BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-109P07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,525,400 - 13,629,653
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3
Upstream gene1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6
Downstream gene4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2, LOC100041140
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-109P07.bB6Ng01-109P07.g
ACCDH916717DH916718
length1,039739
definitionDH916717|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P07, 5' end.DH916718|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-109P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,628,611 - 13,629,653)(13,525,400 - 13,526,161)
sequence
gaattctcaggtgaatcagtatgaagcaggattagaacttcgtagaaaga
aggggattttaacttatgtgtcagtactgacgttgacagagacacactcg
gggaaagggtaacatgttcctacttgtagtgtaggcttctcaagagagtt
gtgtcagagtggctttgcaatgtgtgtttttggtggcttctacagtcgca
tctcaaaaggttgtgtcctgaagatgctacttcagggatgtatacaatgt
aagaaaagtaataaattcagacaggttttggtgacaacaatttactctat
agttccatttagccctgatagaggtgaacacagattcttttattataatc
tcaataactaataataactctcagattactcattaaaaatcactcagcat
atataaatatgtaggtatgcatgcatacacgtatgtatgcacatatgtat
ctacactgcagcagagctcatgggatttcaaaagtcttgagaacagtgaa
actgataaaaagtaaaaataactctttattggtataataacaagccaggg
tgaagctcagagggctgtaggagagtcaggctgcaagatcagatttgagc
ctcaggaatgaggtgacaagaagggagtgcatgtggggacagatggactg
tgcaggtccagacaggtggacagacagacagcagttctagtaggccatat
caccagtggtgatcaagccaagacagagttcctgggaagattagaaagtc
tctcagtgcttgatgtgcatcaggagtcaggtgattgctcctggggttac
caccatgcttggcgttctcaccttcgtgggagggggttgcatcctttcca
tggtctgatgtatccagtaagtccttgtacctgttttcctgataagattt
ttaatgtgactgtgtgcccctacagtcccaattactggttaatttactgg
ggtggtgccctttctactcaaagttagtcgctatgcaatgttcttatttt
agatactctatagaaagaaaaatgtctctcgttttgcaa
gaattcaggaagacacagacttttagagcaaagcaggtaactcacacatc
ccgctttacgataactgtgaagggttcccggaggatggatggataggtag
atagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatacatacat
acatacatacatacatacatacatacatacatacagaaccgggagcccag
acgcggcaaacaccagggctacgagggcacagaggccatgtaagagcgat
tgattcaatagcttagggacaactggatagccatttgcaaaaggatggat
ttagaatcctctcatttcatataaaagttaactcaaagtggatccaaaca
taaaactcagggacccaaatataaaagccctctgtgatggtttgtatatt
cttggaccaaggagtggcaccatttggaggtgtggccttgttggaatagg
tgtgacctggttggagtaggtgtgtcactgtgggtgtggacttagactct
cactccagttgcctgtaagtcagtcttccactagcagctttgatgaagat
gtagaactctcagctctgctgcaccatgacagctgatgctgtcatgctcc
accttgatgattatgactaacctctgaacctctaactatccagtaatgtg
tttttataagactgcctggtcattggtatctgtcacagcagttatccata
actaagacagccagactataaactctcagaagagataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13628611_13629653
seq2: B6Ng01-109P07.b_48_1086 (reverse)

seq1  TTGCAAAACGAGAGACAATATTTCTTTCTTATAGAGGTATCTAAAATAAG  50
      |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  TTGCAAAACGAGAGAC-ATTTTTCTTTC-TATAGA-GTATCTAAAATAAG  47

seq1  AACATTTGCATAGCGACTAACTTTGAGTAGAAAGGGCACCA-CCCAGTAA  99
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACA-TTGCATAGCGACTAACTTTGAGTAGAAAGGGCACCACCCCAGTAA  96

seq1  ATTTACCAGTGAATTGGGACTGTAGGGGCACACAGTCACATTAAAAATCT  149
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCAGT-AATTGGGACTGTAGGGGCACACAGTCACATTAAAAATCT  145

seq1  TATCAGGAAAACAGGGTACAAGGACTTACTGGATACATCAGACCATGG-A  198
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATCAGGAAAACA-GGTACAAGGACTTACTGGATACATCAGACCATGGAA  194

seq1  AGGATGCAACCCCCTCCCACGAAGGTGAGAACGCCAAGCATGGTGGTAAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCAACCCCCTCCCACGAAGGTGAGAACGCCAAGCATGGTGGTAAC  244

seq1  CCCAGGAGCAATCACCTGACTCCTGATGCACATCAAGCACTGAGAGACTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGCAATCACCTGACTCCTGATGCACATCAAGCACTGAGAGACTT  294

seq1  TCTAATCTTCCCAGGAACTCTGTCTTGGCTTGATCACCACTGGTGATATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTTCCCAGGAACTCTGTCTTGGCTTGATCACCACTGGTGATATG  344

seq1  GCCTACTAGAACTGCTGTCTGTCTGTCCACCTGTCTGGACCTGCACAGTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACTAGAACTGCTGTCTGTCTGTCCACCTGTCTGGACCTGCACAGTC  394

seq1  CATCTGTCCCCACATGCACTCCCTTCTTGTCACCTCATTCCTGAGGCTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTCCCCACATGCACTCCCTTCTTGTCACCTCATTCCTGAGGCTCA  444

seq1  AATCTGATCTTGCAGCCTGACTCTCCTACAGCCCTCTGAGCTTCACCCTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGATCTTGCAGCCTGACTCTCCTACAGCCCTCTGAGCTTCACCCTG  494

