BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142M13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,470,631 - 17,660,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream genenone
Downstream geneLOC665638, LOC100040466, Mcph1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142M13.bB6Ng01-142M13.g
ACCDH940892DH940893
length1,115945
definitionDH940892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142M13, 5' end.DH940893|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142M13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,470,631 - 17,471,744)(17,659,951 - 17,660,607)
sequence
gaattcaatggtctttacacctactgtgaatgttagagaaatcctttaaa
catctttgcacaatgaatggcatgagtgactatatacagcaagtgcattg
gctggttttcaaatgttgtgcaatatctcacgtttctaaaccatgatact
cagtcccaacctaagtagaaaagagcacactttcttgacagtttgggttg
tttaatatctgagctttggatcatgaagaaaagccccaagatggcttcct
cagagaatgaaaacacatgatcacttacagtttgagaggtgtaattcagt
gtgacttgatttttattgtgagaatggctcatgtcaaagtaaactttaat
ttccagctgggagcatgttaggtataatgtggttagatgaattcttagtt
atatgacttctgtttatgataatactccacttgtaattggatgaataggt
agagtagtaaatatttaaaatatattcttctggttgagaaagtgattcca
tgcttcctcctcaaacttgatatctagcaccacctacaacaggaatgggg
gtatgcgcatgtaatcatggactttggaagatagaaacaggagaaacacc
gcgagctcagggatatccttggctacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacttgatatagatctgagatagaaatagagatatacataa
acatatgtatatatagatatgttatagaaattaattttaataatttaaaa
ataaactacagtgttataatcagtcacttctcgtctggtgctctttctga
cattctctatctggggaaggatgacctgttgcttccagtatattctatat
gtacacacagacacacagacagatacacccactttaatttctctgtattt
atgtacacatacatacatacatacactttaatttctctgtatttatgcat
tggacagccaagagttcataatttgaatcctagtacatttccagctgttt
acttctttccagacaagatcttccaagcacaagcaagagagctgataatg
catcttgaataaacaagccagcaggaagcaaatgaataaacaatgcacgg
tttggaaaggagctt
gaattccatagagtgatgtgattgtgttacccaggcacaaagcacaccca
ctgagtacaaatgagagagagtgaaaaatgtgtaaacttctaatattagt
ttagtgtctagattggttttaaaagaaactgagtcataagactataattt
gataaagatacttccgggggtgaaaggctaaccatcattgctgttttgtg
gcttttatttcaacagagcctcgagtgacttggtggcttttcatggctgt
agtgagagttaatagattactgtaaataggagattggcttatgcacatgg
ctttaagcttagcatctacggcttcagtgagaacttgtgttacagataat
gacacaaaaaaattctcaagtgtctctatagagaggtaggatgggcgaat
gttctgtggcaaccacattgcctctatcagctgagagggcctgaaagcag
agacagtcccagtcctcagcatatctaattaggagatcttgatttttatt
ctcttctgtaatgaaaatggcaaatgttccttggataagtcacagattat
gaggccaggaggttatctgcaaaagactatacaagggagtactaaaacaa
ccatctgaagctgaaacgatactatgggaacggactggaatgtacacggc
tttcactggccaaagctgggcctatttaggattcaggataactgataact
gcattagttacttttctaatgctatgctaagatggcatgaccaatagcaa
tttagagaaagaggcaaaaattggattagtgataccagaggaataagagt
ccatcacaacaaagaggcatggttgtaaatgacaggcgtgactgcaggag
caagaagccaagagctcatatctttaatagcaaacaggatgcagagaaaa
aagactggaaatggagtgaagttatgaactctcaaagcctgctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17470631_17471744
seq2: B6Ng01-142M13.b_45_1159

seq1  GAATTCAATGGTCTTTACACCTACTGTGAATGTTAGAGAAATCCTTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGTCTTTACACCTACTGTGAATGTTAGAGAAATCCTTTAAA  50

