BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123E16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 105,151,423 - 105,303,988
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh11
Upstream genenone
Downstream geneEG667618, LOC100041368, 1600027J07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123E16.bB6Ng01-123E16.g
ACCDH926497DH926498
length1,1551,077
definitionDH926497|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123E16, 5' end.DH926498|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,151,423 - 105,152,589)(105,302,899 - 105,303,988)
sequence
gaattccatggggtcataatgatattaacatatgagaactagaaaaaagc
aagtcacctataaaaactaatatgtttgtaattctaatggctttgaatgc
tgtcctatttgcaagatgaaataactaatttacttcccagttttctttat
ctggctatagataaagaaaagcttccctaatatttcctcaatgcacattt
tgtgttaataatctaaaattttaaatttatgatttttaattttttaaatt
tattttatgtatatgcatatactatagctgtcttcagacataccaaaaga
ggtcatcagatcacattacagattattgtgaaccactatgtgatttctga
gaattgatctcaggacttctggaagagcagtcagtgctctaaaacactga
gccatcttttcagcccccacaaacttaaatgtaagtaaaagttgacacag
atatttgataatagcccactggcaatccttaacacactgtgatatatctt
caggtcaatattattaaactcatcatccatttattgaatcataaggaaaa
acagtttgctaattatactttaaaacaagcatagctaattttttctgagt
tattattttttctgagtaaggggaatggggagaatgtcatcaaagcatac
aataatttcaaatttccaagtgctgaaatgatggaagtattgtagttaag
ctcattagacttgtaatgaaaattggattctaattgtatgccttaaaatc
taaatatttctagagaagagttatgtgtctaataaaaggcagcaccatta
cttgaacaatgaggcaaaattatatcaaacatgaaattgcttatgttgga
gttgtcaaactatgtgcaattcttgacaagtgcaatcaaatttaaatatc
agttgatacagagttcccatccaattgccctgagtaattgtgattgtcaa
ttctagtgagtaaaaatacgcctagggatagagaagcatacgtgttcatg
tgtctatgtgagtatttttatatacagttgaaacatgagggcactgactt
tcttgatagattaatctactgggagaatggacatttagtatctactgaga
ggtgatggatatgaatgttatgcatgagagaagtcactaggtatgcatcc
tgacc
gaattcttagcagctctgagctgtgttggaatttgtggacatttgatgga
gatggaatcaatgcaaatggattatgggagggactatgaagtcacttagt
ggaaagtaagatgaagtgttttgtaaactggtgctcactcaccacctgac
agttgatttaacttctaaagaaatggcaattttacattttcatggctctc
ggatagtgcacattggaactgtaaaccaattttcattgtcatttggttta
gtgggagggcatttgtagacatctgggatacttccctatagaaactgttg
ttccataacctaacagttaattgaagttcaagtcaggcaaaatatttggt
acctaaggatgctaaatgagaaaggactctgatggataaggggaagaaat
cagagagggcataagagaaaaatggggcagggttatcaactttctctaaa
gtgctctctcttatttttcttggatcttccaaagtccccaggtagaacat
tttgggggctgagtctggaagtttccataaacgactcttctgccagggaa
cagggcattactgtgtggcttctgtaattgtgtactccttgaagagtgtt
tgtgaataaacatcgctttcttatcagattctctatgttgttgcagatgg
gggagagaagcctttatcttctgatctggcccatcccactggagtgactt
ttacacattaaactccgctctcactgttcagatcttttataaggaatgac
ttcaggcccagtgtcaccctccatataatggtgacctagttatgagaaca
agctcagtggtcgggtggctcctccctcctcttatttcagaccctagaga
tctgtttccagttctcttcaggtttccaccagtgaatggagatttggagg
agaggcatgggctctcatggtagatttacttctaaataagaattagcttg
gtgtgactggctctgatgattaactgagggcactcactgtgtctttggaa
cattttgctgtgagcagttgtgaagaggtaggtgttttcatcatgctgag
tttgacccagatttttaatcatgcggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_105151423_105152589
seq2: B6Ng01-123E16.b_43_1197

seq1  GAATTCCATGGGGTCATAATGATATTAACATATGAGAACTAGAAAAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGGGTCATAATGATATTAACATATGAGAACTAGAAAAAAGC  50

seq1  AAGTCACCTATAAAAACTAATATGTTTGTAATTCTAATGGCTTTGAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACCTATAAAAACTAATATGTTTGTAATTCTAATGGCTTTGAATGC  100

seq1  TGTCCTATTTGCAAGATGAAATAACTAATTTACTTCCCAGTTTTCTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATTTGCAAGATGAAATAACTAATTTACTTCCCAGTTTTCTTTAT  150

