BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155E20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 123,477,668 - 123,614,317
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042333, Foxf1a
Upstream geneUsp10, Crispld2, Zdhhc7, 6430548M08Rik, 1700120B06Rik, Gse1, 4833427B12Rik, LOC668301, 1190005I06Rik, Cox4nb, Cox4i1, Irf8
Downstream geneMthfsd, Foxc2, Foxl1, 1700018B08Rik, Fbxo31, Map1lc3b, Zcchc14, Jph3, Klhdc4, Slc7a5, BC048644, Car5a, Banp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155E20.bB6Ng01-155E20.g
ACCDH950124DH950125
length1,153992
definitionDH950124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155E20, 5' end.DH950125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155E20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,477,668 - 123,478,825)(123,613,321 - 123,614,317)
sequence
gaattctaaagtagtcaagtagtctaggctggctggatccccctgtctcc
tcctctatgcaccaggataacaagtgagtgacaccttagccagctctttt
acatggagggtaaggatccaaatcagcccttgtgcattttattttgagca
atctcctcagccctgttgaaatcacagggctcggggtgactcagtggatg
aagtgcttgctgcacaggcatgaggacctgagatcaatccccagcaccca
cagaaagctgggcgtggcagcacatgtctataactcagaactcaaggatg
aggcaggatggtcctgccagcttggtgaccggtctagcagagtcagtgag
cgccaagttctttgagaggatctgacaaaaataagacttaatgagttaag
acaccagcatcaaatacagtcctccacatgtttcatatcacatgggccag
cagacccacggatacacatacatacacacacatgtacactcagatgcata
cacagttacacacatacacatatacatgcatacatactcacacaagcaca
cacatgcacatgtacacacatgcacacacttgtatgcatactcacacaca
tacacttatacatgcatgcacacatagactcgcacacatacacgcacatt
cacactcatatgcatacacacatgcattcacatgtatagtcacacataca
tactcatacacactcatgtacactcacacaaacatacaggcacacacaca
agcacacacatgtatgcatacacacttacacacatacatacacacatgta
cacatacacactcacacacatgtacacatacacactcatacacatacata
cacactcatacatgcatgcacacatacactcacacatacatacccccaca
cacatacacatcacagacacatacatgcatacacatgcatgaacaggcac
tctcacacacccacatatgcatgctcaaacactcatttacatgcacacat
gtgaatgaattaaagtacaattaaaaagcaggacaaaagagacagctgag
catgaacgtgaatcttcccttgcaacaccctgaccttaatcacgacagaa
ccagtttaacctcagacagtgaggtagtgcccctctgagaagtaccctca
ctg
gaattcaaagatgaggggtggcttggtttacacaatgccaggtggcctca
gggcaaggactccgggtcagtatttccactccgtcctaggaacacagtca
ctggtgggggactggcagacagggagccaggttttttggtgcagtaccaa
ctcttccctgccctgacccttcaatcccaaagagaaaggacaacagtgta
tcaactgcgcctctgtgggccaggcgcctgcacgtcacagctcacaaacc
ctgttgccctctctggcgctgctgtaggacctgcctgggttcagtgtccg
ggaagttcttcctgtctaggtctgtgggacccagagcctgagccttggag
attgtgcacccttgtccgcaggaggaggttgaggaggggaccgtgtgatt
tacccacagggccgagcttcgtgtctccttgcggcttgccaacctccaca
ccttctgcttcacacagagccattgcgtcctgacggttctgcaagggtca
tttgaccataacttaacgcgctccctgtgcgcccagagcagacagtaagc
actcacactcaatttcgtcacacttctgctgggtttaaacctgtgacctg
caggtgcccgaatgttttcttgggcaccgcggaggctgctccctaccacg
cagcatgcgcgaccctaagccaaaatggaccctggagaaacccgggcgcc
accaaagcggcggagggagacctcgggacgctgctagcgatctttccatg
gaatcggcccttctaggcttgcctggagcccagccctcctctggggaagg
ccggactttccctctcactctccggcgacagatcaggcgagaggcagagc
caggcccccatcccctgggtctggccagttctgccgggcgactcttggtg
ccttccacccagctggccctgatgtcgggagctgggaaatcccactgaaa
tccgcacagagcctgtagtgagctggaattcggggtcgctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_123477668_123478825
seq2: B6Ng01-155E20.b_47_1199

seq1  GAATTCTAAAGTAGTCAAGTAGTCTAGGCTGGCTGGATCCCCCTGTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAGTAGTCAAGTAGTCTAGGCTGGCTGGATCCCCCTGTCTCC  50

