BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136O01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 79,471,786 - 79,612,764
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNr3c2
Upstream gene1700007B14Rik, LOC100039185, EG631594, LOC666226, LOC100039211, LOC384847
Downstream geneArhgap10, LOC100039235, AI931714, Tmem34, Ednra, EG622803
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136O01.bB6Ng01-136O01.g
ACCDH936535DH936536
length1,0561,132
definitionDH936535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O01, 5' end.DH936536|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,611,702 - 79,612,764)(79,471,786 - 79,472,798)
sequence
gaattctggggctcgttccatttcgaatttagtgacttgggaccgccatt
ttaccttgatggatcagtgtcacaaagggaatccctgtgtttattcaaat
attcatatgatggatcagtgtcacaaagggaatccctgtgtttattcaaa
tattcatatggtggctagttatacctatagccttcttaggctctcaagaa
gggatgtcctacctctaaagaattcttgtttgtgatgatcaatgttgtct
taactgtgtgacacccaaaggtgcctccagataagcattgtgagagaggc
tcagggcagggacctgcgcagattggcaatacaaaatcccatccaaggac
tctccccagactccaagacccccagattttcccagatgtcccttgagaac
tgtgagtctaggatgatgttaccatctcaagaggcttccataagctggca
tggagctcagagtgtggtgtggcatgctgtttattctggtgaaatgttcc
ctaatcattccttgggattatgatgggccctttagcttagctttaattgg
ctctcctcttctctgattcctctacctactattgctgcctcaaattctcc
actactatagtctaaaatggggcttaagggtatcaaagaagcaagcatat
gtatatttacaagttacattacgtgtactcatgttcacacatactaaggg
caccaagtaggttctttttgatactttaaatacccctttaatatccaagt
tggcatgaatgaacaaaatgggaggctggagttttcatgacaattgcaaa
gaacaaattataagagtttggtaggatctgggcttggagtggagagagtg
caagggaaaacaaaaaacaaatgtgaattcacaaatgtaaacacaaagaa
gctttggatatttgtattttaaatacacccttgttagaatagccaaattc
caaatttaatatggatgaaatctactaatgcaaatcttaggctctgggta
ttactcagtggtacagcatttgcctagcaatgcatgactgtcctagatct
taacac
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtgagaatggctaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcgaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaggcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatagtactaccggaggatccagcaatacctctcctgggc
atatatccagaagaagccccaactggtaagaaggacacatgctccactat
gttcatagcagccttatttataatagccagaaactggaaagaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatctacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctagccaa
atggatggacctggagagcatcatcctgagtgaggtaacacaatcacaaa
ggaactcacacaatatgtactcgctacttgaaatttaactgctcagtgac
ttggtatgattataattcactaaaacttcagtacatgagttttgaaatgt
cagatttcccacatgcattgaagtgtatgagcttagaagatttggctaag
tatatgcgtttatttctggtttctttaagtcagttaaatttgattatgat
tttatccttcaggtaacattcttgcaagcaaatattacaaataaattgtg
ggatgaaaaataaaaaccatcctgtagcctttcattgcctgctccaagca
cgcccctaagtacactttgccactttattgttttcttgtgcgtcaatatt
gtttgaatatcatttatcattttccttttaaaaattcatcaggatccatg
tgtattagtatgaatttgaatttccagatgggatgggtggatcataagtg
ttagaaaacgtttactggaattgaggcgagacatctgcactgggcatccg
actaatgacacaccagcaatggaggtgtcctgcttacagggtcttatgca
tacacatttggcattcatcccaggtcattcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_79611702_79612764
seq2: B6Ng01-136O01.b_49_1104 (reverse)

seq1  GTGTTAAGATCTAGGGACAGTCATGCATTGCTAGGCAAATGCTGTACCAC  50
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAGATCTA-GGACAGTCATGCATTGCTAGGCAAATGCTGTACCAC  49

