BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-115M23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 25,163,499 - 25,252,513
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZmat4
Upstream geneAnk1, Nkx6-3, Agpat6, Gins4, Golga7, Sfrp1, LOC100040931
Downstream gene1810011O10Rik, Indol1, Indo, Adam18, Adam3, Adam5, Adam32, Adam9, Tm2d2, Htra4, Plekha2, LOC100042390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115M23.bB6Ng01-115M23.g
ACCDH920978DH920979
length1,115938
definitionDH920978|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115M23, 5' end.DH920979|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,251,397 - 25,252,513)(25,163,499 - 25,164,436)
sequence
gaattcatttaattattcttaacacaagaagatgaggaaatcttaagcac
atcactgggggtaggggatgctgggaatgtgtgaagcagccttgtcgtgc
ctggacatggtagacattctggagacccaacacagaggctggatgtcaag
cctggagagtcaaggaatcaagaaaacatactcagatacctcagcatagt
gcagaaggaagacagcctgggtgatctctagcatacccaaccttcccaag
atgctggaaagtcccagctatgatctgctgtccagcctcatgtagcctga
aatgatgtacgttcctcgtccagacggaagacacctctgggatgcaccag
cataaagtcctagctctgcagacaggaacatgcaaagctacctgggaact
ggatgggaaagccagtcctgtgggtgcagggagggctgggggacagggac
agctttcaaactttaggggaccgttgccactaacaaggaaaggaatctag
tccaggacatggggcactgaggattttgggtgactcttgtacttacagaa
agtctcttgtgccccagagctgtagctatttctttaactcaaagaaactt
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gagacactgagagagagagagtgatacctcaacagtcttcccacggggaa
cccctgagacgaggcgcatccagaaggttatgtttattcccaggcaaacc
atcttaaaggttaacgaggcccctgaaacagaaagtgcctgtgacctttg
aacaaaaaaaaaagctttcttttgcaggtataataatctcatctctctca
gaaaaatgggtcaataagaaaagcatagaccttccctgttggggacatct
gaagaacacagtttgaggctagcactgagagagagagcttgaagagtagc
ccctgtgtgatcctgggttttctccttgattcaggatacctagatccctt
gtgttttagctctcagacactgcttcagcttgtgagattgcaggtgtgaa
atctatgtcatcgtttcacctcagtgtacttgggagcctcagatctattg
ccattgaacagctct
gaattccttgtaaatagcctatactttggactgctcatgatttctgttca
tgataactgaattttcgaaattacttcccagtcccatgggctataaatgt
atgggatttgttctcccagggtagatttgaatacatttgtctctgtgctt
atctgatgccaactgagcctgtctgccctagggccttctgagtcagcagg
gtctcacccctgcagcttcccaaggcccagctgcacttgtaaccacactg
tctgctcgcctctgcatctttctttctccctcagatatttgagtccttct
tctctccactccctctaccaaccagactgcacagaatgccactcaaattg
agcactgcagatatttcgttcatttggacagtcgtatttaagatttgggc
attattcagaggtagcaatgtaaaagcacagaatcatcatcacctcctgc
tcctcctcctcctcctgctcctgctcctgctcctgctcctgcccctgctc
ctcctcctgctcctgcccctgctcctcctcctgctcctcctcctgctcct
cctcctgctcctgcccctgctcctcctcctgctcctcctcctgctcctgc
tcctcctgctcctcctcctcctcctgctcctcctcctgctcctcctcctg
ctcctgctcctgctcctgctgctcctgctcctctcatcttcctgctcctg
ctcctgctcctgctcctgctcctgctccttgttcctgctcctgctcctcc
tgctcctctcatcctcctgctcctgctcctcctgctcctgctccttcctc
ctgctcctgcttctgctccagctcctcctgctccactcaacctcctgctc
ctgctcctgctcctgctcctgccctgccctgcccctgctcctccttctgc
tcctgctccagctcctgcccctgtccctgcccatgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_25251397_25252513
seq2: B6Ng01-115M23.b_48_1162 (reverse)

seq1  AGAGCTGTTC-ATGGC-ATAGATCTGGGGCCTCCCAGTACACTGAGGTGA  48
      |||||||||| ||||| ||||||||| |||  || |||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTTCAATGGCAATAGATCTGAGGCTCCCAAGTACACTGAGGTGA  50

