BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139A18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 40,250,466 - 40,370,127
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100038974, LOC632066
Upstream geneTusc3
Downstream geneEG621335, LOC434304, Msr1, EG621431, LOC100039072, LOC666959, EG632166, Fgf20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139A18.bB6Ng01-139A18.g
ACCDH938132DH938133
length1,1271,100
definitionDH938132|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A18, 5' end.DH938133|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,250,466 - 40,251,602)(40,369,002 - 40,370,127)
sequence
gaattcatgttttagaattgtgtgtgctcccatgtaaggaaaccacttgt
tagtaaagaaatccatggattatatgtaaaagaattgctagtactgtaca
aggatagagcatatgcatgaaatatgtcgtgtggacaataattcttactt
cagtttcacttataaaggatgaacactgttacaaaagtgttttgttattc
ttcttcacaactagatcataaatacataggacaaagaggtggataagtgt
taatgccagttcagatccttaacctaaagaacgaagctagaaggaacctt
agacttcaccatacctccaatggagtcaggcaatagaaccatgtgtcatt
attcaatgtttttgtgaagctctttacaaattctgactcatgaaatccaa
tctactacggtcactttccttttgtttaatggaccgggcagggacctgga
tccctatgaattgttagttttcccagaatgactcagatgaagcttcttga
taaccaaatacagaaggaatgtaactattgttattgtttgttgttaacga
acgtaactgtgtatagcatacccatgtacatcccagtattcctcacatct
tttcaatagacaggcaatgcaagaacttttctgtgagttatagagatagt
agaaaccagctgaaaaccaaaatataagttgtacttataatcagcctttt
aaacattttttgtaaaactctgtactgcaactgaaagaaatatttcctta
attggttcagtaagttttaacatttttaaaagcttatatctgaatagtaa
aactgtggagtgatttatccagtggcaatcccagctgtatagtcacaaat
aggagtaatactattctctgaatttgcataataatttagaactacattaa
ctttatcatactctgatatctcttactaagcatagtttccttagttcact
taagagatctaataaactcagcattgagattccttttatggaaaattcgc
ataattttctgttcgatgcctgtcctaggtatcatttgaattggagttgt
accattcactattgctatagtctcaacttaactgactctgacttcgagtg
caaatggaattgtttccgaccttaaaa
gaattcattcctgatcgaaagctattgatgggcatggctgcatagacttg
tttatctatggaagagaatactggtacatttggaagggtctggttgttag
tcataatgttaaggctcagactattcaaataggcattgttttggctagtt
ctgtccaaagcctgctccaaaaacttgtagtatttttgcaacatgttagc
tctatctgataaggatgcttggaagcttgatccaacattctctggctgga
tgacttcagatacattggaagaattgattgatatggtagaagtcattttg
gtatctgcaactctgaaggaaatctcatgctgtccattagctttgtggga
ataatgatccagcagagtctgcagcacctcatctgaaataacatttttgt
catgattgctcttaatctccacattcagtgcctgggaatccagtatggat
gctgtggtgctttcatctatgacactggccacggctgctgtgtcatagaa
ggctgagaagcaatggtatccacattcagtgcctactctctgctgttgtt
tttttttttaaatattttttattattacgtattttcctcaattacattta
gaatgctatcccaaaagtccctcataccctccctccccccccacttacct
acccacccattcccattttttggccctggctttccccagtactggggcat
ataaagtttgcgtgtccaatgggcctctttttccagtgatggccaactag
gccatcttttgatacatatgcagctagagtcaagagctccggggtactgg
ttagttcataatgttgcacctgcagggttgcagatctctttagcttcttg
gatactttctctagctcctccattgggggcacattgctccatccatagct
gactgtaagcatctactatatgtttgctagccccgcctagtctcacagag
atagctatatcaggtctttcagcaaatctgctagtgtatgctatgtactg
cagcttgaagatacacttcttcttcagaactgcatgcatcatcgtaatag
actgttatgccagttgctgggccccctgcagtatccattgatcacgtcag

