BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140M08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,774,609 - 13,923,583
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25
Upstream geneAtp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516
Downstream geneLOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2, LOC100041140, C030037F17Rik, Cln8, Arhgef10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140M08.bB6Ng01-140M08.g
ACCDH939407DH939408
length1,0991,060
definitionDH939407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M08, 5' end.DH939408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,922,480 - 13,923,583)(13,774,609 - 13,775,678)
sequence
gaattctcactgctctgctggaaatgtgtccaaccaccaaggagtgagcc
ttacgggggccactggcaaccggaggcatctctgaaaaacaggtgtgagc
aggcctgagggtatatgacccaagctgggatcatgtgagctgagcacgcc
aaaagccaactactacaatgagatacagaggtctgggaatcaagggtgaa
atataagtaaactattggcattctgtctgaaatctcttttgttttctgta
tcgatctgtatggatttcacctcaggtcaggacagatcttaaaaccttcc
ttctgcatctgaaatacgtacactacacagatttccagttgagagttttg
ggggcaggtgagctgcagggcagtaaggaaccacaggggactctgagtga
aaggttgccagggctgctgaggagcagtggagacagcaacggatctgttg
atcgcgtggggagacgacacagctctaagaacagccctaacgtgtacaac
ccaaccacacactcacaggaaacactgagacccacgttttctcagtgtgt
gcaacacaccaagcactgctgtggagttgtggggaacaaagggtagagca
cagtgtagaatctgaggtatatctcactttaaggaaaaaccttatggtgg
tgaggacatctctccgcggtgacgaccctcacacagtacaaggttagcat
gtactcaggagcacctgtctgcaacgatctgggtcactacagggatgaag
gatggcacaggatgccttggcaatctcctaacatcagaccccatcccacg
aagtcacaggacaccctggcagtctcctaacacctccccttgttgctttt
ccagatggaatccacacgactcacaaagtaggggcgatatttaattgagc
ttggctttgtacaattaggttagctctgacagtctttcagtagtatgtat
gtcaaggactggactcaatgggacaccactttaaggacagtaaccatcac
caagtaggctttctttccacaatcaagtatcttctaagaagctgaaaagt
tgaagagcatcactcgaaggtaccttgcacaaagtctaacaactggagt
gaattcttgtttgcatgggcggggctcctaaatccagccctcaagacctt
gaaaagatgacccaagttctttgtttatttgcttaacatgtatttactaa
gtgccagccagccatgagcacagaactaggcatcagctacagtaaaaact
gttcgctgtggtttcagctgccagagccattggaaaacacaagtagctaa
tctgagccgtggtccagactgactgatgtaggaaaacactccatgcaagg
gtggctcacccacatgtaacagtgaggaagggtctgggccacaccacata
gtccatccttagtatgcagacattagctagacagaaataagggacaggta
tttcagaggcggaagtggcttatgcaaaagcgggagtggattcattgtgt
tttggatttgacacttcagaggatatcaagaaatggagcaggaacgttaa
gtgggtggttaaaaaccttgacgtggtgttagagagctggcagattatcc
agggagagagagcatgagaagttccagaaagaagacagcatacctgtgct
catagggtaggggctcaggccagactcctaatattgggaagccaaggtgt
gtggcattggaggtgtgcctgccaggtaaactgaacaaactctatagagt
actagaaaggccaggacgtcctgttcccactgagtttggctagtttggac
atttgggatgaggttagagagctagaatgatcaggggaagatgcattggt
ttagtaaactcgaattgacaatgcttgtaacatttctagatagaaatatt
tagaaggcagatgggcataaaatccaggctttcagatcgactctagatga
taagtgcacatttaaatttctttggcctggctggactctgggataaactg
tgctagttacaggtcttagtacttaggagtcctcatctcgtagaggagaa
actgatgaaccagtaatcctgactctgctccttgtgtgttgtagggtgac
ggggatacccagttgcaactgcagatgtgaaatgaatcactgccacatct
cagctgaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13922480_13923583
seq2: B6Ng01-140M08.b_44_1142 (reverse)

seq1  ACTCCAGTTGTTAGACTTTGTGGCAGGTACCTTCCCAGTGATGTCTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||   || |
seq2  ACTCCAGTTGTTAGACTTTGTGCAAGGTACCTT-CGAGTGATGCTCTTCA  49

seq1  ACTATCTCAGCTTCCTAGAAGATACTTGATTGTGGGAAAGAAAGCTTACT  100
      ||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ACT-TTTCAGCTTCTTAGAAGATACTTGATTGT-GGAAAGAAAGCCTACT  97

seq1  TGGTGATGGTTACTGTCCTTAAAGTGGTTGTCCAATGAGTCCAGTCCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||
seq2  TGGTGATGGTTACTGTCCTTAAAGTGGTGTCCCATTGAGTCCAGTCCTTG  147

