BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135P05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,542,664 - 115,661,088
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTerf2ip, LOC672498, LOC100042040, Cntnap4, LOC100042061
Downstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18, Nudt7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135P05.bB6Ng01-135P05.g
ACCDH935860DH935861
length1,202894
definitionDH935860|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135P05, 5' end.DH935861|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,542,664 - 115,543,870)(115,660,195 - 115,661,088)
sequence
gaattctatattgcatctaagatagaaaacggaaaatttacacaaactct
gacctttagaccaaacctggtaggaattttaaaaaagtaaaactctgggt
aaaaaggaggctcatgaggtaaaggtgtttgccacaagcctgaggacctg
atattaattcatcacccacatgtggaaggagagaactgacttctacaaat
tgttctctgacctttatatacaaaccactgtggcatgtctcaacgcatat
aaacacatatatgtatatacacatacaggcacacaaacaacaaatgagta
caagcaaagaaaaagaataaagaaaagaaaaaccaaaaagcccaaattgc
taaatagtagcaaaacaaattcataattgtattcatgattaagggcagaa
tattcaggggaccaaaaccagcttaatatgcaaaatatctttcaacacaa
tttattattaaaatggaacaatgaagacataaggttaggggtggggctaa
tttggcagaaagcttgcttagcattcaggaaattctacacttgatctcct
acattgcacaaagcaggcatttttgtgtaagtctgtaatctcagaattga
agaggtgaaggaaggagtatcagaaactcaaggtcatccttagctactta
gtaagatggatataaccctgggctacttggaagaccctgttactcccccc
caaaagtaaaaaaaacaaagtgccccaagacattttatatcatgacattc
aaagacagaaaattcatatgataacattcaacacgtatatgataaaacat
ctaatcatattaacaattccaagtgtcgaagcttcatatgtcaagtcgtc
cggatcacgcaacactttcctgtttctcattttcttttctctatttctag
ctattgtgggtctgcaagagacacctgtgctggagacttgggggtcggtg
ctgaagtgccaccttagcttgctgctctagtgacttacatcattagaagg
gacagcagctagccagtcttgcattgctccatacccttgcattcactgaa
ttcccccatcagattcatggacttccttgactcaggagtgtatttagctt
tgtaatggaagggtacagccttctcctcttgaatgcacaatactaggact
gggggaaagaaaaacaaatggcaccagaattcagtgagattcttatacgg
gt
gaattcaaggctggcctggaatacataagaccccattcacaaacaagttc
catgcatcaattttaaactaactttttcaaggaatacgggctttaaaagg
cacagtcagccttttgatattgcaacagctctgtcacctgcaaagttcac
tgcttataatttggcaatcaaattacaagatatatttagaaaatcaaaaa
taaaataaaatgtattaagtatgtttatcatttttgcataaggctgcata
catacaaccatctgttataacctatggcatttttaggcaataatgatcaa
catttaagtagaaaatgatcctgcaagattgtaagatcaggctctagtag
acagtagagtctcaggataaaatatatgcagctgtttttgctccccttca
acagaaactgacaggcaccacactgacacattgtctgtgaacccctgcct
agtagacttccctgtgccaggatatggcacttggaaagtgagtttacatc
aaagccacattctcaaaacaattcactctcttctctgtcacccatcagaa
aagctataccagtaaagtcttgccaacatggctgcctaaatgtaaactga
gcaaggacaacaccaatcgatgtgctgacacagaaagctcactggttctc
agtcctgcagaaggtaagggatgctaaacgtgggagaaaaggtttatttc
cagagaagaacataataattgattatccagtgccaattgatcaaccctga
gcacatgtatatggataacattatacagactgagcagctcatatgcaggt
atatatgcatgcagcaattattaataggtgggaaggctattaattttaag
gagatcagggaggggtatattggaggacttggagggaggaaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115542664_115543870
seq2: B6Ng01-135P05.b_46_1247

seq1  GAATTCTATATTGCATCTAAGATAGAAAACGGAAAATTTACACAAACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATTGCATCTAAGATAGAAAACGGAAAATTTACACAAACTCT  50

seq1  GACCTTTAGACCAAACCTGGTAGGAATTTTAAAAAAGTAAAACTCTGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTAGACCAAACCTGGTAGGAATTTTAAAAAAGTAAAACTCTGGGT  100

seq1  AAAAAGGAGGCTCATGAGGTAAAGGTGTTTGCCACAAGCCTGAGGACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAGGCTCATGAGGTAAAGGTGTTTGCCACAAGCCTGAGGACCTG  150