seq1  AAACCGATGACATAGA-TTCACACCTGCAATCTCTACAAGCTGAAGCAGT  97
      ||  |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  AA--CGATGACATAGATTTCACACCTGCAATCTC-ACAAGCTGAAGCAG-  96

seq1  TGTCTGAGAGCTAAAACACAAGGGATCCTAGGTATCCAGAATCAAGGAGA  147
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCTGAGAGCTAAAACACAAGGGAT-CTAGGTATCCTGAATCAAGGAGA  145

seq1  GAACCCAGAATCACACAGGGGCTACTCTTCAAGCTCTCTCTCTCAGTGCT  197
       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGGATCACACAGGGGCTACTCTTCAAGCTCTCTCTCTCAGTGCT  195

seq1  AGCCTC-AACTGTGTTCTTCAGATGGTCCCCAACAGGGAAGGTCTATGCT  246
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAAACTGTGTTCTTCAGAT-GTCCCCAACAGGGAAGGTCTATGCT  244

seq1  TTTCTTATTGACCCATTTTTCTGAGAGAGATGAGATTATTATACCTGCAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATTGACCCATTTTTCTGAGAGAGATGAGATTATTATACCTGCAA  294

seq1  AAGAAAGCTTTTTTTTTTGTTCAAAGGTCACAGGCACTTTCTGTTTCAGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCTTTTTTTTTTGTTCAAAGGTCACAGGCACTTTCTGTTTCAGG  344

seq1  GGCCTCGTTAACCTTTAAGATGGTTTGCCTGGGAATAAACATAACCTTCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCGTTAACCTTTAAGATGGTTTGCCTGGGAATAAACATAACCTTCT  394

seq1  GGATGCGCCTCGTCTCAGGGGTTCCCCGTGGGAAGACTGTTGAGGTATCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCGCCTCGTCTCAGGGGTTCCCCGTGGGAAGACTGTTGAGGTATCA  444

seq1  CTCTCTCTCTCTCAGTGTCTCAGCAGTGGCTTTAATGTTCTGGCGTCCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCAGTGTCTCAGCAGTGGCTTTAATGTTCTGGCGTCCTC  494

seq1  TCTCTCTCTTCACTACCAGTCAAGTTTCTTTGAGTTAAAGAAATAGCTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTTCACTACCAGTCAAGTTTCTTTGAGTTAAAGAAATAGCTAC  544

seq1  AGCTCTGGGGCACAAGAGACTTTCTGTAAGTACAAGAGTCACCCAAAATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGGGCACAAGAGACTTTCTGTAAGTACAAGAGTCACCCAAAATC  594

seq1  CTCAGTGCCCCATGTCCTGGACTAGATTCCTTTCCTTGTTAGTGGCAACG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGCCCCATGTCCTGGACTAGATTCCTTTCCTTGTTAGTGGCAACG  644

seq1  GTCCCCTAAAGTTTGAAAGCTGTCCCTGTCCCCCAGCCCTCCCTGCACCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTAAAGTTTGAAAGCTGTCCCTGTCCCCCAGCCCTCCCTGCACCC  694

seq1  ACAGGACTGGCTTTCCCATCCAGTTCCCAGGTAGCTTTGCATGTTCCTGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACTGGCTTTCCCATCCAGTTCCCAGGTAGCTTTGCATGTTCCTGT  744

seq1  CTGCAGAGCTAGGACTTTATGCTGGTGCATCCCAGAGGTGTCTTCCGTCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGCTAGGACTTTATGCTGGTGCATCCCAGAGGTGTCTTCCGTCT  794

seq1  GGACGAGGAACGTACATCATTTCAGGCTACATGAGGCTGGACAGCAGATC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGAGGAACGTACATCATTTCAGGCTACATGAGGCTGGACAGCAGATC  844

seq1  ATAGCTGGGACTTTCCAGCATCTTGGGAAGGTTGGGTATGCTAGAGATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGGGACTTTCCAGCATCTTGGGAAGGTTGGGTATGCTAGAGATCA  894

seq1  CCCAGGCTGTCTTCCTTCTGCACTATGCTGAGGTATCTGAGTATGTTTTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTGTCTTCCTTCTGCACTATGCTGAGGTATCTGAGTATGTTTTC  944