seq1  ACATACATACTACTGAAAGACTGTCAGAGCTAACCTAATTGTACAAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATACTACTGAAAGACTGTCAGAGCTAACCTAATTGTACAAAGCC  197

seq1  AAGCTCAATTAAATATCGCCCCTACTTTGTGAGTCGTGTGGATTCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAATTAAATATCGCCCCTACTTTGTGAGTCGTGTGGATTCCATCT  247

seq1  GGGAAAAGCAACAAGGGGAGGTTGTTAGGAGACTGCCAGGGTGTCCTGTG  300
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGAAAAGCAACAAGGGGAGG-TGTTAGGAGACTGCCAGGGTGTCCTGTG  295

seq1  ACTTCGTGGGATGGGGTCTGATGTTAGGAGATTGCCAAGGCATCCTGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCGTGGGATGGGGTCTGATGTTAGGAGATTGCCAAGGCATCCTGTGC  345

seq1  CATCCTTCATCCCTGTAGTGACCCAGGTCGTTGCAGACAGGTGCTCCTGA  400
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCATCCCTGTAGTGACCCAGATCGTTGCAGACAGGTGCTCCTGA  395

seq1  GTACATGCTAACCTTGTACTGTGTGAGGGTCGTCACCGCGGAGAGATGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGCTAACCTTGTACTGTGTGAGGGTCGTCACCGCGGAGAGATGTC  445

seq1  CTCACCACCATAAGGTTTTTCCTTAAAGTGAGATATACCTCAGATTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCACCATAAGGTTTTTCCTTAAAGTGAGATATACCTCAGATTCTAC  495

seq1  ACTGTGCTCTACCCTTTGTTCCCCACAACTCCACAGCAGTGCTTGGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCTCTACCCTTTGTTCCCCACAACTCCACAGCAGTGCTTGGTGTG  545

seq1  TTGCACACACTGAGAAAACGTGGGTCTCAGTGTTTCCTGTGAGTGTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACACACTGAGAAAACGTGGGTCTCAGTGTTTCCTGTGAGTGTGTGG  595

seq1  TTGGGTTGTACACGTTAGGGCTGTTCTTAGAGCTGTGTCGTCTCCCCACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTGTACACGTTAGGGCTGTTCTTAGAGCTGTGTCGTCTCCCCACG  645

seq1  CGATCAACAGATCCGTTGCTGTCTCCACTGCTCCTCAGCAGCCCTGGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCAACAGATCCGTTGCTGTCTCCACTGCTCCTCAGCAGCCCTGGCAA  695

seq1  CCTTTCACTCAGAGTCCCCTGTGGTTCCTTACTGCCCTGCAGCTCACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCACTCAGAGTCCCCTGTGGTTCCTTACTGCCCTGCAGCTCACCTG  745

seq1  CCCCCAAAACTCTCAACTGGAAATCTGTGTAGTGTACGTATTTCAGATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAAAACTCTCAACTGGAAATCTGTGTAGTGTACGTATTTCAGATGC  795

seq1  AGAAGGAAGGTTTTAAGATCTGTCCTGACCTGAGGTGAAATCCATACAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGGTTTTAAGATCTGTCCTGACCTGAGGTGAAATCCATACAGA  845

seq1  TCGATACAGAAAACAAAAGAGATTTCAGACAGAATGCCAATAGTTTACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATACAGAAAACAAAAGAGATTTCAGACAGAATGCCAATAGTTTACTT  895

seq1  ATATTTCACCCTTGATTCCCAGACCTCTGTATCTCATTGTAGTAGTTGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCACCCTTGATTCCCAGACCTCTGTATCTCATTGTAGTAGTTGGC  945

seq1  TTTTGGCGTGCTCAGCTCACATGATCCCAGCTTGGGTCATATACCCTCAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCGTGCTCAGCTCACATGATCCCAGCTTGGGTCATATACCCTCAG  995

seq1  GCCTGCTCACACCTGTTTTTCAGAGATGCCTCCGGTTGCCAGTGGCCCCC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTCACACCTGTTTTTCAGAGATGCCTCCGGTTGCCAGTGGCCCCC  1045

seq1  GTAAGGCTCACTCCTTGGTGGTTGGACACATTTCCAGCAGAGCAGTGAGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGCTCACTCCTTGGTGGTTGGACACATTTCCAGCAGAGCAGTGAGA  1095

seq1  ATTC  1104
      ||||
seq2  ATTC  1099

seq1: chr8_13774609_13775678
seq2: B6Ng01-140M08.g_71_1130

seq1  GAATTCTTGTTTGCATGGGCGGGGCTCCTAAATCCAGCCCTCAAGACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTTGCATGGGCGGGGCTCCTAAATCCAGCCCTCAAGACCTT  50