seq1  CATCTTTGCACAATGAATGGCATGAGTGACTATATACAGCAAGTGCATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTGCACAATGAATGGCATGAGTGACTATATACAGCAAGTGCATTG  100

seq1  GCTGGTTTTCAAATGTTGTGCAATATCTCACGTTTCTAAACCATGATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTTCAAATGTTGTGCAATATCTCACGTTTCTAAACCATGATACT  150

seq1  CAGTCCCAACCTAAGTAGAAAAGAGCACACTTTCTTGACAGTTTGGGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCAACCTAAGTAGAAAAGAGCACACTTTCTTGACAGTTTGGGTTG  200

seq1  TTTAATATCTGAGCTTTGGATCATGAAGAAAAGCCCCAAGATGGCTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATCTGAGCTTTGGATCATGAAGAAAAGCCCCAAGATGGCTTCCT  250

seq1  CAGAGAATGAAAACACATGATCACTTACAGTTTGAGAGGTGTAATTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGAAAACACATGATCACTTACAGTTTGAGAGGTGTAATTCAGT  300

seq1  GTGACTTGATTTTTATTGTGAGAATGGCTCATGTCAAAGTAAACTTTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTGATTTTTATTGTGAGAATGGCTCATGTCAAAGTAAACTTTAAT  350

seq1  TTCCAGCTGGGAGCATGTTAGGTATAATGTGGTTAGATGAATTCTTAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTGGGAGCATGTTAGGTATAATGTGGTTAGATGAATTCTTAGTT  400

seq1  ATATGACTTCTGTTTATGATAATACTCCACTTGTAATTGGATGAATAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACTTCTGTTTATGATAATACTCCACTTGTAATTGGATGAATAGGT  450

seq1  AGAGTAGTAAATATTTAAAATATATTCTTCTGGTTGAGAAAGTGATTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAGTAAATATTTAAAATATATTCTTCTGGTTGAGAAAGTGATTCCA  500

seq1  TGCTTCCTCCTCAAACTTGATATCTAGCACCACCTACAACAGGAATGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTCCTCAAACTTGATATCTAGCACCACCTACAACAGGAATGGGG  550

seq1  GTATGCGCATGTAATCATGGACTTTGGAAGATAGAAACAGGAGAAACACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCGCATGTAATCATGGACTTTGGAAGATAGAAACAGGAGAAACACC  600

seq1  GCGAGCTCAGGGATATCCTTGGCTACACACACACACACACACACACACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCTCAGGGATATCCTTGGCTACACACACACACACACACACACACAC  650

seq1  ACACACACACACTTGATATAGATCTGAGATAGAAATAGAGATATACATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACTTGATATAGATCTGAGATAGAAATAGAGATATACATAA  700

seq1  ACATATGTATATATAGATATGTTATAGAAATTAATTTTAATAATTTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGTATATATAGATATGTTATAGAAATTAATTTTAATAATTTAAAA  750

seq1  ATAAACTACAGTGTTATAATCAGTCACTTCTCGTCTGGTGCTCTTTCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTACAGTGTTATAATCAGTCACTTCTCGTCTGGTGCTCTTTCTGA  800

seq1  CATTCTCTATCTGGGGAAGGATGACCTGTTGCTTCCAGTATATTCTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTATCTGGGGAAGGATGACCTGTTGCTTCCAGTATATTCTATAT  850

seq1  GTACACACAGACACACAGACAGATACACCCACTTTAATTTCTCTGTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACACAGACACACAGACAGATACACCCACTTTAATTTCTCTGTATTT  900

seq1  ATGTACACATACATACATACATACACTTTAATTTCTCTGTATTTATGCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACATACATACATACATACACTTTAATTTCTCTGTATTTATGCAT  950

