BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-100D22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,135,538 - 115,289,522
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap4
Upstream geneZnrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040
Downstream geneLOC100042061, Mon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-100D22.bB6Ng01-100D22.g
ACCDH909800DH909801
length1,0641,063
definitionDH909800|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D22, 5' end.DH909801|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-100D22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,135,538 - 115,136,608)(115,288,465 - 115,289,522)
sequence
gaattcaggacctctggaagaacagacactgctcttaaccactgaactat
ctctccagcctgatttctttcttttctttttttttctttttttctttttt
cttttttgccaacagtattactgccagtgaagggaccagagtgctatgat
gatcttatgtggtacttaataacaaaaagcacagttttgtgttaagctaa
tgtgaccccttatagactttaatgcatatatactcaatgtatactgaatg
ctatttattcaagtgcagaaatgctgcaaatgagagttctattcatgctg
aaatatgagaggaagctggagggtaccagctgagaggaaggctaggtttt
gaatctggaatactgttttccatcctcagcatcattgggatgtcagagaa
aatgctgcagagtgatgccctatgtactgtactgtgcagagttgcatctc
tgctcctgatctcctggctgccaggagtaacctgcctcaaacagccaggg
attaacgtgtcatctggttttgtcaggaacacccagagctgcagtccatc
cacactggctgagaatctttgagctgaaacagggtccaaaactagcttgt
tttgctagtgcaacctgagaaaacctattatctagaatgaaactcacagg
aggcctctatacataatctaaaattccacctcattaatacccacagggaa
atgacccattgattcaccatggactcctcactgctgcccagggtcttcat
ctctttccatcaaattattgacaatctaataggtaataagtaaatagagt
gggagaccctgagcttgagagaacagcttcccgagatgttttgctcctgc
tgccatgatgctccacaacattcaaacaacgaacctgaagaaatggccat
tatgaccatactacatgatatggtccttatatacttgatttcctgcccca
ctcgatttgtaaatatcgacattctactccagaaagatacagaccttgag
gcagcttttggtgcctcaacacttcattgataagtattaatatggtatct
cataaagaatagag
gaattccacatattttcatgcatatcataaataaatatttgtctctctaa
gattgtctaggtaggtcttcactacctaaattgagagtatatttttattt
gcctacttttataaatgtataaccatatgtggtatgcctaaaagatatgc
tacagagcttccttggtaaaaccccaacatcaaccccttcaatatatgca
ctgcagggtcttagctaccccgacattttaggatttagcttcatgctttc
agagcctgattgagaagttcaggccatataacagtcttattaggatttag
agactgagaattctgtgtccccaaaacattcaaggcagaggattccaagt
gggcatcacatctttcctgggatcctttggggattattggcaaaggtatg
tttggggaagggatgaggtagggtccttaaggcgctccactggcctgatt
gttaggctgccattagcagtgggataaacacatgcttgaaatgtctagct
gaaagcttagtgtccctccccagcatcctgtcactgttggtcaccactga
aaactttgattataggacaggggacacttatcactggagccctgttttta
tctagatagaactcagttttgagatggttaattcttcaccagcttatatt
caaggttaaaaaaaaatccacatgttctgagagatttcccatgaactctt
ctttgctgttctccccattcaactgcaagttcaaagcgattgacactcca
tctaactccttttggaagcagaatgcagacaacttacatacttaatccac
aagagcgtgggcttccagctgtatctctgatccccgtgtgtcctctaagc
tgtctccaaatcgtagacgcatgactcctatgtttctccttatatttacc
tcgaagtctttgctttccaaacatctatgccactgaagttttcattttct
aatgtattctacacggatggtgagtgatgagtgtgtatgccacgtgcctg
tgcccacgtctttttgagagcaatcatcttacattgcccgcatccatgcc
tcacggaggtcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115135538_115136608
seq2: B6Ng01-100D22.b_48_1111

seq1  GAATTCAGGACCTCTGGAAGAACAGACACTGCTCTTAACCACTGAACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGACCTCTGGAAGAACAGACACTGCTCTTAACCACTGAACTAT  50

seq1  CTCTCCAGCCTGATTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAGCCTGATTTCTTTCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTT  100

seq1  CTTTTTTGCCAACAGTATTACTGCCAGTGAAGGGACCAGAGTGCTATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTGCCAACAGTATTACTGCCAGTGAAGGGACCAGAGTGCTATGAT  150

seq1  GATCTTATGTGGTACTTAATAACAAAAAGCACAGTTTTGTGTTAAGCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTATGTGGTACTTAATAACAAAAAGCACAGTTTTGTGTTAAGCTAA  200

