BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142I08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 46,909,287 - 47,032,325
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSorbs2, Pdlim3, Ccdc110
Upstream geneLOC100039508, Fat1, LOC100039673, Mtnr1a, EG622523, F11, Klkb1, Cyp4v3, BC035537, Tlr3
Downstream gene1700029J07Rik, 1810047C23Rik, Ankrd37, Lrp2bp, Snx25, 4933411K20Rik, Slc25a4, LOC621269, LOC100039875, LOC667325, Helt, LOC667337, Acsl1, Mlf1ip, Ccdc111, Casp3, Irf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142I08.bB6Ng01-142I08.g
ACCDH940700DH940701
length831913
definitionDH940700|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142I08, 5' end.DH940701|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,909,287 - 46,910,117)(47,031,666 - 47,032,325)
sequence
gaattcatgctgtgttatatactcctgcagccctgcattttaatagagta
tagcatttattgcttctgttatatgtgattttctactagtcttgattcaa
ccaaactaagaaaatttccttaaatagcaagcaatggctgtgatgtcaca
atggcagtaacaaaaagttccttgtaatgttcaacagtgttcaacggaag
atgtcagtcaacaggggagatgccaattgatggggagcaagatgaaagga
aacctgacccatttgctgattctgatgtagcagtcctaagtctagggatt
gtccatccatccctgcttccattagtagaagggaagactcccttccttgc
cacttcaaaggcaagcccatagtagttaccaccttaaagactgaaaactc
agccaagagcaagcttaacatttcccactgctcaactgttctggggtccc
cagcaccaagggacaggggaggagcaaggcagatgatgaagaggtgacat
gaggtcttctgtgaaaatatttgtagacaaaagtgtacgcccagacacaa
aggaaagaagtgaagaggaaaggattaaggtggggctggagagatgctca
gtgggaaagacaacctgggttccattctcagcacttgtgctggctatgaa
ctgtctatagctccagctccagggtgacctgacaccttttctggcctcca
taagccctctggacatgcagtgcagagatgtgcattcagacacccataca
cataaacatttgaaaaacaacaacaacaaaatatatatgtatgtatgtat
gtgtgtgtgtgtgtatatatatatatatata
gaattcaccatctggcgtaacagctgtagcttggaatttcaggggaggat
gcccatttttagcatttcctggtatcatcttgtcttcagcagggcagagg
tctctgagacaaaattcaccacgggaaggcaggaagaagaagagagggga
aagctctttactaatcacacacctgacggaggatcagtgcaccttgtcag
ggaagatacttcttgcagtaggtggatattaacacagagacccacaactg
gatggtgtgcagagacagagacttgggagtactcatcactgactggggtg
tctctatcacactcctcctctaaggattcagggatgtgcagagaaggcag
agggcttataaggtctggaggtggtggatgactccaagggaacagtgccc
tccagacatgacaggccagctgcatgaatgaactcacaagacctgcacaa
gcgtgtggcacaaaaatctcaacacagtctcaccccaggcaagaacctat
tccccagtgacagctgttgggtggggatcgtcagttgtcttcaatggcct
gatgctgagcatatcaacggcattacagggcaggctgcaatctcaggagc
agttggccaacacaaaatgtactccatgcttttagtggctttttggtttt
gcgatttatttatttatttatttatttatttatgaaagagagagagagag
agagaacacaaaattaggtgggtagggtctggtggacttggggaggtgtg
gaaaagaatatgataaaatatgtgccgggcgggggtgatgcacaccttta
atcccagcacttgagaggcagaggcaggcagatttctgagttcaaggcca
gcctggtctacaaagtgagttccaggacagccaggactacacagaggaaa
ccctgtctcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_46909287_46910117
seq2: B6Ng01-142I08.b_47_877

seq1  GAATTCATGCTGTGTTATATACTCCTGCAGCCCTGCATTTTAATAGAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTGTGTTATATACTCCTGCAGCCCTGCATTTTAATAGAGTA  50

seq1  TAGCATTTATTGCTTCTGTTATATGTGATTTTCTACTAGTCTTGATTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTATTGCTTCTGTTATATGTGATTTTCTACTAGTCTTGATTCAA  100

seq1  CCAAACTAAGAAAATTTCCTTAAATAGCAAGCAATGGCTGTGATGTCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTAAGAAAATTTCCTTAAATAGCAAGCAATGGCTGTGATGTCACA  150

seq1  ATGGCAGTAACAAAAAGTTCCTTGTAATGTTCAACAGTGTTCAACGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCAGTAACAAAAAGTTCCTTGTAATGTTCAACAGTGTTCAACGGAAG  200

seq1  ATGTCAGTCAACAGGGGAGATGCCAATTGATGGGGAGCAAGATGAAAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGTCAACAGGGGAGATGCCAATTGATGGGGAGCAAGATGAAAGGA  250

seq1  AACCTGACCCATTTGCTGATTCTGATGTAGCAGTCCTAAGTCTAGGGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGACCCATTTGCTGATTCTGATGTAGCAGTCCTAAGTCTAGGGATT  300

seq1  GTCCATCCATCCCTGCTTCCATTAGTAGAAGGGAAGACTCCCTTCCTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCCATCCCTGCTTCCATTAGTAGAAGGGAAGACTCCCTTCCTTGC  350

