BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122M23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 61,202,480 - 61,342,830
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930431L04Rik
Upstream geneLOC100040711
Downstream geneBC030500, LOC665116, LOC436042
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122M23.bB6Ng01-122M23.g
ACCDH926140DH926141
length1,1111,138
definitionDH926140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122M23, 5' end.DH926141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122M23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,341,712 - 61,342,830)(61,202,480 - 61,203,629)
sequence
gaattccatgtacgaaaaaaaaaatgcctagaatgttgaactgatggatt
ggacccaaacaatcttggctttaagtccctgaaaacccataaggaatgga
ctgataaaattcaacaataggcagagacccatttaggaaatttaagagtt
agccagagaacaccagtgttgggcacagtcaattcactggagtgtgtgga
acatagttgctatcatcaaaatgagaagggaaaacttagaggactaacgg
tgcaattatgaggaatgaagctagaatgtccagctgtgtaaggtgcagaa
gtagaaacacaatatttggtgagattttcttttggcagttgatgataagg
caggcttatttctacaatattctgactaaaattagaaaggaactgcttat
agggatacttttagttttagaagaagcagcagacacttcccagtgcgaat
ggtctttgaaaaagaaggagcaagggacacctccaattgtttgtacaaca
tatctatgttccatgacctcattgctcttgggcctgacttaacccactga
ataacagctaccaaaaggcacaatggccgagtcaatgacgtgagcagagg
agcatagaccacacaatactatctgctctcttctcgttacctggtttgat
taattaattagaggtacccagagggtggtttgcatgtgaatggtttgttt
tgaaagttcatctgtaggcatgaggatacagtatgtaatataagcagagt
gtatttttattccatttaaatatcaccttttaaaattttttgaacagagg
aaagttgggggccattttaatatacagttagctatcttcacagaaataac
caaatatattattgagctttcaattatctccactgcaattaaagtaccat
tagtaaagggaatggatattcctgtagtagttgaactttttgaagctcag
atccagatgtgtagggttgctcataacaggaggaaatatagcaagcattt
attaagttatcatggcattactacttgatagcatctgtaagaatatgtat
taataacacataattctcatatgttttttctggaggaccttaaatttgta
taggattggaa
gaattccaggacagccaaggctacaccgagaaaccatgtcttgaaaacaa
acaacaaacaaagaagaaaagatcaaaaaaacaaagaaatagtgactaat
aataaatgcattatctagagttgtgtgcgtgtatgaatattgtacatgta
tagaacaacaaaaatatatattggagctataagatagttaggatctgtga
aataaggatgcacttttgaataaaggcattttccttgcagtttccctcta
gtctgccttgttggactctgtgatctaaaggaagtattcaagagcactag
acaaactagttatacttaatcactttaatatagctgtaaatagctaatca
aaatcttggcagtgtttgggtgataggcagagccccacgttttaatgaac
atccttgctaaagaatccacaaatttgttgctcacagtatttatcatcta
cctttagttgtctcaagtgccagctgttgtctttattagtgtgtaaaata
tctgactgcttttgtaataaagaagctaagaatcccatggctcttttcct
aggaaaaaggagcaataaaagtgctgtttgtaaagtctatgctttctagt
taataaaacacactatgtaggaagtaagcgaactggagttgatctgatct
atcaggtcccctaaaaacaagaaaaaatgtactatctacttaattacttg
attggtttttgtagcttctagaatcaaatttaattcatcaatatttctgg
tctttaacactcccatactcatgcacttcatttactatagtgttatatcc
tgactgtcttgtggaatttcacagtctacaagatatccttaattttgata
tatcaaaggccttgctgtgattatttaacttcctgtttgaacccttgaac
aaaaattaaacaccagtatggctgataaactattaacatttgcacagatt
ttgaaagaaatcaaggcaaatacagaaagctaaatggacaaatatactac
catacatgtatcagttattttctttttggattcataataatttgtttaga
gaattaatgtgatgaattttaagtttctttgacaagggcttattaataac
gaaaagctaatgattcgactttttttaacggataaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_61341712_61342830
seq2: B6Ng01-122M23.b_49_1159 (reverse)

seq1  TTCCAAAATTCTATACAAATTTTAAGGT-CTTCAGAAAAAACATATGAGA  49
      ||||  ||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
seq2  TTCC--AATCCTATACAAA-TTTAAGGTCCTCCAGAAAAAACATATGAGA  47

seq1  ATTATGTG-TATTAATACATA-TCTTACAGGATTGCTATCAAGTAGTTAA  97
      |||||||| |||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| |||
seq2  ATTATGTGTTATTAATACATATTCTTACAG--ATGCTATCAAGTAG-TAA  94

seq1  TGCCATGATAACTTAATAAATGCTTTGCTATATTTCCTCCTGTTATGAGC  147
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGATAACTTAATAAATGC-TTGCTATATTTCCTCCTGTTATGAGC  143