seq1  TGTGACCCCTTATAGACTTTAATGCATATATACTCAATGTATACTGAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCCTTATAGACTTTAATGCATATATACTCAATGTATACTGAATG  250

seq1  CTATTTATTCAAGTGCAGAAATGCTGCAAATGAGAGTTCTATTCATGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATTCAAGTGCAGAAATGCTGCAAATGAGAGTTCTATTCATGCTG  300

seq1  AAATATGAGAGGAAGCTGGAGGGTACCAGCTGAGAGGAAGGCTAGGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAGAGGAAGCTGGAGGGTACCAGCTGAGAGGAAGGCTAGGTTTT  350

seq1  GAATCTGGAATACTGTTTTCCATCCTCAGCATCATTGGGATGTCAGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGGAATACTGTTTTCCATCCTCAGCATCATTGGGATGTCAGAGAA  400

seq1  AATGCTGCAGAGTGATGCCCTATGTACTGTACTGTGCAGAGTTGCATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGCAGAGTGATGCCCTATGTACTGTACTGTGCAGAGTTGCATCTC  450

seq1  TGCTCCTGATCTCCTGGCTGCCAGGAGTAACCTGCCTCAAACAGCCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTGATCTCCTGGCTGCCAGGAGTAACCTGCCTCAAACAGCCAGGG  500

seq1  ATTAACGTGTCATCTGGTTTTGTCAGGAACACCCAGAGCTGCAGTCCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACGTGTCATCTGGTTTTGTCAGGAACACCCAGAGCTGCAGTCCATC  550

seq1  CACACTGGCTGAGAATCTTTGAGCTGAAACAGGGTCCAAAACTAGCTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGCTGAGAATCTTTGAGCTGAAACAGGGTCCAAAACTAGCTTGT  600

seq1  TTTGCTAGTGCAACCTGAGAAAACCTATTATCTAGAATGAAACTCACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAGTGCAACCTGAGAAAACCTATTATCTAGAATGAAACTCACAGG  650

seq1  AGGCCTCTATACATAATCTAAAATTCCACCTCATTAATACCCACAGGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTCTATACATAATCTAAAATTCCACCTCATTAATACCCACAGGGAA  700

seq1  ATGACCCATTGATTCACCATGGACTCCTCACTGCTGCCCAGGGTCTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCATTGATTCACCATGGACTCCTCACTGCTGCCCAGGGTCTTCAT  750

seq1  CTCTTTCCATCAAATTATTGACAATCTAATAGGTAATAAGTAAATAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCATCAAATTATTGACAATCTAATAGGTAATAAGTAAATAGAGT  800

seq1  GGGAGACCCTGAGCTTGAGAGAACAGCTTCCCGAGATGTTTTGCTCCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACCCTGAGCTTGAGAGAACAGCTTCCCGAGATGTTTTGCTCCTGC  850

seq1  TGCCATGATGCTCCACAACATTCAAACAACGAAACCTGAAGAAATGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGATGCTCCACAACATTCAAACAACG-AACCTGAAGAAATGGCCA  899

seq1  TTATGACCATACTAACATGATATGGTCCTTATATACTTGATTTCCTGCCC  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACCATACT-ACATGATATGGTCCTTATATACTTGATTTCCTGCCC  948

seq1  CAACTCGATTTGTAAATATCGACATTCTACTCCAGAAAGATACAGACCTT  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ACTCGATTTGTAAATATCGACATTCTACTCCAGAAAGATACAGACCTT  997

seq1  GAGGCAAGCTTTT-GTGCCTCAACAACTTCATTGATAAGTAATTAATATT  1049
      ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
seq2  GAGGC-AGCTTTTGGTGCCTCAAC-ACTTCATTGATAAGT-ATTAATA-T  1043

seq1  GGTATCTCAATAAAGAATAGAG  1071
      |||||||| |||||||||||||
seq2  GGTATCTC-ATAAAGAATAGAG  1064

seq1: chr8_115288465_115289522
seq2: B6Ng01-100D22.g_67_1129 (reverse)

seq1  CTGACCTCCGTGA-GCAT-GATGCGG--CATGT-AGATGATTGCTCTCAT  45
      ||||||||||||| |||| |||||||   |||| ||||||||||||||| 
seq2  CTGACCTCCGTGAGGCATGGATGCGGGCAATGTAAGATGATTGCTCTCAA  50