seq1  CACTTCAAAGGCAAGCCCATAGTAGTTACCACCTTAAAGACTGAAAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAAAGGCAAGCCCATAGTAGTTACCACCTTAAAGACTGAAAACTC  400

seq1  AGCCAAGAGCAAGCTTAACATTTCCCACTGCTCAACTGTTCTGGGGTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGAGCAAGCTTAACATTTCCCACTGCTCAACTGTTCTGGGGTCCC  450

seq1  CAGCACCAAGGGACAGGGGAGGAGCAAGGCAGATGATGAAGAGGTGACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCAAGGGACAGGGGAGGAGCAAGGCAGATGATGAAGAGGTGACAT  500

seq1  GAGGTCTTCTGTGAAAATATTTGTAGACAAAAGTGTACGCCCAGACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTTCTGTGAAAATATTTGTAGACAAAAGTGTACGCCCAGACACAA  550

seq1  AGGAAAGAAGTGAAGAGGAAAGGATTAAGGTGGGGCTGGAGAGATGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAGTGAAGAGGAAAGGATTAAGGTGGGGCTGGAGAGATGCTCA  600

seq1  GTGGGAAAGACAACCTGGGTTCCATTCTCAGCACTTGTGCTGGCTATGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAAGACAACCTGGGTTCCATTCTCAGCACTTGTGCTGGCTATGAA  650

seq1  CTGTCTATAGCTCCAGCTCCAGGGTGACCTGACACCTTTTCTGGCCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTATAGCTCCAGCTCCAGGGTGACCTGACACCTTTTCTGGCCTCCA  700

seq1  TAAGCCCTCTGGACATGCAGTGCAGAGATGTGCATTCAGACACCCATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCCTCTGGACATGCAGTGCAGAGATGTGCATTCAGACACCCATACA  750

seq1  CATAAACATTTGAAAAACAACAACAACAAAATATATATGTATGTATGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACATTTGAAAAACAACAACAACAAAATATATATGTATGTATGTAT  800

seq1  GTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATA  831
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTATATATATATATATATA  831

seq1: chr8_47031666_47032325
seq2: B6Ng01-142I08.g_64_723 (reverse)

seq1  AATAAATCGCAAAACCAAAAAGCCACTAAAAGCATGGAGTACATTTTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATCGCAAAACCAAAAAGCCACTAAAAGCATGGAGTACATTTTGTG  50

seq1  TTGGCCAACTGCTCCTGAGATTGCAGCCTGCCCTGTAATGCCGTTGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAACTGCTCCTGAGATTGCAGCCTGCCCTGTAATGCCGTTGATAT  100

seq1  GCTCAGCATCAGGCCATTGAAGACAACTGACGATCCCCACCCAACAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCATCAGGCCATTGAAGACAACTGACGATCCCCACCCAACAGCTG  150

seq1  TCACTGGGGAATAGGTTCTTGCCTGGGGTGAGACTGTGTTGAGATTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGGAATAGGTTCTTGCCTGGGGTGAGACTGTGTTGAGATTTTTG  200

seq1  TGCCACACGCTTGTGCAGGTCTTGTGAGTTCATTCATGCAGCTGGCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACACGCTTGTGCAGGTCTTGTGAGTTCATTCATGCAGCTGGCCTGT  250

seq1  CATGTCTGGAGGGCACTGTTCCCTTGGAGTCATCCACCACCTCCAGACCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGGAGGGCACTGTTCCCTTGGAGTCATCCACCACCTCCAGACCT  300

seq1  TATAAGCCCTCTGCCTTCTCTGCACATCCCTGAATCCTTAGAGGAGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCCCTCTGCCTTCTCTGCACATCCCTGAATCCTTAGAGGAGGAGT  350

seq1  GTGATAGAGACACCCCAGTCAGTGATGAGTACTCCCAAGTCTCTGTCTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGAGACACCCCAGTCAGTGATGAGTACTCCCAAGTCTCTGTCTCT  400

seq1  GCACACCATCCAGTTGTGGGTCTCTGTGTTAATATCCACCTACTGCAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCATCCAGTTGTGGGTCTCTGTGTTAATATCCACCTACTGCAAGA  450

seq1  AGTATCTTCCCTGACAAGGTGCACTGATCCTCCGTCAGGTGTGTGATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTCCCTGACAAGGTGCACTGATCCTCCGTCAGGTGTGTGATTAG  500

seq1  TAAAGAGCTTTCCCCTCTCTTCTTCTTCCTGCCTTCCCGTGGTGAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGCTTTCCCCTCTCTTCTTCTTCCTGCCTTCCCGTGGTGAATTTT  550

seq1  GTCTCAGAGACCTCTGCCCTGCTGAAGACAAGATGATACCAGGAAATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGAGACCTCTGCCCTGCTGAAGACAAGATGATACCAGGAAATGCT  600

seq1  AAAAATGGGCATCCTCCCCTGAAATTCCAAGCTACAGCTGTTACGCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGGCATCCTCCCCTGAAATTCCAAGCTACAGCTGTTACGCCAGA  650

seq1  TGGTGAATTC  660
      ||||||||||
seq2  TGGTGAATTC  660