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_40250466_40251602
seq2: B6Ng01-139A18.b_47_1173

seq1  GAATTCATGTTTTAGAATTGTGTGTGCTCCCATGTAAGGAAACCACTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTTTAGAATTGTGTGTGCTCCCATGTAAGGAAACCACTTGT  50

seq1  TAGTAAAGAAATCCATGGATTATATGTAAAAGAATTGCTAGTACTGTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAGAAATCCATGGATTATATGTAAAAGAATTGCTAGTACTGTACA  100

seq1  AGGATAGAGCATATGCATGAAATATGTCGTGTGGACAATAATTCTTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGAGCATATGCATGAAATATGTCGTGTGGACAATAATTCTTACTT  150

seq1  CAGTTTCACTTATAAAGGATGAACACTGTTACAAAAGTGTTTTGTTATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCACTTATAAAGGATGAACACTGTTACAAAAGTGTTTTGTTATTC  200

seq1  TTCTTCACAACTAGATCATAAATACATAGGACAAAGAGGTGGATAAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCACAACTAGATCATAAATACATAGGACAAAGAGGTGGATAAGTGT  250

seq1  TAATGCCAGTTCAGATCCTTAACCTAAAGAACGAAGCTAGAAGGAACCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCCAGTTCAGATCCTTAACCTAAAGAACGAAGCTAGAAGGAACCTT  300

seq1  AGACTTCACCATACCTCCAATGGAGTCAGGCAATAGAACCATGTGTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCACCATACCTCCAATGGAGTCAGGCAATAGAACCATGTGTCATT  350

seq1  ATTCAATGTTTTTGTGAAGCTCTTTACAAATTCTGACTCATGAAATCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATGTTTTTGTGAAGCTCTTTACAAATTCTGACTCATGAAATCCAA  400

seq1  TCTACTACGGTCACTTTCCTTTTGTTTAATGGACCGGGCAGGGACCTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTACGGTCACTTTCCTTTTGTTTAATGGACCGGGCAGGGACCTGGA  450

seq1  TCCCTATGAATTGTTAGTTTTCCCAGAATGACTCAGATGAAGCTTCTTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATGAATTGTTAGTTTTCCCAGAATGACTCAGATGAAGCTTCTTGA  500

seq1  TAACCAAATACAGAAGGAATGTAACTATTGTTATTGTTTGTTGTTAACGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAATACAGAAGGAATGTAACTATTGTTATTGTTTGTTGTTAACGA  550

seq1  ACGTAACTGTGTATAGCATACCCATGTACATCCCAGTATTCCTCACATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAACTGTGTATAGCATACCCATGTACATCCCAGTATTCCTCACATCT  600

seq1  TTTCAATAGACAGGCAATGCAAGAACTTTTCTGTGAGTTATAGAGATAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATAGACAGGCAATGCAAGAACTTTTCTGTGAGTTATAGAGATAGT  650

seq1  AGAAACCAGCTGAAAACCAAAATATAAGTTGTACTTATAATCAGCCTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCAGCTGAAAACCAAAATATAAGTTGTACTTATAATCAGCCTTTT  700

seq1  AAACATTTTTTGTAAAACTCTGTACTGCAACTGAAAGAAATATTTCCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTTTTGTAAAACTCTGTACTGCAACTGAAAGAAATATTTCCTTA  750

seq1  ATTGGTTCAGTAAGTTTTAACATTTTTAAAAGCTTATATCTGAATAGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTCAGTAAGTTTTAACATTTTTAAAAGCTTATATCTGAATAGTAA  800

seq1  AACTGTGGAGTGATTTATCCAGTGGCAATCCCAGCTGTATAGTCACAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGGAGTGATTTATCCAGTGGCAATCCCAGCTGTATAGTCACAAAT  850

seq1  AGGAGTAATACTATTCTCTGAATTTGCATAATAATTTAGAACTACATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAATACTATTCTCTGAATTTGCATAATAATTTAGAACTACATTAA  900

seq1  CTTTATCATACTCTGATATCTCTTACTAAAGCATAGTTTCCTTAGTTCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCATACTCTGATATCTCTTACT-AAGCATAGTTTCCTTAGTTCAC  949

seq1  TTAAGAGATCTAATAAACTCAGCATTGAGATTCCTTTTATGGAAAAATTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAAGAGATCTAATAAACTCAGCATTGAGATTCCTTTTATGG-AAAATTC  998

seq1  GGCATAATTTTCTGTTCGATGCCTGTCCCTAGGTATCATTTGAATTGGAG  1050
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -GCATAATTTTCTGTTCGATGCCTGT-CCTAGGTATCATTTGAATTGGAG  1046

seq1  TTGTACCATTCAACTATTGCTATAGTCTCAAACTTAACTGACTCTGAACT  1100
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  TTGTACCATTC-ACTATTGCTATAGTCTC-AACTTAACTGACTCTG-ACT  1093

seq1  TCAGAGTGCAAATGGAATTTGTTTCCAGACCTTAAAA  1137
      || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TC-GAGTGCAAATGGAA-TTGTTTCC-GACCTTAAAA  1127