seq1  AACCCTAACACATCTGGATTCTTGAGCTTCAAAAAGTTCAACTACTAACA  197
      |||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACCCT-ACACATCTGGAT--CTGAGCTTCAAAAAGTTCAACTACT-ACA  189

seq1  GGAATATCCATTCCCTTTACTAATGGTACTTTAATTTGCAGTGGAGATAA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGAATATCCATTCCCTTTACTAATGGTACTTTAA-TTGCAGTGGAGATAA  238

seq1  TTGAAAGCTCAATAATATATTTGGTTATTTCTGTGAAGATAGCTAACTGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCTCAATAATATATTTGGTTATTTCTGTGAAGATAGCTAACTGT  288

seq1  ATATTAAAATGG-CCCCAACTTTCCTCTGTTCAAAAAATTTTAAAAGGTG  346
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAATGGCCCCCAACTTTCCTCTGTTCAAAAAATTTTAAAAGGTG  338

seq1  ATATTTAAATGGAATAAAAATACACTCTGCTTATATTACATACTGTATCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAATGGAATAAAAATACACTCTGCTTATATTACATACTGTATCC  388

seq1  TCATGCCTACAGATGAACTTTCAAAACAAACCATTCACATGCAAACCACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCCTACAGATGAACTTTCAAAACAAACCATTCACATGCAAACCACC  438

seq1  CTCTGGGTACCTCTAATTAATTAATCAAACCAGGTAACGAGAAGAGAGCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTACCTCTAATTAATTAATCAAACCAGGTAACGAGAAGAGAGCA  488

seq1  GATAGTATTGTGTGGTCTATGCTCCTCTGCTCACGTCATTGACTCGGCCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTATTGTGTGGTCTATGCTCCTCTGCTCACGTCATTGACTCGGCCA  538

seq1  TTGTGCCTTTTGGTAGCTGTTATTCAGTGGGTTAAGTCAGGCCCAAGAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCTTTTGGTAGCTGTTATTCAGTGGGTTAAGTCAGGCCCAAGAGC  588

seq1  AATGAGGTCATGGAACATAGATATGTTGTACAAACAATTGGAGGTGTCCC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTCATGGAACATAGATATGTTGTACAAACAATTGGAGGTGTCCC  638

seq1  TTGCTCCTTCTTTTTCAAAGACCATTCGCACTGGGAAGTGTCTGCTGCTT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTTCTTTTTCAAAGACCATTCGCACTGGGAAGTGTCTGCTGCTT  688

seq1  CTTCTAAAACTAAAAGTATCCCTATAAGCAGTTCCTTTCTAATTTTAGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAAACTAAAAGTATCCCTATAAGCAGTTCCTTTCTAATTTTAGTC  738

seq1  AGAATATTGTAGAAATAAGCCTGCCTTATCATCAACTGCCAAAAGAAAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTGTAGAAATAAGCCTGCCTTATCATCAACTGCCAAAAGAAAAT  788

seq1  CTCACCAAATATTGTGTTTCTACTTCTGCACCTTACACAGCTGGACATTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAAATATTGTGTTTCTACTTCTGCACCTTACACAGCTGGACATTC  838

seq1  TAGCTTCATTCCTCATAATTGCACCGTTAGTCCTCTAAGTTTTCCCTTCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCATTCCTCATAATTGCACCGTTAGTCCTCTAAGTTTTCCCTTCT  888

seq1  CATTTTGATGATAGCAACTATGTTCCACACACTCCAGTGAATTGACTGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGATGATAGCAACTATGTTCCACACACTCCAGTGAATTGACTGTG  938

seq1  CCCAACACTGGTGTTCTCTGGCTAACTCTTAAATTTCCTAAATGGGTCTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACACTGGTGTTCTCTGGCTAACTCTTAAATTTCCTAAATGGGTCTC  988

seq1  TGCCTATTGTTGAATTTTATCAGTCCATTCCTTATGGGTTTTCAGGGACT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTATTGTTGAATTTTATCAGTCCATTCCTTATGGGTTTTCAGGGACT  1038

seq1  TAAAGCCAAGATTGTTTGGGTCCAATCCATCAGTTCAACATTCTAGGCAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAAGATTGTTTGGGTCCAATCCATCAGTTCAACATTCTAGGCAT  1088

seq1  TTTTTTTTTCGTACATGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCGTACATGGAATTC  1111

seq1: chr8_61202480_61203629
seq2: B6Ng01-122M23.g_65_1202

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAAGGCTACACCGAGAAACCATGTCTTGAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAAGGCTACACCGAGAAACCATGTCTTGAAAACAA  50

seq1  ACAACAAACAAAGAAGAAAAGATCAAAAAAACAAAGAAATAGTGACTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAACAAAGAAGAAAAGATCAAAAAAACAAAGAAATAGTGACTAAT  100

