BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117L05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,644,885 - 12,750,035
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTubgcp3
Upstream gene1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik
Downstream geneAtp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117L05.bB6Ng01-117L05.g
ACCDH922373DH922374
length1,207780
definitionDH922373|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117L05, 5' end.DH922374|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,748,784 - 12,750,035)(12,644,885 - 12,645,663)
sequence
gaattcaacctgagttgcttagatctggtaaggaagtcagcggcacaggc
ttgtctggaggccggtatttttacttgcaaacctataatttcaaggtcaa
tttggggaagggggtgtctatttcccctaattccacaagcttacactgga
agacgcccaggcccaaggcagggttcacgcagagccacattggctcctaa
gaccaggcctccagttacatcatgtttctcagagagacatcagtcacatg
gtgtctctcagttatggccactccagcctcacccccactcactaaaccta
atcacccatgacctactgacatgaagtcagtctctgtcacctgttcagcc
ctgggacataagagggctggactggaatctctttctaaagctttccctcc
aggttcatccttcctggaggaagagaaccacaaatatggctctggtgcca
ggcagagggaccagacgcccttcaacaaatccctcaggactccaagccct
gtcatgtgttggggacagtgacaccacctagctcttggattgttttgaag
agtgaatgaattactcaaggcttagctcaagtgggcacctacccaagcaa
tctcaccactctcgctgagcatggcccttctcctgcccttgttgagggca
agtgctggtctcacctgccttgtctccaggtccagcactccacgttctca
ttagtgccgggatcctgctgcttaaccacgcacaggactctgtactgaga
agcagcttggcagtgtcaccacacaggtccatttccccaactgaccatga
gtccctgacgtccactgggtactgatgcggatctcgtttccctgcccttt
gtgctggccactgcacacagaggcagagggtgaggcttaggggcagggat
agccccagctgccatctctgctccttacatactcagattgtgattccaaa
agaaactgggccaaagcagagatagagcatcagagtgggaacacagcatt
tgggaagagagagagctagcttctcttaccctggctgagcctttgaaaga
gtgctcaaagtctggggaggcactgggagacagtaagtagcactagtctc
atcagctgcgaagaaggacagacctacactgcagttctcaatatggttcg
tagttgaaccaagaatcatggtcgtgcatggaacaaagatctcagggtga
tgcagtt
gaattctaaattttgcttcctagtattaactgggggctttccacatctac
agtcctaagagaagtggtcacacatttgtctcgtgtgctactacaatgac
ctcataagatgaacttaaatgttccttcctgttgtactttgttaagtttg
agaaggcttggtggcgactctgtagctgtctggttagaactatctcacca
cggccttgcctcacaaattatcttaactgctgacagatccactgacctgc
cggaggcctcagcacggccctgcttcttcatgaatctgcaggctgggaac
tctcacggtttacttaacaggaacctctctcttttttctccatttctgca
agacactctcaatggtggcagaattcccagtggtgttacgctaagcaccc
accacctgctggccttctcgtgaaagggcagttgctgaagttctcatctg
ctgctgtgggactttccccgactttggctctctgcagttctgctaggaca
tgtctccttgtacttgctaaagcagcacaagaaaggaaggagctagagaa
agcacccaaggagctgaaggggtccgcaaccctataggtggaacaacaat
atgaaccaaccagtacccccagagcttgtgtctctagctgcatatggagc
agaagatggcctagtcggccatcattgggaagagaggccccttgctcttt
caaactttatatgccccagtacaggggaccgccagggccaggaagcatga
gtgggtgggttggggagcagggtgggggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12748784_12750035
seq2: B6Ng01-117L05.b_44_1250 (reverse)

seq1  AACTGCATCACCCTGAGGATCTTTTGGCTTCCAATGCACAGACCCATGGA  50
      |||||||||||||||| |||||||    |||| |||||| || |||||  
seq2  AACTGCATCACCCTGA-GATCTTT---GTTCC-ATGCAC-GA-CCATGAT  43

seq1  TCTCTGTGTTCCAACCCTACAGGAACCCATTATGTTGAAAGGAAACCTGC  100
      |||   || | |||  ||||  |||||    || ||||   |||  ||||
seq2  TCT---TGGTTCAA--CTAC--GAACC----ATATTGA---GAA--CTGC  77

