BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137P03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,735,150 - 12,899,682
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp11a, LOC100040229
Upstream geneArhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3
Downstream geneMcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137P03.bB6Ng01-137P03.g
ACCDH937330DH937331
length8501,061
definitionDH937330|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137P03, 5' end.DH937331|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,735,150 - 12,735,999)(12,898,620 - 12,899,682)
sequence
gaattcccgatgtcatcacagatccccatggccttgtgggtagaagcgtc
ttatcacacagaggctgttgatgtaaacctaggttcctcactgggaagga
agggcctcagagtcctccccggggcctgaaggacctcacaacttgtcaac
ttgtgtccattccactctctcccaggacagagacccaatctacttcctac
cacccagggggcaagtagtgccgaggggcagagagaagcctcgctaccca
gatagatgtctgtctgcccaggactgagaggccctttacacataggcctc
atttgcttcaaccatccatggtggtgagattccacagtgctaaaacaagt
gtccctgtctcaccacaggggctgctagatgctggtcccttcttcccaca
ttgtaactgacagctttaggtcacaccgattcccaccattggcttacatg
ggttagacttcaggcactgctgtcatctgctgtcatttttagctgaggtt
gcttcttggaacatgtgttagtgggcaggacccacatggcacacatggca
cacactctgctctggccttgctggtactggagagacaagaacacctagct
ctgagtgtggcttactctcacatgtttaatagtctacagtaccagcgagc
agtgtaaggccgtacatttgcaaacgctgtgggtttagttctgttttcag
acttggaagttttaaaacccagccttccaggctcctcccatccccggtca
gggtttttccttaggtggctttgtaggaagttgtttaaaatcaggtacag
gagataaagtggaaaattgatacttgcagctgtgtgggggaggagggagt

gaattcctggtatggaaacagtggacagtagacaccaaccactcaccaca
ctgatcgacactcctagcccctccctgtgccctctgctccaacgacccta
gctctgcttctgttgttccactgtacaacaggaaggatgctgtgtgatta
gggtcctatagcacaggctccttggaagctgtcttcttactggggggctt
ctacagaggtccctcagagaagaggccccatgctccctccctcttggctg
agtcatggtatgtattccataggtctaacctatcatctaccgagggacat
ctggtttcgttacaggttataaagcgaatcataaacgtgcatttgggcga
tcaagcatgcccatccgcctctcggaatgagtccccaggagcgtgacctt
caccacctctggaaaatctgcatgctttctcttcaaagttgccatgatgt
ctgccccagcgcacaggcgagcctgtctcaccaagttctctggcgttcga
atggtcaccgctttcagtgttagctgttcttctgggtgaggacaggtgac
ccgttcagctgccactcaacagggctgtccactcctgtggctgagtctga
ggctgtcttgtttctccctaggtgtgtggtttgtgtatctttcctcccag
tctagagcttatcttcagttctgcttaacatgactgtccacaaagcacaa
aatttgagatttgataaggtcaaatgtatcaagtttttcctttaatgggt
gtctttggcattaaatggaagagctggttcagttccgggttgtaaatact
gctttcctgggttttctcaaggttttatggtttggcatctcatttttaat
taaaatgtaagttcttgcccagtcacctctgtatgtccagcttctctgat
gtcacctggggaaagctcttcttctttccttgagcttctgtactgaagct
aaaggtcaagcctgcggatctcttctgagattcaacgtctttcattaatc
ttcggggtcctctgtagacccatctgccttggccggcagcagagtaagat
tccagatctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12735150_12735999
seq2: B6Ng01-137P03.b_47_896

seq1  GAATTCCCGATGTCATCACAGATCCCCATGGCCTTGTGGGTAGAAGCGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGATGTCATCACAGATCCCCATGGCCTTGTGGGTAGAAGCGTC  50

seq1  TTATCACACAGAGGCTGTTGATGTAAACCTAGGTTCCTCACTGGGAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACACAGAGGCTGTTGATGTAAACCTAGGTTCCTCACTGGGAAGGA  100

seq1  AGGGCCTCAGAGTCCTCCCCGGGGCCTGAAGGACCTCACAACTTGTCAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTCAGAGTCCTCCCCGGGGCCTGAAGGACCTCACAACTTGTCAAC  150

