BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132C06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 68,607,316 - 68,740,472
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMarch1
Upstream geneLOC665388, LOC665396, LOC100040949, LOC665405, Vaultrc-ps1, LOC100040967, LOC100040986
Downstream gene1810029B16Rik, Tktl2, Npy5r, Npy1r, BC053440, LOC665453
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132C06.bB6Ng01-132C06.g
ACCDH933020DH933021
length1,1731,093
definitionDH933020|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132C06, 5' end.DH933021|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,739,266 - 68,740,472)(68,607,316 - 68,608,427)
sequence
gaattctatcctaatgaagagtggacagcatgcatctgttgttgtgtatc
tgctacactatataattgtttctagagagtcagtgtgattatatagcata
gcaacaccatatagctaccattttggcattccgttttttttgtggtatcc
tctcaggatgttcattatgaatatagtaatggagtagagctgtaataaga
acttaagtggctcttttgaagcttcctatagtcttctgttagttataaac
taatcatgtatattcctgttgcctgtaatagcaaggctctaattatatta
aaattttctgaggacattataaagcacagaggtaaaggtctagttgtatg
ctattgggatcccacatgtacaattttgactttttaaaatatgtgtagta
gtaaaatagaaaccttaaattagaagactttatagatcccattttactct
aaatcagtcagaacatagctcttttctaaaatctatactgaaagaaaaaa
atctacagagcattttacccttaaagaagtctgaggaaagaaatcaagtc
tggctccaagaagtcccctggtaaggtcagtgtgcttatgatctgtgttc
tctctttattttacatctataaagatattacttttattttatttatgagt
aataatgtgcccatttcttatgtctgagtttctggagcagcggttctctg
cattcctagtgctgtgaccctttaatacagttccttatgctgtgatgatc
cccaaccataaaattattttcattgctgtctcattactgtaattttgtta
ctgttttgaatcataatgtaaatttctgataagcaggatatttgatgtgt
gacccctgtgaaagggtctttggatctccaaagaggtcacagtccacagg
ttgaggacccctgctccagagcattgaatttcttttaaatctcagacagt
aaaacttcctgaaacacatgcaaagtgaagtatatagatactctgtttgt
ttgtttgtttgtttgtttttctggaagatcagatcttataagactcttac
tagaggattatacaaaaaaatgtaaaaacattctttagaggttctgagta
ttttaacttccggttctatctaaataaaaacgatcagcaaggaatcctca
gcagacttctgcagtatctggta
gaattcaaggaacatgataatgactttaaagatacttgcaggcatgaagt
ctaagttataaatggacaaatatactaagggaagtcaaacaaggagtaga
aaatgatggtgaattcactaattgtatattcaaattgagctaaagaatat
ttgacacgatctatttaatggaatgagctggaaaggtaggaagaattgat
cagtaagtatgaccaagcatgtgatattgtcactgataataactaagtta
taatgcaactctaaggagattgaccatgaatggacaatgaaagctgaaca
agaaacttataagtaatagtgttggaacatttccaggaataacctggaaa
attatatttatataaaatgtactatatataattgtatataaatgatatat
aatttatatgtaacatataaattataatttatatgtaatgtatatgatat
ataattaatgtatataaaattatatatataattcttgatgatttaagcat
atataccctaaaattatcaagaattattcagtggtattgaacaataaggt
aagagtgtgaatattcaagaaatggaaagaagaggaacaagggtgagttg
actatactttcattaacaaagataatagattttattgacaaaaaaaattc
atactgaggtattttaaagagtatagatttaaaattaattagaaacatct
ttaaggagtctaaataactcctgaaacccagctctatgatacaatgacta
taagacatcattatacacaggcataagggactgataattttgtttgtctt
gttttcaactacttcagaaaattaattatttttcataagtatcaaagggc
tcaagaggtcagtgtcagaaaattgacatgccaatttttctttaatcatt
tagagctgagagagggaaccaaaacacaaacctagagaagttacaaaatc
tagagagaaaaaaagtggcatggatagactgttgaataaaaacaagaaat
cctccattactgatggattaaaaaaaaagattcccaggattaggataatt
gttctattcttaaaaacaataagatgtcttgtttgctatcgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_68739266_68740472
seq2: B6Ng01-132C06.b_50_1222 (reverse)

seq1  TACCAGATAACTGCCAGGAAGTCTGTGCTGAAGGATTCTTTGCTGGATCG  50
      |||||||| |||||   ||||||  ||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  TACCAGAT-ACTGC--AGAAGTC--TGCTG-AGGATTCCTTGCT-GATCG  43

seq1  TTTTTCTAATTTAGAGAATTACAGAACACGAAGGTTAAAAATTACTCAGA  100
      |||||   ||||||      | ||||| || | |||||||  ||||||||
seq2  TTTTT---ATTTAG------ATAGAAC-CGGAAGTTAAAA--TACTCAGA  81

