BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140F13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 38,701,046 - 38,842,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSgcz
Upstream geneA730069N07Rik, AI429214, LOC666877, LOC100041616, 1700016D18Rik, LOC641121, LOC621149
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140F13.bB6Ng01-140F13.g
ACCDH939101DH939102
length9851,144
definitionDH939101|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F13, 5' end.DH939102|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,701,046 - 38,702,070)(38,841,370 - 38,842,533)
sequence
gaattcactgtgtagacaggggtggtctgtagctcatagatatatctgtt
tgcttcaactgcccccatggtgggcttaagagggtgtcttagcacacctg
tatataccacatgatttaatatattattactcactctatacttaatgtgc
ttatgaggtttttaatgacatttacaaaggaataaaaaaaaatatgggag
tcaacaagagtgtgcccaaacccccagcttttacttccagttctcttact
ttagatgtatttctaatcacagaaataattggcaaaaatatattcattaa
agttaaatgacttttccctctctttttctcctttttctcatttgaataat
attaacattacatttacagagttttctagaatggctaaaatgcaagcaaa
acatagccttcatatttcatgcataaaatgaaatgcagatggcatctatc
tacacaccctgtaatcaaatggctgcttcatgctacaagcaggaattatg
taactgtcatttgacaatgtatttttgcaatatactttctgtggttttaa
cttatctgttgatagttccactaagaactacttcagctatggtgaactga
acacaatataagatcctattttactaggagtacttaactatgaggaaaat
tttgacttggaaaatctcccagttcttcattccaggttacactactctga
aacagtttcgaattgctattgaaattaacagtaagagcttgaggactctg
gcatgctcatgcatacatagaaatgtttcattcctaaaagtttagtaaat
ttattttagttctctttttataaaaaagcaatatattttatgacaaaaca
tgtactttgataactaatagtaaatgcagaaaatagggtcaaggcagtaa
aacatgagtcaacaaatgacagtatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatacatatacactatatgtatata
tgtttaggccataacttaaattcctttccctcctccttcaaatggcctct
tacttaaagcaacagccattagcaaggatgatacatgcccgtgcactcaa
gcactcaagactaataagcagcgttctctaacaccttgcacttggctctc
ttacaggattcaatttctcacttttcatttgctgctgtgtctaagcatct
accttgaaggggagagcctttgtgatctggtcccttgtgatgttcttgga
gacagattatgctcctgtttggtgtgctcagattgaagcctggcttggaa
ccatccagacaacaaattgtgtgggctagaaattcccaatagataacaag
ctttgtgtatgaagtaaacccggcttagaaatccagggacagccaaggtc
tcagtgatttaaagctggtgttggctaaggtatactctgtcttacaccgg
aacaagaatttggttggaactaattccatttctaagggatgcctaaaaga
aattgtgtcttacttagcactattagcttcattatccactttgccaagag
aatcagtgtttcttgagtatgactttgaaatttgtgcaatatattactaa
aatagttgattttttttttgctttcaaatttagaacgaaacattgcctag
atcagtagaaaagcaaagggtgtgtcaccccctttccttggtgccttttc
tgttctcatagccagctctacttctcttgactgggattcctttgtatatt
gtaaagtttagcatatgttctcagtgctttctgaggcattatgtaaaggg
tttatactagatggtcagttaaatacatgttagcattagcgtagttcaaa
gctggagcaggcattgagggaaatgcttgtgtcttgtagactggaggctt
ttcagtagcttatgctgtgtcccaatgaacagcagcttaatgccttttga
aactatataagcgacttttgaggctttcaggttaacatatattgtcgtag
gtatttttttaattttgaaatgttacattgataagtttactttcatgtgg
taatgatgattcaaataattatgaaaggcaaaatgaatattcaagtttat
cctgccattatttcagaattccttgcatctactccagtgcattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_38701046_38702070
seq2: B6Ng01-140F13.b_44_1028

seq1  GAATTCACTGTGTAGACAGGGGTGGTCTGTAGCTCATAGATATATCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGTAGACAGGGGTGGTCTGTAGCTCATAGATATATCTGTT  50

seq1  TGCTTCAACTGCCCCCATGGTGGGCTTAAGAGGGTGTCTTAGCACACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAACTGCCCCCATGGTGGGCTTAAGAGGGTGTCTTAGCACACCTG  100

seq1  TATATACCACATGATTTAATATATTATTACTCACTCTATACTTAATGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACCACATGATTTAATATATTATTACTCACTCTATACTTAATGTGC  150

seq1  TTATGAGGTTTTTAATGACATTTACAAAGGAATAAAAAAAAATATGGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGTTTTTAATGACATTTACAAAGGAATAAAAAAAAATATGGGAG  200

