BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137G19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,015,451 - 17,153,803
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream genenone
Downstream geneLOC665638, LOC100040466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137G19.bB6Ng01-137G19.g
ACCDH936945DH936946
length1,0891,027
definitionDH936945|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137G19, 5' end.DH936946|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137G19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,152,702 - 17,153,803)(17,015,451 - 17,016,484)
sequence
gaattcattttaaaatctatatttgacttggaaaactgtaattgaatgct
gctctgcagctggggatagggaggtgtgtgggcttgccacagctgtgcag
ctccttgggctacttctacacagaccattggctggagctgcctgaggctg
gctggctcagaaaattacagcccaggacttgctttaaccccattctctct
gaaagtgcactggatgtggctgcttaatccaattttccttgaagttatta
catatggcatacctaagagaaacctctcctctcctcctcattcattcata
ttcgctctctctctctctctcatacacacacacacacagagagagagaga
cagagagagagacagagagagagagacagagagagagacagagagagaca
gagagagaaagggagagagagagagactttttcaatcattctgtctggaa
acgagtcaaagaaaattgagacagaatgctaaggagctgttctgcaatta
aaataagatgtttctagaaaacagaatacatagcaaaggctgtttaatgc
atatcttctgtctgaaccttaaagaacagtttgcccaagatggttaatat
ctgttattacattagctacaagggttccctgctgtacaacccacattatc
tacttttggcctagcaattccaaaatgtatgaagaagtaagaaaagcaga
tattggctaagctagcaagatgggagaaaattcagtcacatgaagaaaac
aggacatggtggaaaggggatgtggcagatatcaaaggaaattgggagtc
tgttccactgtaatttttaaaagtattttaaatgtgggatgcatttacac
attatttctagtctttcttgctttttttttcttatgaatcattgttctgt
agttattcgtgtgttcaaatatatcaaaatgcccctctcactactctttg
ttctattattctatggtttagaaaacaggatgccacagtttcaaatttat
gcttggacatataaagtaattgaagcaatacaatggttcctgatgtcaca
ctcggttttgtaatgtcttcattgttggcataagagtgg
gaattctttccgaaataatcaatccagactttttggtgcacatgtctgta
gtgcgacatatgggatggctctgaacaagtgtgaagccttagaaactgaa
gcctcagacgggaagtgttgaaaccccaccacactaagacagacaacact
cccgatggtgaaatgcctttagctacagcttccagtttctttccctccca
cgttcccacagagctgcaggactctcagatgtcccacacgccagctgtcc
actctctagcccactctcctccccaaatgcagttttgcatcccagcattc
taatatttaaaaaacatgtttttgaaaatatacgcctgactggaaaacaa
aacctaagctggggatgtatttcatttccatgaaaccaaaggcatgtctg
ggacacacaagtctgtgttgcaagttgaacctcctgcagcagtgtttttt
cctccttttatccaaggttatgaaagaaatacaaagtcatcttccaaact
cacacttaatgtctgttaggaaatgcaagaaccccgagactacctggaaa
tcctggactctgcatattcatttataaaagtgttttagctccaggttttc
aaggtttgtggagttacagagacaaagtgtggaacagagactgaaggaaa
gtccatctagagactgccccacctgggtgatccatcccatatgcaaccat
caaacccagacactattatggatgccaacaagtacttgctgactggagcc
tgatatagctgtctcctgagagactatgccagtacctgctaaatacagaa
atggatgctcacagctattcattggatgaagcaaagggtccccaatgaaa
ggagctagagaagttccaaaggagccgaaggggtttgtagcccatggagg
aacacatatgatcaaccagtacccgcagagctccctgggactaaaccacc
aaccaagaaaacacatggtgggactcatggttcagcttcatatgtagcag
agatggcctagtcagtcgtcatgggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17152702_17153803
seq2: B6Ng01-137G19.b_44_1132 (reverse)

seq1  CCACATCTTATGCCAAAACAATGAAGGCCATTACAAAACCGAGTGTGACA  50
      |||| |||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAC-TCTTATGCC--AACAATGAA-GACATTACAAAACCGAGTGTGAC-  45

seq1  ATCCAGGGAACCATTGTATTGCTTCAATTAACTTTATATGTCCAAGCATT  100
      |||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  ATC--AGGAACCATTGTATTGCTTCAATT-ACTTTATATGTCCAAGCA-T  91