seq1  AATAAATGCATTATCTAGAGTTGTGTGCGTGTATGAATATTGTACATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGCATTATCTAGAGTTGTGTGCGTGTATGAATATTGTACATGTA  150

seq1  TAGAACAACAAAAATATATATTGGAGCTATAAGATAGTTAGGATCTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAACAAAAATATATATTGGAGCTATAAGATAGTTAGGATCTGTGA  200

seq1  AATAAGGATGCACTTTTGAATAAAGGCATTTTCCTTGCAGTTTCCCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGATGCACTTTTGAATAAAGGCATTTTCCTTGCAGTTTCCCTCTA  250

seq1  GTCTGCCTTGTTGGACTCTGTGATCTAAAGGAAGTATTCAAGAGCACTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCCTTGTTGGACTCTGTGATCTAAAGGAAGTATTCAAGAGCACTAG  300

seq1  ACAAACTAGTTATACTTAATCACTTTAATATAGCTGTAAATAGCTAATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTAGTTATACTTAATCACTTTAATATAGCTGTAAATAGCTAATCA  350

seq1  AAATCTTGGCAGTGTTTGGGTGATAGGCAGAGCCCCACGTTTTAATGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGGCAGTGTTTGGGTGATAGGCAGAGCCCCACGTTTTAATGAAC  400

seq1  ATCCTTGCTAAAGAATCCACAAATTTGTTGCTCACAGTATTTATCATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGCTAAAGAATCCACAAATTTGTTGCTCACAGTATTTATCATCTA  450

seq1  CCTTTAGTTGTCTCAAGTGCCAGCTGTTGTCTTTATTAGTGTGTAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGTTGTCTCAAGTGCCAGCTGTTGTCTTTATTAGTGTGTAAAATA  500

seq1  TCTGACTGCTTTTGTAATAAAGAAGCTAAGAATCCCATGGCTCTTTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGCTTTTGTAATAAAGAAGCTAAGAATCCCATGGCTCTTTTCCT  550

seq1  AGGAAAAAGGAGCAATAAAAGTGCTGTTTGTAAAGTCTATGCTTTCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGGAGCAATAAAAGTGCTGTTTGTAAAGTCTATGCTTTCTAGT  600

seq1  TAATAAAACACACTATGTAGGAAGTAAGCGAACTGGAGTTGATCTGATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAACACACTATGTAGGAAGTAAGCGAACTGGAGTTGATCTGATCT  650

seq1  ATCAGGTCCCCTAAAAACAAGAAAAAATGTACTATCTACTTAATTACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTCCCCTAAAAACAAGAAAAAATGTACTATCTACTTAATTACTTG  700

seq1  ATTGGTTTTTGTAGCTTCTAGAATCAAATTTAATTCATCAATATTTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTTTTGTAGCTTCTAGAATCAAATTTAATTCATCAATATTTCTGG  750

seq1  TCTTTAACACTCCCATACTCATGCACTTCATTTACTATAGTGTTATATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACACTCCCATACTCATGCACTTCATTTACTATAGTGTTATATCC  800

seq1  TGACTGTCTTGTGGAATTTCACAGTCTACAAGATATCCTTAATTTTGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTCTTGTGGAATTTCACAGTCTACAAGATATCCTTAATTTTGATA  850

seq1  TATCAAAGGCCTTGCTGTGATTATTTAACTTCCTGTTTGAACCCTTGAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAAGGCCTTGCTGTGATTATTTAACTTCCTGTTTGAACCCTTGAAC  900

seq1  AAAAATTAAACACCAGTATGGCTGATAAACTATTAACATTTGCACAGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAAACACCAGTATGGCTGATAAACTATTAACATTTGCACAGATT  950

seq1  TTGAAAGAAATCAAGGCAAAATAACAGAAAGCTAAAATGGACAAATATAC  1000
      ||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGAAATCAAGGCAAA--TACAGAAAGCT-AAATGGACAAATATAC  997

seq1  TACCAATAACATGTATTCAGTTATTTTCTTTTTGGATTCATAATAATTTG  1050
      |||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCA--TACATGTA-TCAGTTATTTTCTTTTTGGATTCATAATAATTTG  1044

seq1  TATAGAG-ATTAATGTGATGAATTTTTAAGTTTTCTTTGACAAAGGGGTT  1099
      | ||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||| |
seq2  TTTAGAGAATTAATGTGATGAA-TTTTAAG-TTTCTTTGACAA--GGGCT  1090

seq1  TAATAAATAAACGAAAAGCATAATGATTCAGAC-TTATTTAACAGATAAA  1148
      || |||   |||||||||| ||||||||| ||| || |||||| ||||||
seq2  TATTAA--TAACGAAAAGC-TAATGATTC-GACTTTTTTTAACGGATAAA  1136

seq1  AA  1150
      ||
seq2  AA  1138