seq1  AGTGTAGGGTCCTTGGTCCCTTCTTCTGCAAGGCCTTTGAATTGAGACTA  150
      ||||||||    |  || |||||||| |||  ||   |||  ||||||||
seq2  AGTGTAGG----TCTGT-CCTTCTTC-GCA--GC---TGA--TGAGACTA  114

seq1  GTGCTAACTTACTGTCCTTCCCAGTGCCTTCCCCCAGACTCTGAGCCACT  200
      ||||| ||||||||||  |||||||||||  ||||||||| |||| ||||
seq2  GTGCT-ACTTACTGTC--TCCCAGTGCCT--CCCCAGACTTTGAG-CACT  158

seq1  CTTTCAAAGGCTCAAGCCAGGGTAAGAGAAGGCTAGCTCTCTCTCTTCCC  250
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAAAGGCTC-AGCCAGGGTAAGAGAA-GCTAGCTCTCTCTCTTCCC  206

seq1  AAATGCTGTGTTCCCACTCTGATGCTCTATCTCTGCTTTGGCCCAGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTGTGTTCCCACTCTGATGCTCTATCTCTGCTTTGGCCCAGTTTC  256

seq1  TTTTGGAATCACAATCTGAGTATTGTAAGGAGCAGAGATGGCAGCTGGGG  350
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAATCACAATCTGAGTA-TGTAAGGAGCAGAGATGGCAGCTGGGG  305

seq1  CTATCCCTGCCCCTAAGCCTCACCCTCTGCCTCTGTGTGCAGTGGCCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCTGCCCCTAAGCCTCACCCTCTGCCTCTGTGTGCAGTGGCCAGC  355

seq1  ACAAAGGGCAGGGAAACGAGATCCGCATCAGTACCCAGTGGACGTCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGCAGGGAAACGAGATCCGCATCAGTACCCAGTGGACGTCAGGG  405

seq1  ACTCATGGTCAGTTGGGGAAATGGACCTGTGTGGTGACACTGCCAAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGTCAGTTGGGGAAATGGACCTGTGTGGTGACACTGCCAAGCTG  455

seq1  CTTCTCAGTACAGAGTCCTGTGCGTGGTTAAGCAGCAGGATCCCGGCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGTACAGAGTCCTGTGCGTGGTTAAGCAGCAGGATCCCGGCACT  505

seq1  AATGAGAACGTGGAGTGCTGGACCTGGAGACAAGGCAGGTGAGACCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAACGTGGAGTGCTGGACCTGGAGACAAGGCAGGTGAGACCAGCA  555

seq1  CTTGCCCTCAACAAGGGCAGGAGAAGGGCCATGCTCAGCGAGAGTGGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCTCAACAAGGGCAGGAGAAGGGCCATGCTCAGCGAGAGTGGTGA  605

seq1  GATTGCTTGGGTAGGTGCCCACTTGAGCTAAGCCTTGAGTAATTCATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTTGGGTAGGTGCCCACTTGAGCTAAGCCTTGAGTAATTCATTCA  655

seq1  CTCTTCAAAACAATCCAAGAGCTAGGTGGTGTCACTGTCCCCAACACATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAAAACAATCCAAGAGCTAGGTGGTGTCACTGTCCCCAACACATG  705

seq1  ACAGGGCTTGGAGTCCTGAGGGATTTGTTGAAGGGCGTCTGGTCCCTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTTGGAGTCCTGAGGGATTTGTTGAAGGGCGTCTGGTCCCTCTG  755

seq1  CCTGGCACCAGAGCCATATTTGTGGTTCTCTTCCTCCAGGAAGGATGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCACCAGAGCCATATTTGTGGTTCTCTTCCTCCAGGAAGGATGAAC  805

seq1  CTGGAGGGAAAGCTTTAGAAAGAGATTCCAGTCCAGCCCTCTTATGTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGGAAAGCTTTAGAAAGAGATTCCAGTCCAGCCCTCTTATGTCCC  855

seq1  AGGGCTGAACAGGTGACAGAGACTGACTTCATGTCAGTAGGTCATGGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGAACAGGTGACAGAGACTGACTTCATGTCAGTAGGTCATGGGTG  905

seq1  ATTAGGTTTAGTGAGTGGGGGTGAGGCTGGAGTGGCCATAACTGAGAGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGTTTAGTGAGTGGGGGTGAGGCTGGAGTGGCCATAACTGAGAGAC  955

