BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116K11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 113,483,401 - 113,676,498
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSt3gal2, Ddx19a, Ddx19b, Aars, Exosc6, Mrcl, 4930402E16Rik, 9430091E24Rik
Upstream geneMarveld3, LOC100041884, Tat, Chst4, Zfp612, Gm1467, Calb2, BC025546, Hydin, LOC672398, Vac14, BC060632, 2010004A03Rik, Sf3b3, Cog4, Fuk
Downstream geneGlg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl, Fa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116K11.bB6Ng01-116K11.g
ACCDH921599DH921600
length1,1161,002
definitionDH921599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116K11, 5' end.DH921600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,483,401 - 113,484,530)(113,675,457 - 113,676,498)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctagtcttgaactcacagagatccacctg
cctctgccttctgagagctgggattaaaggcgtgcaccaccacaccggcc
attccgtcttaatttctaagatagggtctcgagactctggagcttggtga
tttggcgatttggctaagctggccggcctgtgagattctgcataccactg
gcaccaggttacagaaatgttcccaccccccaatctggcttttatatagg
tgctggggatctgtaactcaggccctcactgcatgtatgatagctactta
ttgctgggctatcccagaaataatagattttaagactgaacatcctaatt
ggtaaacgttggctcagagtaattatgaacacttcaagagtccttcttgg
ctcttcacagttgctgggaaagattgctctggcttgggagagtaatgtaa
gcctcagccgctatgggaggtggggcacaggagcctcagagggccccata
acaggtccacctctggtctccgatgtcccaagcaagacctttctgctttt
catgtcctccaccctgcccccatcattgctggagcatcacttcccaggtt
ctacaaggccatctggtcgcctcctgggccaagaatagagcccgtaggat
gcctgctctccctggcacggagaggcaatttcctggtcctttgttcctcc
tgccagtataggagcaagatgcctcgcctctcattcttcatggatgtgag
gatgtccacatttatcaagacagctgtccagaacctatgtcttggcccag
actgttagagtccctccaagaccagtgtctgtggaacacgggtccagagg
agcccacaggaccttctagcagagtcttgcctgccgtcactttcggctac
aactttgtttatggagaaagtcaaggttcagaaagtgcccagtgtctgcc
tggtgttatagctcagcagtggcttattctcaggatagacaggctctggt
cacaggatggacccaagccctgttgggtaccatgttccttagtccacaca
ttctctggtgccccaaagcaacccctttgtctcaaggtggaaatctgctc
taagcagacttcgctc
gaattccctgtccagaaccttgtcagcatcagccctgagtgtgaggatac
agccctctgtaagctcgtggcttctcatctgggcatacagcataaggaag
ttgccattggagtgcccagccctgctctgtcttacagagaatactagaac
cccaaagctgcctggccctgtagggagcacactgcccgaggcccaccctc
tggctttgtggataggaatttttcaggtagagtgtagggcaacttcaatc
ctcagaggcacttggcatttgttctcaggatttagagggcattagccagg
acagggagaagatggtggttatctgaaaaccaataaagacattttaaaac
ttgaacaacctgcacttgtaagatggctcagcaggtaaactagcttgctg
ccaagcctgaccaccagagtggaatccccaggacccacgtggcagaagga
gaggaccaactcctgaaaactgtcctgaagtccatgtgagctaggcgctc
tttccccgtacctacaatacacattaaaaaaaatgccagctcatatattt
atatttttagtatagaactagcctttcaaataaacacaggctagagtgat
tgcttagtgattaagaacaccgggtgtgggttggagagatggctcagtgg
ttaagagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaaatcccagcaa
ccacatggtggtaaccatatgtaatgaggtctgattacctcttctggtgt
gtctgaagacagctacaatgtacaaatatttgtttaaaaataagcaaatc
ttaaaaaaaaaacaccgggtgttcttccaccctggtggaactctggactt
cagggcttccagcaccttttctggcctctgatggtatcagcactcacata
gtacataggcaagtcgttcatacacataatccttaagagatggagccatg
gagatgtctcaagatgagacccttgcaacgaaggcatgaggtctgatccc
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_113483401_113484530
seq2: B6Ng01-116K11.b_47_1162

