BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122B04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 80,140,598 - 80,309,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEdnra
Upstream geneLOC100039211, LOC384847, Nr3c2, Arhgap10, LOC100039235, AI931714, Tmem34
Downstream geneEG622803, Ttc29, Pou4f2, LOC100039422, Rbmxrt, Slc10a7, LOC100039466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122B04.bB6Ng01-122B04.g
ACCDH925596DH925597
length1,1681,136
definitionDH925596|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122B04, 5' end.DH925597|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,140,598 - 80,141,765)(80,308,175 - 80,309,310)
sequence
gaattcattttatttctgctgtgtgtgggtgtgttgtctgcatgaatgta
catgcatggcgtgtgtgcctgctgctcatggaggacagacagggacatca
gagtccctggaactagagttatgagtggttgtgagctgctgtgtggttac
caggagctaaacccaggttctctggaaaagcagccagcactctgctcttt
tctgccatttcctcagccctacaggaaagaatttagagacttggaagaga
ggggcacaggtgtggactttccccaaatggtgccagggaaaagcattagt
aaagtcaatgcccctgtgtccacactgcttcagtggccatttcctgtcat
tgcagctactactgaagagggaaaacacagaaacaagtagcaacatttcc
tggcccaaagtatccagaggggcagtggatacagatgtaaaagttagcct
gatacaaaaggacccaacttcaggatggaaagtgagcaaggaataccaat
tgttggctgaagattgaagggtgtgaggtttggccttatgtgcaagctgg
agtggtttgagtgatgaatgtctcccaaaagcttgagtgtcgaaaggctt
ggtctctaggatggtgggaagtggacataggttcttaggtctgggcccct
tcctctgtcttttgcttcttggccatgagatcaactgttttctgtgcact
gtgcatcctgctgtagttgaccagtgcccaaggttctaaaatttatgggt
ctacacaatcagccttataatatgtgagctaaaatattaaacttgaaaac
cagagtgaattgcatctctgtctgtctctctgtctctgtctctctgtctc
tctctgtttctctctgtctctctctctctccccccccctctctcacacac
aaacacatcagttggaggatagaggaccaacttgagcaatgtggcaaagt
tgattgcttgctcctccctcctcagacagcaataaccagaatcatctttt
aaaaagtgaagccatattaaccttaaaggagatttgagaaatattatcaa
aggtaacagtcatcctcaggcttgtccagaaacattatcagattaaagag
aaaatagtcacaccttaatgtttatggcccaaataattgttttgaatgaa
actattgccacataatcc
gaattccatatttgccagagacatgaccgcccacaagactgaagcagatg
ctttctgacatctaacaggacaaactaacaaccttcgaacaaaacttctt
aactgtctgtgatagcctatttacacttgaaatatcttaaacaataataa
tattgcatcattatttattaattagaacagttacatgttatcactgtatt
tcataattatctggatattgctgcattaaaagtgagttctaagatgctgt
atacagccatctcacaaacatatccacagattcaggtaactaacagagag
acctaatagtgtctaaaacagcacagaacacactagttccaattcacttt
ttgattttttttttgtttggttttggctttggttttggtttctgcgaaaa
gggagtttctacctaggcaatgctggttcttaactcatgctttgcacttc
tctgcttgcccaggatggtcctgaactcctgttttccactcctctactat
cccaggctggactcgaactcatgatttctggtcctcagctgactctgtgc
tagaatgtcaggcaagttctaacaatctcaggatctcatttagtttttaa
taacgctctcaatcaactgccccatcacacacttgatgatttattttatt
ttataatgtttagtgtgctgtaaacataatctagtgtttagtgaaggtca
aaaggcacttgattagttcttaaacataatcaaaatttgctagtatcaaa
aatatctctgtaggaactggtgagatcactgtgctcaagagaacaaaccg
ctctttcagagaacctgaacttagttcccaccacccagatggcttggctc
acaactgccaataactccagctccaggagacttgatgtgctcattcggtc
tcgtgtgtgctccatacacataatttaaaatatttgcctattagactttt
cattatacatttgggattatatgacataacatttttaactggtttttctg
gttgataaatctttacacattattcatgataacatgggattattcttaga
atctaccaattttattatgggaaatatttaaagcgttgtcttcttctctt
cctcctcttctcttcatcttcttcttcttctctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_80140598_80141765
seq2: B6Ng01-122B04.b_47_1214

seq1  GAATTCATTTTATTTCTGCTGTGTGTGGGTGTGTTGTCTGCATGAATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTATTTCTGCTGTGTGTGGGTGTGTTGTCTGCATGAATGTA  50

seq1  CATGCATGGCGTGTGTGCCTGCTGCTCATGGAGGACAGACAGGGACATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGGCGTGTGTGCCTGCTGCTCATGGAGGACAGACAGGGACATCA  100

seq1  GAGTCCCTGGAACTAGAGTTATGAGTGGTTGTGAGCTGCTGTGTGGTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCTGGAACTAGAGTTATGAGTGGTTGTGAGCTGCTGTGTGGTTAC  150