seq1  ACCATGTGACTGATGTCTCTCTGAGAAACATGATGTAACTGGAGGCCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGACTGATGTCTCTCTGAGAAACATGATGTAACTGGAGGCCTGG  1005

seq1  TCTTAGGAGCCAATGTGGCTCTGCGTGAACCCTGCCTTGGGCCTGGGCGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAGCCAATGTGGCTCTGCGTGAACCCTGCCTTGGGCCTGGGCGT  1055

seq1  CTTCCAGTGTAAGCTTGTGGAATTAGGGGAAATAGACACCCCCTTCCCCA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTGTAAGCTTGTGGAATTAGGGGAAATAGACACCCCCTTCCCCA  1105

seq1  AATTGACCTTGAAATTATAGGTTTGCAAGTAAAAATACCGGCCTCCAGAC  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACCTTGAAATTATAGGTTTGCAAGTAAAAATACCGGCCTCCAGAC  1155

seq1  AAGCCTGTGCCGCTGACTTCCTTACCAGATCTAAGCAACTCAGGTTGAAT  1250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTGCCGCTGACTTCCTTACCAGATCTAAGCAACTCAGGTTGAAT  1205

seq1  TC  1252
      ||
seq2  TC  1207

seq1: chr8_12644885_12645663
seq2: B6Ng01-117L05.g_67_845

seq1  GAATTCTAAATTTTGCTTCCTAGTATTAACTGGGGGCTTTCCACATCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAATTTTGCTTCCTAGTATTAACTGGGGGCTTTCCACATCTAC  50

seq1  AGTCCTAAGAGAAGTGGTCACACATTTGTCTCGTGTGCTACTACAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAAGAGAAGTGGTCACACATTTGTCTCGTGTGCTACTACAATGAC  100

seq1  CTCATAAGATGAACTTAAATGTTCCTTCCTGTTGTACTTTGTTAAGTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAAGATGAACTTAAATGTTCCTTCCTGTTGTACTTTGTTAAGTTTG  150

seq1  AGAAGGCTTGGTGGCGACTCTGTAGCTGTCTGGTTAGAACTATCTCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCTTGGTGGCGACTCTGTAGCTGTCTGGTTAGAACTATCTCACCA  200

seq1  CGGCCTTGCCTCACAAATTATCTTAACTGCTGACAGATCCACTGACCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTTGCCTCACAAATTATCTTAACTGCTGACAGATCCACTGACCTGC  250

seq1  CGGAGGCCTCAGCACGGCCCTGCTTCTTCATGAATCTGCAGGCTGGGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGCCTCAGCACGGCCCTGCTTCTTCATGAATCTGCAGGCTGGGAAC  300

seq1  TCTCACGGTTTACTTAACAGGAACCTCTCTCTTTTTTCTCCATTTCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACGGTTTACTTAACAGGAACCTCTCTCTTTTTTCTCCATTTCTGCA  350

seq1  AGACACTCTCAATGGTGGCAGAATTCCCAGTGGTGTTACGCTAAGCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTCTCAATGGTGGCAGAATTCCCAGTGGTGTTACGCTAAGCACCC  400

seq1  ACCACCTGCTGGCCTTCTCGTGAAAGGGCAGTTGCTGAAGTTCTCATCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTGCTGGCCTTCTCGTGAAAGGGCAGTTGCTGAAGTTCTCATCTG  450

seq1  CTGCTGTGGGACTTTCCCCGACTTTGGCTCTCTGCAGTTCTGCTAGGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGGGACTTTCCCCGACTTTGGCTCTCTGCAGTTCTGCTAGGACA  500

seq1  TGTCTCCTTGTACTTGCTAAAGCAGCACAAGAAAGGAAGGAGCTAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCTTGTACTTGCTAAAGCAGCACAAGAAAGGAAGGAGCTAGAGAA  550

seq1  AGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCCGCAACCCTATAGGTGGAACAACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCCGCAACCCTATAGGTGGAACAACAAT  600

seq1  ATGAACCAACCAGTACCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCAACCAGTACCCCCAGAGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGGAGC  650

seq1  AGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGCTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGCTCTTT  700

seq1  CAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGACCGCCAGGGCCAGGAAGCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGACCGCCAGGGCCAGGAAGCATGA  750

seq1  GTGGGTGGGTTGGGGAGCAGGGTGGGGGA  779
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGGTTGGGGAGCAGGGTGGGGGA  779