BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106E22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,128,338 - 6,279,168
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC623409, LOC669429, LOC100040360
Downstream geneEG665127, EG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106E22.bB6Ng01-106E22.g
ACCDH914084DH914085
length567510
definitionDH914084|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E22, 5' end.DH914085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,128,338 - 6,128,910)(6,278,653 - 6,279,168)
sequence
caggagagccagggctatacagaaaaatcctgtctcaaaaaaccaaccaa
acaacaacaaaaaaaaccaaaacaaaacaaaaacaacaacaacaacaaca
acaacaacaacaacaacaacaaacaaacaaaaaacccaagagattcagac
caatctgaaggatttaatgagatcttgtctcaaagaaatatgcagacaag
cttctggttttaacacttagatatgtttaccacattcctttcacttcatt
tgccttctcaatttctagccatattaacttcattttctgtttttctaaca
ataaaaaccacagaaaaagtttacaaacacttaatagaaagtgtagagca
ccagttaatttaaacaaaaggaaaaatatttctattgtagttcaatgtac
acagactcatttcttaaaatactgggttaaaaataaatatttgaataaca
tagatttagaaatagcttttccaacattatccaatttaatgttatcccta
cttcatatattctctatctatctatatatatatatatatatgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgt

ttcttcatgcaaatgaagtattctcagcacttcagctccagccaataaca
tacattcacctcaaaaatccctacccactcaccacggtttacataaccct
tattactcctgatataaatagacctgtaaaaccatcttaaagcagacaca
aacagtcaaatcaagtgtttttgatcagtcgagttcctgaggacttacct
tgcctggacaagcttctttcctttcattacagcctgatacacaagagtgc
ctgaatatgctgaagtcagaagtaggcccggatagatagatagatagaca
gacagacagacagacagacagacagacagacatgatagagatggtatata
aatgatagatgatgatgataataggtggatgatagacataattagataga
aagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gacagacagataatagattgataggtattggataaggattagatgataga
tgatgatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6128338_6128910
seq2: B6Ng01-106E22.b_40_612

seq1  GAATTCCAGGAGAGCCAGGGCTATACAGAAAAATCCTGTCTCAAAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAGAGCCAGGGCTATACAGAAAAATCCTGTCTCAAAAAACC  50

seq1  AACCAAACAACAACAAAAAAAACCAAAACAAAACAAAAACAACAACAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACAACAACAAAAAAAACCAAAACAAAACAAAAACAACAACAACA  100

seq1  ACAACAACAACAACAACAACAACAACAAACAAACAAAAAACCCAAGAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAACAACAACAACAACAAACAAACAAAAAACCCAAGAGAT  150

seq1  TCAGACCAATCTGAAGGATTTAATGAGATCTTGTCTCAAAGAAATATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCAATCTGAAGGATTTAATGAGATCTTGTCTCAAAGAAATATGCA  200

seq1  GACAAGCTTCTGGTTTTAACACTTAGATATGTTTACCACATTCCTTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCTTCTGGTTTTAACACTTAGATATGTTTACCACATTCCTTTCAC  250

seq1  TTCATTTGCCTTCTCAATTTCTAGCCATATTAACTTCATTTTCTGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGCCTTCTCAATTTCTAGCCATATTAACTTCATTTTCTGTTTTT  300

seq1  CTAACAATAAAAACCACAGAAAAAGTTTACAAACACTTAATAGAAAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAATAAAAACCACAGAAAAAGTTTACAAACACTTAATAGAAAGTGT  350

seq1  AGAGCACCAGTTAATTTAAACAAAAGGAAAAATATTTCTATTGTAGTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACCAGTTAATTTAAACAAAAGGAAAAATATTTCTATTGTAGTTCA  400

seq1  ATGTACACAGACTCATTTCTTAAAATACTGGGTTAAAAATAAATATTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACAGACTCATTTCTTAAAATACTGGGTTAAAAATAAATATTTGA  450

seq1  ATAACATAGATTTAGAAATAGCTTTTCCAACATTATCCAATTTAATGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATAGATTTAGAAATAGCTTTTCCAACATTATCCAATTTAATGTTA  500

seq1  TCCCTACTTCATATATTCTCTATCTATCTATATATATATATATATATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACTTCATATATTCTCTATCTATCTATATATATATATATATATGTG  550

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  573
      ||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  573


seq1: chr8_6278653_6279168
seq2: B6Ng01-106E22.g_67_582 (reverse)

seq1  AACATCATCATCTATCATCTAATCCTTATCCAATACCTATCAATCTATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCATCATCTATCATCTAATCCTTATCCAATACCTATCAATCTATTA  50

seq1  TCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  100

seq1  TATCTATCTTTCTATCTAATTATGTCTATCATCCACCTATTATCATCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTTTCTATCTAATTATGTCTATCATCCACCTATTATCATCATC  150

seq1  ATCTATCATTTATATACCATCTCTATCATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCATTTATATACCATCTCTATCATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTG  200

seq1  TCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCCGGGCCTACTTCTGACTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCCGGGCCTACTTCTGACTTCA  250

seq1  GCATATTCAGGCACTCTTGTGTATCAGGCTGTAATGAAAGGAAAGAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCAGGCACTCTTGTGTATCAGGCTGTAATGAAAGGAAAGAAGCT  300

seq1  TGTCCAGGCAAGGTAAGTCCTCAGGAACTCGACTGATCAAAAACACTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGGCAAGGTAAGTCCTCAGGAACTCGACTGATCAAAAACACTTGA  350

seq1  TTTGACTGTTTGTGTCTGCTTTAAGATGGTTTTACAGGTCTATTTATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTTTGTGTCTGCTTTAAGATGGTTTTACAGGTCTATTTATATC  400

seq1  AGGAGTAATAAGGGTTATGTAAACCGTGGTGAGTGGGTAGGGATTTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAATAAGGGTTATGTAAACCGTGGTGAGTGGGTAGGGATTTTTGA  450

seq1  GGTGAATGTATGTTATTGGCTGGAGCTGAAGTGCTGAGAATACTTCATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATGTATGTTATTGGCTGGAGCTGAAGTGCTGAGAATACTTCATTT  500

seq1  GCATGAAGAAGAATTC  516
      ||||||||||||||||
seq2  GCATGAAGAAGAATTC  516


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |