaag
ccggcgccaggcccagtgcctctttctacttgatgtctgcagatcaagct
gtaaagttctcaactattgctacaatgccatacctgtctgctttccactg
tgatgatcttggactaattttctaagattataaagcaaacctccgattaa
atgctttgtttttataagacttgccataatcatgatgtttcttcacagca
atagaagagtggccatgtcacactctatctgtatcttatgctactttatt
tacttcatgacactaagtctttcctcagattgtaaatgccataagtgcct
acaatgaatatatgtgtttgttacatatatatgttttgggagtgaataca
gaattttgtgcatactaaggtcatactctacaatgatgagactagggttg
atgtcctagtaatatcataccagtagaaggcttgccacacagtttacaat
ggtgtatttgttgaacaaattaatgagctttaggccagaaatagtaaaaa
ctctatttttaagagttttgatagtattcaagggtgatttcaagcattcc
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33615828_33616523
seq2: B6Ng01-094B20.b_42_737

seq1  GAATTCACTGTCACAGAACAAGGAACATCAAGTTTTGATATGTGCCACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTCACAGAACAAGGAACATCAAGTTTTGATATGTGCCACAC  50

seq1  ATTACTCATTCTATTTATAAACTGCAAAATGATAGTAATTTTACCCTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTCATTCTATTTATAAACTGCAAAATGATAGTAATTTTACCCTGTT  100

seq1  CACATATAAATTATTATTTCTCTTCATTGTTTTGATTTTTAAATTATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATAAATTATTATTTCTCTTCATTGTTTTGATTTTTAAATTATTTG  150

seq1  AGAAGGAAAATAAGTACAAAAGATACTTTAATCAATGTAACTAAGAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAAATAAGTACAAAAGATACTTTAATCAATGTAACTAAGAAATA  200

seq1  TTTCATTTTCTACAACAGTTTATGGAAAAGTGCTAGCTTTAGGAGCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTCTACAACAGTTTATGGAAAAGTGCTAGCTTTAGGAGCCAGG  250

seq1  GAAATGCTAATGTGTTTATTGACTGTAAAAAATGTTTTGGGAATGTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCTAATGTGTTTATTGACTGTAAAAAATGTTTTGGGAATGTTATT  300

seq1  TAATATTCTCTGATCTCTGATAACACTCAGGCTTCAGAGTCATCTCAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTCTCTGATCTCTGATAACACTCAGGCTTCAGAGTCATCTCAATG  350

seq1  GATACATGAGAGAAGCATGAAATCAAAAATAATTTAATGTAATGGAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACATGAGAGAAGCATGAAATCAAAAATAATTTAATGTAATGGAAGGA  400

seq1  ATTAGGAATAAGAAGGGACTGGGGCATGGAGAGATGCACCAGTGGATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGAATAAGAAGGGACTGGGGCATGGAGAGATGCACCAGTGGATAAA  450

seq1  AGCAATATTGCTTCACCAGAGGAGCCAACTTCCCCAGCACTCATATCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATATTGCTTCACCAGAGGAGCCAACTTCCCCAGCACTCATATCAAA  500

seq1  AGGATTACAAATACCTGTTACTTTATCTCCAGGTCAGAGCCTCTATGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTACAAATACCTGTTACTTTATCTCCAGGTCAGAGCCTCTATGGAC  550

seq1  ACCTTTCCTCATATTCATATACTTAACACATTTTTTAAATGTAATAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTCCTCATATTCATATACTTAACACATTTTTTAAATGTAATAAAAA  600

seq1  TATTTGATTTGAAGAAGGACAGATTTGAATAAGAGAGGATAATGATGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATTTGAAGAAGGACAGATTTGAATAAGAGAGGATAATGATGGGT  650

seq1  TTATCAAACAAGGCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAACAAGGCATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  696

seq1: chr8_33797079_33798177
seq2: B6Ng01-094B20.g_67_1167 (reverse)

seq1  GGGAATGCTGGAAATCA-CCTTGATTACTATCAAAAACTC-TACAAATAG  48
      ||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||| || ||||||
seq2  GGGAATGCTTGAAATCACCCTTGAATACTATC-AAAACTCTTAAAAATAG  49

seq1  AGTTTTTACTATTTTCCTGGCCTAAAGCTCATTAATTTGTTCAACAAATA  98
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTACTATTT--CTGGCCTAAAGCTCATTAATTTGTTCAACAAATA  97