seq1  TGAGTAATACCCAGAGCCCTAAGATTTGCATTAGTAGATTTCATTCCATA  100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAGTAATACCCAGAG-CCTAAGATTTGCATTAGTAGATTTCA-TCCATA  97

seq1  TTAAATTTGGAATTTGGCTTATTCTAACAAGGGTGTATTTAAAATACAAA  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTGGAATTTGGC-TATTCTAACAAGGGTGTATTTAAAATACAAA  146

seq1  TATCCAAAGCCTTCTTTGTGTTTACATTTGTGAATTTCACATTTGTTTTT  200
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TATCCAAAG-CTTCTTTGTGTTTACATTTGTGAA-TTCACATTTGTTTTT  194

seq1  TGTTTTCCCCTTGCACTCTCTCCACTCCAAGCCCAGATCCTACCAAACTC  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTT-CCCTTGCACTCTCTCCACTCCAAGCCCAGATCCTACCAAACTC  243

seq1  TTATAATTTGTTCTTTGCAATTGTCATGAAAACTCCAGCCTCCCATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTGTTCTTTGCAATTGTCATGAAAACTCCAGCCTCCCATTTTG  293

seq1  TTCATTCATGCCAACTTGGATATTAAAGGGGTATTTAAAGTATCAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCATGCCAACTTGGATATTAAAGGGGTATTTAAAGTATCAAAAAG  343

seq1  AACCTACTTGGTGCCCTTAGTATGTGTGAACATGAGTACACGTAATGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACTTGGTGCCCTTAGTATGTGTGAACATGAGTACACGTAATGTAA  393

seq1  CTTGTAAATATACATATGCTTGCTTCTTTGATACCCTTAAGCCCCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAATATACATATGCTTGCTTCTTTGATACCCTTAAGCCCCATTTT  443

seq1  AGACTATAGTAGTGGAGAATTTGAGGCAGCAATAGTAGGTAGAGGAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATAGTAGTGGAGAATTTGAGGCAGCAATAGTAGGTAGAGGAATCA  493

seq1  GAGAAGAGGAGAGCCAATTAAAGCTAAGCTAAAGGGCCCATCATAATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGGAGAGCCAATTAAAGCTAAGCTAAAGGGCCCATCATAATCCC  543

seq1  AAGGAATGATTAGGGAACATTTCACCAGAATAAACAGCATGCCACACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATGATTAGGGAACATTTCACCAGAATAAACAGCATGCCACACCAC  593

seq1  ACTCTGAGCTCCATGCCAGCTTATGGAAGCCTCTTGAGATGGTAACATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGAGCTCCATGCCAGCTTATGGAAGCCTCTTGAGATGGTAACATCA  643

seq1  TCCTAGACTCACAGTTCTCAAGGGACATCTGGGAAAATCTGGGGGTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGACTCACAGTTCTCAAGGGACATCTGGGAAAATCTGGGGGTCTTG  693

seq1  GAGTCTGGGGAGAGTCCTTGGATGGGATTTTGTATTGCCAATCTGCGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGGGAGAGTCCTTGGATGGGATTTTGTATTGCCAATCTGCGCAG  743

seq1  GTCCCTGCCCTGAGCCTCTCTCACAATGCTTATCTGGAGGCACCTTTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGCCCTGAGCCTCTCTCACAATGCTTATCTGGAGGCACCTTTGGG  793

seq1  TGTCACACAGTTAAGACAACATTGATCATCACAAACAAGAATTCTTTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACACAGTTAAGACAACATTGATCATCACAAACAAGAATTCTTTAGA  843

seq1  GGTAGGACATCCCTTCTTGAGAGCCTAAGAAGGCTATAGGTATAACTAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGACATCCCTTCTTGAGAGCCTAAGAAGGCTATAGGTATAACTAGC  893

seq1  CACCATATGAATATTTGAATAAACACAGGGATTCCCTTTGTGACACTGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATATGAATATTTGAATAAACACAGGGATTCCCTTTGTGACACTGAT  943