seq1: chr8_40369002_40370127
seq2: B6Ng01-139A18.g_66_1165 (reverse)

seq1  CTGACGATGATCAAGTGGATAACTTGCAGGAGGGGCCCAGCAAACCTGTG  50
      |||||| ||||||| ||||||   |||||  ||||||||||||  ||| |
seq2  CTGACG-TGATCAA-TGGATA--CTGCAG--GGGGCCCAGCAA--CTG-G  41

seq1  CATAACAGTACTAATTACGATGATGCCATGCAGTTTCTGAAGAAGAAGTG  100
      ||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CATAACAGT-CT-ATTACGATGATG-CATGCAG-TTCTGAAGAAGAAGT-  86

seq1  GTATCTTCAAGCTGCAAGTAACAATAGCATACACTAGCAAGATTTTGCTG  150
      ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  GTATCTTCAAGCTGC-AGTA--CATAGCATACACTAGC-AGA-TTTGCTG  131

seq1  AAAGGACCCTGATATAGCTATCTCTTGTGAGACTAGGCCGGGGCCTAGCA  200
      ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||
seq2  AAAG--ACCTGATATAGCTATCTC-TGTGAGACTAGGC--GGGGCTAGCA  176

seq1  AACATATAAGTAGATGCTTACAGTCAGCTATTGGATGGAGCAATGTGCCC  250
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACATAT-AGTAGATGCTTACAGTCAGCTA-TGGATGGAGCAATGTGCCC  224

seq1  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGAAGCTAAAGAGATCTGCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGAAGCTAAAGAGATCTGCAAC  274

seq1  CCTGCAGGTGCAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGGTGCAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTC  324

seq1  TAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTTGGCCATCACTGGAAAAAG  374

seq1  AGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACTGGGGAAAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCATTGGACACGCAAACTTTATATGCCCCAGTACTGGGGAAAGCCA  424

seq1  GGGCCAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAGGTAAGTGGGGGGGGAGGGAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAGGTAAGTGGGGGGGGAGGGAGGG  474

seq1  TATGAGGGACTTTTGGGATAGCATTCTAAATGTAATTGAGGAAAATACGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGGACTTTTGGGATAGCATTCTAAATGTAATTGAGGAAAATACGT  524

seq1  AATAATAAAAAATATTTAAAAAAAAAAACAACAGCAGAGAGTAGGCACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAAAAATATTTAAAAAAAAAAACAACAGCAGAGAGTAGGCACTG  574

seq1  AATGTGGATACCATTGCTTCTCAGCCTTCTATGACACAGCAGCCGTGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGATACCATTGCTTCTCAGCCTTCTATGACACAGCAGCCGTGGCC  624

seq1  AGTGTCATAGATGAAAGCACCACAGCATCCATACTGGATTCCCAGGCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCATAGATGAAAGCACCACAGCATCCATACTGGATTCCCAGGCACT  674

seq1  GAATGTGGAGATTAAGAGCAATCATGACAAAAATGTTATTTCAGATGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGGAGATTAAGAGCAATCATGACAAAAATGTTATTTCAGATGAGG  724

seq1  TGCTGCAGACTCTGCTGGATCATTATTCCCACAAAGCTAATGGACAGCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAGACTCTGCTGGATCATTATTCCCACAAAGCTAATGGACAGCAT  774

seq1  GAGATTTCCTTCAGAGTTGCAGATACCAAAATGACTTCTACCATATCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTCCTTCAGAGTTGCAGATACCAAAATGACTTCTACCATATCAAT  824

seq1  CAATTCTTCCAATGTATCTGAAGTCATCCAGCCAGAGAATGTTGGATCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTCCAATGTATCTGAAGTCATCCAGCCAGAGAATGTTGGATCAA  874

seq1  GCTTCCAAGCATCCTTATCAGATAGAGCTAACATGTTGCAAAAATACTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAGCATCCTTATCAGATAGAGCTAACATGTTGCAAAAATACTAC  924

seq1  AAGTTTTTGGAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAAACAATGCCTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTTGGAGCAGGCTTTGGACAGAACTAGCCAAAACAATGCCTATTT  974

seq1  GAATAGTCTGAGCCTTAACATTATGACTAACAACCAGACCCTTCCAAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTCTGAGCCTTAACATTATGACTAACAACCAGACCCTTCCAAATG  1024

seq1  TACCAGTATTCTCTTCCATAGATAAACAAGTCTATGCAGCCATGCCCATC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTATTCTCTTCCATAGATAAACAAGTCTATGCAGCCATGCCCATC  1074

seq1  AATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTTTCGATCAGGAATGAATTC  1100