BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099K18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 113,708,643 - 113,841,077
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl
Upstream geneBC025546, Hydin, LOC672398, Vac14, BC060632, 2010004A03Rik, Sf3b3, Cog4, Fuk, St3gal2, Ddx19a, Ddx19b, Aars, Exosc6, Mrcl, 4930402E16Rik, 9430091E24Rik
Downstream geneFa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099K18.bB6Ng01-099K18.g
ACCDH909402DH909403
length1,0061,099
definitionDH909402|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099K18, 5' end.DH909403|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,840,070 - 113,841,077)(113,708,643 - 113,709,759)
sequence
gaattccccaatgaaaattgaacagttttgttatctacataataacttaa
atgtttgaacatgttgtagtataatatttcaattgttcaatcaacaatat
atatataagaatttaaaatccaaatgtaaaattactaatagtgtgttact
agcaatagtaataagtaagtttagtaagtaaacttgcccaaccatacagg
gcccttagaaccaatgcttcaactgttcttttcttccaccatctccattc
tattgagaagagctgtcttaccgtttctcctgattggtacaatatgatga
agtgaacctctagtatcaacaaaagcaaagtctgcaggcaccaatagggc
tggagagatggctcagtggttaagagcactggctgctcttccagaggttc
ccaagttcaattcccagcaaccacgtggtggctcaccaccatctgtgatg
ggatctgatgccctcttctggtgtgtctgaagacaactattatgcactca
cacacataaaataaataaatagatctttttaaaaataaataaagaaaaga
aaagaagaaaatatctccccaagggagtatcatcctccccaactctccct
tctacccctccacccaagagtttgccgtttcaacgtctgcatctaacaca
tctgtctgtctagcttgcaggatttgagttaagcaaaacacagaattcca
tcagccggacagcaaagagcactaaagcagagagatccagttcaacgata
tatgtctcccctgagagactgaaaaatccattttgcctttatgacataaa
agctgaaatatataggtatgttcctgtacagattctaacttgggtggaaa
ggacagggcagtcccggggcaacccctcctctgaggaccatcttaattct
actgaacagggacaggagctcaggtcggtggtgaagtacttgcctgatgt
gtgtaggtcaggctacattccctagcactgggtgtgtggggtatgacctg
agtagg
gaattcagtgtagggagtgaggaaaatatgcaattggaatacaaactgag
ccaggtgcaatgatgaaggaacccctttaatctgaggctttgggaggtag
aggcaattggatctcggtgaattcgaggttagcttgatctacatagcaag
ttctaggatagtcagggctacataaagagaccctatctcaaaacaaaaac
aaaaacaaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaggaaaaatagactataaactga
tgttatgattgtatatacattctggcccctgatattaacaaaaaaacccc
gagcaaagctccggagagacttggtctggagaatgcattatgcagccatc
cttgatgtgagaagcataggctagtcatagccctgtcgtaactgtggtaa
atctggaggagtggacactcattaggataataattatccacatactttac
agttcagcacttgctgataaccattaccagttcattaaattaatctagag
acagatgttgaagtctgttgtgtcaaggaataaaactttcaaagtaaaaa
gaaacccacccaaattgctcaaagatattcttcagtttgactaaggctag
ataatatagaagacaaaggacgactctatccttctggaaaaattgccttt
agtttttgtgagaaaaggcttttaaaaaatagaatccatacaataaaaat
gaagtgcttccttcctaagcagtcttaatgcagtcaaaaccacacagttc
actatttgtgcttgccctctgggtttggaaagcactttcttcttctgggc
acaaggggtggtgtaggcggaacttatttatctttgaagctgagtcacta
gttcttttaacgaagctaactttccaaaaacctcatagtgaactatgtgc
ctcaaaacagagttgagtccagtctatttttttcctgaacattttacata
ggtgtaagctactatagatagattcctttttcctatcctccttcacacct
tactagatggaaataggatgaaggcaacacagcagaggccgtcttctgat
catctgactgcagcaggcaatatcactggcacaaaggaccggcaactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_113840070_113841077
seq2: B6Ng01-099K18.b_48_1053 (reverse)

seq1  CCTACTCAAGTCAATACCCCACACACCCAGTGCTAGGGAATGTAGCCTGA  50
      |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTACTCAGGTC-ATACCCCACACACCCAGTGCTAGGGAATGTAGCCTG-  48

seq1  ACCTACACACATCAGGCAAGTACTTCACCACCGACCTGAGCTCCTGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACACACATCAGGCAAGTACTTCACCACCGACCTGAGCTCCTGTCCC  98

