BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125E18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 74,786,549 - 74,917,011
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384840, LOC100042405, Klf2, Eps15l1
Upstream gene2410004L22Rik, Myo9b, 2010315L10Rik, Ocel1, Nr2f6, Ushbp1, 5430437P03Rik, Ankrd41, Abhd8, Mrpl34, 1500034J01Rik, Tmem16h, Gtpbp3, Plvap, LOC665928, Bst2, 1110012M11Rik, BC033932, Txnl6, Slc27a1, Pgls, Bcnp1, Glt25d1, Unc13a, Jak3, Insl3, B3gnt3, LOC100042289, Fcho1, EG665991, LOC665996, LOC385024, LOC675190, Zfp709, LOC670453, Zfp617, BC049349, Cyp4f18, LOC666033, Olfr372, Olfr373, Olfr374, Tpm4, Rab8a, Hsh2d, Cib3, 2510049I19Rik, Ap1m1
Downstream geneCalr3, LOC100042421, 1700030K09Rik, Cherp, Slc35e1, Crsp7, LOC100042439, 9130011J15Rik, Tmem38a, Nwd1, Sin3b, F2rl3, Large, LOC100039001
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125E18.bB6Ng01-125E18.g
ACCDH927973DH927974
length1,1271,038
definitionDH927973|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125E18, 5' end.DH927974|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,786,549 - 74,787,674)(74,915,954 - 74,917,011)
sequence
gaattctgctgttttcattataaaaccctttctcttggcaagatagaaag
gtagtatcatgaaattccttgcaagttcctcgcaagacacacacactttc
tgcctaccacagggtagagctcctgctcaaccctcaacagctacatccct
ccccttgcacactgccccatcccacccaacctccctcctccactaacctg
ggagtggaatctagactgactcccagcctctcactgagggagtctaggca
ggagctctacccctgagccacacaccagctcaagtataccttaaatgtgt
atcctgattcattgttcatcactgcacatgcgcagatccccacgaaccat
tcccacatgcccttgatttgggtcatcctgaccatagagagaatttatga
ttctgtcagttaaaagcattggctagagggctagggagatgactcagtga
ttaagagccctggctgctcttccagaggacccaggttcaattttcagcaa
tcacatagcagctcacaactgtctatagccccagttacaggagacatgac
accctcgcacagacatacatgcaggaaaacacacacacacacacacacat
acacaacaccaatgcacataaaataaaatttaaaaaaatacaggccgggc
ggtggtggcgcacacctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggtg
gatttctgagttcgaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacag
ccagggctacacagagaaaccatgtctcaaaccccttgagcctccccaag
agatttactctattgtttgtttccttgtgtgcatatgagagcccacagag
gccaggagaatcatgtcagattcctgaagctggagttttaggcagttgtc
agctgtcctacatggatattgggaagctgtcgggtcctctgagggagcag
tatgcacccttgacggctgtgttgtctctgcagtgctgccagttgctctt
gtgactcgtgtccttgaacttcagtatcggcatagcagtatcagaggccc
caggcggtgatgtttttctaccttagtgctttcgtaacaggtctgggctg
ctctcctgcctaactctggtgcagtga
gaattcacataacgaaggagagagctgtcctctgattgccacacaagtac
catggtgtgggtgctcccacttaaatgtgtataagtaagttaaaactaga
gatacatgactataaaacctgtgactcctgagccagagttgaactacaag
tgtgggctgtggatgctttcagaatggcagtagccccaccctcatggctc
atgttctcccttttttcttgatcctgttaggcacctcttggacagctttg
agcttctttgttttctttctttctttttttttttcgagacagagtttctc
tgtatagccctggctgtcctggaactcagctggcctcgaactcagaaatc
cgcctgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggtgtgcgccaccacg
cctttgagcttcttaggcaagggctttgccaccaagctacatccttagcc
cattagtttgtttttctgagttagggtctcatgtattcaaacttgctgtg
cagccaagaatgatcttgaattcctagtcctcctgcttccaccttgaatt
gagtgctggaatcacaggtgaattatatgtgctgcggatggagtccaggg
ctttttgtgcatgcttcatgagcactccacccaccaagccacagcactag
cactcttttccaaacctttttttttttgggtggtgaggttggcactcaaa
cctttactgcattgagccccatcacagcttgtgtttgcaaatgaaagcaa
aatgttggcactgagatttacatctgagacaggatctccccattataaca
gaggctggcttaagccctctatctcctaggtctgtcttggtgctggaatg
agaggctgttgccattggtccactagaggctgactttggtcatgttcatt
ccagaggggaacatcaccctgctggctctgctcccatgaccccagactca
aagtgcaggagctttctccaggcaaatttaattctcctgaaaccagactt
cttgctctccccaagtagcagactggctatggatccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_74786549_74787674
seq2: B6Ng01-125E18.b_47_1173

