BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135F05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 24,136,584 - 24,297,551
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnk1, Nkx6-3, Agpat6
Upstream geneAtp7b, Alg11, Nek5, Nek3, Ckap2, Vps36, Rpl30-ps2, Thsd1, Tpte, Slc25a15, LOC547006, Mrps31, AI316807, Slc20a2, LOC100040803, Vdac3, Dkk4, Polb, Ikbkb, Plat, Ap3m2, Myst3, LOC100042253
Downstream geneGins4, Golga7, Sfrp1, LOC100040931, Zmat4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135F05.bB6Ng01-135F05.g
ACCDH935394DH935395
length1,1341,025
definitionDH935394|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F05, 5' end.DH935395|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,136,584 - 24,137,736)(24,296,513 - 24,297,551)
sequence
gaattcagtcaagatcaagccagagtctggaccctgcatcttcggtcggt
tgttgcctagttccctcatttgtctctgctgtgtttttgagagagcatct
tgccatgttgcctaagctggacttgagatcctgtttcacccctcccctaa
gtgcacccccactcctaacctgttctttcatggaaagaatgtattctcat
ggagaccctcttgggacagttaccaccgaagcatctcactttcgagtgag
gaatgtaacccaaagagcaagtttaggtggcagagaccacgtagccgttg
ggcatgctgatggactacatccatctctgaaggtgatgacatggctgtga
tacattctacctctagcaccctggtaagaaagcaccatctacaaaaatca
ttcttctgtgattgatctaaagagttcttctgggttcttggtagcaggcc
tggcctggaactgatattctggcgctctgggtgctggattctgcctgttc
ttctttggctctgacccctttcccttcgtgctatcatttcatacttgggg
cctgtccctcaaggtccctttacctgctacagcctcccaatcaagatgga
gtgggctcctaggactctgggctctagctcagctccagcctctgaagatt
gcagctgagaattaattgctattcatttttatgtaggtcacgttttcttt
agaggaagttgatgggatttcattatctgtggaaagcagccataccagaa
agaagaatacttttgattgataatttagctcaagaatagtgtcccacttt
aacaagtctcttggggagcagatgaccccagagggaactatatgtatatc
tagtagtctgtgtatttggcaaaactttgtgtgtcctaaagagaagcagg
gctgggcctgtcaagacttatagatttgatctagaaacttggggcagtat
atagtggccatcccatcctgactatagcttaccaaaggacatagagaccc
ggatgttcccagagaggcagaccagctgaagtgccttattatttcttgtt
agcccaactagattgaacaaacattgtttgatcctgtagcagaagcacat
ctggacattctgatgatgttatctgagataccta
gaattcacagagctcttcctacctctgctgggattaaaggtgtgcatgcc
accatgcccacccagcttaatagtggggtttttaaaccattacatttgga
gtgactttatatagtagtagataaccaaataccataatgtcaacaaaatc
ataatcatgcatgtcttgtagtttacatatcttattgttgttgcatattg
ctcttcagtctttgacaattgacattcataatttataattatgttaatag
tgtggacatacattttatgtctacatgtcatttcatctcattagtcattt
tcactttttattaattttcatgatgatcattaaaactctgatagttcaag
tacactgacctgtgtttttgatgttgctgagcagctagttagctgtttta
tattctacatcctatcaggagaaaatacttacccacctgccacagagagg
aggcccatgcctgtccgtgacttccttaaagtagttttctgtttggggag
gtttttgcttcaggtgttctctatacagtggcagtaatatttttggagtg
gaatttctaggaattgactttcaattggattgaagataatttgaagggag
ggaaagaaaaagagcctgaaaataagcaacaagatgaaaatatgctgagt
tttgctacccaaatggaaggagtcaatgaggtcttgaagtctggtcagtg
tttggttgcagtcgaatttgttggaaagttacagaaaactgtggtatgag
catggaggctgaagacaggattgcagaggtggcggggcagtgtgaggcag
tgcactggggttctcagctaaccctgaaacctaccttgatcagtaacttt
ctagtgttgtttgttgtctggaaggaattacagtttctgccttactggga
ggagtaaaaggtcaggcgtgggagatgagatgatttctgacattgaagtg
acgggagaaagtttattcttgacttctatctggatgcatcatctcgattg
ttttcaccaaacttcccgtcgtcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_24136584_24137736
seq2: B6Ng01-135F05.b_47_1180

seq1  GAATTCAGTCAAGATCAAGCCAGAGTCTGGACCCTGCATCTTCGGTCGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCAAGATCAAGCCAGAGTCTGGACCCTGCATCTTCGGTCGGT  50

seq1  TGTTGCCTAGTTCCCTCATTTGTCTCTGCTGTGTTTTTGAGAGAGCATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCTAGTTCCCTCATTTGTCTCTGCTGTGTTTTTGAGAGAGCATCT  100