seq1  TTGTGTCCATTCCACTCTCTCCCAGGACAGAGACCCAATCTACTTCCTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCCATTCCACTCTCTCCCAGGACAGAGACCCAATCTACTTCCTAC  200

seq1  CACCCAGGGGGCAAGTAGTGCCGAGGGGCAGAGAGAAGCCTCGCTACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGGGGGCAAGTAGTGCCGAGGGGCAGAGAGAAGCCTCGCTACCCA  250

seq1  GATAGATGTCTGTCTGCCCAGGACTGAGAGGCCCTTTACACATAGGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATGTCTGTCTGCCCAGGACTGAGAGGCCCTTTACACATAGGCCTC  300

seq1  ATTTGCTTCAACCATCCATGGTGGTGAGATTCCACAGTGCTAAAACAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTCAACCATCCATGGTGGTGAGATTCCACAGTGCTAAAACAAGT  350

seq1  GTCCCTGTCTCACCACAGGGGCTGCTAGATGCTGGTCCCTTCTTCCCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGTCTCACCACAGGGGCTGCTAGATGCTGGTCCCTTCTTCCCACA  400

seq1  TTGTAACTGACAGCTTTAGGTCACACCGATTCCCACCATTGGCTTACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTGACAGCTTTAGGTCACACCGATTCCCACCATTGGCTTACATG  450

seq1  GGTTAGACTTCAGGCACTGCTGTCATCTGCTGTCATTTTTAGCTGAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGACTTCAGGCACTGCTGTCATCTGCTGTCATTTTTAGCTGAGGTT  500

seq1  GCTTCTTGGAACATGTGTTAGTGGGCAGGACCCACATGGCACACATGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTGGAACATGTGTTAGTGGGCAGGACCCACATGGCACACATGGCA  550

seq1  CACACTCTGCTCTGGCCTTGCTGGTACTGGAGAGACAAGAACACCTAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCTGCTCTGGCCTTGCTGGTACTGGAGAGACAAGAACACCTAGCT  600

seq1  CTGAGTGTGGCTTACTCTCACATGTTTAATAGTCTACAGTACCAGCGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGTGGCTTACTCTCACATGTTTAATAGTCTACAGTACCAGCGAGC  650

seq1  AGTGTAAGGCCGTACATTTGCAAACGCTGTGGGTTTAGTTCTGTTTTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAGGCCGTACATTTGCAAACGCTGTGGGTTTAGTTCTGTTTTCAG  700

seq1  ACTTGGAAGTTTTAAAACCCAGCCTTCCAGGCTCCTCCCATCCCCGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGAAGTTTTAAAACCCAGCCTTCCAGGCTCCTCCCATCCCCGGTCA  750

seq1  GGGTTTTTCCTTAGGTGGCTTTGTAGGAAGTTGTTTAAAATCAGGTACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTCCTTAGGTGGCTTTGTAGGAAGTTGTTTAAAATCAGGTACAG  800

seq1  GAGATAAAGTGGAAAATTGATACTTGCAGCTGTGTGGGGGAGGAGGGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAGTGGAAAATTGATACTTGCAGCTGTGTGGGGGAGGAGGGAGT  850

seq1: chr8_12898620_12899682
seq2: B6Ng01-137P03.g_67_1127 (reverse)

seq1  CTTGATCTGGATTCTTACTCTGCTGCCCGGCCAAGGCAGAGTGGGTCTAC  50
      || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  CTAGATCTGGAATCTTACTCTGCTG-CCGGCCAAGGCAGA-TGGGTCTAC  48

seq1  AGAGGACCCCCGAAGGATTAAATGAAAGACGTGGAATCTCAGAAGAGATC  100
      |||||| ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  AGAGGA-CCCCGAA-GATT-AATGAAAGACGTTGAATCTCAGAAGAGAT-  94

seq1  CCGCAGGCCTGACCTTTGGCTCAGGTACAGAAGCTCAAGG-AAGGAGGAG  149
      |||||||| |||||||| |||   |||||||||||||||| ||| || ||
seq2  CCGCAGGCTTGACCTTTAGCTTCAGTACAGAAGCTCAAGGAAAGAAGAAG  144