seq1  AAATTATGAAACCTGTGGCATCCTGTTTCTAAAACCATAAGAATAATAGA  150
      ||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||
seq2  AAATT-TGAAA-CTGTGGCATCCTGTTTTCTAAACCAT-AGAATAATAGA  138

seq1  ACAAAGAGTAGTGAGAGGGGCATTTTGATAATATTTGAACACACGAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAGTAGTGAGAGGGGCATTTTGAT-ATATTTGAACACACGAATAA  187

seq1  CTACAGAACAATGATTCATAAGAAAAAAAAAGCAAGAAAGACTAGAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAACAATGATTCATAAGAAAAAAAAAGCAAGAAAGACTAGAAATA  237

seq1  ATGTGTAAATGCATCCCACATTTAAAATACTTTTAAAAATTACAGTGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTAAATGCATCCCACATTTAAAATACTTTTAAAAATTACAGTGGAA  287

seq1  CAGACTCCCAATTTCCTTTGATATCTGCCACATCCCCTTTCCACCATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCCCAATTTCCTTTGATATCTGCCACATCCCCTTTCCACCATGTC  337

seq1  CTGTTTTCTTCATGTGACTGAATTTTCTCCCATCTTGCTAGCTTAGCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTTCATGTGACTGAATTTTCTCCCATCTTGCTAGCTTAGCCAA  387

seq1  TATCTGCTTTTCTTACTTCTTCATACATTTTGGAATTGCTAGGCCAAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTTTTCTTACTTCTTCATACATTTTGGAATTGCTAGGCCAAAAG  437

seq1  TAGATAATGTGGGTTGTACAGCAGGGAACCCTTGTAGCTAATGTAATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAATGTGGGTTGTACAGCAGGGAACCCTTGTAGCTAATGTAATAAC  487

seq1  AGATATTAACCATCTTGGGCAAACTGTTCTTTAAGGTTCAGACAGAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTAACCATCTTGGGCAAACTGTTCTTTAAGGTTCAGACAGAAGAT  537

seq1  ATGCATTAAACAGCCTTTGCTATGTATTCTGTTTTCTAGAAACATCTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTAAACAGCCTTTGCTATGTATTCTGTTTTCTAGAAACATCTTAT  587

seq1  TTTAATTGCAGAACAGCTCCTTAGCATTCTGTCTCAATTTTCTTTGACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCAGAACAGCTCCTTAGCATTCTGTCTCAATTTTCTTTGACTC  637

seq1  GTTTCCAGACAGAATGATTGAAAAAGTCTCTCTCTCTCTCCCTTTCTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGACAGAATGATTGAAAAAGTCTCTCTCTCTCTCCCTTTCTCTC  687

seq1  TCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTC  737

seq1  TGTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGAGAGCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGAGAGCG  787

seq1  AATATGAATGAATGAGGAGGAGAGGAGAGGTTTCTCTTAGGTATGCCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGAATGAATGAGGAGGAGAGGAGAGGTTTCTCTTAGGTATGCCATA  837

seq1  TGTAATAACTTCAAGGAAAATTGGATTAAGCAGCCACATCCAGTGCACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATAACTTCAAGGAAAATTGGATTAAGCAGCCACATCCAGTGCACTT  887

seq1  TCAGAGAGAATGGGGTTAAAGCAAGTCCTGGGCTGTAATTTTCTGAGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGAATGGGGTTAAAGCAAGTCCTGGGCTGTAATTTTCTGAGCCA  937

seq1  GCCAGCCTCAGGCAGCTCCAGCCAATGGTCTGTGTAGAAGTAGCCCAAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTCAGGCAGCTCCAGCCAATGGTCTGTGTAGAAGTAGCCCAAGG  987

seq1  AGCTGCACAGCTGTGGCAAGCCCACACACCTCCCTATCCCCAGCTGCAGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCACAGCTGTGGCAAGCCCACACACCTCCCTATCCCCAGCTGCAGA  1037

seq1  GCAGCATTCAATTACAGTTTTCCAAGTCAAATATAGATTTTAAAATGAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATTCAATTACAGTTTTCCAAGTCAAATATAGATTTTAAAATGAAT  1087

seq1  TC  1102
      ||
seq2  TC  1089

seq1: chr8_17015451_17016484
seq2: B6Ng01-137G19.g_65_1091

seq1  GAATTCTTTCCGAAATAATCAATCCAGACTTTTTGGTGCACATGTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCGAAATAATCAATCCAGACTTTTTGGTGCACATGTCTGTA  50

