BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157N09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,477,046 - 16,654,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157N09.bB6Ng01-157N09.g
ACCDH951959DH951960
length1,0881,068
definitionDH951959|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157N09, 5' end.DH951960|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157N09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,477,046 - 16,478,136)(16,653,457 - 16,654,527)
sequence
gaattcattcataagaccatggacgttgcagagagcaaagtgaaagatct
ggaccaatggatcaatgtgggatagacagagggaagtctaagaaagcaat
ggcagcggtggaaagtgagctcatctggagcccttgggatagtcaggggt
catctgagtgttagtgctctgatgcacacactgagtggtctcataactac
tcagtgtgagtgttgccatttcagtattaggtgacctcttctttatggga
ttcaggtatgaggtttgcacccatccctcagtctggaacagttggtaagt
tctcaggcctgggttatcttacatgcctttcatattcttatgtttctaat
gtggtcctagcgtgctttggtatgttctaaggggagcgctctcactttca
ggaaggagccatttatcagtttgtgcttcatgggaggcaacagtcaggag
cttgggtttacacgaacagcaaggtattccacctaaatgctcgccttcat
aatggagtcaagtgctgcttgtagatagagtctttgagggcaagacagtc
aggaaaccagtgttttctgtgatagggagttacttagatcagaacacaac
ctagttgtctatctgcctatctatcattggcctctcatctacctaacatt
tatctatttatatcctatcatctacctaccttctcctaatttacctacct
acctataggaggacacatcaacacatgaataatggtgtcccattgtctaa
gagaagcctatgggaaatcctacagaaacaccgattagattcttcggtag
ctcaaaggaaaatcacagtaaaggtcatgatctgagggaagataattaac
ttcactcatcccgggtcttccgagccaccccaagccatctagataaaata
ttttcctgtgagttaagtgtgaggccataagaacagtcaggatttaagtt
gtaactggtgagattaaaagaccattttgcttgccctgtggggatttttg
gttcactctttatggagttatttaactactgttcccagacttagtgacag
agaaggagatgaatgggaaagggtgggctctgctggag
gaattcccaatcacccattactctggaaggtgttttctgcttgctttcac
tccttggtgtgagattagctgggatcagctctagctagaataacacttac
agttggtgcattttaatttcactccctaaccatcttcagtgtaaataaaa
ccatacttaagtttttaagagttgtgattttgaacttggcgaaaacaaac
agatccggttaagttgaatgttccctgctcacgaaatcagggtgaaggaa
ggaaatgttagctgcccctgttgcaacatttaaatccaaagcttcaatgc
tgttagataaaattttctgaaactatagctccagatgttttggcttctga
cccccccccctccgctcccctttttccctgtgatccatgccaaccaaaac
tctctccctggagctgcaaagctgacacgggggttatgaatgctgcaagc
tcttccagaagagccttgttcaattcccaacacccacagctcacaactgt
ctgaaacttcagttccagggaacatggccccctcacacaggtacacatgc
aagtaaaacaccaatgcacataaaaataaaaagaaataattttcaaaacc
tctcttattttgaacatgtattccagaaaaagggtcctcgcagggcgtgt
acttagtgtccttgttgaatgatgactctgcccagatcttcttaatctcc
agccccaggagttccagagaaaacctcaggagcatcactctttcatggca
tagttcttaaaattagatcttcaaggtagaaagatatggttaggcacacc
accctggctgcttctaactcttaggccagtgagttaaagatgggtgctac
aagctggtattgtactttctgggaagaattctgtgcagcatgggggattc
tcactcagggaaaatagactggacttggacttttagatgtaatgagccca
gtcttgatgagtcttcatgaaactttatgtgatggttactataaatggtc
ctcataggctcatatatttggatgctagtaccaggagtataactgttgtg
aggaaggagaatagaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16477046_16478136
seq2: B6Ng01-157N09.b_48_1135