seq1  ATATTAATTCATCACCCACATGTGGAAGGAGAGAACTGACTTCTACAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATTCATCACCCACATGTGGAAGGAGAGAACTGACTTCTACAAAT  200

seq1  TGTTCTCTGACCTTTATATACAAACCACTGTGGCATGTCTCAACGCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGACCTTTATATACAAACCACTGTGGCATGTCTCAACGCATAT  250

seq1  AAACACATATATGTATATACACATACAGGCACACAAACAACAAATGAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATATATGTATATACACATACAGGCACACAAACAACAAATGAGTA  300

seq1  CAAGCAAAGAAAAAGAATAAAGAAAAGAAAAACCAAAAAGCCCAAATTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAAGAAAAAGAATAAAGAAAAGAAAAACCAAAAAGCCCAAATTGC  350

seq1  TAAATAGTAGCAAAACAAATTCATAATTGTATTCATGATTAAGGGCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGTAGCAAAACAAATTCATAATTGTATTCATGATTAAGGGCAGAA  400

seq1  TATTCAGGGGACCAAAACCAGCTTAATATGCAAAATATCTTTCAACACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGGGACCAAAACCAGCTTAATATGCAAAATATCTTTCAACACAA  450

seq1  TTTATTATTAAAATGGAACAATGAAGACATAAGGTTAGGGGTGGGGCTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATTAAAATGGAACAATGAAGACATAAGGTTAGGGGTGGGGCTAA  500

seq1  TTTGGCAGAAAGCTTGCTTAGCATTCAGGAAATTCTACACTTGATCTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAGAAAGCTTGCTTAGCATTCAGGAAATTCTACACTTGATCTCCT  550

seq1  ACATTGCACAAAGCAGGCATTTTTGTGTAAGTCTGTAATCTCAGAATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCACAAAGCAGGCATTTTTGTGTAAGTCTGTAATCTCAGAATTGA  600

seq1  AGAGGTGAAGGAAGGAGTATCAGAAACTCAAGGTCATCCTTAGCTACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGAAGGAAGGAGTATCAGAAACTCAAGGTCATCCTTAGCTACTTA  650

seq1  GTAAGATGGATATAACCCTGGGCTACTTGGAAGACCCTGTTACTCCCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATGGATATAACCCTGGGCTACTTGGAAGACCCTGTTACTCCCCCC  700

seq1  CAAAAGTAAAAAAAACAAAGTGCCCCAAGACATTTTATATCATGACATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTAAAAAAAACAAAGTGCCCCAAGACATTTTATATCATGACATTC  750

seq1  AAAGACAGAAAATTCATATGATAACATTCAACACGTATATGATAAAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGAAAATTCATATGATAACATTCAACACGTATATGATAAAACAT  800

seq1  CTAATCATATTAACAATTCCAAGTGTCGAAGCTTCATATGTCAAGTCGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCATATTAACAATTCCAAGTGTCGAAGCTTCATATGTCAAGTCGTC  850

seq1  CGGATCACGCAACACTTTCCTGTTTCTCATTTTCTTTTCTCTATTTCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCACGCAACACTTTCCTGTTTCTCATTTTCTTTTCTCTATTTCTAG  900

seq1  CTATTGTGGGTCTGCAAGAGACACCTGTGCTGGAGACTTGGGGGTCGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGGGTCTGCAAGAGACACCTGTGCTGGAGACTTGGGGGTCGGTG  950

seq1  CTGAAGTGCCACCTTAGCTTGCTGCTCTAGTGACTTACATCATTAGAAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTGCCACCTTAGCTTGCTGCTCTAGTGACTTACATCATTAGAAGG  1000

seq1  GACAGCAGCTAGCCAGTCTTGCAATTGCTCCATACCCTTGCATTCACTGA  1050
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGCTAGCCAGTCTTGC-ATTGCTCCATACCCTTGCATTCACTGA  1049

seq1  ATTCCCCCATCAGATTCATTGAC-TCCCTGACTCAAGAGTGTATTTAGCT  1099
      ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTCCCCCATCAGATTCATGGACTTCCTTGACTCAGGAGTGTATTTAGCT  1099

seq1  TTGTAAT-GAAGGGTACCAGCTTCTCCTACATGATATGCACAATACTAAG  1148
      ||||||| |||||||||   |||||||| | ||| ||||||||||||| |
seq2  TTGTAATGGAAGGGTACAGCCTTCTCCT-CTTGA-ATGCACAATACTAGG  1147