seq1  GTGCGACATATGGGATGGCTCTGAACAAGTGTGAAGCCTTAGAAACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGACATATGGGATGGCTCTGAACAAGTGTGAAGCCTTAGAAACTGAA  100

seq1  GCCTCAGACGGGAAGTGTTGAAACCCCACCACACTAAGACAGACAACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGACGGGAAGTGTTGAAACCCCACCACACTAAGACAGACAACACT  150

seq1  CCCGATGGTGAAATGCCTTTAGCTACAGCTTCCAGTTTCTTTCCCTCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGATGGTGAAATGCCTTTAGCTACAGCTTCCAGTTTCTTTCCCTCCCA  200

seq1  CGTTCCCACAGAGCTGCAGGACTCTCAGATGTCCCACACGCCAGCTGTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCCACAGAGCTGCAGGACTCTCAGATGTCCCACACGCCAGCTGTCC  250

seq1  ACTCTCTAGCCCACTCTCCTCCCCAAATGCAGTTTTGCATCCCAGCATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTAGCCCACTCTCCTCCCCAAATGCAGTTTTGCATCCCAGCATTC  300

seq1  TAATATTTAAAAAACATGTTTTTGAAAATATACGCCTGACTGGAAAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTAAAAAACATGTTTTTGAAAATATACGCCTGACTGGAAAACAA  350

seq1  AACCTAAGCTGGGGATGTATTTCATTTCCATGAAACCAAAGGCATGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAGCTGGGGATGTATTTCATTTCCATGAAACCAAAGGCATGTCTG  400

seq1  GGACACACAAGTCTGTGTTGCAAGTTGAACCTCCTGCAGCAGTGTTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACACAAGTCTGTGTTGCAAGTTGAACCTCCTGCAGCAGTGTTTTTT  450

seq1  CCTCCTTTTATCCAAGGTTATGAAAGAAATACAAAGTCATCTTCCAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTTTATCCAAGGTTATGAAAGAAATACAAAGTCATCTTCCAAACT  500

seq1  CACACTTAATGTCTGTTAGGAAATGCAAGAACCCCGAGACTACCTGGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTAATGTCTGTTAGGAAATGCAAGAACCCCGAGACTACCTGGAAA  550

seq1  TCCTGGACTCTGCATATTCATTTATAAAAGTGTTTTAGCTCCAGGTTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGACTCTGCATATTCATTTATAAAAGTGTTTTAGCTCCAGGTTTTC  600

seq1  AAGGTTTGTGGAGTTACAGAGACAAAGTGTGGAACAGAGACTGAAGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGTGGAGTTACAGAGACAAAGTGTGGAACAGAGACTGAAGGAAA  650

seq1  GTCCATCTAGAGACTGCCCCACCTGGGTGATCCATCCCATATGCAACCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCTAGAGACTGCCCCACCTGGGTGATCCATCCCATATGCAACCAT  700

seq1  CAAACCCAGACACTATTATGGATGCCAACAAGTACTTGCTGACTGGAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCCAGACACTATTATGGATGCCAACAAGTACTTGCTGACTGGAGCC  750

seq1  TGATATAGCTGTCTCCTGAGAGACTATGCCAGTACCTGCTAAATACAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATAGCTGTCTCCTGAGAGACTATGCCAGTACCTGCTAAATACAGAA  800

seq1  ATGGATGCTCACAGCTATTCATTGGATGAAGCAAAGGGTCCCCAATG-AA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGGATGCTCACAGCTATTCATTGGATGAAGCAAAGGGTCCCCAATGAAA  850

seq1  GGAGCTAGAGAAAGTTCCAAAGGAGCCGAAGGGGTTTGTAGCCCCATGGA  899
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGAGCTAGAG-AAGTTCCAAAGGAGCCGAAGGGGTTTGTAG-CCCATGGA  898

seq1  GGAACAACAATATGAATCAACCAGTACCCGCAGAGCTCCCTGGGACTAAA  949
      ||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACA--CATATG-ATCAACCAGTACCCGCAGAGCTCCCTGGGACTAAA  945

seq1  CCACCAACCAAAGAAAACACATGGTGGGACTCATGGTCCAGCTTCATATG  999
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCACCAACC-AAGAAAACACATGGTGGGACTCATGGTTCAGCTTCATATG  994

seq1  TAGCAGAGAATGGCCTAGTCAGTCGTCATTGGGAG  1034
      |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAGCAGAG-ATGGCCTAGTCAGTCGTCA-TGGGAG  1027