seq1  GAATTCTGCTGTTTTCATTATAAAACCCTTTCTCTTGGCAAGATAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTGTTTTCATTATAAAACCCTTTCTCTTGGCAAGATAGAAAG  50

seq1  GTAGTATCATGAAATTCCTTGCAAGTTCCTCGCAAGACACACACACTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATCATGAAATTCCTTGCAAGTTCCTCGCAAGACACACACACTTTC  100

seq1  TGCCTACCACAGGGTAGAGCTCCTGCTCAACCCTCAACAGCTACATCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACCACAGGGTAGAGCTCCTGCTCAACCCTCAACAGCTACATCCCT  150

seq1  CCCCTTGCACACTGCCCCATCCCACCCAACCTCCCTCCTCCACTAACCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGCACACTGCCCCATCCCACCCAACCTCCCTCCTCCACTAACCTG  200

seq1  GGAGTGGAATCTAGACTGACTCCCAGCCTCTCACTGAGGGAGTCTAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGAATCTAGACTGACTCCCAGCCTCTCACTGAGGGAGTCTAGGCA  250

seq1  GGAGCTCTACCCCTGAGCCACACACCAGCTCAAGTATACCTTAAATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCTACCCCTGAGCCACACACCAGCTCAAGTATACCTTAAATGTGT  300

seq1  ATCCTGATTCATTGTTCATCACTGCACATGCGCAGATCCCCACGAACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGATTCATTGTTCATCACTGCACATGCGCAGATCCCCACGAACCAT  350

seq1  TCCCACATGCCCTTGATTTGGGTCATCCTGACCATAGAGAGAATTTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACATGCCCTTGATTTGGGTCATCCTGACCATAGAGAGAATTTATGA  400

seq1  TTCTGTCAGTTAAAAGCATTGGCTAGAGGGCTAGGGAGATGACTCAGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCAGTTAAAAGCATTGGCTAGAGGGCTAGGGAGATGACTCAGTGA  450

seq1  TTAAGAGCCCTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAATTTTCAGCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCCCTGGCTGCTCTTCCAGAGGACCCAGGTTCAATTTTCAGCAA  500

seq1  TCACATAGCAGCTCACAACTGTCTATAGCCCCAGTTACAGGAGACATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAGCAGCTCACAACTGTCTATAGCCCCAGTTACAGGAGACATGAC  550

seq1  ACCCTCGCACAGACATACATGCAGGAAAACACACACACACACACACACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCGCACAGACATACATGCAGGAAAACACACACACACACACACACAT  600

seq1  ACACAACACCAATGCACATAAAATAAAATTTAAAAAAATACAGGCCGGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACACCAATGCACATAAAATAAAATTTAAAAAAATACAGGCCGGGC  650

seq1  GGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTG  700

seq1  GATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAG  750

seq1  CCAGGGCTACACAGAGAAACCATGTCTCAAACCCCTTGAGCCTCCCCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTACACAGAGAAACCATGTCTCAAACCCCTTGAGCCTCCCCAAG  800

seq1  AGATTTTACTCTATTGTTTGTTTCCTTGTGTGCATATGAGAGCCCACAGA  850
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGA-TTTACTCTATTGTTTGTTTCCTTGTGTGCATATGAGAGCCCACAGA  849

seq1  GGCCAGGAG-ATCATGTCAGATTCCTGAAGCTGGAGTTTTAGGCAGTTGT  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGAGAATCATGTCAGATTCCTGAAGCTGGAGTTTTAGGCAGTTGT  899

seq1  CAGCTGTCCTACATGGATATTGGGAAGCTGTCGGGTCCTCTGAGGGAGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTCCTACATGGATATTGGGAAGCTGTCGGGTCCTCTGAGGGAGCA  949

seq1  GTATGCACCCTTGACGGCTGTGTTGTCTCTGCAGTTGCTGCCAGTTGCTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTATGCACCCTTGACGGCTGTGTTGTCTCTGCAG-TGCTGCCAGTTGCTC  998

seq1  TTGTGACTCGTGTCCTTGAACTTCAGTATCGGCATAGCAGTATCAGAAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTGTGACTCGTGTCCTTGAACTTCAGTATCGGCATAGCAGTATCAGAGGC  1048

seq1  CTCAGCCGGTGATG-TTTTCTACCTAAGTGCTTTCGTACACA-GTCTGGC  1097
      | ||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||| 
seq2  CCCAGGCGGTGATGTTTTTCTACCTTAGTGCTTTCGTA-ACAGGTCTGGG  1097

seq1  CTGCTCTCCTGCTAACCTCT-GTGCAGTGA  1126
      ||||||||||||  | |||| |||||||||
seq2  CTGCTCTCCTGCCTAACTCTGGTGCAGTGA  1127

seq1: chr8_74915954_74917011
seq2: B6Ng01-125E18.g_67_1104 (reverse)

