BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116M22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 90,659,556 - 90,789,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHeatr3, Papd5
Upstream geneCbln1, LOC100040294, 4933402J07Rik, Zfp423, LOC100040328, 5033428A16Rik
Downstream geneAdcy7, Brd7, LOC100040369, Nkd1, 9130017C17Rik, Nod2, Cyld, LOC675985, Sall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116M22.bB6Ng01-116M22.g
ACCDH921714DH921715
length1,0961,101
definitionDH921714|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M22, 5' end.DH921715|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,659,556 - 90,660,663)(90,788,539 - 90,789,634)
sequence
gaattcctttgagtgtttgattagaacctggttcttctcccctagaagag
atataattggatatacatgtaaagttggcttgtgtgctctgcaagagtag
ccagtgctgagccatctctccagcctcagaataattatccttttggtttg
tttgtttgcttgctttgttttttcatgactgggtctcattatgtagccct
ggctgctgtcctagagctcactatgtagaccaggctggccttgaactcac
agagatcttcctgcctctccatccagtcagtataagtattaaacatgcac
atctacagtaactttgttagcggcagcctagagctacaatgctctgtaaa
acccacgatgccaggaccaggctatagctattatttctagctcctcgagc
agtccctaaggcatagcaagtaagcactttgacttgagcgagcagataga
cttgcttgaggatgaatgaatcgtgtggagtggactgggcagcagaccat
ttgagagcaacttttcagagctggcagcatttacataatcagcaaagtgg
gaggtaagtgacagtgagagcaacgggctaatgccagactgttctgaaga
cacgcaacgcaacttccctttcagaagtaagtttcttttttgaagcaatc
aaaatggttctcactcctttgatgtttcacaaactttaaagtctgtgaat
agagaagcatctcctttttcatatgatcttggtgaatctggcttagtttt
tcagatgactacataatcacagtggagagcagtgtgagacagggcagtag
catgttgaaggagcagatgctctagagccttattgcacgctgctaataca
gagtctaatgcacctttcctgcacggagctcccaggctagcaggacagca
tatagggatagctttctgtttgcacactttgggaaactctggcactggaa
ctcaaggcctggcacttgctaggcaatcactcgtttgctgagctcattct
gcacacattgatgacagggacattcagagatactgccactcaaatacatg
agggcccatggtgatgtttctgctgggaagcagagatgaggaacta
gaattcctcaccaccagatggcttttggtccccgccccctccccccaatt
tagcctcaaaaaccacacagcagctctggccctgtctacttcaaataact
gggatccagttgttctggtggggagcccttcctccttaccccaaacctga
aatgtaagttcaaagccagcctggtctacatggtgagttctgggacaggc
agagctacaaaacaacaaaaggtggagtgcttttttttgttttgttttgt
ttttttgagacagggtttctctgtatagccctggctgtcctggctgtcct
gaaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaattcgcctgc
ctctacctcccgagtgctgggattaaaggcgtgcaccaccaccgtctccc
gagtgctgggattgacactccacctggtttaaaaggtggagtgttaacag
gcagatggtagaaaatgatcaaagaattggccttcccccctccccagtgt
tgcccaaagcaaggctcctttccttaaaagtggaaaatggcaaagggagt
ggagtgctgttcgggatgactctgctgcactgtgacatttaaggagaaga
accaaaagacaggctggggacttagctcagctgtggcgtgtctgcctact
atgcacaagggcctggctttgattactagcaacaagtttatcgggatgtg
gtggtgcatcccagcattttgaggggcagccaagggaaccaaaaatacaa
gatcatctttggatatataccatgtttgaagctagtctgggctacttaag
atcctggccttacaacacaacacaacaacaacaaacacaaagacagaaac
ttccccaaacaacttttggctaagaaagtaatccctggaagcccgtgtgt
acacacttataatccttgacatgaggaaacaaggcagaaagactagagtt
caaagtcatcctagtgtacatagaagattcttgtggttaaaaaaggggat
tttttactttcttagaaaacttggattctaaggcttggagagttggcctc
agtggttaagcccactgactgtcttctgcatttcagttccagccaccaca
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_90659556_90660663
seq2: B6Ng01-116M22.b_45_1140

seq1  GAATTCCTTTGAGTGTTTGATTAGAACCTGGTTCTTCTCCCCTAGAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGAGTGTTTGATTAGAACCTGGTTCTTCTCCCCTAGAAGAG  50

seq1  ATATAATTGGATATACATGTAAAGTTGGCTTGTGTGCTCTGCAAGAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTGGATATACATGTAAAGTTGGCTTGTGTGCTCTGCAAGAGTAG  100

seq1  CCAGTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCTCAGAATAATTATCCTTTTGGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGCTGAGCCATCTCTCCAGCCTCAGAATAATTATCCTTTTGGTTTG  150

