BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119C09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 80,836,965 - 81,007,763
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc29, Pou4f2
Upstream geneArhgap10, LOC100039235, AI931714, Tmem34, Ednra, EG622803
Downstream geneLOC100039422, Rbmxrt, Slc10a7, LOC100039466, Lsm6, EG666340, EG666346, D630040G17Rik, 1700011L22Rik, Mmaa, A630049P17, Smad1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119C09.bB6Ng01-119C09.g
ACCDH923439DH923440
length1,184805
definitionDH923439|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119C09, 5' end.DH923440|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,836,965 - 80,838,150)(81,006,959 - 81,007,763)
sequence
gaattctcctggcctgcatgttggaatatgggacaggtatggaagagcaa
agcagttgctgggtattatatctgtagctccaactattcaagaggccaag
gaagggttgattgagcccagggtatggggccagcttggaaatggagtaag
attccatcttacaaaaagagagagagggagcatgagcaagagataggagg
acactcaggttagtgttcacctgggagacaatatccatcacaatgaagaa
gccacaggataactgggaacatgagagagtttcgctgtgcaagcccagct
catgccctggagaaacctgcctcaggtcactgctgattcatgtagttaca
ttgggccaaagtctgcactaatgcatagatgctctcagtgttgaaaacaa
gtcaccattataagattttgtaagctttaaaataatgtcagggccaggat
gacagtttttatggaaagaaagcaatgaactattttgggtataaaatatt
ttaataattagctttcaatttaaggttttaaaatgtcacctaaaaatatg
tggaccaaaataaagtcctacaaagtctcttcctaggtatttttatatac
caactcaacaaggtttcttacaaatttaaaaaattcagtggttccatctc
atacctcagagcagcttcagtgagggcacctcaggttaagccagagaact
gtcggctgtggggcggaatgaaaagggtatcctcaggtttctacggagct
ccattaacaggcctaaaaacaaggatgaagggtaatgagcacgccttgta
tatttttaaattgctaagggagggctatcgaagcagctccataggtgaag
tgcttaccgtgcaagcgtgagaacctgagtttagacctctagcacccaca
cacacaccagatgtggtagtgtgcatctttaagtgcaacatctctgcagc
aagatgagaggcagcaagttctaaggaaggcatggtgcaaactctctctt
tacacagcgagaatcacgtggacgagagctctgagaacctgcagctggtc
tcctggcttcatacacgtgccatgggtgcgtggggtgtcacatgaacaca
catacatacccccacccaagcaaaatgataaaaccataatattgcattcg
ttttccttgatttttttaacattattaccataaa
gaattctgggataggtgaccttgatcttaatctcttgggtccatctctat
ggacattccagaaccattactggggggtggaaactattgctgaagaagtc
tggaagtttctgttgacccattgtccttgcctcaggccaggtagcaggac
agcttctgatgacagagcagtttctgactagctgccttgaagcttgggtt
tttttctagtaactgacttgcccagttcttaggcctaaacttctaaactg
ccaatttgaagcctgtcattgggtcagccttgccttttcatctgctctgt
aacaacaaagtactttcgaatttcaaaggtttccaggaccatagtattga
cacattccttgctcttctgcctctagctactgaggtcaatcataaaacag
gacatcacttttcaagtgggtctctggcatctctgtgaccaccaccatgc
cttctgtatcatattttttgaccagttaactcagttaaagccaagtcgca
ggtgcttaacttacagtgagtcagcagctcttggcctattggactatatg
gtgctttgaattagagtggcccccaaaggctcataaacttgaatgcttat
tcaacagggagtagaactctttgataggattagaaggattaggaggttaa
gaggtgtgacctttttggaagaagtgtgtctctagggtggactttgaggt
tttcaaaaacccacacccccaggccagtgtttttctctgcctctgcctcc
tctctctccctgtcccccttcctcccttccttcctccctccctcccttcc
tccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_80836965_80838150
seq2: B6Ng01-119C09.b_45_1228

seq1  GAATTCTCCTGGCCTGCATGTTGGAATATGGGACAGGTATGGAAGAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGGCCTGCATGTTGGAATATGGGACAGGTATGGAAGAGCAA  50

seq1  AGCAGTTGCTGGGTATTATATCTGTAGCTCCAACTATTCAAGAGGCCAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTGCTGGGTATTATATCTGTAGCTCCAACTATTCAAGAGGCCAAG  100