seq1  CAGGAGCTAAACCCAGGTTCTCTGGAAAAGCAGCCAGCACTCTGCTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCTAAACCCAGGTTCTCTGGAAAAGCAGCCAGCACTCTGCTCTTT  200

seq1  TCTGCCATTTCCTCAGCCCTACAGGAAAGAATTTAGAGACTTGGAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATTTCCTCAGCCCTACAGGAAAGAATTTAGAGACTTGGAAGAGA  250

seq1  GGGGCACAGGTGTGGACTTTCCCCAAATGGTGCCAGGGAAAAGCATTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACAGGTGTGGACTTTCCCCAAATGGTGCCAGGGAAAAGCATTAGT  300

seq1  AAAGTCAATGCCCCTGTGTCCACACTGCTTCAGTGGCCATTTCCTGTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAATGCCCCTGTGTCCACACTGCTTCAGTGGCCATTTCCTGTCAT  350

seq1  TGCAGCTACTACTGAAGAGGGAAAACACAGAAACAAGTAGCAACATTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTACTACTGAAGAGGGAAAACACAGAAACAAGTAGCAACATTTCC  400

seq1  TGGCCCAAAGTATCCAGAGGGGCAGTGGATACAGATGTAAAAGTTAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAAAGTATCCAGAGGGGCAGTGGATACAGATGTAAAAGTTAGCCT  450

seq1  GATACAAAAGGACCCAACTTCAGGATGGAAAGTGAGCAAGGAATACCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAAAGGACCCAACTTCAGGATGGAAAGTGAGCAAGGAATACCAAT  500

seq1  TGTTGGCTGAAGATTGAAGGGTGTGAGGTTTGGCCTTATGTGCAAGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTGAAGATTGAAGGGTGTGAGGTTTGGCCTTATGTGCAAGCTGG  550

seq1  AGTGGTTTGAGTGATGAATGTCTCCCAAAAGCTTGAGTGTCGAAAGGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTGAGTGATGAATGTCTCCCAAAAGCTTGAGTGTCGAAAGGCTT  600

seq1  GGTCTCTAGGATGGTGGGAAGTGGACATAGGTTCTTAGGTCTGGGCCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTAGGATGGTGGGAAGTGGACATAGGTTCTTAGGTCTGGGCCCCT  650

seq1  TCCTCTGTCTTTTGCTTCTTGGCCATGAGATCAACTGTTTTCTGTGCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGTCTTTTGCTTCTTGGCCATGAGATCAACTGTTTTCTGTGCACT  700

seq1  GTGCATCCTGCTGTAGTTGACCAGTGCCCAAGGTTCTAAAATTTATGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATCCTGCTGTAGTTGACCAGTGCCCAAGGTTCTAAAATTTATGGGT  750

seq1  CTACACAATCAGCCTTATAATATGTGAGCTAAAATATTAAACTTGAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAATCAGCCTTATAATATGTGAGCTAAAATATTAAACTTGAAAAC  800

seq1  CAGAGTGAATTGCATCTCTGTCTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGAATTGCATCTCTGTCTGTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTGTCTC  850

seq1  TCTCTGTTTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCTCACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCCCCCCCCCTCTCTCACACAC  900

seq1  AAACACATCAGTTGGAGGATAGAGGACCAACTTGAGCCAATGTGGCAAAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAACACATCAGTTGGAGGATAGAGGACCAACTTGAG-CAATGTGGCAAAG  949

seq1  TTGATTGCTTGCTCTCCCCTCCTCAAGACAGCAATAAACCAGAATCATCT  1000
      ||||||||||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGATTGCTTGCTCCTCCCTCCTC-AGACAGCAAT-AACCAGAATCATCT  997

seq1  TTAAAAAAGTGAGGCCATA-TAACCTTAAAGGAGATTTGAGAAATATTAT  1049
      || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGTGAAGCCATATTAACCTTAAAGGAGATTTGAGAAATATTAT  1047

seq1  CAAAGGT-ACAGTCA-CCTCAGGCTTGTCAAGGAAACATTATCAGGATAA  1097
      ||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||  |||
seq2  CAAAGGTAACAGTCATCCTCAGGCTTGTCCA-GAAACATTATCAGATTAA  1096

seq1  AGAG-AAATAGTCACA-CTTAGTGTTATTG--TCAAATAATTGTTTTTGA  1143
      |||| ||||||||||| |||| ||||  ||   |||||||||| ||||||
seq2  AGAGAAAATAGTCACACCTTAATGTTTATGGCCCAAATAATTG-TTTTGA  1145

seq1  ATGAACACTAATTGCCACATAATCC  1168
      ||||| ||| |||||||||||||||
seq2  ATGAA-ACT-ATTGCCACATAATCC  1168

seq1: chr8_80308175_80309310
seq2: B6Ng01-122B04.g_67_1202 (reverse)

seq1  AAGA-AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA--AGAAGAAGAA  47
      |||| ||||||||||||||| |||| |||||| || ||  ||||||||| 
seq2  AAGAGAGAAGAAGAAGAAGATGAAG-AGAAGAGGAGGAAGAGAAGAAGAC  49