seq1  TCCTCTATGCACCAGGATAACAAGTGAGTGACACCTTAGCCAGCTCTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATGCACCAGGATAACAAGTGAGTGACACCTTAGCCAGCTCTTTT  100

seq1  ACATGGAGGGTAAGGATCCAAATCAGCCCTTGTGCATTTTATTTTGAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAGGGTAAGGATCCAAATCAGCCCTTGTGCATTTTATTTTGAGCA  150

seq1  ATCTCCTCAGCCCTGTTGAAATCACAGGGCTCGGGGTGACTCAGTGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTCAGCCCTGTTGAAATCACAGGGCTCGGGGTGACTCAGTGGATG  200

seq1  AAGTGCTTGCTGCACAGGCATGAGGACCTGAGATCAATCCCCAGCACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTGCTGCACAGGCATGAGGACCTGAGATCAATCCCCAGCACCCA  250

seq1  CAGAAAGCTGGGCGTGGCAGCACATGTCTATAACTCAGAACTCAAGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCTGGGCGTGGCAGCACATGTCTATAACTCAGAACTCAAGGATG  300

seq1  AGGCAGGATGGTCCTGCCAGCTTGGTGACCGGTCTAGCAGAGTCAGTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGATGGTCCTGCCAGCTTGGTGACCGGTCTAGCAGAGTCAGTGAG  350

seq1  CGCCAAGTTCTTTGAGAGGATCTGACAAAAATAAGACTTAATGAGTTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAAGTTCTTTGAGAGGATCTGACAAAAATAAGACTTAATGAGTTAAG  400

seq1  ACACCAGCATCAAATACAGTCCTCCACATGTTTCATATCACATGGGCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGCATCAAATACAGTCCTCCACATGTTTCATATCACATGGGCCAG  450

seq1  CAGACCCACGGATACACATACATACACACACATGTACACTCAGATGCATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCACGGATACACATACATACACACACATGTACACTCAGATGCATA  500

seq1  CACAGTTACACACATACACATATACATGCATACATACTCACACAAGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTACACACATACACATATACATGCATACATACTCACACAAGCACA  550

seq1  CACATGCACATGTACACACATGCACACACTTGTATGCATACTCACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCACATGTACACACATGCACACACTTGTATGCATACTCACACACA  600

seq1  TACACTTATACATGCATGCACACATAGACTCGCACACATACACGCACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTATACATGCATGCACACATAGACTCGCACACATACACGCACATT  650

seq1  CACACTCATATGCATACACACATGCATTCACATGTATAGTCACACATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCATATGCATACACACATGCATTCACATGTATAGTCACACATACA  700

seq1  TACTCATACACACTCATGTACACTCACACAAACATACAGGCACACACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATACACACTCATGTACACTCACACAAACATACAGGCACACACACA  750

seq1  AGCACACACATGTATGCATACACACTTACACACATACATACACACATGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACACACATGTATGCATACACACTTACACACATACATACACACATGTA  800

seq1  CACATACACACTCACACACATGTACACATACACACTCATACACATACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACACTCACACACATGTACACATACACACTCATACACATACATA  850

seq1  CACACTCATACATGCATGCACACATACACTCACACATACATACCCCCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCATACATGCATGCACACATACACTCACACATACATACCCCCACA  900

seq1  CACATACACATCACAGACACATACATGCATACACATGCATGAACAGGCAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACACATCACAGACACATACATGCATACACATGCATGAACAGGCAC  950

seq1  TCTCACACACCCACATATGCATGCTCAAACACTCATTTACATGCACACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACACCCACATATGCATGCTCAAACACTCATTTACATGCACACAT  1000

seq1  GTGAATGAATTAAAGTACAA-TAAAAAGCAGGGACAAAAGGAAGACAGCC  1049
      |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||| |
seq2  GTGAATGAATTAAAGTACAATTAAAAAGCA-GGACAAAAG--AGACAG-C  1046

seq1  TGAGCATGAACGTGAATC-TCCCTTGCCAACACCCTGACCCTAATCACGA  1098
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  TGAGCATGAACGTGAATCTTCCCTTG-CAACACCCTGACCTTAATCACGA  1095

seq1  CAGAACCAGGTTAAACTCAAGGACAGTGAAGGTAGTGCCCCTCTGAG-AG  1147
      ||||||||| |||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  CAGAACCAGTTTAACCTCA--GACAGTG-AGGTAGTGCCCCTCTGAGAAG  1142

seq1  TCACCTCACTG  1158
      |  ||||||||
seq2  TACCCTCACTG  1153

seq1: chr8_123613321_123614317
seq2: B6Ng01-155E20.g_65_1056 (reverse)