seq1  GTGGATCCATAGCCAGGTCTGCCTACTTGGTGAGAGCAAGATGTCTGGGT  50
      ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| |||
seq2  GTGGATCCATAGCCA-GTCTG-CTACTTGGGGAGAGCAAGAAGTCT-GGT  47

seq1  TTCCAGGGAGAATTTAATTTATGGCTTGGGAGGAAAAGCTCCCTGGCACT  100
      |||   |||||||| |||||   || | ||||  ||||||||   |||||
seq2  TTC--AGGAGAATTAAATTT---GCCT-GGAG--AAAGCTCC--TGCACT  87

seq1  TTGAGTCTGGGGGTCATGGGGAGCAGAGGCCAGCAGGGTGATGTTTCCCC  150
      |||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGAGTCT-GGGGTCAT-GGGAGCAGA-GCCAGCAGGGTGATG-TTCCCC  133

seq1  TCTGGAATGAACATGACCAAAGTCAGCCTCTAGTGGAACCAATGGC-ACA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TCTGGAATGAACATGACCAAAGTCAGCCTCTAGTGG-ACCAATGGCAACA  182

seq1  GCCTCTCATTCCAGCACCAAGACAGACCTAGGAAGATAGAGGGCTTGAAG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GCCTCTCATTCCAGCACCAAGACAGACCTAGG-AGATAGAGGGCTT-AAG  230

seq1  CCAGCCTCTGTTAT-ATGGGGAGATCCTGTCTCAGATGTAAATCTCAGTG  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCTGTTATAATGGGGAGATCCTGTCTCAGATGTAAATCTCAGTG  280

seq1  CCAACATTTTGCTTTTCATTTTGCAAACACAAGCTGTGATGGGGCTCAAT  348
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACATTTTGC-TTTCA-TTTGCAAACACAAGCTGTGATGGGGCTCAAT  328

seq1  GCAGTAAAGGTTTGAGTGCCAACCTCACCACCCAAAAAAAAAAAGGTTTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAAGGTTTGAGTGCCAACCTCACCACCCAAAAAAAAAAAGGTTTG  378

seq1  GAAAAGAGTGCTAGTGCTGTGGCTTGGTGGGTGGAGTGCTCATGAAGCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGTGCTAGTGCTGTGGCTTGGTGGGTGGAGTGCTCATGAAGCAT  428

seq1  GCACAAAAAGCCCTGGACTCCATCCGCAGCACATATAATTCACCTGTGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAAAGCCCTGGACTCCATCCGCAGCACATATAATTCACCTGTGAT  478

seq1  TCCAGCACTCAATTCAAGGTGGAAGCAGGAGGACTAGGAATTCAAGATCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCACTCAATTCAAGGTGGAAGCAGGAGGACTAGGAATTCAAGATCA  528

seq1  TTCTTGGCTGCACAGCAAGTTTGAATACATGAGACCCTAACTCAGAAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCTGCACAGCAAGTTTGAATACATGAGACCCTAACTCAGAAAAA  578

seq1  CAAACTAATGGGCTAAGGATGTAGCTTGGTGGCAAAGCCCTTGCCTAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAATGGGCTAAGGATGTAGCTTGGTGGCAAAGCCCTTGCCTAAGA  628

seq1  AGCTCAAAGGCGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAAGGCGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  678

seq1  GAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCTGAGTTCCAGGACAGCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCTGAGTTCCAGGACAGCCA  728

seq1  GGGCTATACAGAGAAACTCTGTCTCGAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATACAGAGAAACTCTGTCTCGAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAA  778

seq1  CAAAGAAGCTCAAAGCTGTCCAAGAGGTGCCTAACAGGATCAAGAAAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGCTCAAAGCTGTCCAAGAGGTGCCTAACAGGATCAAGAAAAAA  828

seq1  GGGAGAACATGAGCCATGAGGGTGGGGCTACTGCCATTCTGAAAGCATCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAACATGAGCCATGAGGGTGGGGCTACTGCCATTCTGAAAGCATCC  878

seq1  ACAGCCCACACTTGTAGTTCAACTCTGGCTCAGGAGTCACAGGTTTTATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCACACTTGTAGTTCAACTCTGGCTCAGGAGTCACAGGTTTTATA  928

seq1  GTCATGTATCTCTAGTTTTAACTTACTTATACACATTTAAGTGGGAGCAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTATCTCTAGTTTTAACTTACTTATACACATTTAAGTGGGAGCAC  978

seq1  CCACACCATGGTACTTGTGTGGCAATCAGAGGACAGCTCTCTCCTTCGTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCATGGTACTTGTGTGGCAATCAGAGGACAGCTCTCTCCTTCGTT  1028

seq1  ATGTGAATTC  1058
      ||||||||||
seq2  ATGTGAATTC  1038