seq1  TTGATTCCTTGACTCTCCAGGCTTGACATCCAGCCTCTGTGTTGGGTCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCCTTGACTCTCCAGGCTTGACATCCAGCCTCTGTGTTGGGTCTC  994

seq1  CAGAATGTCTACCATGTCCAGGCACGACAAGGCTGCTTCACACATTCCCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTCTACCATGTCCAGGCACGACAAGGCTGCTTCACACATTCCCA  1044

seq1  GCATCCCCTACCCCCAGTGATGTGCTTAAGATTTCCTCATCTTCTTGTGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCCTACCCCCAGTGATGTGCTTAAGATTTCCTCATCTTCTTGTGT  1094

seq1  TAAGAATAATTAAATGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATAATTAAATGAATTC  1115

seq1: chr8_25163499_25164436
seq2: B6Ng01-115M23.g_68_1005

seq1  GAATTCCTTGTAAATAGCCTATACTTTGGACTGCTCATGATTTCTGTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGTAAATAGCCTATACTTTGGACTGCTCATGATTTCTGTTCA  50

seq1  TGATAACTGAATTTTCGAAATTACTTCCCAGTCCCATGGGCTATAAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAACTGAATTTTCGAAATTACTTCCCAGTCCCATGGGCTATAAATGT  100

seq1  ATGGGATTTGTTCTCCCAGGGTAGATTTGAATACATTTGTCTCTGTGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATTTGTTCTCCCAGGGTAGATTTGAATACATTTGTCTCTGTGCTT  150

seq1  ATCTGATGCCAACTGAGCCTGTCTGCCCTAGGGCCTTCTGAGTCAGCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCAACTGAGCCTGTCTGCCCTAGGGCCTTCTGAGTCAGCAGG  200

seq1  GTCTCACCCCTGCAGCTTCCCAAGGCCCAGCTGCACTTGTAACCACACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACCCCTGCAGCTTCCCAAGGCCCAGCTGCACTTGTAACCACACTG  250

seq1  TCTGCTCGCCTCTGCATCTTTCTTTCTCCCTCAGATATTTGAGTCCTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCGCCTCTGCATCTTTCTTTCTCCCTCAGATATTTGAGTCCTTCT  300

seq1  TCTCTCCACTCCCTCTACCAACCAGACTGCACAGAATGCCACTCAAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCACTCCCTCTACCAACCAGACTGCACAGAATGCCACTCAAATTG  350

seq1  AGCACTGCAGATATTTCGTTCATTTGGACAGTCGTATTTAAGATTTGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGCAGATATTTCGTTCATTTGGACAGTCGTATTTAAGATTTGGGC  400

seq1  ATTATTCAGAGGTAGCAATGTAAAAGCACAGAATCATCATCACCTCCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCAGAGGTAGCAATGTAAAAGCACAGAATCATCATCACCTCCTGC  450

seq1  TCCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTC  500

seq1  CTCCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCT  550

seq1  CCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGCTCCTGCCCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTGC  600

seq1  TCCTCCTGCTCCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCTCCTCCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTGCTCCTCCTCCTG  650

seq1  CTCCTGCTCCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTCCTCTCATCTTCCTGCTCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTCCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTCCTCTCATCTTCCTGCTCCTG  700

seq1  CTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCC-TGCTCCTGCTCCTGCTCCTCC  749
      |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTTGTTCCTGCTCCTGCTCCTCC  750

seq1  TGCTCCTCTCATCCTCCTGCTCCTGCTCCTCCTGCTCCTGCTCC-TCCTC  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTCCTCTCATCCTCCTGCTCCTGCTCCTCCTGCTCCTGCTCCTTCCTC  800

seq1  CTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCTCCTCCTGCTCCTCTCATCCTCCTGCTC  848
      ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  CTGCTCCTGCTTCTGCTCCAGCTCCTCCTGCTCCACTCAACCTCCTGCTC  850

seq1  CTGCTCCTGCTCCTGCTCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCTCCTCCTCCT  898
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGCTCCTGCTCCTGCTCCTG-CCCTG-CCCTGCCCCTGCTCCTCCTTCT  898

seq1  GCTCCTGCTCCTGCTCCTGCCCCTGCCCCTGCCCCTGCCC  938
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GCTCCTGCTCCAGCTCCTGCCCCTGTCCCTGCCCATGCCC  938