seq1  GCAGCGGACCCCGGATTCCAGCTCACTACCAGGCTCCTGTGCGGATTTCA  50
      ||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GCAGC-GACCCCGAATTCCAGCTCACTA-CAGGCT-CTGTGCGGATTTCA  47

seq1  GTGGGATTTCCCAGCTCCCGACATCAGGGCCAGCTGGGTGGAAGGCACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTTCCCAGCTCCCGACATCAGGGCCAGCTGGGTGGAAGGCACCA  97

seq1  AGAGTCGCCCCGGCAGAACTGGCCAGGACCCAGGGGATGGGGGCCTGGCT  150
      ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCG-CCCGGCAGAACTGGCCA-GACCCAGGGGATGGGGGCCTGGCT  145

seq1  CTGCCTCTCGCCTGATCTGTCGCCGGAGGGTGAGAGGGAAAGTCCGGCCT  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCTCGCCTGATCTGTCGCCGGAGAGTGAGAGGGAAAGTCCGGCCT  195

seq1  TCCCCAGAGGAGGGCTGGGCTCCAGGCAAGCCTAGAAGGGCCGATTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAGGAGGGCTGGGCTCCAGGCAAGCCTAGAAGGGCCGATTCCAT  245

seq1  GGAAAGATCGCTAGCAGCGTCCCGAGGTCTCCCTCCGCCGCTTTGGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGATCGCTAGCAGCGTCCCGAGGTCTCCCTCCGCCGCTTTGGTGGC  295

seq1  GCCCGGGTTTCTCCAGGGTCCATTTTGGCTTAGGGTCGCGCATGCTGCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGGTTTCTCCAGGGTCCATTTTGGCTTAGGGTCGCGCATGCTGCGT  345

seq1  GGTAGGGAGCAGCCTCCGCGGTGCCCAAGAAAACATTCGGGCACCTGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGAGCAGCCTCCGCGGTGCCCAAGAAAACATTCGGGCACCTGCAG  395

seq1  GTCACAGGTTTAAACCCAGCAGAAGTGTGACGAAATTGAGTGTGAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGGTTTAAACCCAGCAGAAGTGTGACGAAATTGAGTGTGAGTGCT  445

seq1  TACTGTCTGCTCTGGGCGCACAGGGAGCGCGTTAAGTTATGGTCAAATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCTGCTCTGGGCGCACAGGGAGCGCGTTAAGTTATGGTCAAATGA  495

seq1  CCCTTGCAGAACCGTCAGGACGCAATGGCTCTGTGTGAAGCAGAAGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGCAGAACCGTCAGGACGCAATGGCTCTGTGTGAAGCAGAAGGTGT  545

seq1  GGAGGTTGGCAAGCCGCAAGGAGACACGAAGCTCGGCCCTGTGGGTAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTTGGCAAGCCGCAAGGAGACACGAAGCTCGGCCCTGTGGGTAAAT  595

seq1  CACACGGTCCCCTCCTCAACCTCCTCCTGCGGACAAGGGTGCACAATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGGTCCCCTCCTCAACCTCCTCCTGCGGACAAGGGTGCACAATCTC  645

seq1  CAAGGCTCAGGCTCTGGGTCCCACAGACCTAGACAGGAAGAACTTCCCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCAGGCTCTGGGTCCCACAGACCTAGACAGGAAGAACTTCCCGG  695

seq1  ACACTGAACCCAGGCAGGTCCTACAGCAGCGCCAGAGAGGGCAACAGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAACCCAGGCAGGTCCTACAGCAGCGCCAGAGAGGGCAACAGGGT  745

seq1  TTGTGAGCTGTGACGTGCAGGCGCCTGGCCCACAGAGGCGCAGTTGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCTGTGACGTGCAGGCGCCTGGCCCACAGAGGCGCAGTTGATAC  795

seq1  ACTGTTGTCCTTTCTCTTTGGGATTGAAGGGTCAGGGCAGGGAAGAGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTGTCCTTTCTCTTTGGGATTGAAGGGTCAGGGCAGGGAAGAGTTG  845

seq1  GTACTGCACCAAAAAACCTGGCTCCCTGTCTGCCAGTCCCCCACCAGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGCACCAAAAAACCTGGCTCCCTGTCTGCCAGTCCCCCACCAGTGA  895

seq1  CTGTGTTCCTAGGACGGAGTGGAAATACTGACCCGGAGTCCTTGCCCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCCTAGGACGGAGTGGAAATACTGACCCGGAGTCCTTGCCCTGA  945

seq1  GGCCACCTGGCATTGTGTAAACCAAGCCACCCCTCATCTTTGAATTC  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACCTGGCATTGTGTAAACCAAGCCACCCCTCATCTTTGAATTC  992