seq1  CTGGCTATAGATAAAGAAAAGCTTCCCTAATATTTCCTCAATGCACATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTATAGATAAAGAAAAGCTTCCCTAATATTTCCTCAATGCACATTT  200

seq1  TGTGTTAATAATCTAAAATTTTAAATTTATGATTTTTAATTTTTTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAATAATCTAAAATTTTAAATTTATGATTTTTAATTTTTTAAATT  250

seq1  TATTTTATGTATATGCATATACTATAGCTGTCTTCAGACATACCAAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGTATATGCATATACTATAGCTGTCTTCAGACATACCAAAAGA  300

seq1  GGTCATCAGATCACATTACAGATTATTGTGAACCACTATGTGATTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCAGATCACATTACAGATTATTGTGAACCACTATGTGATTTCTGA  350

seq1  GAATTGATCTCAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTAAAACACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATCTCAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTAAAACACTGA  400

seq1  GCCATCTTTTCAGCCCCCACAAACTTAAATGTAAGTAAAAGTTGACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTTTCAGCCCCCACAAACTTAAATGTAAGTAAAAGTTGACACAG  450

seq1  ATATTTGATAATAGCCCACTGGCAATCCTTAACACACTGTGATATATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGATAATAGCCCACTGGCAATCCTTAACACACTGTGATATATCTT  500

seq1  CAGGTCAATATTATTAAACTCATCATCCATTTATTGAATCATAAGGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCAATATTATTAAACTCATCATCCATTTATTGAATCATAAGGAAAA  550

seq1  ACAGTTTGCTAATTATACTTTAAAACAAGCATAGCTAATTTTTTCTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGCTAATTATACTTTAAAACAAGCATAGCTAATTTTTTCTGAGT  600

seq1  TATTATTTTTTCTGAGTAAGGGGAATGGGGAGAATGTCATCAAAGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTTTCTGAGTAAGGGGAATGGGGAGAATGTCATCAAAGCATAC  650

seq1  AATAATTTCAAATTTCCAAGTGCTGAAATGATGGAAGTATTGTAGTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTCAAATTTCCAAGTGCTGAAATGATGGAAGTATTGTAGTTAAG  700

seq1  CTCATTAGACTTGTAATGAAAATTGGATTCTAATTGTATGCCTTAAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGACTTGTAATGAAAATTGGATTCTAATTGTATGCCTTAAAATC  750

seq1  TAAATATTTCTAGAGAAGAGTTATGTGTCTAATAAAAGGCAGCACCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTCTAGAGAAGAGTTATGTGTCTAATAAAAGGCAGCACCATTA  800

seq1  CTTGAACAATGAGGCAAAATTATATCAAACATGAAATTGCTTATGTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACAATGAGGCAAAATTATATCAAACATGAAATTGCTTATGTTGGA  850

seq1  GTTGTCAAACTATGTGCAATTCTTGACAAGTGCAATCAAATTTCAAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTGTCAAACTATGTGCAATTCTTGACAAGTGCAATCAAATTT-AAATAT  899

seq1  CAGTTGATACAGAGTTCCCATCCAATTGCCCTGAGTAATTGTGATTGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGATACAGAGTTCCCATCCAATTGCCCTGAGTAATTGTGATTGTCA  949

seq1  ATTCTAGTGAGTAAAAATACGCCTAGGGATTAGAGAAGCATACGTGTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGTGAGTAAAAATACGCCTAGGGA-TAGAGAAGCATACGTGTTCA  998

seq1  TGTGTCTATGTGAGTATTTTTATATACAGTTGAAACATGAGGGCACTGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTATGTGAGTATTTTTATATACAGTTGAAACATGAGGGCACTGAC  1048

seq1  TTTCTGGATAGATTAATCTACTGGGAGATATGGACATTTAGTATCCTACT  1100
      ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCTTGATAGATTAATCTACTGGGAGA-ATGGACATTTAGTAT-CTACT  1096

seq1  GAGAGGTGATGGGAATATGACATGTAGGGCATGGAGGAAGGAAGTCACTA  1150
      ||||||||||||  |||||| ||||     ||| | ||  ||||||||||
seq2  GAGAGGTGATGG--ATATGA-ATGT----TATGCATGAGAGAAGTCACTA  1139

seq1  GGTATGCATCCCTGACC  1167
      ||||||||| |||||||
seq2  GGTATGCAT-CCTGACC  1155

seq1: chr8_105302899_105303988
seq2: B6Ng01-123E16.g_69_1145 (reverse)

seq1  ACCGCCATGATTAAATAACTGGGTCAAACTTCAGCAATGATGAAAAACAC  50
      |||| |||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||| |||||| 
seq2  ACCG-CATGATTAAAAATCTGGGTCAAAC-TCAGC-ATGATG-AAAACA-  45