seq1  AGCTTT-CCCAGGTGACATCAGAGAAGCTGGACATACAGAGGTGACTGGG  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCCCAGGTGACATCAGAGAAGCTGGACATACAGAGGTGACTGGG  194

seq1  CAAGAACCTACATTTTAATTAAAAATGAGATGCCAAACCATAAAACCTTG  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACTTACATTTTAATTAAAAATGAGATGCCAAACCATAAAACCTTG  244

seq1  AGGAAAACCAGG-AAGCAGTATTTACAACCCGGAACTGAACCAGCTCTTC  297
      || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCCAGGAAAGCAGTATTTACAACCCGGAACTGAACCAGCTCTTC  294

seq1  CATTTAATGCCAAAGACACCCATTAAAGG-AAAACTTGATACATTTGACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATGCCAAAGACACCCATTAAAGGAAAAACTTGATACATTTGACC  344

seq1  TTATCAAATCTCAAATTTTGTGCTTTGTGGACAGTCATGTTAAGCAGAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAATCTCAAATTTTGTGCTTTGTGGACAGTCATGTTAAGCAGAAC  394

seq1  TGAAGATAAGCTCTAGACTGGGAGGAAAGATACACAAACCACACACCTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATAAGCTCTAGACTGGGAGGAAAGATACACAAACCACACACCTAG  444

seq1  GGAGAAACAAGACAGCCTCAGACTCAGCCACAGGAGTGGACAGCCCTGTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAACAAGACAGCCTCAGACTCAGCCACAGGAGTGGACAGCCCTGTT  494

seq1  GAGTGGCAGCTGAACGGGTCACCTGTCCTCACCCAGAAGAACAGCTAACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCAGCTGAACGGGTCACCTGTCCTCACCCAGAAGAACAGCTAACA  544

seq1  CTGAAAGCGGTGACCATTCGAACGCCAGAGAACTTGGTGAGACAGGCTCG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAGCGGTGACCATTCGAACGCCAGAGAACTTGGTGAGACAGGCTCG  594

seq1  CCTGTGCGCTGGGGCAGACATCATGGCAACTTTGAAGAGAAAGCATGCAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCGCTGGGGCAGACATCATGGCAACTTTGAAGAGAAAGCATGCAG  644

seq1  ATTTTCCAGAGGTGGTGAAGGTCACGCTCCTGGGGACTCATTCCGAGAGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCAGAGGTGGTGAAGGTCACGCTCCTGGGGACTCATTCCGAGAGG  694

seq1  CGGATGGGCATGCTTGATCGCCCAAATGCACGTTTATGATTCGCTTTATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGGGCATGCTTGATCGCCCAAATGCACGTTTATGATTCGCTTTATA  744

seq1  ACCTGTAACGAAACCAGATGTCCCTCGGTAGATGATAGGTTAGACCTATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAACGAAACCAGATGTCCCTCGGTAGATGATAGGTTAGACCTATG  794

seq1  GAATACATACCATGACTCAGCCAAGAGGGAGGGAGCATGGGGCCTCTTCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATACCATGACTCAGCCAAGAGGGAGGGAGCATGGGGCCTCTTCT  844

seq1  CTGAGGGACCTCTGTAGAAGCCCCCCAGTAAGAAGACAGCTTCCAAGGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGACCTCTGTAGAAGCCCCCCAGTAAGAAGACAGCTTCCAAGGAG  894

seq1  CCTGTGCTATAGGACCCTAATCACACAGCATCCTTCCTGTTGTACAGTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCTATAGGACCCTAATCACACAGCATCCTTCCTGTTGTACAGTGG  944

seq1  AACAACAGAAGCAGAGCTAGGGTCGTTGGAGCAGAGGGCACAGGGAGGGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGAAGCAGAGCTAGGGTCGTTGGAGCAGAGGGCACAGGGAGGGG  994

seq1  CTAGGAGTGTCGATCAGTGTGGTGAGTGGTTGGTGTCTACTGTCCACTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGTGTCGATCAGTGTGGTGAGTGGTTGGTGTCTACTGTCCACTGT  1044

seq1  TTCCATACCAGGAATTC  1063
      |||||||||||||||||
seq2  TTCCATACCAGGAATTC  1061