seq1  ACTGGGGGAAAAAAAAAACCAAAATGGCA-CAGATTCCAGT-AGATTCTT  1196
      ||||||||||| |||||    |||||||| |||| | |||| ||||||||
seq2  ACTGGGGGAAAGAAAAA---CAAATGGCACCAGAATTCAGTGAGATTCTT  1194

seq1  TACTCACGGGT  1207
           ||||||
seq2  ---ATACGGGT  1202

seq1: chr8_115660195_115661088
seq2: B6Ng01-135P05.g_71_964 (reverse)

seq1  CCTTTCCTCCCTCCAAGTCCTCCAATATACCCCTCCCTGATCTCCTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTCCCTCCAAGTCCTCCAATATACCCCTCCCTGATCTCCTTAAA  50

seq1  ATTAATAGCCTTCCCACCTATTAATAATTGCTGCATGCATATATACCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAGCCTTCCCACCTATTAATAATTGCTGCATGCATATATACCTGC  100

seq1  ATATGAGCTGCTCAGTCTGTATAATGTTATCCATATACATGTGCTCAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGCTGCTCAGTCTGTATAATGTTATCCATATACATGTGCTCAGGG  150

seq1  TTGATCAATTGGCACTGGATAATCAATTATTATGTTCTTCTCTGGAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCAATTGGCACTGGATAATCAATTATTATGTTCTTCTCTGGAAATA  200

seq1  AACCTTTTCTCCCACGTTTAGCATCCCTTACCTTCTGCAGGACTGAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTTCTCCCACGTTTAGCATCCCTTACCTTCTGCAGGACTGAGAAC  250

seq1  CAGTGAGCTTTCTGTGTCAGCACATCGATTGGTGTTGTCCTTGCTCAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCTTTCTGTGTCAGCACATCGATTGGTGTTGTCCTTGCTCAGTT  300

seq1  TACATTTAGGCAGCCATGTTGGCAAGACTTTACTGGTATAGCTTTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTAGGCAGCCATGTTGGCAAGACTTTACTGGTATAGCTTTTCTGA  350

seq1  TGGGTGACAGAGAAGAGAGTGAATTGTTTTGAGAATGTGGCTTTGATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGACAGAGAAGAGAGTGAATTGTTTTGAGAATGTGGCTTTGATGTA  400

seq1  AACTCACTTTCCAAGTGCCATATCCTGGCACAGGGAAGTCTACTAGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACTTTCCAAGTGCCATATCCTGGCACAGGGAAGTCTACTAGGCAG  450

seq1  GGGTTCACAGACAATGTGTCAGTGTGGTGCCTGTCAGTTTCTGTTGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCACAGACAATGTGTCAGTGTGGTGCCTGTCAGTTTCTGTTGAAGG  500

seq1  GGAGCAAAAACAGCTGCATATATTTTATCCTGAGACTCTACTGTCTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAAAACAGCTGCATATATTTTATCCTGAGACTCTACTGTCTACTA  550

seq1  GAGCCTGATCTTACAATCTTGCAGGATCATTTTCTACTTAAATGTTGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGATCTTACAATCTTGCAGGATCATTTTCTACTTAAATGTTGATC  600

seq1  ATTATTGCCTAAAAATGCCATAGGTTATAACAGATGGTTGTATGTATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGCCTAAAAATGCCATAGGTTATAACAGATGGTTGTATGTATGCA  650

seq1  GCCTTATGCAAAAATGATAAACATACTTAATACATTTTATTTTATTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATGCAAAAATGATAAACATACTTAATACATTTTATTTTATTTTTG  700

seq1  ATTTTCTAAATATATCTTGTAATTTGATTGCCAAATTATAAGCAGTGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAAATATATCTTGTAATTTGATTGCCAAATTATAAGCAGTGAAC  750

seq1  TTTGCAGGTGACAGAGCTGTTGCAATATCAAAAGGCTGACTGTGCCTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGGTGACAGAGCTGTTGCAATATCAAAAGGCTGACTGTGCCTTTT  800

seq1  AAAGCCCGTATTCCTTGAAAAAGTTAGTTTAAAATTGATGCATGGAACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCCGTATTCCTTGAAAAAGTTAGTTTAAAATTGATGCATGGAACTT  850

seq1  GTTTGTGAATGGGGTCTTATGTATTCCAGGCCAGCCTTGAATTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGAATGGGGTCTTATGTATTCCAGGCCAGCCTTGAATTC  894