BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116M17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 27,462,267 - 27,617,118
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC670822, LOC100040998, Fgfr1, D030041N04Rik, LOC100042416, Whsc1l1, Ppapdc1, Bag4, Lsm1, Star, Ash2l, Kcnu1, Hgsnat, 4930444A02Rik, Fnta, Hook3, 1700047A11Rik, Rnf170, Thap1
Downstream geneZfp703, Erlin2, Prosc, Gpr124, Brf2, Rab11fip1, Got1l1, Adrb3, Eif4ebp1, LOC732482, Tex24, Chrnb3, Chrna6, 4921537P18Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116M17.bB6Ng01-116M17.g
ACCDH921704DH921705
length1,0771,096
definitionDH921704|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M17, 5' end.DH921705|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,462,267 - 27,463,355)(27,616,028 - 27,617,118)
sequence
gaattcatttacattgctttgtgttgcaatcatcgtgcctctaatgtaac
gccaagcaaatgagcccctttgaatattgtgcaatctatcgcaagtcaac
tggcacaaaactcactcaataaatcatgttcaaacacatgcctgtaatga
caggtaaatcaacaatgaagtaattgcatttaatgtattgaaatactgga
caaaaaaaacccagtgacctcaaagtgactttttgtaaaaggtatgatat
agttgcagagggagagagctctccttcccgggagtcttgcagtgctcaga
tgcacacgccattgctgaggctgctgtccctgggcaagccctgatttact
gccttcactccgcagtgaacaccggagcaggctgccagacacttcaagaa
ggtgtttgccagcatggatgagagagtcacaagctccaagcagcgcaacc
tctcctccacccgggctgtcgcccactcagaaaaccttctgaagggggca
gggagagcgctgtgtcaggagccagagggatgtggctccgccctgctccg
ggactcaactagattgctctacagctttagccaagctcttccgcctttcg
gccctttatgaaatgaagcatctggatcgtcatgtctgaaattcactgca
attctaacattctctgaagctctgattccaattagggcggggggtggtgt
ctttgcttttaagcggaaaataaaaataataaaagcctgggctcttcttg
cccccgagtgtcggaggcactggtttgaatcagcgtgcatctcttcatca
ttgtttctgtcgccgaggacctgtgtgcttctaatttctgtgaaacttgg
gccctgcccctttctgggcaagcagacaagtctgaaaataggtccccagg
ggttgtgtggatggataacagacaaatggaaatgacagccttccctacat
tccccatcctttcacccagctccctcttcccagggacatgtcaaagaaga
gatgaagcaggagctcttcgagccaaaggcacttaagaactttcgctctt
gtaaaaacccacctcttgcgaagctgc
gaattctggccttgctgattcatgtcatctctcggagcttcagtttccct
ttttgtaacacgttggaatagtactctcccagcccctggtccagagtagg
taggtgttcaatacacggaagctgttgcttgctggtctgctggaaagaca
aggcgtcagtcctggttccctatggactttcaaacatcagccctgctgag
cttcctggtattagcctcagccataccactggacactaattcttctaaag
gaataagaggcatcactccaggggaacctgttctgaattagtcacaaagc
catggatgccacgtcagaggggaactgggagagcacctacattgtcacaa
acattctctggaataagaggtagagtctcagtcaggacaagcactccgcc
caatgacatgatgctatagacctcgtacaacaccctcctgtcctggcttg
ctggctggctgagagtgggagccaaaggcccctgctcattcccagtgaag
atcttgaaaacatggccttggggctagggcatacgcatagcattaaccta
atgcaaatggatatttggtgggggggagcatctaagcctgaggctgtcac
tcaaattctgcatattagaactattaaaacgagtcacttccatgagatag
ttttgtgtacctataattttatcatttgttaaaacgaaggcaaatatgtc
tactaaatgagatggatgctgtcagtgatggtcactgttgtcatcaaaag
acagacttgcctgggagacaggccttttatgcacacctgtgaggggtctc
tttgattgggttaagagatgagaagatacatcctcagcagtgggtagaat
cattccctggtgcagggatcctggactgttaaatggcagacaatgagttg
gaacactatcatgttcctgtccccttgtatctcttgactgtggttcgatt
taatatccacttctgacggccgtcacttgacacccggacatgatagactg
gcccttgaactgtggacataatatagtcccttcctcactaagttgcttcc
gtagaacattttgttacagccatggggtaagaaaacataattcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_27462267_27463355
seq2: B6Ng01-116M17.b_44_1120

seq1  GAATTCATTTACATTGCTTTGTGTTGCAATCATCGTGCCTCTAATGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTACATTGCTTTGTGTTGCAATCATCGTGCCTCTAATGTAAC  50

seq1  GCCAAGCAAATGAGCCCCTTTGAATATTGTGCAATCTATCGCAAGTCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCAAATGAGCCCCTTTGAATATTGTGCAATCTATCGCAAGTCAAC  100

seq1  TGGCACAAAACTCACTCAATAAATCATGTTCAAACACATGCCTGTAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACAAAACTCACTCAATAAATCATGTTCAAACACATGCCTGTAATGA  150