seq1  CACCATTGTAAACTGTGT-GCAAACCCTCTACTGGTATGATATTACTAGG  147
      |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGTAAACTGTGTGGCAAGCCTTCTACTGGTATGATATTACTAGG  147

seq1  ACATCCACCCTAGTCTCATCATTGTAGAGTATGACCTTAGTATGCACAAA  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAACCCTAGTCTCATCATTGTAGAGTATGACCTTAGTATGCACAAA  197

seq1  ATTCTGTATTCACTTCCAAAACATATATATGTAACAAACACATATATTCA  247
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTATTCACTCCCAAAACATATATATGTAACAAACACATATATTCA  247

seq1  -TGTAGGCACTTATGGCATTTACAATCTGAGGAAAGACTTAGTGTCATGA  296
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGGCACTTATGGCATTTACAATCTGAGGAAAGACTTAGTGTCATGA  297

seq1  AGTAAATAAAGTAGCATAAGATACAGATAGAGTGTGACATGGCCACTCTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATAAAGTAGCATAAGATACAGATAGAGTGTGACATGGCCACTCTT  347

seq1  CTATTGCTGTGAAGAAACATCATGATTATGGCAAGTCTTATAAAAACAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTGTGAAGAAACATCATGATTATGGCAAGTCTTATAAAAACAAA  397

seq1  GCATTTAATCGGAGGTTTGC-TTATAATCTTAGAAAATTAGTCCAAGATC  445
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAATCGGAGGTTTGCTTTATAATCTTAGAAAATTAGTCCAAGATC  447

seq1  ATCACAGTGGAAAGCAGACAGGTATGGCATTGTAGCAATAGTTGAGAACT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGTGGAAAGCAGACAGGTATGGCATTGTAGCAATAGTTGAGAACT  497

seq1  TTACAGCTTGATCTGCAGACATCAAGTAGAAAGAGGCACTGGGCCTGGCG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTTGATCTGCAGACATCAAGTAGAAAGAGGCACTGGGCCTGGCG  547

seq1  CCGGCTTTTTAAACCTCAAAACGTACCCTTAGAGACACACCTTCTTCAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTTTTTAAACCTCAAAACGTACCCTTAGAGACACACCTTCTTCAAC  597

seq1  AAGCCACGCCTCATAATCCTACTAAACAATTCCACGAACTGAGGATCAAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACGCCTCATAATCCTACTAAACAATTCCACGAACTGAGGATCAAG  647

seq1  CAATTTAAGGGTATGAGCCTGTGGTAGCCATTCTCTTTCAACTTATCAGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAAGGGTATGAGCCTGTGGTAGCCATTCTCTTTCAACTTATCAGA  697

seq1  GAGGATAAAGGCAACATTAGGCAGGGGTACCTCTATAGAAGGGCTATCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAAAGGCAACATTAGGCAGGGGTACCTCTATAGAAGGGCTATCAA  747

seq1  AAGTGAGAATGCCTATGGAAAGACAGAGAACTTCAGCAATAAGAAACAGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGAATGCCTATGGAAAGACAGAGAACTTCAGCAATAAGAAACAGC  797

seq1  AGGCATTCATTTTGGGGAGGAAGGGAGAAAAGGCCAAAGTGGCTACAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTCATTTTGGGGAGGAAGGGAGAAAAGGCCAAAGTGGCTACAGAA  847

seq1  CATGGCACAAGAATCCCTGGTAGGAAATCAGGATACAGATAGAATAGACC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCACAAGAATCCCTGGTAGGAAATCAGGATACAGATAGAATAGACC  897

seq1  CAGTCAAAAAAACTTTCAAATAAATTATGAGTGCAATGGAAGTGTTATGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAAAAAACTTTCAAATAAATTATGAGTGCAATGGAAGTGTTATGT  947

seq1  TAAAAAAGAAAAACAGCACTCATTTATTGATCTCTCTCAGGGTATTCATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAGAAAAACAGCACTCATTTATTGATCTCTCTCAGGGTATTCATG  997

seq1  AACATGCATCCACATATATACCACAACATACATGTGGAAGTTACAGTATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCATCCACATATATACCACAACATACATGTGGAAGTTACAGTATA  1047

seq1  GCTTTCAGAAGTCAGTTCTCTTCTTCCACCATTTGGATCCTAGGTATGGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGAAGTCAGTTCTCTTCTTCCACCATTTGGATCCTAGGTATGGA  1097

seq1  ATTC  1099
      ||||
seq2  ATTC  1101