seq1  TTTGTTTGCTTGCTTTGTTTTTTCATGACTGGGTCTCATTATGTAGCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGCTTGCTTTGTTTTTTCATGACTGGGTCTCATTATGTAGCCCT  200

seq1  GGCTGCTGTCCTAGAGCTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGTCCTAGAGCTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAC  250

seq1  AGAGATCTTCCTGCCTCTCCATCCAGTCAGTATAAGTATTAAACATGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCTTCCTGCCTCTCCATCCAGTCAGTATAAGTATTAAACATGCAC  300

seq1  ATCTACAGTAACTTTGTTAGCGGCAGCCTAGAGCTACAATGCTCTGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAGTAACTTTGTTAGCGGCAGCCTAGAGCTACAATGCTCTGTAAA  350

seq1  ACCCACGATGCCAGGACCAGGCTATAGCTATTATTTCTAGCTCCTCGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACGATGCCAGGACCAGGCTATAGCTATTATTTCTAGCTCCTCGAGC  400

seq1  AGTCCCTAAGGCATAGCAAGTAAGCACTTTGACTTGAGCGAGCAGATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTAAGGCATAGCAAGTAAGCACTTTGACTTGAGCGAGCAGATAGA  450

seq1  CTTGCTTGAGGATGAATGAATCGTGTGGAGTGGACTGGGCAGCAGACCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGAGGATGAATGAATCGTGTGGAGTGGACTGGGCAGCAGACCAT  500

seq1  TTGAGAGCAACTTTTCAGAGCTGGCAGCATTTACATAATCAGCAAAGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGCAACTTTTCAGAGCTGGCAGCATTTACATAATCAGCAAAGTGG  550

seq1  GAGGTAAGTGACAGTGAGAGCAACGGGCTAATGCCAGACTGTTCTGAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAAGTGACAGTGAGAGCAACGGGCTAATGCCAGACTGTTCTGAAGA  600

seq1  CACGCAACGCAACTTCCCTTTCAGAAGTAAGTTTCTTTTTTGAAGCAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCAACGCAACTTCCCTTTCAGAAGTAAGTTTCTTTTTTGAAGCAATC  650

seq1  AAAATGGTTCTCACTCCTTTGATGTTTCACAAACTTTAAAGTCTGTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTTCTCACTCCTTTGATGTTTCACAAACTTTAAAGTCTGTGAAT  700

seq1  AGAGAAGCATCTCCTTTTTCATATGATCTTGGTGAATCTGGCTTAGTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGCATCTCCTTTTTCATATGATCTTGGTGAATCTGGCTTAGTTTT  750

seq1  TCAGATGACTACATAATCACAGTGGAGAGCAGTGTGAGACAGGGCAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGACTACATAATCACAGTGGAGAGCAGTGTGAGACAGGGCAGTAG  800

seq1  CAGGTTGAAGGAGCAGATGCTCTAGAGCCTTATTGCACGCTGCTAATACA  850
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGAAGGAGCAGATGCTCTAGAGCCTTATTGCACGCTGCTAATACA  850

seq1  GAGTCTAATGCACCTTTCCTGCACGGAGCTCCCAGGCTAGCAGGGACAGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGTCTAATGCACCTTTCCTGCACGGAGCTCCCAGGCTAGCA-GGACAGC  899

seq1  ATATAGGGATAGCTTTTCTGTTTGCACACTTT-GGAAACTCTGGCACTGG  949
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATATAGGGATAGC-TTTCTGTTTGCACACTTTGGGAAACTCTGGCACTGG  948

seq1  AACTCAGGGCCTGGCACTTGCTAGGCAATCACTCGTTTGCTGAGGCTCAT  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACTCAAGGCCTGGCACTTGCTAGGCAATCACTCGTTTGCTGA-GCTCAT  997

seq1  TCCTGCACACATTTGATGACAGGGACAATTCAGAGATAACTGCCACACAA  1049
      | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |
seq2  T-CTGCACACA-TTGATGACAGGGAC-ATTCAGAGAT-ACTGCCACTC-A  1042

seq1  AATACATGAAGGGCCCATGGTGATGTGTCTGCTGGGACAGCAGGAGAATG  1099
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |||
seq2  AATACATG-AGGGCCCATGGTGATGTTTCTGCTGGGA-AGCA-GAG-ATG  1088

seq1  AGGACACTA  1108
      |||| ||||
seq2  AGGA-ACTA  1096

seq1: chr8_90788539_90789634
seq2: B6Ng01-116M22.g_68_1168 (reverse)

seq1  ATGTGGTTGCTGGGAACTG-AATGCAAGAG-CAGTCAGTGCGCTTAACCA  48
      ||||||| ||| ||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||
seq2  ATGTGGTGGCT-GGAACTGAAATGCAGAAGACAGTCAGTGGGCTTAACCA  49