seq1  ACAGACGTGGGCACAGGCACGT-GCATACACACTCATCCACTCACAATCA  94
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| 
seq2  AAAGACGTGGGCACAGGCACGTGGCATACACACTCAT-CACTCACCATCC  99

seq1  GTGTAGAATACATTAGAAAATGAAAACTTCAGTGGCATAGATGTTTGGAA  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGAATACATTAGAAAATGAAAACTTCAGTGGCATAGATGTTTGGAA  149

seq1  AGCAAAGACTTCGAGGTAAATATAAGGAGAAACATAGGAGTCATGCGTCT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGACTTCGAGGTAAATATAAGGAGAAACATAGGAGTCATGCGTCT  199

seq1  ACGATTTGGAGACAGCTTAGAGGACACACGGGGATCAGAGATACAGCTGG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTTGGAGACAGCTTAGAGGACACACGGGGATCAGAGATACAGCTGG  249

seq1  AAGCCCACGCTCTTGTGGATTAAGTATGTAAGTTGTCTGCATTCTGCTTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCACGCTCTTGTGGATTAAGTATGTAAGTTGTCTGCATTCTGCTTC  299

seq1  CTAAAGGAGTTAGATGGAGTGTCAATCGCTTTGAACTTGCAGTTGAATGG  344
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAGTTAGATGGAGTGTCAATCGCTTTGAACTTGCAGTTGAATGG  349

seq1  GGAGAACAGCAAAGAAGAGTTCATGGGAAATCTCTCAGAACATGTGGATT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACAGCAAAGAAGAGTTCATGGGAAATCTCTCAGAACATGTGGATT  399

seq1  TTTTTTTAACCTTGAATATAAGCTGGTGAAGAATTAACCATCTCAAAACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTAACCTTGAATATAAGCTGGTGAAGAATTAACCATCTCAAAACT  449

seq1  GAGTTCTATCTAGATAAAAACAGGGCTCCAGTGATAAGTGTCCCCTGTCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCTATCTAGATAAAAACAGGGCTCCAGTGATAAGTGTCCCCTGTCC  499

seq1  TATAATCAAAGTTTTCAGTGGTGACCAACAGTGACAGGATGCTGGGGAGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAAAGTTTTCAGTGGTGACCAACAGTGACAGGATGCTGGGGAGG  549

seq1  GACACTAAGCTTTCAGCTAGACATTTCAAGCATGTGTTTATCCCACTGCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAAGCTTTCAGCTAGACATTTCAAGCATGTGTTTATCCCACTGCT  599

seq1  AATGGCAGCCTAACAATCAGGCCAGTGGAGCGCCTTAAGGACCCTACCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCAGCCTAACAATCAGGCCAGTGGAGCGCCTTAAGGACCCTACCTC  649

seq1  ATCCCTTCCCCAAACATACCTTTGCCAATAATCCCCAAAGGATCCCAGGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTCCCCAAACATACCTTTGCCAATAATCCCCAAAGGATCCCAGGA  699

seq1  AAGATGTGATGCCCACTTGGAATCCTCTGCCTTGAATGTTTTGGGGACAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGATGCCCACTTGGAATCCTCTGCCTTGAATGTTTTGGGGACAC  749

seq1  AGAATTCTCAGTCTCTAAATCCTAATAAGACTGTTATATGGCCTGAACTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTCAGTCTCTAAATCCTAATAAGACTGTTATATGGCCTGAACTT  799

seq1  CTCAATCAGGCTCTGAAAGCATGAAGCTAAATCCTAAAATGTCGGGGTAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCAGGCTCTGAAAGCATGAAGCTAAATCCTAAAATGTCGGGGTAG  849

seq1  CTAAGACCCTGCAGTGCATATATTGAAGGGGTTGATGTTGGGGTTTTACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACCCTGCAGTGCATATATTGAAGGGGTTGATGTTGGGGTTTTACC  899

seq1  AAGGAAGCTCTGTAGCATATCTTTTAGGCATACCACATATGGTTATACAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCTCTGTAGCATATCTTTTAGGCATACCACATATGGTTATACAT  949

seq1  TTATAAAAGTAGGCAAATAAAAATATACTCTCAATTTAGGTAGTGAAGAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAAGTAGGCAAATAAAAATATACTCTCAATTTAGGTAGTGAAGAC  999

seq1  CTACCTAGACAATCTTAGAGAGACAAATATTTATTTATGATATGCATGAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTAGACAATCTTAGAGAGACAAATATTTATTTATGATATGCATGAA  1049

seq1  AATATGTGGAATTC  1058
      ||||||||||||||
seq2  AATATGTGGAATTC  1063