seq1  GCTTGTTATTATACCAATAAAGAGTTATTTTTACTTTTTATCAGTTTCAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTATTATACCAATAAAGAGTTATTTTTACTTTTTATCAGTTTCAC  544

seq1  TGTTCTCAAGACTTTTGAAATCCCATGAGCTCTGCTGCAGTGTAGATACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCAAGACTTTTGAAATCCCATGAGCTCTGCTGCAGTGTAGATACA  594

seq1  TATGTGCATACATACGTGTATGCATGCATACCTACATATTTATATATGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCATACATACGTGTATGCATGCATACCTACATATTTATATATGCT  644

seq1  GAGTGATTTTTAATGAGTAATCTGAGAGTTATTATTAGTTATTGAGATTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATTTTTAATGAGTAATCTGAGAGTTATTATTAGTTATTGAGATTA  694

seq1  TAATAAAAGAATCTGTGTTCACCTCTATCAGGGCTAAATGGAACTATAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAGAATCTGTGTTCACCTCTATCAGGGCTAAATGGAACTATAGA  744

seq1  GTAAATTGTTGTCACCAAAACCTGTCTGAATTTATTACTTTTCTTACATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTGTTGTCACCAAAACCTGTCTGAATTTATTACTTTTCTTACATT  794

seq1  GTATACATCCCTGAAGTAGCATCTTCAGGACACAACCTTTTGAGATGCGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATCCCTGAAGTAGCATCTTCAGGACACAACCTTTTGAGATGCGA  844

seq1  CTGTAGAAGCCACCAAAAACACACATTGCAAAGCCACTCTGACACAACTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAAGCCACCAAAAACACACATTGCAAAGCCACTCTGACACAACTC  894

seq1  TCTTGAGAAGCCTACACTACAAGTAGGAACATGTTACCCTTTCCCCGAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGAAGCCTACACTACAAGTAGGAACATGTTACCCTTTCCCCGAGT  944

seq1  GTGTCTCTGTCAACGTCAGTACTGACACATAAGTTAAAATCCCCTTCTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTGTCAACGTCAGTACTGACACATAAGTTAAAATCCCCTTCTTT  994

seq1  CTACGAAGTTCTAATCCTGCTTCATACTGATTCACCTGAGAATTC  1043
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGAAGTTCTAATCCTGCTTCATACTGATTCACCTGAGAATTC  1039

seq1: chr8_13525400_13526161
seq2: B6Ng01-109P07.g_67_805

seq1  GAATTCAGGAAGACACAGACTTTTAGAGCAAAGCAGGTAACTCACACATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGAAGACACAGACTTTTAGAGCAAAGCAGGTAACTCACACATC  50

seq1  CCGCTTTACGATAACTGTGAAGGGTTCCCGGAGGATGGATGGATAGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTTTACGATAACTGTGAAGGGTTCCCGGAGGATGGATGGATAGGTAG  100

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATACATACAT  150

seq1  ACATACATACATACATACATACATACATACATACAGAACCGGGAGCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATACATACATACATACATACATACATACAGAACCGGGAGCCCAG  200

seq1  ACGCGGCAAACACCAGGGCTACGAGGGCACAGAGGCCATGTAAGAGCGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGGCAAACACCAGGGCTACGAGGGCACAGAGGCCATGTAAGAGCGAT  250

seq1  TGATTCAATAGCTTAGGGACAACTGGATAGCCATTTGCAAAAGGATGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAATAGCTTAGGGACAACTGGATAGCCATTTGCAAAAGGATGGAT  300

seq1  TTAGAATCCTCTCATTTCATATAAAAGTTAACTCAAAGTGGATCCAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATCCTCTCATTTCATATAAAAGTTAACTCAAAGTGGATCCAAACA  350

seq1  TAAAACTCAGGGACCCAAATATAAAAGCCCTCTGTGATGGTTTGTATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTCAGGGACCCAAATATAAAAGCCCTCTGTGATGGTTTGTATATT  400

seq1  CTTGGACCAAGGAGTGGCACCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACCAAGGAGTGGCACCATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGG  450

seq1  TGTGACCTGGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGACTTAAGACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTGACCTGGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGACTT-AGACTC  499

seq1  TCACTCCAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGCCTTTGGATGAA  550
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || ||||||
seq2  TCACTCCAGTTGCCTGTAAGTCAGTCTTCCACTAGCAGC--TTTGATGAA  547

seq1  GATGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCATGACAGCCTGGATGCTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||
seq2  GATGTAGAACTCTCAGCTCTG-CTGCACCATGACAGC--TGATGCTGTCA  594

seq1  TGCTCCCACCTTGATGATAATGGACTAAACCTCTGAACCTCTAAACTATC  650
      |||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||| 
seq2  TGCT-CCACCTTGATGATTAT-GACT-AACCTCTGAACCTCT-AACTAT-  639

seq1  CCCAGTTAAATGTTGTTTTTTATAAGACTTGCCTTGGTCA-TGGTATCTG  699
       |||||  |||||   |||||||||||| |||| |||||| |||||||||
seq2  -CCAGT--AATGT--GTTTTTATAAGAC-TGCC-TGGTCATTGGTATCTG  682

seq1  TTCACAGCAGTAAAACCATAACTAAGACACCCCCAGACTATAAAACTCTC  749
       ||||||||||  | ||||||||||||||   ||||||||| ||||||||
seq2  -TCACAGCAGT-TATCCATAACTAAGACA--GCCAGACTAT-AAACTCTC  727

seq1  AGAAGAGAATAAG  762
      ||||||| |||||
seq2  AGAAGAG-ATAAG  739