seq1  TGCCATGTTGCCTAAGCTGGACTTGAGATCCTGTTTCACCCCTCCCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGTTGCCTAAGCTGGACTTGAGATCCTGTTTCACCCCTCCCCTAA  150

seq1  GTGCACCCCCACTCCTAACCTGTTCTTTCATGGAAAGAATGTATTCTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCCCCACTCCTAACCTGTTCTTTCATGGAAAGAATGTATTCTCAT  200

seq1  GGAGACCCTCTTGGGACAGTTACCACCGAAGCATCTCACTTTCGAGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACCCTCTTGGGACAGTTACCACCGAAGCATCTCACTTTCGAGTGAG  250

seq1  GAATGTAACCCAAAGAGCAAGTTTAGGTGGCAGAGACCACGTAGCCGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAACCCAAAGAGCAAGTTTAGGTGGCAGAGACCACGTAGCCGTTG  300

seq1  GGCATGCTGATGGACTACATCCATCTCTGAAGGTGATGACATGGCTGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCTGATGGACTACATCCATCTCTGAAGGTGATGACATGGCTGTGA  350

seq1  TACATTCTACCTCTAGCACCCTGGTAAGAAAGCACCATCTACAAAAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCTACCTCTAGCACCCTGGTAAGAAAGCACCATCTACAAAAATCA  400

seq1  TTCTTCTGTGATTGATCTAAAGAGTTCTTCTGGGTTCTTGGTAGCAGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGTGATTGATCTAAAGAGTTCTTCTGGGTTCTTGGTAGCAGGCC  450

seq1  TGGCCTGGAACTGATATTCTGGCGCTCTGGGTGCTGGATTCTGCCTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAACTGATATTCTGGCGCTCTGGGTGCTGGATTCTGCCTGTTC  500

seq1  TTCTTTGGCTCTGACCCCTTTCCCTTCGTGCTATCATTTCATACTTGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGCTCTGACCCCTTTCCCTTCGTGCTATCATTTCATACTTGGGG  550

seq1  CCTGTCCCTCAAGGTCCCTTTACCTGCTACAGCCTCCCAATCAAGATGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCCTCAAGGTCCCTTTACCTGCTACAGCCTCCCAATCAAGATGGA  600

seq1  GTGGGCTCCTAGGACTCTGGGCTCTAGCTCAGCTCCAGCCTCTGAAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCCTAGGACTCTGGGCTCTAGCTCAGCTCCAGCCTCTGAAGATT  650

seq1  GCAGCTGAGAATTAATTGCTATTCATTTTTATGTAGGTCACGTTTTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGAGAATTAATTGCTATTCATTTTTATGTAGGTCACGTTTTCTTT  700

seq1  AGAGGAAGTTGATGGGATTTCATTATCTGTGGAAAGCAGCCATACCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGTTGATGGGATTTCATTATCTGTGGAAAGCAGCCATACCAGAA  750

seq1  AGAAGAATACTTTTGATTGATAATTTAGCTCAAGAATAGTGTCCCACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATACTTTTGATTGATAATTTAGCTCAAGAATAGTGTCCCACTTT  800

seq1  AACAAGTCTCTTGGGGAGCAGATGACCCCAGAGGGAACTATATGTATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTCTCTTGGGGAGCAGATGACCCCAGAGGGAACTATATGTATATC  850

seq1  TAGTAGTCTGTGTATTTGGCAAAACTTTGTGTGTCCTAAAGAGAAGCAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTCTGTGTATTTGGCAAAACTTTGTGTGTCCTAAAGAGAAGCAGG  900

seq1  GCTGGGCCTGTCAGGACTTATAGATTTGATCTAGAAACTTGGGGCAGTAT  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCCTGTCAAGACTTATAGATTTGATCTAGAAACTTGGGGCAGTAT  950

seq1  ATAGTGGCCATCCCATCCTGACTAATAGCTTACCAAAGGAACATAGAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |
seq2  ATAGTGGCCATCCCATCCTGACT-ATAGCTTACCAAAGG-ACATAGAG-A  997

seq1  CCCGGATGTTCCCCAGAGAGGCAGACCAGCTGAAAGTGCCTTAATTATAT  1050
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |
seq2  CCCGGATGTT-CCCAGAGAGGCAGACCAGCTG-AAGTGCCTT-ATTAT-T  1043

seq1  TCTTGTTAGCCCCAAACTAGATTGAACAAACAATTGTTTGTATTCACTGT  1100
      ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||   ||||
seq2  TCTTGTTAGCCC--AACTAGATTGAACAAAC-ATTGTTTG-AT--CCTGT  1087

seq1  AGGCAGGAGCAACATTCTGGACATTCCTGATGATGTTATCTGAGGAATAC  1150
      | |||| ||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||
seq2  A-GCAGAAGC-ACA-TCTGGACATT-CTGATGATGTTATCTGAG--ATAC  1131

seq1  CTA  1153
      |||
seq2  CTA  1134

seq1: chr8_24296513_24297551
seq2: B6Ng01-135F05.g_69_1092 (reverse)