seq1  TGTTCAGTAGAATTAAGATGGTCCTCAGAGGAGGGGTTTGCCCGGGACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TGTTCAGTAGAATTAAGATGGTCCTCAGAGGAGGGGTTGCCCCGGGACTG  148

seq1  CCCTGTCCTTTCCACCCAAGTTAGAATCTGTACAGGAACATACCTATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCCTTTCCACCCAAGTTAGAATCTGTACAGGAACATACCTATATA  198

seq1  TTTCAGCTTTTATGTCATAAAGGCAAAATGGATTTTTCAGTCTCTCAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTTTTATGTCATAAAGGCAAAATGGATTTTTCAGTCTCTCAGGG  248

seq1  GAGACATATATCGTTGAACTGGATCTCTCTGCTTTAGTGCTCTTTGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATATATCGTTGAACTGGATCTCTCTGCTTTAGTGCTCTTTGCTGT  298

seq1  CCGGCTGATGGAATTCTGTGTTTTGCTTAACTCAAATCCTGCAAGCTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTGATGGAATTCTGTGTTTTGCTTAACTCAAATCCTGCAAGCTAGA  348

seq1  CAGACAGATGTGTTAGATGCAGACGTTGAAACGGCAAACTCTTGGGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGATGTGTTAGATGCAGACGTTGAAACGGCAAACTCTTGGGTGGA  398

seq1  GGGGTAGAAGGGAGAGTTGGGGAGGATGATACTCCCTTGGGGAGATATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGAAGGGAGAGTTGGGGAGGATGATACTCCCTTGGGGAGATATTT  448

seq1  TCTTCTTTTCTTTTCTTTATTTATTTTTAAAAAGATCTATTTATTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTTCTTTTCTTTATTTATTTTTAAAAAGATCTATTTATTTATTT  498

seq1  TATGTGTGTGAGTGCATAATAGTTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGAGTGCATAATAGTTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCA  548

seq1  TCAGATCCCATCACAGATGGTGGTGAGCCACCACGTGGTTGCTGGGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATCCCATCACAGATGGTGGTGAGCCACCACGTGGTTGCTGGGAATT  598

seq1  GAACTTGGGAACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGGAACCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCA  648

seq1  TCTCTCCAGCCCTATTGGTGCCTGCAGACTTTGCTTTTGTTGATACTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGCCCTATTGGTGCCTGCAGACTTTGCTTTTGTTGATACTAGA  698

seq1  GGTTCACTTCATCATATTGTACCAATCAGGAGAAACGGTAAGACAGCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACTTCATCATATTGTACCAATCAGGAGAAACGGTAAGACAGCTCT  748

seq1  TCTCAATAGAATGGAGATGGTGGAAGAAAAGAACAGTTGAAGCATTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAGAATGGAGATGGTGGAAGAAAAGAACAGTTGAAGCATTGGTT  798

seq1  CTAAGGGCCCTGTATGGTTGGGCAAGTTTACTTACTAAACTTACTTATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGGCCCTGTATGGTTGGGCAAGTTTACTTACTAAACTTACTTATTA  848

seq1  CTATTGCTAGTAACACACTATTAGTAATTTTACATTTGGATTTTAAATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTAGTAACACACTATTAGTAATTTTACATTTGGATTTTAAATTC  898

seq1  TTATATATATATTGTTGATTGAACAATTGAAATATTATACTACAACATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATATATTGTTGATTGAACAATTGAAATATTATACTACAACATGT  948

seq1  TCAAACATTTAAGTTATTATGTAGATAACAAAACTGTTCAATTTTCATTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACATTTAAGTTATTATGTAGATAACAAAACTGTTCAATTTTCATTG  998

seq1  GGGAATTC  1008
      ||||||||
seq2  GGGAATTC  1006

seq1: chr8_113708643_113709759
seq2: B6Ng01-099K18.g_66_1164

seq1  GAATTCAGTGTAGGGAGTGAGGAAAATATGCAATTGGAATACAAACTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTAGGGAGTGAGGAAAATATGCAATTGGAATACAAACTGAG  50

seq1  CCAGGTGCAATGATGAAGGAACCCCTTTAATCTGAGGCTTTGGGAGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTGCAATGATGAAGGAACCCCTTTAATCTGAGGCTTTGGGAGGTAG  100

seq1  AGGCAATTGGATCTCGGTGAATTCGAGGTTAGCTTGATCTACATAGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTGGATCTCGGTGAATTCGAGGTTAGCTTGATCTACATAGCAAG  150