seq1  AACCCTCTAAAAGAATTGTTTTTACATTTTTTTTTTGGTTATAATCCTCT  150
      |  ||||| |||||| |||||||||||||||||      |||||||||||
seq2  A--CCTCT-AAAGAA-TGTTTTTACATTTTTTT-----GTATAATCCTCT  122

seq1  AGTAGGAGTCTTATAAAGATCTGGATTCTTTCCAGAAAAACAAACAAACA  200
      |||| ||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGAGTCTTAT-AAGATCT-GAT--CTTCCAGAAAAACAAACAAACA  168

seq1  AACAAACAAACAGAGTATCTATATACTTCACTTTGCATGTTGTTTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACAAACAAACAGAGTATCTATATACTTCACTTTGCATG-TGTTTCAGGA  217

seq1  AGTTTTACTGTCTGGAGATTTAAAAGAAATTCAATGCTCTGGAGCAGGGG  300
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTACTGTCT-GAGATTTAAAAGAAATTCAATGCTCTGGAGCAGGGG  266

seq1  TCCTCAACCTGTGGACTGTGACCTCTTTGGAGATCCAAAGACCCTTTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAACCTGTGGACTGTGACCTCTTTGGAGATCCAAAGACCCTTTCAC  316

seq1  AGGGGTCACACATCAAATATCCTGCTTATCAGAAATTTACATTATGATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCACACATCAAATATCCTGCTTATCAGAAATTTACATTATGATTC  366

seq1  AAAACAGTAACAAAATTACAGTAATGAGACAGCAATGAAAATAATTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTAACAAAATTACAGTAATGAGACAGCAATGAAAATAATTTTAT  416

seq1  GGTTGGGGATCATCACAGCATAAGGAACTGTATTAAAGGGTCACAGCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGGGATCATCACAGCATAAGGAACTGTATTAAAGGGTCACAGCACT  466

seq1  AGGAATGCAGAGAACCGCTGCTCCAGAAACTCAGACATAAGAAATGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGCAGAGAACCGCTGCTCCAGAAACTCAGACATAAGAAATGGGCA  516

seq1  CATTATTACTCATAAATAAAATAAAAGTAATATCTTTATAGATGTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTACTCATAAATAAAATAAAAGTAATATCTTTATAGATGTAAAAT  566

seq1  AAAGAGAGAACACAGATCATAAGCACACTGACCTTACCAGGGGACTTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGAACACAGATCATAAGCACACTGACCTTACCAGGGGACTTCTT  616

seq1  GGAGCCAGACTTGATTTCTTTCCTCAGACTTCTTTAAGGGTAAAATGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAGACTTGATTTCTTTCCTCAGACTTCTTTAAGGGTAAAATGCTC  666

seq1  TGTAGATTTTTTTCTTTCAGTATAGATTTTAGAAAAGAGCTATGTTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATTTTTTTCTTTCAGTATAGATTTTAGAAAAGAGCTATGTTCTGA  716

seq1  CTGATTTAGAGTAAAATGGGATCTATAAAGTCTTCTAATTTAAGGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTAGAGTAAAATGGGATCTATAAAGTCTTCTAATTTAAGGTTTCT  766

seq1  ATTTTACTACTACACATATTTTAAAAAGTCAAAATTGTACATGTGGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACTACTACACATATTTTAAAAAGTCAAAATTGTACATGTGGGATC  816

seq1  CCAATAGCATACAACTAGACCTTTACCTCTGTGCTTTATAATGTCCTCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGCATACAACTAGACCTTTACCTCTGTGCTTTATAATGTCCTCAG  866

seq1  AAAATTTTAATATAATTAGAGCCTTGCTATTACAGGCAACAGGAATATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTAATATAATTAGAGCCTTGCTATTACAGGCAACAGGAATATAC  916

seq1  ATGATTAGTTTATAACTAACAGAAGACTATAGGAAGCTTCAAAAGAGCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAGTTTATAACTAACAGAAGACTATAGGAAGCTTCAAAAGAGCCA  966

seq1  CTTAAGTTCTTATTACAGCTCTACTCCATTACTATATTCATAATGAACAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTCTTATTACAGCTCTACTCCATTACTATATTCATAATGAACAT  1016

seq1  CCTGAGAGGATACCACAAAAAAAACGGAATGCCAAAATGGTAGCTATATG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAGGATACCACAAAAAAAACGGAATGCCAAAATGGTAGCTATATG  1066

seq1  GTGTTGCTATGCTATATAATCACACTGACTCTCTAGAAACAATTATATAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTATGCTATATAATCACACTGACTCTCTAGAAACAATTATATAG  1116

seq1  TGTAGCAGATACACAACAACAGATGCATGCTGTCCACTCTTCATTAGGAT  1200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGATACACAACAACAGATGCATGCTGTCCACTCTTCATTAGGAT  1166