seq1  TCAACAAGAGTGTGCCCAAACCCCCAGCTTTTACTTCCAGTTCTCTTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAAGAGTGTGCCCAAACCCCCAGCTTTTACTTCCAGTTCTCTTACT  250

seq1  TTAGATGTATTTCTAATCACAGAAATAATTGGCAAAAATATATTCATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGTATTTCTAATCACAGAAATAATTGGCAAAAATATATTCATTAA  300

seq1  AGTTAAATGACTTTTCCCTCTCTTTTTCTCCTTTTTCTCATTTGAATAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAATGACTTTTCCCTCTCTTTTTCTCCTTTTTCTCATTTGAATAAT  350

seq1  ATTAACATTACATTTACAGAGTTTTCTAGAATGGCTAAAATGCAAGCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACATTACATTTACAGAGTTTTCTAGAATGGCTAAAATGCAAGCAAA  400

seq1  ACATAGCCTTCATATTTCATGCATAAAATGAAATGCAGATGGCATCTATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCCTTCATATTTCATGCATAAAATGAAATGCAGATGGCATCTATC  450

seq1  TACACACCCTGTAATCAAATGGCTGCTTCATGCTACAAGCAGGAATTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCCTGTAATCAAATGGCTGCTTCATGCTACAAGCAGGAATTATG  500

seq1  TAACTGTCATTTGACAATGTATTTTTGCAATATACTTTCTGTGGTTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCATTTGACAATGTATTTTTGCAATATACTTTCTGTGGTTTTAA  550

seq1  CTTATCTGTTGATAGTTCCACTAAGAACTACTTCAGCTATGGTGAACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGTTGATAGTTCCACTAAGAACTACTTCAGCTATGGTGAACTGA  600

seq1  ACACAATATAAGATCCTATTTTACTAGGAGTACTTAACTATGAGGAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATATAAGATCCTATTTTACTAGGAGTACTTAACTATGAGGAAAAT  650

seq1  TTTGACTTGGAAAATCTCCCAGTTCTTCATTCCAGGTTACACTACTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTTGGAAAATCTCCCAGTTCTTCATTCCAGGTTACACTACTCTGA  700

seq1  AACAGTTCCGAATTGCTATTGAAATTAACAGTAAGAGCTTGAGGACTCTG  750
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTTCGAATTGCTATTGAAATTAACAGTAAGAGCTTGAGGACTCTG  750

seq1  GCATGCTCATGCATACATAGAAATGTTTCATTCCTAAAAGTTTAGTAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTCATGCATACATAGAAATGTTTCATTCCTAAAAGTTTAGTAAAT  800

seq1  TTATTTTAGTTCTCTTTTTATAAAAAAGCAATATATTTTATGACAAAACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAGTTCTCTTTTTATAAAAAAGCAATATATTTTATGACAAAACA  850

seq1  TGTACTTTGATAACTAATAGTAAATGCAGAAAATAGGGTCAAGGCAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTTGATAACTAATAGTAAATGCAGAAAATAGGGTCAAGGCAGTAA  900

seq1  AACATGAGTCAACAAATGACAG--TATATATATATATATATATATATATA  948
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAGTCAACAAATGACAGTATATATATATATATATATATATATATA  950

seq1  TATATATATATATACATATACACATATATGTATAATATACACACATATAT  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||             
seq2  TATATATATATATACATATACAC-TATATGTAT-ATA-------------  985

seq1  ATATATATACACATATATATGTATATA  1025
                                 
seq2  ---------------------------  985

seq1: chr8_38841370_38842533
seq2: B6Ng01-140F13.g_74_1217 (reverse)

seq1  CAATGGCACTGGCAGTTAGATGCAAAGAATATTCTTGAAAAAATGGCAGG  50
      |||| ||||||| || ||||||||| ||  |||| ||||| ||||||| |
seq2  CAAT-GCACTGG-AG-TAGATGCAAGGA--ATTC-TGAAATAATGGCA-G  43

seq1  GATAACATTGAAATATTCTATTTTGCCTTTCAATAATTATTTGATTACAT  100
      |||||  ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |||
seq2  GATAAACTTG-AATATTC-ATTTTGCCTTTC-ATAATTATTTGAAT-CAT  89

seq1  CATTAACACATTGAAGTAAACTTTAATCAAAATGTAAACATTTCAAAATT  150
      ||||| |||||  ||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||
seq2  CATTACCACATGAAAGTAAACTT--ATC--AATGT-AACATTTCAAAATT  134