seq1  GGACGGACGGGAAGTTTGGGGTGGATACAATCGAGATGCTTGCATCCATG  50
      |||| ||||||||||||  |||| | ||||||||||||  ||||||||  
seq2  GGAC-GACGGGAAGTTT--GGTGAAAACAATCGAGATG-ATGCATCCAGA  46

seq1  TATGAAGTCAAAGAATAAACTGTTCTTCCCGTCACCTCCACTGTCAGAAA  100
      || |||||| ||||||||||| ||| |||||||| || || |||||||||
seq2  TA-GAAGTC-AAGAATAAACT-TTC-TCCCGTCA-CTTCAATGTCAGAAA  91

seq1  TCATCCTCATCTCCCACGCCTGACCTTTTCACTCCTTCCATGTAAGGCAG  150
      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||
seq2  TCAT-CTCATCTCCCACGCCTGACCTTTT-ACTCCTCCCA-GTAAGGCAG  138

seq1  GAACTGTAACTCCTTCCCAGACAACAAACAACACTAGAAAGTTTACTGAT  200
       |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAACTGTAATTCCTT-CCAGACAACAAACAACACTAGAAAG-TTACTGAT  186

seq1  CAAGGTTAGGTTTCAGGGTTAGCTGAGAACCCCAGTGCACTGCCTCACAC  250
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGG-TAGGTTTCAGGGTTAGCTGAGAACCCCAGTGCACTGCCTCACAC  235

seq1  TGCCCCGCCACCTCTGCAATCCTGTCTTCAGCCTCCATGCTCATACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCGCCACCTCTGCAATCCTGTCTTCAGCCTCCATGCTCATACCACA  285

seq1  GTTTTCTGTAACTTTCCAACAAATTCGACTGCAACCAAACACTGACCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGTAACTTTCCAACAAATTCGACTGCAACCAAACACTGACCAGA  335

seq1  CTTCAAGACCTCATTGACTCCTTCCATTTGGGTAGCAAAACTCAGCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGACCTCATTGACTCCTTCCATTTGGGTAGCAAAACTCAGCATAT  385

seq1  TTTCATCTTGTTGCTTATTTTCAGGCTCTTTTTCTTTCCCTCCCTTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCTTGTTGCTTATTTTCAGGCTCTTTTTCTTTCCCTCCCTTCAAA  435

seq1  TTATCTTCAATCCAATTGAAAGTCAATTCCTAGAAATTCCACTCCAAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCAATCCAATTGAAAGTCAATTCCTAGAAATTCCACTCCAAAAA  485

seq1  TATTACTGCCACTGTATAGAGAACACCTGAAGCAAAAACCTCCCCAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTGCCACTGTATAGAGAACACCTGAAGCAAAAACCTCCCCAAACA  535

seq1  GAAAACTACTTTAAGGAAGTCACGGACAGGCATGGGCCTCCTCTCTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTACTTTAAGGAAGTCACGGACAGGCATGGGCCTCCTCTCTGTGG  585

seq1  CAGGTGGGTAAGTATTTTCTCCTGATAGGATGTAGAATATAAAACAGCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGGTAAGTATTTTCTCCTGATAGGATGTAGAATATAAAACAGCTA  635

seq1  ACTAGCTGCTCAGCAACATCAAAAACACAGGTCAGTGTACTTGAACTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTGCTCAGCAACATCAAAAACACAGGTCAGTGTACTTGAACTATC  685

seq1  AGAGTTTTAATGATCATCATGAAAATTAATAAAAAGTGAAAATGACTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTTAATGATCATCATGAAAATTAATAAAAAGTGAAAATGACTAAT  735

seq1  GAGATGAAATGACATGTAGACATAAAATGTATGTCCACACTATTAACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAAATGACATGTAGACATAAAATGTATGTCCACACTATTAACATA  785

seq1  ATTATAAATTATGAATGTCAATTGTCAAAGACTGAAGAGCAATATGCAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAATTATGAATGTCAATTGTCAAAGACTGAAGAGCAATATGCAAC  835

seq1  AACAATAAGATATGTAAACTACAAGACATGCATGATTATGATTTTGTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAGATATGTAAACTACAAGACATGCATGATTATGATTTTGTTGA  885

seq1  CATTATGGTATTTGGTTATCTACTACTATATAAAGTCACTCCAAATGTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGGTATTTGGTTATCTACTACTATATAAAGTCACTCCAAATGTAA  935

seq1  TGGTTTAAAAACCCCACTATTAAGCTGGGTGGGCATGGTGGCATGCACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAAAAACCCCACTATTAAGCTGGGTGGGCATGGTGGCATGCACAC  985

seq1  CTTTAATCCCAGCAGAGGTAGGAAGAGCTCTGTGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATCCCAGCAGAGGTAGGAAGAGCTCTGTGAATTC  1024