seq1  AGAATTC  1207
      |||||||
seq2  AGAATTC  1173

seq1: chr8_68607316_68608427
seq2: B6Ng01-132C06.g_65_1157

seq1  GAATTCAAGGAACATGATAATGACTTTAAAGATACTTGCAGGCATGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAACATGATAATGACTTTAAAGATACTTGCAGGCATGAAGT  50

seq1  CTAAGTTATAAATGGACAAATATACTAAGGGAAGTCAAACAAGGAGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTATAAATGGACAAATATACTAAGGGAAGTCAAACAAGGAGTAGA  100

seq1  AAATGATGGTGAATTCACTAATTGTATATTCAAATTGAGCTAAAGAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGGTGAATTCACTAATTGTATATTCAAATTGAGCTAAAGAATAT  150

seq1  TTGACACGATCTATTTAATGGAATGAGCTGGAAAGGTAGGAAGAATTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACGATCTATTTAATGGAATGAGCTGGAAAGGTAGGAAGAATTGAT  200

seq1  CAGTAAGTATGACCAAGCATGTGATATTGTCACTGATAATAACTAAGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGTATGACCAAGCATGTGATATTGTCACTGATAATAACTAAGTTA  250

seq1  TAATGCAACTCTAAGGAGATTGACCATGAATGGACAATGAAAGCTGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAACTCTAAGGAGATTGACCATGAATGGACAATGAAAGCTGAACA  300

seq1  AGAAACTTATAAGTAATAGTGTTGGAACATTTCCAGGAATAACCTGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTATAAGTAATAGTGTTGGAACATTTCCAGGAATAACCTGGAAA  350

seq1  ATTATATTTATATAAAATGTACTATATATAATTGTATATAAATGATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTTATATAAAATGTACTATATATAATTGTATATAAATGATATAT  400

seq1  AATTTATATGTAACATATAAATTATAATTTATATGTAATGTATATGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATATGTAACATATAAATTATAATTTATATGTAATGTATATGATAT  450

seq1  ATAATTAATGTATATAAAATTATATATATAATTCTTGATGATTTAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAATGTATATAAAATTATATATATAATTCTTGATGATTTAAGCAT  500

seq1  ATATACCCTAAAATTATCAAGAATTATTCAGTGGTATTGAACAATAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCCTAAAATTATCAAGAATTATTCAGTGGTATTGAACAATAAGGT  550

seq1  AAGAGTGTGAATATTCAAGAAATGGAAAGAAGAGGAACAAGGGTGAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTGAATATTCAAGAAATGGAAAGAAGAGGAACAAGGGTGAGTTG  600

seq1  ACTATACTTTCATTAACAAAGATAATAGATTTTATTGACAAAAAAAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACTTTCATTAACAAAGATAATAGATTTTATTGACAAAAAAAATTC  650

seq1  ATACTGAGGTATTTTAAAGAGTATAGATTTAAAATTAATTAGAAACATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGGTATTTTAAAGAGTATAGATTTAAAATTAATTAGAAACATCT  700

seq1  TTAAGGAGTCTAAATAACTCCTGAAACCCAGCTCTATGATACAATGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGTCTAAATAACTCCTGAAACCCAGCTCTATGATACAATGACTA  750

seq1  TAAGACATCATTATACACAGGCATAAGGGACTGATAATTTTGTTTGTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACATCATTATACACAGGCATAAGGGACTGATAATTTTGTTTGTCTT  800

seq1  GTTTTCAACTACTTCAGAAAATTAATTATTTTTCATAAGGTATCAAAGGG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTTTTCAACTACTTCAGAAAATTAATTATTTTTCATAA-GTATCAAAGGG  849

seq1  CTCAAGAGGTCAGTGTCAGAAAAATTGACATGCCAATTTTTCTTTAATCA  900
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTCAAGAGGTCAGTGTCAG-AAAATTGACATGCCAATTTTTCTTTAATC-  897

seq1  ATTTAGAGCTGAAGAGAGGGAACCAAAACACAAACCTAGAGAAGTTACAA  950
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAGCTG-AGAGAGGGAACCAAAACACAAACCTAGAGAAGTTACAA  946

seq1  AATCTAGAGAGAAAAAAAAGTGGCATGGATAGACTGTTGAATAAAAACCA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATCTAGAGAG-AAAAAAAGTGGCATGGATAGACTGTTGAATAAAAA-CA  994

seq1  AGAAAATCCTCCATTTACTGAATGGATTTAAAAAAAAAAAGATTCCCAAG  1050
      || |||||||||| |||||| |||||||   |||||||||||||||||  
seq2  AG-AAATCCTCCA-TTACTG-ATGGATT---AAAAAAAAAGATTCCCA--  1036

seq1  GAATTAGGAATATTGTTCTATTCCTTAAAAAACAATAAGAATGTCTTGTT  1100
      | |||||||  ||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||
seq2  GGATTAGGATAATTGTTCTATTC--TTAAAAACAATAAG-ATGTCTTGTT  1083

seq1  TTGGCTATCGAC  1112
      |  |||||||||
seq2  T--GCTATCGAC  1093