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTAGTCTTGAACTCACAGAGATCCACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTAGTCTTGAACTCACAGAGATCCACCTG  50

seq1  CCTCTGCCTTCTGAGAGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACACCGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTTCTGAGAGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACACCGGCC  100

seq1  ATTCCGTCTTAATTTCTAAGATAGGGTCTCGAGACTCTGGAGCTTGGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCGTCTTAATTTCTAAGATAGGGTCTCGAGACTCTGGAGCTTGGTGA  150

seq1  TTTGGCGATTTGGCTAAGCTGGCCGGCCTGTGAGATTCTGCATACCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCGATTTGGCTAAGCTGGCCGGCCTGTGAGATTCTGCATACCACTG  200

seq1  GCACCAGGTTACAGAAATGTTCCCACCCCCCAATCTGGCTTTTATATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAGGTTACAGAAATGTTCCCACCCCCCAATCTGGCTTTTATATAGG  250

seq1  TGCTGGGGATCTGTAACTCAGGCCCTCACTGCATGTATGATAGCTACTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGGATCTGTAACTCAGGCCCTCACTGCATGTATGATAGCTACTTA  300

seq1  TTGCTGGGCTATCCCAGAAATAATAGATTTTAAGACTGAACATCCTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGCTATCCCAGAAATAATAGATTTTAAGACTGAACATCCTAATT  350

seq1  GGTAAACGTTGGCTCAGAGTAATTATGAACACTTCAAGAGTCCTTCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACGTTGGCTCAGAGTAATTATGAACACTTCAAGAGTCCTTCTTGG  400

seq1  CTCTTCACAGTTGCTGGGAAAGATTGCTCTGGCTTGGGAGAGTAATGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACAGTTGCTGGGAAAGATTGCTCTGGCTTGGGAGAGTAATGTAA  450

seq1  GCCTCAGCCGCTATGGGAGGTGGGGCACAGGAGCCTCAGAGGGCCCCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGCCGCTATGGGAGGTGGGGCACAGGAGCCTCAGAGGGCCCCATA  500

seq1  ACAGGTCCACCTCTGGTCTCCGATGTCCCAAGCAAGACCTTTCTGCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCCACCTCTGGTCTCCGATGTCCCAAGCAAGACCTTTCTGCTTTT  550

seq1  CATGTCCTCCACCCTGCCCCCATCATTGCTGGAGCATCACTTCCCAGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTCCACCCTGCCCCCATCATTGCTGGAGCATCACTTCCCAGGTT  600

seq1  CTACAAGGCCATCTGGTCGCCTCCTGGGCCAAGAATAGAGCCCGTAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGGCCATCTGGTCGCCTCCTGGGCCAAGAATAGAGCCCGTAGGAT  650

seq1  GCCTGCTCTCCCTGGCACGGAGAGGCAA-TTCCTGGTCC-TTGTTCCTCC  698
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  GCCTGCTCTCCCTGGCACGGAGAGGCAATTTCCTGGTCCTTTGTTCCTCC  700

seq1  TGCCAGTATAGGAGCAAGATGCCTCGCCTCTCATTCTTCATGGATGTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTATAGGAGCAAGATGCCTCGCCTCTCATTCTTCATGGATGTGAG  750

seq1  GATGTCCACATTTATCAAGACAGCTGTCCAGAACCTATGTCTTGGCCCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCCACATTTATCAAGACAGCTGTCCAGAACCTATGTCTTGGCCCAG  800

seq1  ACTGTTAGAGT-CCTCCAAGACCAGTGTCTGTGGAACACGGGTCCAGAGG  847
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTAGAGTCCCTCCAAGACCAGTGTCTGTGGAACACGGGTCCAGAGG  850

seq1  AGCCCACAGGACCTTCTAGCAGAGTCTTGCCTGCCGTCACTTTCGGCTAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACAGGACCTTCTAGCAGAGTCTTGCCTGCCGTCACTTTCGGCTAC  900

seq1  AACTTTGTTTTATGGAGAAAGTCAAGGTTCAGAAAGTGCCCAGTGTCTGC  947
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTG-TTTATGGAGAAAGTCAAGGTTCAGAAAGTGCCCAGTGTCTGC  949

seq1  CTGGTGTTATAGGCTCAGCAGTGGCCTTATTCCTCAGGGATAAGACAGGC  997
      ||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||| 
seq2  CTGGTGTTATA-GCTCAGCAGTGG-CTTATT-CTCA-GGAT-AGACAGG-  993

seq1  CTCTGGTCACAGGAATGGAACTCAGAGCCTGTTTGGGTACCATGTTCCTT  1047
      ||||||||||||| |||| || || ||||   ||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCACAGG-ATGG-ACCCA-AGCCCTGTTGGGTACCATGTTCCTT  1040

seq1  AGTCCACACATCTTCCTGTGCCCCACAGCCAACCCCTTTGTCTCAGGGTT  1097
      |||||||||||  ||  |||||||| || |||||||||||||||| ||| 
seq2  AGTCCACACATTCTCTGGTGCCCCAAAG-CAACCCCTTTGTCTCAAGGT-  1088

seq1  GAGAATTCTTGTCTCAGAGGCAGACTTCTGCTC  1130
        ||| |||  |||   | ||||||||| ||||
seq2  -GGAAATCTGCTCT---AAGCAGACTTC-GCTC  1116