seq1  CCTACCTCTTTCACAACATGCTCACAGGCAAAATGTTCCCAAAGACCACA  100
      |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||
seq2  CCTACCTC-TTCACAAC-TGCTCACA-GCAAAATGTT-CCAAAGA-CACA  90

seq1  GTGAGTGCCCTCAGTTTAATCATCAGAGCCAGTCACACCAAGCTTATTCT  150
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGAGTGCCCTCAG-TTAATCATCAGAGCCAGTCACACCAAGCTAATTCT  139

seq1  TATTTAGAAGTAAAATCTAACATGGAGAGCCATGGCCTCTCCTCAAATTC  200
      ||||||||||| ||||||| ||| |||||||   |||||||||| || ||
seq2  TATTTAGAAGT-AAATCTACCAT-GAGAGCCCATGCCTCTCCTCCAAATC  187

seq1  TCCATTCACTGGTGG-AACCTGAGGAGAACTGGAAACAGATCTCTAGGTG  249
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCATTCACTGGTGGAAACCTGAAGAGAACTGGAAACAGATCTCTAGG-G  236

seq1  TCTGAAATTAAGAGGAGGGAGGAGCCACCCGACCACTGAGCTTGTTCTCA  299
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAA-TAAGAGGAGGGAGGAGCCACCCGACCACTGAGCTTGTTCTCA  285

seq1  TAACTAGGTCACCATTATATGGAGGGTGACACTGGGCCTGAAGTCATTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGGTCACCATTATATGGAGGGTGACACTGGGCCTGAAGTCATTCC  335

seq1  TTATAAAAGATCTGAACAGTGAGAGCGGAGTTTAATGTGTAAAAGTCACT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAAGATCTGAACAGTGAGAGCGGAGTTTAATGTGTAAAAGTCACT  385

seq1  CCAGTGGGATGGGCCAGATCAGGAGATAAAGGCTTCTCT-CCCCATCTGC  448
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAGTGGGATGGGCCAGATCAGAAGATAAAGGCTTCTCTCCCCCATCTGC  435

seq1  AACAACATAGAGAATCTGATAAGAAAGCGATGTTTATTCACAAACACTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATAGAGAATCTGATAAGAAAGCGATGTTTATTCACAAACACTCT  485

seq1  TCAAGGAGTACACAATTACAGAAGCCACACAGTAATGCCCTGTTCCCTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGAGTACACAATTACAGAAGCCACACAGTAATGCCCTGTTCCCTGG  535

seq1  CAGAAGAGTCGTTTATGGAAACTTCCAGACTCAGCCCCCAAAATGTTCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGTCGTTTATGGAAACTTCCAGACTCAGCCCCCAAAATGTTCTA  585

seq1  CCTGGGGACTTTGGAAGATCCAAGAAAAATAAGAGAGAGCACTTTAGAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGACTTTGGAAGATCCAAGAAAAATAAGAGAGAGCACTTTAGAGA  635

seq1  AAGTTGATAACCCTGCCCCATTTTTCTCTTATGCCCTCTCTGATTTCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGATAACCCTGCCCCATTTTTCTCTTATGCCCTCTCTGATTTCTTC  685

seq1  CCCTTATCCATCAGAGTCCTTTCTCATTTAGCATCCTTAGGTACCAAATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATCCATCAGAGTCCTTTCTCATTTAGCATCCTTAGGTACCAAATA  735

seq1  TTTTGCCTGACTTGAACTTCAATTAACTGTTAGGTTATGGAACAACAGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCTGACTTGAACTTCAATTAACTGTTAGGTTATGGAACAACAGTT  785

seq1  TCTATAGGGAAGTATCCCAGATGTCTACAAATGCCCTCCCACTAAACCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGGGAAGTATCCCAGATGTCTACAAATGCCCTCCCACTAAACCAA  835

seq1  ATGACAATGAAAATTGGTTTACAGTTCCAATGTGCACTATCCGAGAGCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATGAAAATTGGTTTACAGTTCCAATGTGCACTATCCGAGAGCCA  885

seq1  TGAAAATGTAAAATTGCCATTTCTTTAGAAGTTAAATCAACTGTCAGGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGTAAAATTGCCATTTCTTTAGAAGTTAAATCAACTGTCAGGTG  935

seq1  GTGAGTGAGCACCAGTTTACAAAACACTTCATCTTACTTTCCACTAAGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGAGCACCAGTTTACAAAACACTTCATCTTACTTTCCACTAAGTG  985

seq1  ACTTCATAGTCCCTCCCATAATCCATTTGCATTGATTCCATCTCCATCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATAGTCCCTCCCATAATCCATTTGCATTGATTCCATCTCCATCAA  1035

seq1  ATGTCCACAAATTCCAACACAGCTCAGAGCTGCTAAGAATTC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACAAATTCCAACACAGCTCAGAGCTGCTAAGAATTC  1077