seq1  GAATTCATTCATAAGACCATGGACGTTGCAGAGAGCAAAGTGAAAGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCATAAGACCATGGACGTTGCAGAGAGCAAAGTGAAAGATCT  50

seq1  GGACCAATGGATCAATGTGGGATAGACAGAGGGAAGTCTAAGAAAGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAATGGATCAATGTGGGATAGACAGAGGGAAGTCTAAGAAAGCAAT  100

seq1  GGCAGCGGTGGAAAGTGAGCTCATCTGGAGCCCTTGGGATAGTCAGGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCGGTGGAAAGTGAGCTCATCTGGAGCCCTTGGGATAGTCAGGGGT  150

seq1  CATCTGAGTGTTAGTGCTCTGATGCACACACTGAGTGGTCTCATAACTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGTGTTAGTGCTCTGATGCACACACTGAGTGGTCTCATAACTAC  200

seq1  TCAGTGTGAGTGTTGCCATTTCAGTATTAGGTGACCTCTTCTTTATGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTGAGTGTTGCCATTTCAGTATTAGGTGACCTCTTCTTTATGGGA  250

seq1  TTCAGGTATGAGGTTTGCACCCATCCCTCAGTCTGGAACAGTTGGTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTATGAGGTTTGCACCCATCCCTCAGTCTGGAACAGTTGGTAAGT  300

seq1  TCTCAGGCCTGGGTTATCTTACATGCCTTTCATATTCTTATGTTTCTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGCCTGGGTTATCTTACATGCCTTTCATATTCTTATGTTTCTAAT  350

seq1  GTGGTCCTAGCGTGCTTTGGTATGTTCTAAGGGGAGCGCTCTCACTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCCTAGCGTGCTTTGGTATGTTCTAAGGGGAGCGCTCTCACTTTCA  400

seq1  GGAAGGAGCCATTTATCAGTTTGTGCTTCATGGGAGGCAACAGTCAGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAGCCATTTATCAGTTTGTGCTTCATGGGAGGCAACAGTCAGGAG  450

seq1  CTTGGGTTTACACGAACAGCAAGGTATTCCACCTAAATGCTCGCCTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTTTACACGAACAGCAAGGTATTCCACCTAAATGCTCGCCTTCAT  500

seq1  AATGGAGTCAAGTGCTGCTTGTAGATAGAGTCTTTGAGGGCAAGACAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTCAAGTGCTGCTTGTAGATAGAGTCTTTGAGGGCAAGACAGTC  550

seq1  AGGAAACCAGTGTTTTCTGTGATAGGGAGTTACTTAGATCAGAACACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACCAGTGTTTTCTGTGATAGGGAGTTACTTAGATCAGAACACAAC  600

seq1  CTAGTTGTCTATCTGCCTATCTATCATTGGCCTCTCATCTACCTAACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGTCTATCTGCCTATCTATCATTGGCCTCTCATCTACCTAACATT  650

seq1  TATCTATTTATATCCTATCATCTACCTACCTTCTCCTAATTTACCTACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTTATATCCTATCATCTACCTACCTTCTCCTAATTTACCTACCT  700

seq1  ACCTATAGGAGGACACATCAACACATGAATAATGGTGTCCCATTGTCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATAGGAGGACACATCAACACATGAATAATGGTGTCCCATTGTCTAA  750

seq1  GAGAAGCCTAT-GGAAATCCTACAGAAACACCGATTAGATTCTTCGGTAG  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCCTATGGGAAATCCTACAGAAACACCGATTAGATTCTTCGGTAG  800

seq1  CTCAAAGGAAAATCACAGTAAAGGTCATGATCTGAGGGAAGATAATTAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGGAAAATCACAGTAAAGGTCATGATCTGAGGGAAGATAATTAAC  850

seq1  TTCACTCATCCC-GGTCTTCCGAGCCACCCCAAGCCATCTAGATAAAATA  898
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCATCCCGGGTCTTCCGAGCCACCCCAAGCCATCTAGATAAAATA  900