seq1  TTCTAGGATAGTCAGGGCTACATAAAGAGACCCTATCTCAAAACAAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGATAGTCAGGGCTACATAAAGAGACCCTATCTCAAAACAAAAAC  200

seq1  AAAAACAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAATAGACTATAAACTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAATAGACTATAAACTGA  250

seq1  TGTTATGATTGTATATACATTCTGGCCCCTGATATTAACAAAAAAACCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGATTGTATATACATTCTGGCCCCTGATATTAACAAAAAAACCCC  300

seq1  GAGCAAAGCTCCGGAGAGACTTGGTCTGGAGAATGCATTATGCAGCCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAGCTCCGGAGAGACTTGGTCTGGAGAATGCATTATGCAGCCATC  350

seq1  CTTGATGTGAGAAGCATAGGCTAGTCATAGCCCTGTCGTAACTGTGGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGTGAGAAGCATAGGCTAGTCATAGCCCTGTCGTAACTGTGGTAA  400

seq1  ATCTGGAGGAGTGGACACTCATTAGGATAATAATTATCCACATACTTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAGGAGTGGACACTCATTAGGATAATAATTATCCACATACTTTAC  450

seq1  AGTTCAGCACTTGCTGATAACCATTACCAGTTCATTAAATTAATCTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCACTTGCTGATAACCATTACCAGTTCATTAAATTAATCTAGAG  500

seq1  ACAGATGTTGAAGTCTGTTGTGTCAAGGAATAAAACTTTCAAAGTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTTGAAGTCTGTTGTGTCAAGGAATAAAACTTTCAAAGTAAAAA  550

seq1  GAAACCCACCCAAATTGCTCAAAGATATTCTTCAGTTTGACTAAGGCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCACCCAAATTGCTCAAAGATATTCTTCAGTTTGACTAAGGCTAG  600

seq1  ATAATATAGAAGACAAAGGACGACTCTATCCTTCTGGAAAAATTGCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATAGAAGACAAAGGACGACTCTATCCTTCTGGAAAAATTGCCTTT  650

seq1  AGTTTTTGTGAGAAAAGGCTTTTAAAAAATAGAATCCATACAATAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGTGAGAAAAGGCTTTTAAAAAATAGAATCCATACAATAAAAAT  700

seq1  GAAGTGCTTCCTTCCTAAGCAGTCTTAATGCAGTCAAAACCACACAGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCTTCCTTCCTAAGCAGTCTTAATGCAGTCAAAACCACACAGTTC  750

seq1  ACTATTTGTGCTTGCCCTCTGGGTTTGGAAAGCACTTTCTTCTTCTGGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTGTGCTTGCCCTCTGGGTTTGGAAAGCACTTTCTTCTTCTGGGC  800

seq1  ACAAAGGGTGGTGTAGGCGGAACTTATTTATCTTTGAAGCTGAGTCACTA  850
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGGTGGTGTAGGCGGAACTTATTTATCTTTGAAGCTGAGTCACTA  850

seq1  GTTCTTTTAACGAAGCTAACTTTCCAAAAACCTCATAGTGAACTATGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTTAACGAAGCTAACTTTCCAAAAACCTCATAGTGAACTATGTGC  900

seq1  CTCAAAACAGAGTTGAGTCCAGTCTATTTTTTTCCTGAACATTTTTACAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
seq2  CTCAAAACAGAGTTGAGTCCAGTCTATTTTTTTCCTGAACA-TTTTAC-A  948

seq1  TAGGTGTAAGCTTACTATAGATAGATTCCTTTTTTCCTATCCTCCTTCCA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TAGGTGTAAGC-TACTATAGATAGATTCC-TTTTTCCTATCCTCCTT-CA  995

seq1  CAACCTTACTAGATGGAATTAAGGATGAAAAGCAAACACAGCAGAGGCCG  1050
      | |||||||||||||||| | ||||||  |||  ||||||||||||||||
seq2  C-ACCTTACTAGATGGAAAT-AGGATG--AAGGCAACACAGCAGAGGCCG  1041

seq1  TCTCCTGATTCATCCTGGACTGCAGCCAGGCATATTCACTGGCACAAAGG  1100
      ||| |||| |||||   |||||||| ||||||   |||||||||||||||
seq2  TCTTCTGA-TCATC--TGACTGCAG-CAGGCAATATCACTGGCACAAAGG  1087

seq1  GCACCCGGGGCAACTGC  1117
        |||   |||||||||
seq2  --ACC---GGCAACTGC  1099