seq1  AAGGTTTTAAATATTT-CCATAATAAATATGGTAAGGATCTAAGATAAAT  96
      || | ||||||||||| ||||||||||  |||| ||  |||||||  |||
seq2  AACGCTTTAAATATTTCCCATAATAAAATTGGT-AGATTCTAAGAATAAT  98

seq1  CCCATGTTATACATG-ATAATGTGTAAAGATTTATCAACCAGAAAAAACA  145
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  CCCATGTTAT-CATGAATAATGTGTAAAGATTTATCAACCAG-AAAAACC  146

seq1  AGTTAAAAATGTTATGTCATATAAT-CCAAATGTATAATGAAAAGTCTAA  194
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAAATGTTATGTCATATAATCCCAAATGTATAATGAAAAGTCTAA  196

seq1  TAGGCAAATATTTTTAAATTATGTGTATGGAGCACACACGGAGACCGAAT  244
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAGGCAAATA-TTTTAAATTATGTGTATGGAGCACACAC-GAGACCGAAT  244

seq1  GAGCACATCAAGTCTCCTGGAGCTGGAGTTATTGGCAGTTGTGAGCCAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACATCAAGTCTCCTGGAGCTGGAGTTATTGGCAGTTGTGAGCCAAG  294

seq1  CCATCTGGGTGGTGGGAACTAAGTTCAGGTTCTCTGAAAGAGCGGTTTGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGGTGGTGGGAACTAAGTTCAGGTTCTCTGAAAGAGCGGTTTGT  344

seq1  TCTCTTGAGCACAGTGATCTCACCAGTTCCTACAGAGATATTTTTGATAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGAGCACAGTGATCTCACCAGTTCCTACAGAGATATTTTTGATAC  394

seq1  TAGCAAATTTTGATTATGTTTAAGAACTAATCAAGTGCCTTTTGACCTTC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAATTTTGATTATGTTTAAGAACTAATCAAGTGCCTTTTGACCTTC  444

seq1  ACTAAACACTAGATTATGTTTACAGCACACTAAACATTATAAAATAAAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACACTAGATTATGTTTACAGCACACTAAACATTATAAAATAAAAT  494

seq1  AAATCATCAAGTGTGTGATGGGGCAGTTGATTGAGAGCGTTATTAAAAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATCAAGTGTGTGATGGGGCAGTTGATTGAGAGCGTTATTAAAAAC  544

seq1  TAAATGAGATCCTGAGATTGTTAGAACTTGCCTGACATTCTAGCACAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGATCCTGAGATTGTTAGAACTTGCCTGACATTCTAGCACAGAG  594

seq1  TCAGCTGAGGACCAGAAATCATGAGTTCGAGTCCAGCCTGGGATAGTAGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGAGGACCAGAAATCATGAGTTCGAGTCCAGCCTGGGATAGTAGA  644

seq1  GGAGTGGAAAACAGGAGTTCAGGACCATCCTGGGCAAGCAGAGAAGTGCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGAAAACAGGAGTTCAGGACCATCCTGGGCAAGCAGAGAAGTGCA  694

seq1  AAGCATGAGTTAAGAACCAGCATTGCCTAGGTAGAAACTCCCTTTTCGCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGAGTTAAGAACCAGCATTGCCTAGGTAGAAACTCCCTTTTCGCA  744

seq1  GAAACCAAAACCAAAGCCAAAACCAAACAAAAAAAAAATCAAAAAGTGAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAAACCAAAGCCAAAACCAAACAAAAAAAAAATCAAAAAGTGAA  794

seq1  TTGGAACTAGTGTGTTCTGTGCTGTTTTAGACACTATTAGGTCTCTCTGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTAGTGTGTTCTGTGCTGTTTTAGACACTATTAGGTCTCTCTGT  844

seq1  TAGTTACCTGAATCTGTGGATATGTTTGTGAGATGGCTGTATACAGCATC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTACCTGAATCTGTGGATATGTTTGTGAGATGGCTGTATACAGCATC  894

seq1  TTAGAACTCACTTTTAATGCAGCAATATCCAGATAATTATGAAATACAGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACTCACTTTTAATGCAGCAATATCCAGATAATTATGAAATACAGT  944

seq1  GATAACATGTAACTGTTCTAATTAATAAATAATGATGCAATATTATTATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACATGTAACTGTTCTAATTAATAAATAATGATGCAATATTATTATT  994

seq1  GTTTAAGATATTTCAAGTGTAAATAGGCTATCACAGACAGTTAAGAAGTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGATATTTCAAGTGTAAATAGGCTATCACAGACAGTTAAGAAGTT  1044

seq1  TTGTTCGAAGGTTGTTAGTTTGTCCTGTTAGATGTCAGAAAGCATCTGCT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCGAAGGTTGTTAGTTTGTCCTGTTAGATGTCAGAAAGCATCTGCT  1094

seq1  TCAGTCTTGTGGGCGGTCATGTCTCTGGCAAATATGGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTGTGGGCGGTCATGTCTCTGGCAAATATGGAATTC  1136