BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122M18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,483,743 - 16,611,171
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122M18.bB6Ng01-122M18.g
ACCDH926130DH926131
length4701,068
definitionDH926130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122M18, 5' end.DH926131|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122M18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,610,696 - 16,611,171)(16,483,743 - 16,484,828)
sequence
acaaagtttcacatgcttgtcacagcacctgcagcccatcacttctgcaa
acagcctgcagttcagctgagcagtgatgaagtcattgtgttctcctagg
tttcgtcggatacacatttatgtctgatttttctgtggagacacaccatt
ggatacaccaacaaaggaattgtaaatggtggcaaagtacgctggaatca
ttcacccttgcttgccatctagggaaatttaagttcacatgatgagaggc
atttaagacagtgaggtcaaggttgagtgctaagtcttgcaaggttcatt
taatagttgacgtgagaagtagaatccttttggaggtgtatagtctctat
tgatggtttcacatctatacacatatgcagagctctaactggacttagtg
aattatcataaaattctaagtagtgaggggggttgtattgagaggaacaa
tgggaagtgttgtaggggta
gaattctcacccacagttgtctggaccacgcagggtcaggtgctccttct
ggtggcaattttaagcgatgatcctcaaatttgcttcctgttaccataca
gtggcctttggctcagttatccttcataggcctaaaccttggactgagtt
ccagtatggcttcttacaagtagagtcacagtatctgtcactaaagtcag
tgcacttcaagatcttggagctgtagatgctagggcacccatagagttca
atatatagtaaggagacaaaggctgcccagacagtgatcatgatcagtca
agacagtaaggcttcttgtcaacctgttagaattcataagaagttcttac
cacagaggggaaaaaaagtgggttttattctgaggaagtagactttctat
gagcggcctctgtgtgcatgaaaaattcaatgcatgatatgtggaatgtt
gtaaacactaagctaagtcaatatgacagccacggtgaaggttcgtatct
gaagggattcaaaaacactgtgttgccctcttgataaatttgagctggac
tatgtgtgtgcagagactatagaatgatattcagcgaacccaggtcctcg
ggcatatagagaaagagctcttacctgcagaggaacaccttcagctcctc
gaaaccaatgactctaatgtgcaacaactaacgttttatgtttcaaaaat
gttttcctaagtacagaggaaaaccacattgaacaattgcttcagtctcc
actttccactgtgcctgccagctgtgtatttgacagatctgtccttagag
agctgtcacacagacaatatttcttaacacctgaccccttagtaaatttg
ggcagaggcattttctgaaggagcacactgggtgacttggtgacaggttg
gtattctggcagtcagattataacgatacattgatcacgacctcttagaa
tatcatgactcctctacagtccaggagacagtcagaagtctgctgatggc
agtgctgatttatttcagctatgaaatttataaggattatccaaggacag
gactgtagaaaagttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16610696_16611171
seq2: B6Ng01-122M18.b_49_524 (reverse)

seq1  TACCCCTACAACACTTCCCATTGTTCCTCTCAATACAACCCCCCTCACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTACAACACTTCCCATTGTTCCTCTCAATACAACCCCCCTCACTA  50

seq1  CTTAGAATTTTATGATAATTCACTAAGTCCAGTTAGAGCTCTGCATATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATTTTATGATAATTCACTAAGTCCAGTTAGAGCTCTGCATATGT  100

seq1  GTATAGATGTGAAACCATCAATAGAGACTATACACCTCCAAAAGGATTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGATGTGAAACCATCAATAGAGACTATACACCTCCAAAAGGATTCT  150

seq1  ACTTCTCACGTCAACTATTAAATGAACCTTGCAAGACTTAGCACTCAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCACGTCAACTATTAAATGAACCTTGCAAGACTTAGCACTCAACC  200

seq1  TTGACCTCACTGTCTTAAATGCCTCTCATCATGTGAACTTAAATTTCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTCACTGTCTTAAATGCCTCTCATCATGTGAACTTAAATTTCCCT  250

seq1  AGATGGCAAGCAAGGGTGAATGATTCCAGCGTACTTTGCCACCATTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCAAGCAAGGGTGAATGATTCCAGCGTACTTTGCCACCATTTACA  300

seq1  ATTCCTTTGTTGGTGTATCCAATGGTGTGTCTCCACAGAAAAATCAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTGTTGGTGTATCCAATGGTGTGTCTCCACAGAAAAATCAGACA  350

seq1  TAAATGTGTATCCGACGAAACCTAGGAGAACACAATGACTTCATCACTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGTATCCGACGAAACCTAGGAGAACACAATGACTTCATCACTGC  400

seq1  TCAGCTGAACTGCAGGCTGTTTGCAGAAGTGATGGGCTGCAGGTGCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGAACTGCAGGCTGTTTGCAGAAGTGATGGGCTGCAGGTGCTGTG  450

seq1  ACAAGCATGTGAAACTTTGTGAATTC  476
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCATGTGAAACTTTGTGAATTC  476

seq1: chr8_16483743_16484828
seq2: B6Ng01-122M18.g_69_1136

seq1  GAATTCTCACCCACAGTTGTCTGGACCACGCAGGGTCAGGTGCTCCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCACAGTTGTCTGGACCACGCAGGGTCAGGTGCTCCTTCT  50

seq1  GGTGGCAATTTTAAGCGATGATCCTCAAATTTGCTTCCTGTTACCATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCAATTTTAAGCGATGATCCTCAAATTTGCTTCCTGTTACCATACA  100

seq1  GTGGCCTTTGGCTCAGTTATCCTTCATAGGCCTAAACCTTGGACTGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTTTGGCTCAGTTATCCTTCATAGGCCTAAACCTTGGACTGAGTT  150

seq1  CCAGTATGGCTTCTTACAAGTAGAGTCACAGTATCTGTCACTAAAGTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATGGCTTCTTACAAGTAGAGTCACAGTATCTGTCACTAAAGTCAG  200

seq1  TGCACTTCAAGATCTTGGAGCTGTAGATGCTAGGGCACCCATAGAGTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTCAAGATCTTGGAGCTGTAGATGCTAGGGCACCCATAGAGTTCA  250

seq1  ATATATAGTAAGGAGACAAAGGCTGCCCAGACAGTGATCATGATCAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAGTAAGGAGACAAAGGCTGCCCAGACAGTGATCATGATCAGTCA  300

seq1  AGACAGTAAGGCTTCTTGTCAACCTGTTAGAATTCATAAGAAGTTCTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTAAGGCTTCTTGTCAACCTGTTAGAATTCATAAGAAGTTCTTAC  350

seq1  CACAGAGGGGAAAAAAAGTGGGTTTTATTCTGAGGAAGTAGACTTTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGGGAAAAAAAGTGGGTTTTATTCTGAGGAAGTAGACTTTCTAT  400

seq1  GAGCGGCCTCTGTGTGCATGAAAAATTCAATGCATGATATGTGGAATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGGCCTCTGTGTGCATGAAAAATTCAATGCATGATATGTGGAATGTT  450

seq1  GTAAACACTAAGCTAAGTCAATATGACAGCCACGGTGAAGGTTCGTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACACTAAGCTAAGTCAATATGACAGCCACGGTGAAGGTTCGTATCT  500

seq1  GAAGGGATTCAAAAACACTGTGTTGCCCTCTTGATAAATTTGAGCTGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGATTCAAAAACACTGTGTTGCCCTCTTGATAAATTTGAGCTGGAC  550

seq1  TATGTGTGTGCAGAGACTATAGAATGATATTCAGCGAACCCAGGTCCTCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGCAGAGACTATAGAATGATATTCAGCGAACCCAGGTCCTCG  600

seq1  GGCATATAGAGAAAGAGCTCTTACCTGCAGAGGAACACCTTCAGCTCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATATAGAGAAAGAGCTCTTACCTGCAGAGGAACACCTTCAGCTCCTC  650

seq1  GAAACCAATGACTCTAATGTGCAACAACTAACGTTTTATGTTTCAAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAATGACTCTAATGTGCAACAACTAACGTTTTATGTTTCAAAAAT  700

seq1  GTTTTCCTAAGTACAGAGGAAAACCACATTGAACAATTGCTTCAGGTCTC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTTTCCTAAGTACAGAGGAAAACCACATTGAACAATTGCTTCA-GTCTC  749

seq1  CACTTTCCACTGTGCCTGCCAGCTGTGTATTTGACAGATCTGTCCTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCCACTGTGCCTGCCAGCTGTGTATTTGACAGATCTGTCCTTAGA  799

seq1  GAGCTGTCAACACAGACAATATTTCTTAACACCTGACCCCTTAGTAAATT  850
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTC-ACACAGACAATATTTCTTAACACCTGACCCCTTAGTAAATT  848

seq1  TGGGCAGAGGCATTTTCTGAAGGAGGCACACTGGGTGACTTGGTGACAGG  900
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAGGCATTTTCTGAAGGA-GCACACTGGGTGACTTGGTGACAGG  897

seq1  TTGGTATTCTGGCAAGTCAGATTAATAACGATAACATTGATCACGACCTC  950
      ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTCTGGC-AGTCAGATT-ATAACGAT-ACATTGATCACGACCTC  944

seq1  TTCAGAATATCATGACTCTCCTACAGTCCCAGGAGACAAGTCAGAAGTCT  1000
      || |||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TT-AGAATATCATGACTCCTCTACAGT-CCAGGAGAC-AGTCAGAAGTCT  991

seq1  GGCTGATGGGCAGTGCTGATTTAATTTCAGCTATTGGAAATTTATAAAGG  1050
       |||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||
seq2  -GCTGAT-GGCAGTGCTGATTT-ATTTCAGCTAT--GAAATTTAT-AAGG  1035

seq1  ATTATTCACAGGACAGGAACTGTAAGAAAAGTTGCT  1086
      ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  ATTATCCA-AGGACAGG-ACTGT-AGAAAAGTTGCT  1068