seq1  GAAGGGTTGATTGAGCCCAGGGTATGGGGCCAGCTTGGAAATGGAGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTTGATTGAGCCCAGGGTATGGGGCCAGCTTGGAAATGGAGTAAG  150

seq1  ATTCCATCTTACAAAAAGAGAGAGAGGGAGCATGAGCAAGAGATAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATCTTACAAAAAGAGAGAGAGGGAGCATGAGCAAGAGATAGGAGG  200

seq1  ACACTCAGGTTAGTGTTCACCTGGGAGACAATATCCATCACAATGAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCAGGTTAGTGTTCACCTGGGAGACAATATCCATCACAATGAAGAA  250

seq1  GCCACAGGATAACTGGGAACATGAGAGAGTTTCGCTGTGCAAGCCCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGGATAACTGGGAACATGAGAGAGTTTCGCTGTGCAAGCCCAGCT  300

seq1  CATGCCCTGGAGAAACCTGCCTCAGGTCACTGCTGATTCATGTAGTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCTGGAGAAACCTGCCTCAGGTCACTGCTGATTCATGTAGTTACA  350

seq1  TTGGGCCAAAGTCTGCACTAATGCATAGATGCTCTCAGTGTTGAAAACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCAAAGTCTGCACTAATGCATAGATGCTCTCAGTGTTGAAAACAA  400

seq1  GTCACCATTATAAGATTTTGTAAGCTTTAAAATAATGTCAGGGCCAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCATTATAAGATTTTGTAAGCTTTAAAATAATGTCAGGGCCAGGAT  450

seq1  GACAGTTTTTATGGAAAGAAAGCAATGAACTATTTTGGGTATAAAATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTTTTATGGAAAGAAAGCAATGAACTATTTTGGGTATAAAATATT  500

seq1  TTAATAATTAGCTTTCAATTTAAGGTTTTAAAATGTCACCTAAAAATATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATTAGCTTTCAATTTAAGGTTTTAAAATGTCACCTAAAAATATG  550

seq1  TGGACCAAAATAAAGTCCTACAAAGTCTCTTCCTAGGTATTTTTATATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCAAAATAAAGTCCTACAAAGTCTCTTCCTAGGTATTTTTATATAC  600

seq1  CAACTCAACAAGGTTTCTTACAAATTTAAAAAATTCAGTGGTTCCATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAACAAGGTTTCTTACAAATTTAAAAAATTCAGTGGTTCCATCTC  650

seq1  ATACCTCAGAGCAGCTTCAGTGAGGGCACCTCAGGTTAAGCCAGAGAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCAGAGCAGCTTCAGTGAGGGCACCTCAGGTTAAGCCAGAGAACT  700

seq1  GTCGGCTGTGGGGCGGAATGAAAAGGGTATCCTCAGGTTTCTACGGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCTGTGGGGCGGAATGAAAAGGGTATCCTCAGGTTTCTACGGAGCT  750

seq1  CCATTAACAGGCCTAAAAACAAGGATGAAGGGTAATGAGCACGCCTTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAACAGGCCTAAAAACAAGGATGAAGGGTAATGAGCACGCCTTGTA  800

seq1  TATTTTTAAATTGCTAAGGGAGGGCTATCGAAGCAGCTCCATAGGTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAAATTGCTAAGGGAGGGCTATCGAAGCAGCTCCATAGGTGAAG  850

seq1  TGCTTACCGTGCAAGCGTGAGAACCTGAGTTTAGACCTCTAGCACCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACCGTGCAAGCGTGAGAACCTGAGTTTAGACCTCTAGCACCCACA  900

seq1  CACACACCAGATGTGGTAGTGTGCATCTTTAAGTGCAACATCTCTGCAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCAGATGTGGTAGTGTGCATCTTTAAGTGCAACATCTCTGCAGC  950

seq1  AAGATGAGAGGCAGCAAG-TCCAAGGAAGGCATGGTGCAAACTCTCTCTT  999
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGAGGCAGCAAGTTCTAAGGAAGGCATGGTGCAAACTCTCTCTT  1000

seq1  TACACAGCGAGAATCACGTGGACGGAGAGCTCTGAG-ACCTGCAGCTGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TACACAGCGAGAATCACGTGGAC-GAGAGCTCTGAGAACCTGCAGCTGGT  1049