seq1  T-GACAGCCAAAGGTTCAT-ATTTGAATCCTAGTACATTTCCAGCTGTTT  998
      | |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCCAAGAGTTCATAATTTGAATCCTAGTACATTTCCAGCTGTTT  1000

seq1  AC-TCTTTCCAGACAAGATCTCCCAAGCACAAGCAAGAGAGCTGATAAAT  1047
      || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTTCTTTCCAGACAAGATCTTCCAAGCACAAGCAAGAGAGCTGAT-AAT  1049

seq1  GCATCTAG-ATAAACAAGCAAGCAAGAAAGCAAATGAATAAACAAATGCA  1096
      |||||| | |||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||
seq2  GCATCTTGAATAAACAAGCCAGC-AGGAAGCAAATGAATAAAC-AATGCA  1097

seq1  CGTTTTGAAAGGGAGCTT  1114
      || |||| || |||||||
seq2  CGGTTTGGAAAGGAGCTT  1115

seq1: chr8_17659951_17660607
seq2: B6Ng01-142M13.g_67_723 (reverse)

seq1  AGTGAAAGCCGTGTACATTCCAGTCCGTTCCCATAGTATCGTTTCAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAGCCGTGTACATTCCAGTCCGTTCCCATAGTATCGTTTCAGCTT  50

seq1  CAGATGGTTGTTTTAGTACTCCCTTGTATAGTCTTTTGCAGATAACCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTTGTTTTAGTACTCCCTTGTATAGTCTTTTGCAGATAACCTCC  100

seq1  TGGCCTCATAATCTGTGACTTATCCAAGGAACATTTGCCATTTTCATTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCATAATCTGTGACTTATCCAAGGAACATTTGCCATTTTCATTAC  150

seq1  AGAAGAGAATAAAAATCAAGATCTCCTAATTAGATATGCTGAGGACTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAATAAAAATCAAGATCTCCTAATTAGATATGCTGAGGACTGGG  200

seq1  ACTGTCTCTGCTTTCAGGCCCTCTCAGCTGATAGAGGCAATGTGGTTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCTGCTTTCAGGCCCTCTCAGCTGATAGAGGCAATGTGGTTGCC  250

seq1  ACAGAACATTCGCCCATCCTACCTCTCTATAGAGACACTTGAGAATTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACATTCGCCCATCCTACCTCTCTATAGAGACACTTGAGAATTTTT  300

seq1  TTGTGTCATTATCTGTAACACAAGTTCTCACTGAAGCCGTAGATGCTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCATTATCTGTAACACAAGTTCTCACTGAAGCCGTAGATGCTAAG  350

seq1  CTTAAAGCCATGTGCATAAGCCAATCTCCTATTTACAGTAATCTATTAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGCCATGTGCATAAGCCAATCTCCTATTTACAGTAATCTATTAAC  400

seq1  TCTCACTACAGCCATGAAAAGCCACCAAGTCACTCGAGGCTCTGTTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTACAGCCATGAAAAGCCACCAAGTCACTCGAGGCTCTGTTGAAA  450

seq1  TAAAAGCCACAAAACAGCAATGATGGTTAGCCTTTCACCCCCGGAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCCACAAAACAGCAATGATGGTTAGCCTTTCACCCCCGGAAGTAT  500

seq1  CTTTATCAAATTATAGTCTTATGACTCAGTTTCTTTTAAAACCAATCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCAAATTATAGTCTTATGACTCAGTTTCTTTTAAAACCAATCTAG  550

seq1  ACACTAAACTAATATTAGAAGTTTACACATTTTTCACTCTCTCTCATTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAACTAATATTAGAAGTTTACACATTTTTCACTCTCTCTCATTTG  600

seq1  TACTCAGTGGGTGTGCTTTGTGCCTGGGTAACACAATCACATCACTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGTGGGTGTGCTTTGTGCCTGGGTAACACAATCACATCACTCTAT  650

seq1  GGAATTC  657
      |||||||
seq2  GGAATTC  657