seq1  GAAAAGATGACCCAAGTTCTTTGTTTATTTGCTTAACATGTATTTACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATGACCCAAGTTCTTTGTTTATTTGCTTAACATGTATTTACTAA  100

seq1  GTGCCAGCCAGCCATGAGCACAGAACTAGGCATCAGCTACAGTAAAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGCCAGCCATGAGCACAGAACTAGGCATCAGCTACAGTAAAAACT  150

seq1  GTTCGCTGTGGTTTCAGCTGCCAGAGCCATTGGAAAACACAAGTAGCTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGCTGTGGTTTCAGCTGCCAGAGCCATTGGAAAACACAAGTAGCTAA  200

seq1  TCTGAGCCGTGGTCCAGACTGACTGATGTAGGAAAACACTCCATGCAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCGTGGTCCAGACTGACTGATGTAGGAAAACACTCCATGCAAGG  250

seq1  GTGGCTCACCCACATGTAACAGTGAGGAAGGGTCTGGGCCACACCACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCACCCACATGTAACAGTGAGGAAGGGTCTGGGCCACACCACATA  300

seq1  GTCCATCCTTAGTATGCAGACATTAGCTAGACAGAAATAAGGGACAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCCTTAGTATGCAGACATTAGCTAGACAGAAATAAGGGACAGGTA  350

seq1  TTTCAGAGGCGGAAGTGGCTTATGCAAAAGCGGGAGTGGATTCATTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAGGCGGAAGTGGCTTATGCAAAAGCGGGAGTGGATTCATTGTGT  400

seq1  TTTGGATTTGACACTTCAGAGGATATCAAGAAATGGAGCAGGAACGTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATTTGACACTTCAGAGGATATCAAGAAATGGAGCAGGAACGTTAA  450

seq1  GTGGGTGGTTAAAAACCTTGACGTGGTGTTAGAGAGCTGGCAGATTATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTGGTTAAAAACCTTGACGTGGTGTTAGAGAGCTGGCAGATTATCC  500

seq1  AGGGAGAGAGAGCATGAGAAGTTCCAGAAAGAAGACAGCATACCTGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAGAGAGCATGAGAAGTTCCAGAAAGAAGACAGCATACCTGTGCT  550

seq1  CATAGGGTAGGGGCTCAGGCCAGACTCCTAATATTGGGAAGCCAAGGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGTAGGGGCTCAGGCCAGACTCCTAATATTGGGAAGCCAAGGTGT  600

seq1  GTGGCATTGGAGGTGTGCCTGCCAGGTAAACTGAACAAACTCTATAGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATTGGAGGTGTGCCTGCCAGGTAAACTGAACAAACTCTATAGAGT  650

seq1  ACTAGAAAGGCCAGGACGTCCTGTTCCCACTGAGTTTGGCTAGTTTGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAAGGCCAGGACGTCCTGTTCCCACTGAGTTTGGCTAGTTTGGAC  700

seq1  ATTTGGGATGAGGTTAGAGAGCTAGAATGACCAAGGGAAGATGCATTGGT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGATGAGGTTAGAGAGCTAGAATGATCAGGGGAAGATGCATTGGT  750

seq1  TTAGTAAAC-CGAATTGACAATGCTTGTAACATTTCTAGATAGAAATATT  799
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAAACTCGAATTGACAATGCTTGTAACATTTCTAGATAGAAATATT  800

seq1  TAGAAGGCAGATGGCCATAAAAATCCAGGCTTTCAGATCGACTCTAGATG  849
      |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGCAGATGGGCAT-AAAATCCAGGCTTTCAGATCGACTCTAGATG  849

seq1  ATAAGTGCACAATTTAAATTTCTTTGGCCTGGCTGGACTCTGGGATAAAA  899
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATAAGTGCAC-ATTTAAATTTCTTTGGCCTGGCTGGACTCTGGGAT-AAA  897

seq1  CTGTGCTAGTTACA-GTC-TAGTACTTAGGAAGTCTCATCTCGTAGAGGA  947
      |||||||||||||| ||| ||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTAGTTACAGGTCTTAGTACTTAGGAGTCCTCATCTCGTAGAGGA  947

seq1  GGAAACTGAATGAACCAGTAAATCCTGACTCTGCTCTGTGTGTGTTGTTG  997
       ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| | 
seq2  -GAAACTG-ATGAACCAGT-AATCCTGACTCTGCTCCTTGTGTGTTG-TA  993

seq1  GGGTGACGGGGATACCCAAGTTTGCAACTTGCAGGATGTGAAATGAGTCA  1047
      ||||||||||||||||||   ||||||| |||| |||||||||||| |||
seq2  GGGTGACGGGGATACCCA--GTTGCAAC-TGCA-GATGTGAAATGAATCA  1039

seq1  CTGCAAACAACTCAAGCTGAATA  1070
      ||||  ||| ||| |||||||||
seq2  CTGC-CACATCTC-AGCTGAATA  1060