seq1  CCATCATATGAATATTTGAATAAACACAGGGATTCCCTTTGTGACACTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATATGAATATTTGAATAAACACAGGGATTCCCTTTGTGACACTGA  993

seq1  TCCATCAAGGTAAAATGGCGGTCCCAAGTCACTAAATTCGAAATGGAACG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAAGGTAAAATGGCGGTCCCAAGTCACTAAATTCGAAATGGAACG  1043

seq1  AGCCCCAGAATTC  1063
      |||||||||||||
seq2  AGCCCCAGAATTC  1056

seq1: chr8_79471786_79472798
seq2: B6Ng01-136O01.g_181_1201

seq1  CCAGTGAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGAATGGCTAAGATCAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCG  50

seq1  AGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGTTGGTGGGATTGCAGGC  100

seq1  TTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGAC  150

seq1  ATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGA  200

seq1  AGAAGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCCCCAACTGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAG  250

seq1  CCTTATTTATAATAGCCAGAAACTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTATAATAGCCAGAAACTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACA  300

seq1  GAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGGATACAGAAAATGTGGTACATCTACACAATGGAGTACTACTC  350

seq1  AGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACC  400

seq1  TGGAGAGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAGGAACTCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAGGAACTCACAC  450

seq1  AATATGTACTCGCTACTTGAAATTTAACTGCTCAGTGACTTGGTATGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTACTCGCTACTTGAAATTTAACTGCTCAGTGACTTGGTATGATT  500

seq1  ATAATTCACTAAAACTTCAGTACATGAGTTTTGAAATGTCAGATTTCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCACTAAAACTTCAGTACATGAGTTTTGAAATGTCAGATTTCCCA  550

seq1  CATGCATTGAAGTGTATGAGCTTAGAAGATTTGGCTAAGTATATGCGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATTGAAGTGTATGAGCTTAGAAGATTTGGCTAAGTATATGCGTTT  600

seq1  ATTTCTGGTTTCTTTAAGTCAGTTAAATTTGATTATGATTTTATCCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGTTTCTTTAAGTCAGTTAAATTTGATTATGATTTTATCCTTCA  650

seq1  GGTAACATTCTTGCAAGCAAATATTACAAATAAATTGT-GGATG-AAAAT  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GGTAACATTCTTGCAAGCAAATATTACAAATAAATTGTGGGATGAAAAAT  700

seq1  AAAAACCATCCTGTAGCCTTTCATTGCCTGCTCCAAGCACGCCCCTAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCATCCTGTAGCCTTTCATTGCCTGCTCCAAGCACGCCCCTAAGT  750

seq1  ACACTTTGCCACTTTATTGTTTTCTTGTGCGTCAATATTGTTTGAATATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTGCCACTTTATTGTTTTCTTGTGCGTCAATATTGTTTGAATATC  800

seq1  ATTTTATCATTTTTCCTTTTAAAAATTCATCAGGATCCATGTGTATTAGT  848
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTATCA-TTTTCCTTTTAAAAATTCATCAGGATCCATGTGTATTAGT  848

seq1  ATGAATTTGAATTTCTAGATGGGAT-GGTGGATCATAAGTGTTAGAAAAC  897
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTGAATTTCCAGATGGGATGGGTGGATCATAAGTGTTAGAAAAC  898

seq1  GTTTACTTGAAATGA-GCGAGGCA-CTGCACT-GGCATCAGACTAATGAC  944
      ||||||| ||| ||| ||||| || ||||||| |||||| ||||||||||
seq2  GTTTACTGGAATTGAGGCGAGACATCTGCACTGGGCATCCGACTAATGAC  948

seq1  ACA-CAGC-ATGGA-GTGCTCTGCTTACA-GGTCTTATGCATACACATTT  990
      ||| |||| ||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCAATGGAGGTGTCCTGCTTACAGGGTCTTATGCATACACATTT  998

seq1  -GCATTCACTCCCAGGTCATTCTA  1013
       ||||||| |||||||||||||||
seq2  GGCATTCA-TCCCAGGTCATTCTA  1021