seq1  AAAAAAAATACCTACGAC-ATATATGTAAACCTGAAAGCCTCAAAAGTCG  199
       ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAAAAATACCTACGACAATATATGTTAACCTGAAAGCCTCAAAAGTCG  183

seq1  CTTTATATAGTTTTCAAAAGGCATTAAGCTGCTGTTCATTTGGGACAACA  249
      | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  C-TTATATAG-TTTCAAAAGGCATTAAGCTGCTGTTCA-TTGGGAC-ACA  229

seq1  GCATAAGCTACTGAAAAGGCCTCCAGTCTACAAGACACAAGCA-TTCCCT  298
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCATAAGCTACTGAAAA-GCCTCCAGTCTACAAGACACAAGCATTTCCCT  278

seq1  CAATGCCTGCTCCAGCTTTGAACTACGCTAATGCTAACATGTATTTAACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTGCTCCAGCTTTGAACTACGCTAATGCTAACATGTATTTAACT  328

seq1  GACCATCTAGTATAAACCCTTTACATAATGCCTCAGAAAGCACTGAGAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTAGTATAAACCCTTTACATAATGCCTCAGAAAGCACTGAGAAC  378

seq1  ATATGCTAAACTTTACAATATACAAAGGAATCCCAGTCAAGAGAAGTAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTAAACTTTACAATATACAAAGGAATCCCAGTCAAGAGAAGTAGA  428

seq1  GCTGGCTATGAGAACAGAAAAGGCACCAAGGAAAGGGGGTGACACACCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTATGAGAACAGAAAAGGCACCAAGGAAAGGGGGTGACACACCCT  478

seq1  TTGCTTTTCTACTGATCTAGGCAATGTTTCGTTCTAAATTTGAAAGCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTTCTACTGATCTAGGCAATGTTTCGTTCTAAATTTGAAAGCAAA  528

seq1  AAAAAAATCAACTATTTTAGTAATATATTGCACAAATTTCAAAGTCATAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCAACTATTTTAGTAATATATTGCACAAATTTCAAAGTCATAC  578

seq1  TCAAGAAACACTGATTCTCTTGGCAAAGTGGATAATGAAGCTAATAGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAACACTGATTCTCTTGGCAAAGTGGATAATGAAGCTAATAGTGC  628

seq1  TAAGTAAGACACAATTTCTTTTAGGCATCCCTTAGAAATGGAATTAGTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAAGACACAATTTCTTTTAGGCATCCCTTAGAAATGGAATTAGTTC  678

seq1  CAACCAAATTCTTGTTCCGGTGTAAGACAGAGTATACCTTAGCCAACACC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAATTCTTGTTCCGGTGTAAGACAGAGTATACCTTAGCCAACACC  728

seq1  AGCTTTAAATCACTGAGACCTTGGCTGTCCCTGGATTTCTAAGCCGGGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTAAATCACTGAGACCTTGGCTGTCCCTGGATTTCTAAGCCGGGTT  778

seq1  TACTTCATACACAAAGCTTGTTATCTATTGGGAATTTCTAGCCCACACAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATACACAAAGCTTGTTATCTATTGGGAATTTCTAGCCCACACAA  828

seq1  TTTGTTGTCTGGATGGTTCCAAGCCAGGCTTCAATCTGAGCACACCAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTCTGGATGGTTCCAAGCCAGGCTTCAATCTGAGCACACCAAAC  878

seq1  AGGAGCATAATCTGTCTCCAAGAACATCACAAGGGACCAGATCACAAAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATAATCTGTCTCCAAGAACATCACAAGGGACCAGATCACAAAGG  928

seq1  CTCTCCCCTTCAAGGTAGATGCTTAGACACAGCAGCAAATGAAAAGTGAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTTCAAGGTAGATGCTTAGACACAGCAGCAAATGAAAAGTGAG  978

seq1  AAATTGAATCCTGTAAGAGAGCCAAGTGCAAGGTGTTAGAGAACGCTGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAATCCTGTAAGAGAGCCAAGTGCAAGGTGTTAGAGAACGCTGCT  1028

seq1  TATTAGTCTTGAGTGCTTGAGTGCACGGGCATGTATCATCCTTGCTAATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTCTTGAGTGCTTGAGTGCACGGGCATGTATCATCCTTGCTAATG  1078

seq1  GCTGTTGCTTTAAGTAAGAGGCCATTTGAAGGAGGAGGGAAAGGAATTTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCTTTAAGTAAGAGGCCATTTGAAGGAGGAGGGAAAGGAATTTA  1128

seq1  AGTTATGGCCTAAACA  1164
      ||||||||||||||||
seq2  AGTTATGGCCTAAACA  1144