seq1  CAGGTAAATCAACAATGAAGTAATTGCATTTAATGTATTGAAATACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAAATCAACAATGAAGTAATTGCATTTAATGTATTGAAATACTGGA  200

seq1  CAAAAAAAACCCAGTGACCTCAAAGTGACTTTTTGTAAAAGGTATGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAAACCCAGTGACCTCAAAGTGACTTTTTGTAAAAGGTATGATAT  250

seq1  AGTTGCAGAGGGAGAGAGCTCTCCTTCCCGGGAGTCTTGCAGTGCTCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGAGGGAGAGAGCTCTCCTTCCCGGGAGTCTTGCAGTGCTCAGA  300

seq1  TGCACACGCCATTGCTGAGGCTGCTGTCCCTGGGCAAGCCCTGATTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACGCCATTGCTGAGGCTGCTGTCCCTGGGCAAGCCCTGATTTACT  350

seq1  GCCTTCACTCCGCAGTGAACACCGGAGCAGGCTGCCAGACACTTCAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCACTCCGCAGTGAACACCGGAGCAGGCTGCCAGACACTTCAAGAA  400

seq1  GGTGTTTGCCAGCATGGATGAGAGAGTCACAAGCTCCAAGCAGCGCAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGCCAGCATGGATGAGAGAGTCACAAGCTCCAAGCAGCGCAACC  450

seq1  TCTCCTCCACCCGGGCTGTCGCCCACTCAGAAAACCTTCTGAAGGGGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCCACCCGGGCTGTCGCCCACTCAGAAAACCTTCTGAAGGGGGCA  500

seq1  GGGAGAGCGCTGTGTCAGGAGCCAGAGGGATGTGGCTCCGCCCTGCTCCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCGCTGTGTCAGGAGCCAGAGGGATGTGGCTCCGCCCTGCTCCG  550

seq1  GGACTCAACTAGATTGCTCTACAGCTTTAGCCAAGCTCTTCCGCCTTTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAACTAGATTGCTCTACAGCTTTAGCCAAGCTCTTCCGCCTTTCG  600

seq1  GCCCTTTATGAAATGAAGCATCTGGATCGTCATGTCTGAAATTCACTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTATGAAATGAAGCATCTGGATCGTCATGTCTGAAATTCACTGCA  650

seq1  ATTCTAACATTCTCTGAAGCTCTGATTCCAATTAGGGCGGGGGGTGGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAACATTCTCTGAAGCTCTGATTCCAATTAGGGCGGGGGGTGGTGT  700

seq1  CTTTGCTTTTAAGCGGAAAATAAAAATAATAAAAGCCTGGGCTCTTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTTTAAGCGGAAAATAAAAATAATAAAAGCCTGGGCTCTTCTTG  750

seq1  CCCCCGAGTGTCGGAGGCACTGGTTTGAATCAGCGTGCATCTCTTCATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCGAGTGTCGGAGGCACTGGTTTGAATCAGCGTGCATCTCTTCATCA  800

seq1  TTGTTTCTGTCGCCGAGGACCTGTGTGCTTCTAATTTCTGTGAAACTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTGTCGCCGAGGACCTGTGTGCTTCTAATTTCTGTGAAACTTGG  850

seq1  GCCCTGCCCCTTTCTGGGCAAGCAGACAAGTCTGAAAATAGGTCCCCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCCCTTTCTGGGCAAGCAGACAAGTCTGAAAATAGGTCCCCAGG  900

seq1  GGTTGTGTGGATGGATAACAGACAACATGGAAATGACAGCCTTCCCTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGTGGATGGATAACAGACAA-ATGGAAATGACAGCCTTCCCTACA  949

seq1  TTCCCCATCCTTTCCACCCCAGCTCCCCTCTTCCCAGGGACCATGTCAAA  1000
      ||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCCCCATCCTTTC--ACCCAGCT-CCCTCTTCCCAGGGA-CATGTCAAA  995

seq1  G-AGAGATGAAGCAGAGCCTCTTCGAAGCCAAAGGCCACTTAAGAAACTT  1049
      | |||||||||||||   ||||||| ||||||||| |||||||| |||||
seq2  GAAGAGATGAAGCAGGAGCTCTTCG-AGCCAAAGG-CACTTAAG-AACTT  1042

seq1  TTCCGCTCTTGTAGAAAACTCA-CTCTTGGCCGAAGGCTGC  1089
      |  |||||||||| ||||| || ||||||  |||| |||||
seq2  T--CGCTCTTGTA-AAAACCCACCTCTTG--CGAA-GCTGC  1077

seq1: chr8_27616028_27617118
seq2: B6Ng01-116M17.g_69_1164 (reverse)

seq1  TCTGAATTA--GTTTCTATCCCCATGGCTGTGACAAAATGTTCCTACGGA  48
      |||||||||   |||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||
seq2  TCTGAATTATGTTTTCTTACCCCATGGCTGTAACAAAATGTT-CTACGGA  49

seq1  AGCAACTTAGTGAGGAAAGGGCTTATTTTA-GTCCACAGTTCAAGGG-CA  96
      ||||||||||||||| |||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||
seq2  AGCAACTTAGTGAGG-AAGGGACTATATTATGTCCACAGTTCAAGGGCCA  98

seq1  GTCTATCATGTCCGGGTGGTCAAGGTGACGGCCGTCAGAAGTGGATAATT  146
      ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCTATCATGTCCGGGT-GTCAA-GTGACGGCCGTCAGAAGTGGAT-ATT  145

seq1  AAATCGAA-CACAGTCAAGAGATACAAGGGGACAGGAACATGCTAGTGTT  195
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAATCGAACCACAGTCAAGAGATACAAGGGGACAGGAACATGATAGTGTT  195

seq1  CC-ACTCATTGTCTGCCATTTACACAGTCCAGGATCCCTGCA-CAGGGAA  243
      || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCAACTCATTGTCTGCCATTTA-ACAGTCCAGGATCCCTGCACCAGGGAA  244

seq1  TGATTCTACCCACTGCTGA-GATGTATCTTCTCATCTCTTAACCCAATC-  291
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGATTCTACCCACTGCTGAGGATGTATCTTCTCATCTCTTAACCCAATCA  294

seq1  AAGAGACCCCTCACAGGTGTGCAT-AAAGGCCTGTCTCCCAGGCAAGTCT  340
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACCCCTCACAGGTGTGCATAAAAGGCCTGTCTCCCAGGCAAGTCT  344

seq1  GTCTTTTGATGACAACAGTGACCATCACTGACAGCATCCATCTCA-TTAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTCTTTTGATGACAACAGTGACCATCACTGACAGCATCCATCTCATTTAG  394

seq1  TAGACATATTTGCCTTCGTTTTAACAAATGATAAAATTATAGGTACACAA  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATATTTGCCTTCGTTTTAACAAATGATAAAATTATAGGTACACAA  444

seq1  AACTATCTCATGGAAGTGACTCGTTTTAATAGTTCTAATATGCAGAATTT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATCTCATGGAAGTGACTCGTTTTAATAGTTCTAATATGCAGAATTT  494

seq1  GAGTGACAGCCTCAGGCTTAGATGCTCCCCCCCACCAAATATCCATTTGC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGACAGCCTCAGGCTTAGATGCTCCCCCCCACCAAATATCCATTTGC  544

seq1  ATTAGGTTAATGCTATGCGTATGCCCTAGCCCCAAGGCCATGTTTTCAAG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTTAATGCTATGCGTATGCCCTAGCCCCAAGGCCATGTTTTCAAG  594

seq1  ATCTTCACTGGGAATGAGCAGGGGCCTTTGGCTCCCACTCTCAGCCAGCC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCACTGGGAATGAGCAGGGGCCTTTGGCTCCCACTCTCAGCCAGCC  644

seq1  AGCAAGCCAGGACAGGAGGGTGTTGTACGAGGTCTATAGCATCATGTCAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCCAGGACAGGAGGGTGTTGTACGAGGTCTATAGCATCATGTCAT  694

seq1  TGGGCGGAGTGCTTGTCCTGACTGAGACTCTACCTCTTATTCCAGAGAAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGGAGTGCTTGTCCTGACTGAGACTCTACCTCTTATTCCAGAGAAT  744

seq1  GTTTGTGACAATGTAGGTGCTCTCCCAGTTCCCCTCTGACGTGGCATCCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGACAATGTAGGTGCTCTCCCAGTTCCCCTCTGACGTGGCATCCA  794

seq1  TGGCTTTGTGACTAATTCAGAACAGGTTCCCCTGGAGTGATGCCTCTTAT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTGTGACTAATTCAGAACAGGTTCCCCTGGAGTGATGCCTCTTAT  844

seq1  TCCTTTAGAAGAATTAGTGTCCAGTGGTATGGCTGAGGCTAATACCAGGA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAGAAGAATTAGTGTCCAGTGGTATGGCTGAGGCTAATACCAGGA  894

seq1  AGCTCAGCAGGGCTGATGTTTGAAAGTCCATAGGGAACCAGGACTGACGC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGCAGGGCTGATGTTTGAAAGTCCATAGGGAACCAGGACTGACGC  944

seq1  CTTGTCTTTCCAGCAGACCAGCAAGCAACAGCTTCCGTGTATTGAACACC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTTTCCAGCAGACCAGCAAGCAACAGCTTCCGTGTATTGAACACC  994

seq1  TACCTACTCTGGACCAGGGGCTGGGAGAGTACTATTCCAACGTGTTACAA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACTCTGGACCAGGGGCTGGGAGAGTACTATTCCAACGTGTTACAA  1044

seq1  AAAGGGAAACTGAAGCTCCGAGAGATGACATGAATCAGCAAGGCCAGAAT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAACTGAAGCTCCGAGAGATGACATGAATCAGCAAGGCCAGAAT  1094

seq1  TC  1091
      ||
seq2  TC  1096