seq1  CTCTGGCCTTCATACACGTGCCAT-GGTGCGT-GTGTGTCCACATGAACA  1096
      |||  | ||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||
seq2  CTCCTGGCTTCATACACGTGCCATGGGTGCGTGGGGTGT-CACATGAACA  1098

seq1  CACATACATACACACACAAAGGCAAAAATGATAAAAACATAATATATGCA  1146
      ||||||||||| | |||  | || |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  CACATACATACCCCCACCCAAGC-AAAATGATAAAACCATAATAT-TGCA  1146

seq1  TTCTTTTTTCTTGTTTTTTTTTTAACATTATTACCATAAA  1186
      ||| |||| ||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTTCCTTG--ATTTTTTTAACATTATTACCATAAA  1184

seq1: chr8_81006959_81007763
seq2: B6Ng01-119C09.g_70_874 (reverse)

seq1  AGGGAGGAAGGGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGGAGGAAGGGGGACAGGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGAAGGGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGGAGGAAGGGGGACAGGGAG  50

seq1  AGAGAGGAGGCAGAGGCAGAGAAAAACACTGGCCTGGGGGTGTGGGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGAGGCAGAGGCAGAGAAAAACACTGGCCTGGGGGTGTGGGTTTT  100

seq1  TGAAAACCTCAAAGTCCACCCTAGAGACACACTTCTTCCAAAAAGGTCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACCTCAAAGTCCACCCTAGAGACACACTTCTTCCAAAAAGGTCAC  150

seq1  ACCTCTTAACCTCCTAATCCTTCTAATCCTATCAAAGAGTTCTACTCCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTTAACCTCCTAATCCTTCTAATCCTATCAAAGAGTTCTACTCCCT  200

seq1  GTTGAATAAGCATTCAAGTTTATGAGCCTTTGGGGGCCACTCTAATTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATAAGCATTCAAGTTTATGAGCCTTTGGGGGCCACTCTAATTCAA  250

seq1  AGCACCATATAGTCCAATAGGCCAAGAGCTGCTGACTCACTGTAAGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATATAGTCCAATAGGCCAAGAGCTGCTGACTCACTGTAAGTTAA  300

seq1  GCACCTGCGACTTGGCTTTAACTGAGTTAACTGGTCAAAAAATATGATAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGCGACTTGGCTTTAACTGAGTTAACTGGTCAAAAAATATGATAC  350

seq1  AGAAGGCATGGTGGTGGTCACAGAGATGCCAGAGACCCACTTGAAAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCATGGTGGTGGTCACAGAGATGCCAGAGACCCACTTGAAAAGTG  400

seq1  ATGTCCTGTTTTATGATTGACCTCAGTAGCTAGAGGCAGAAGAGCAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTGTTTTATGATTGACCTCAGTAGCTAGAGGCAGAAGAGCAAGGA  450

seq1  ATGTGTCAATACTATGGTCCTGGAAACCTTTGAAATTCGAAAGTACTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCAATACTATGGTCCTGGAAACCTTTGAAATTCGAAAGTACTTTG  500

seq1  TTGTTACAGAGCAGATGAAAAGGCAAGGCTGACCCAATGACAGGCTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACAGAGCAGATGAAAAGGCAAGGCTGACCCAATGACAGGCTTCAA  550

seq1  ATTGGCAGTTTAGAAGTTTAGGCCTAAGAACTGGGCAAGTCAGTTACTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAGTTTAGAAGTTTAGGCCTAAGAACTGGGCAAGTCAGTTACTAG  600

seq1  AAAAAAACCCAAGCTTCAAGGCAGCTAGTCAGAAACTGCTCTGTCATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCCAAGCTTCAAGGCAGCTAGTCAGAAACTGCTCTGTCATCAG  650

seq1  AAGCTGTCCTGCTACCTGGCCTGAGGCAAGGACAATGGGTCAACAGAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTCCTGCTACCTGGCCTGAGGCAAGGACAATGGGTCAACAGAAAC  700

seq1  TTCCAGACTTCTTCAGCAATAGTTTCCACCCCCCAGTAATGGTTCTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGACTTCTTCAGCAATAGTTTCCACCCCCCAGTAATGGTTCTGGAA  750

seq1  TGTCCATAGAGATGGACCCAAGAGATTAAGATCAAGGTCACCTATCCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATAGAGATGGACCCAAGAGATTAAGATCAAGGTCACCTATCCCAG  800

seq1  AATTC  805
      |||||
seq2  AATTC  805