seq1: chr8_113675457_113676498
seq2: B6Ng01-116K11.g_71_1072 (reverse)

seq1  CTGGGATCACAGGCCTTTCACATGGCTGTCAGGAGTCTGAGCTCAGGCCC  50
                                          ||| | ||| | ||
seq2  ------------------------------------CTGGGATCA-GACC  13

seq1  TCATGCCTCTGTTGCAAGTGCTCTCATCTCTGAAGCCATCTCCATTGCTC  100
      ||||||||  |||||||| | |||||||| || || ||||||||| ||||
seq2  TCATGCCTTCGTTGCAAG-GGTCTCATCT-TG-AGACATCTCCATGGCTC  60

seq1  CATCTCTTTAAGATTTATGTGTATGAACGCTTTGCCTATGTACTATGTGG  150
      |||||| |||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||| 
seq2  CATCTC-TTAAGGATTATGTGTATGAACGACTTGCCTATGTACTATGTGA  109

seq1  GTGCCTGATACCCTCAGAGGCCAGAAAGGGTGCTGGAAGCCCTG-AGTCC  199
      ||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GTG-CTGATACCATCAGAGGCCAGAAAAGGTGCTGGAAGCCCTGAAGTCC  158

seq1  AGAGTTCCACCA-GGTGGAAGAACACCCGGTGTTTTTTTTTTAAGATTTG  248
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCCACCAGGGTGGAAGAACACCCGGTGTTTTTTTTTTAAGATTTG  208

seq1  CTTATTTTTAAACAAATATTTGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACACACCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTTAAACAAATATTTGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACACACCA  258

seq1  GAAGAGGTAATCAGACCTCATTACATATGGTTACCACCATGTGGTTGCTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGTAATCAGACCTCATTACATATGGTTACCACCATGTGGTTGCTG  308

seq1  GGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTG  358

seq1  AGCCATCTCTCCAACCCACACCCGGTGTTCTTAATCACTAAGCAATCACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCTCTCCAACCCACACCCGGTGTTCTTAATCACTAAGCAATCACT  408

seq1  CTAGCCTGTGTTTATTTGAAAGGCTAGTTCTATACTAAAAATATAAATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTGTGTTTATTTGAAAGGCTAGTTCTATACTAAAAATATAAATAT  458

seq1  ATGAGCTGGCATTTTTTTTAATGTGTATTGTAGGTACGGGGAAAGAGCGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTGGCATTTTTTTTAATGTGTATTGTAGGTACGGGGAAAGAGCGC  508

seq1  CTAGCTCACATGGACTTCAGGACAGTTTTCAGGAGTTGGTCCTCTCCTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCACATGGACTTCAGGACAGTTTTCAGGAGTTGGTCCTCTCCTTC  558

seq1  TGCCACGTGGGTCCTGGGGATTCCACTCTGGTGGTCAGGCTTGGCAGCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACGTGGGTCCTGGGGATTCCACTCTGGTGGTCAGGCTTGGCAGCAA  608

seq1  GCTAGTTTACCTGCTGAGCCATCTTACAAGTGCAGGTTGTTCAAGTTTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTTTACCTGCTGAGCCATCTTACAAGTGCAGGTTGTTCAAGTTTTA  658

seq1  AAATGTCTTTATTGGTTTTCAGATAACCACCATCTTCTCCCTGTCCTGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTTATTGGTTTTCAGATAACCACCATCTTCTCCCTGTCCTGGC  708

seq1  TAATGCCCTCTAAATCCTGAGAACAAATGCCAAGTGCCTCTGAGGATTGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCCTCTAAATCCTGAGAACAAATGCCAAGTGCCTCTGAGGATTGA  758

seq1  AGTTGCCCTACACTCTACCTGAAAAATTCCTATCCACAAAGCCAGAGGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCTACACTCTACCTGAAAAATTCCTATCCACAAAGCCAGAGGGT  808

seq1  GGGCCTCGGGCAGTGTGCTCCCTACAGGGCCAGGCAGCTTTGGGGTTCTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCGGGCAGTGTGCTCCCTACAGGGCCAGGCAGCTTTGGGGTTCTA  858

seq1  GTATTCTCTGTAAGACAGAGCAGGGCTGGGCACTCCAATGGCAACTTCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTCTGTAAGACAGAGCAGGGCTGGGCACTCCAATGGCAACTTCCT  908

seq1  TATGCTGTATGCCCAGATGAGAAGCCACGAGCTTACAGAGGGCTGTATCC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGTATGCCCAGATGAGAAGCCACGAGCTTACAGAGGGCTGTATCC  958

seq1  TCACACTCAGGGCTGATGCTGACAAGGTTCTGGACAGGGAATTC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCAGGGCTGATGCTGACAAGGTTCTGGACAGGGAATTC  1002