seq1  CTGA-GCCAACTCTCC-AGCCCTTGAA-CCAAGTTTTCTAAGAAAGTAAA  95
      |||| ||||||||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCCAACTCTCCAAGCCTTAGAATCCAAGTTTTCTAAGAAAGTAAA  99

seq1  AATCCCCTTTTTTTACCCACAAGATCTTTCTATGTACACTAGGATGACTT  145
      ||  ||| ||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCCTTTTTTAACCACAAGAATCTTCTATGTACACTAGGATGACTT  149

seq1  TGAACTCTGGTCTTTCTGCCTTGTTTCCTCATGTC-AGGATTATAAGTGT  194
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGAACTCTAGTCTTTCTGCCTTGTTTCCTCATGTCAAGGATTATAAGTGT  199

seq1  GTACCACACCGGCTTC--AGGATTACTTTCTTAGCC-AAAGTTGTTTTGG  241
      ||| ||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  GTA-CACACGGGCTTCCAGGGATTACTTTCTTAGCCAAAAGTTGTTTGGG  248

seq1  GAAGTTTCTTGTCTTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTAAGG  291
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GAAGTTTC-TGTCTTTG-TGTTTGTTGTTGTTG-TGTTG-TGTTGTAAGG  294

seq1  CCAGGATCTTAAGTAGCCCAGACTAGCTTCAAACATGGTATATATCCAAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCTTAAGTAGCCCAGACTAGCTTCAAACATGGTATATATCCAAA  344

seq1  GATGATCTTGTATTTTTGGTTCCCTTGGCTGCCCCTC-AAATGCTGGGAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GATGATCTTGTATTTTTGGTTCCCTTGGCTGCCCCTCAAAATGCTGGGAT  394

seq1  GCACCACCACATCCCGAT-AACTTGTTGCTAGTAATCAAAGCCAGGCCCT  439
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACCACATCCCGATAAACTTGTTGCTAGTAATCAAAGCCAGGCCCT  444

seq1  TGTGCATAGTAGGCAGACACGCCACAGCTGAGCTAAGTCCCCAGCCTGTC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATAGTAGGCAGACACGCCACAGCTGAGCTAAGTCCCCAGCCTGTC  494

seq1  TTTTGGTTCTTCTCCTTAAATGTCACAGTGCAGCAGAGTCATCCCGAACA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTCTTCTCCTTAAATGTCACAGTGCAGCAGAGTCATCCCGAACA  544

seq1  GCACTCCACTCCCTTTGCCATTTTCCACTTTTAAGGAAAGGAGCCTTGCT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCCACTCCCTTTGCCATTTTCCACTTTTAAGGAAAGGAGCCTTGCT  594

seq1  TTGGGCAACACTGGGGAGGGGGGAAGGCCAATTCTTTGATCATTTTCTAC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCAACACTGGGGAGGGGGGAAGGCCAATTCTTTGATCATTTTCTAC  644

seq1  CATCTGCCTGTTAACACTCCACCTTTTAAACCAGGTGGAGTGTCAATCCC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCCTGTTAACACTCCACCTTTTAAACCAGGTGGAGTGTCAATCCC  694

seq1  AGCACTCGGGAGACGGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCGGGAGACGGTGGTGGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGA  744

seq1  GGTAGAGGCAGGCGAATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGGCAGGCGAATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGT  794

seq1  GAGTTTCAGGACAGCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTCAGGACAGCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCT  844

seq1  CAAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAGCACTCCACCTTTTGTTGTTTTG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAACAAAACAAAACAAAAAAAAGCACTCCACCTTTTGTTGTTTTG  894

seq1  TAGCTCTGCCTGTCCCAGAACTCACCATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAAC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTGCCTGTCCCAGAACTCACCATGTAGACCAGGCTGGCTTTGAAC  944

seq1  TTACATTTCAGGTTTGGGGTAAGGAGGAAGGGCTCCCCACCAGAACAACT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTTCAGGTTTGGGGTAAGGAGGAAGGGCTCCCCACCAGAACAACT  994

seq1  GGATCCCAGTTATTTGAAGTAGACAGGGCCAGAGCTGCTGTGTGGTTTTT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCAGTTATTTGAAGTAGACAGGGCCAGAGCTGCTGTGTGGTTTTT  1044

seq1  GAGGCTAAATTGGGGGGAGGGGGCGGGGACCAAAAGCCATCTGGTGGTGA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTAAATTGGGGGGAGGGGGCGGGGACCAAAAGCCATCTGGTGGTGA  1094

seq1  GGAATTC  1096
      |||||||
seq2  GGAATTC  1101