seq1  -TTTCCTGTGAGTTAAGTGTGAGGCCATAAGAACAGTCAGGATTTAAGTT  947
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGTGAGTTAAGTGTGAGGCCATAAGAACAGTCAGGATTTAAGTT  950

seq1  GTAACTGGTGAGATTAAAAGACCATTTTGCTTGCCCTGTGGGGATTTATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTAACTGGTGAGATTAAAAGACCATTTTGCTTGCCCTGTGGGGATTT-TT  999

seq1  GGTTCACTCTTTA-GGAGTTATTTAAACTACTGTTCCCAGACTTAGTGAC  1046
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACTCTTTATGGAGTTATTT-AACTACTGTTCCCAGACTTAGTGAC  1048

seq1  AGGAGAGGGAAGAGGAATGGGAAAGGGGTGGGGCTCTGCCTGGAG  1091
      | |||| || ||| |||||||||||||   |||||||| ||||||
seq2  A-GAGAAGG-AGATGAATGGGAAAGGG--TGGGCTCTG-CTGGAG  1088

seq1: chr8_16653457_16654527
seq2: B6Ng01-157N09.g_65_1132 (reverse)

seq1  TCTTCTA--ATCCTTC----AAACAGTTATACTCCCTGGTTACTAAGCAT  44
      |||||||   ||||||     |||||||||||| ||||| |||| |||||
seq2  TCTTCTATTCTCCTTCCTCACAACAGTTATACT-CCTGG-TACT-AGCAT  47

seq1  CCAAATATATGAGCCTATGAGGACCATTTATAGTTAAACCATCACATAAA  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  CCAAATATATGAGCCTATGAGGACCATTTATAGT--AACCATCACATAAA  95

seq1  GTTTTCATGAAGACTCATCAAGACTGGGCTTCATTTACATCTAAAAGTCC  144
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |
seq2  G-TTTCATGAAGACTCATCAAGACTGGGC-TCA-TTACATCTAAAAGT-C  141

seq1  CAAGTTCAAGTCTATTTTCCCTGAGTGAGAAT-CCCCATGCTGCACAGAA  193
      |||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAG-TCCAGTCTATTTTCCCTGAGTGAGAATCCCCCATGCTGCACAGAA  190

seq1  TTCTTCCCAGAAAGTACAATACCAGCTTGTAGCACCCATCTTTAACTCAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCAGAAAGTACAATACCAGCTTGTAGCACCCATCTTTAACTCAC  240

seq1  TGGCCTAAGAGTTAGAAGCAGCCAGGGTGGTGTGCCTAACCATATCTTTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAAGAGTTAGAAGCAGCCAGGGTGGTGTGCCTAACCATATCTTTC  290

seq1  TACCTTGAAGATCTAATTTTAAGAACTATGCCATGAAAGAGTGATGCTCC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGAAGATCTAATTTTAAGAACTATGCCATGAAAGAGTGATGCTCC  340

seq1  TGAGGTTTTCTCTGGAACTCCTGGGGCTGGAGATTAAGAAGATCTGGGCA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTTTCTCTGGAACTCCTGGGGCTGGAGATTAAGAAGATCTGGGCA  390

seq1  GAGTCATCATTCAACAAGGACACTAAGTACACGCCCTGCGAGGACCCTTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATCATTCAACAAGGACACTAAGTACACGCCCTGCGAGGACCCTTT  440

seq1  TTCTGGAATACATGTTCAAAATAAGAGAGGTTTTGAAAATTATTTCTTTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAATACATGTTCAAAATAAGAGAGGTTTTGAAAATTATTTCTTTT  490

seq1  TATTTTTATGTGCATTGGTGTTTTACTTGCATGTGTACCTGTGTGAGGGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATGTGCATTGGTGTTTTACTTGCATGTGTACCTGTGTGAGGGG  540

seq1  GCCATGTTCCCTGGAACTGAAGTTTCAGACAGTTGTGAGCTGTGGGTGTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTCCCTGGAACTGAAGTTTCAGACAGTTGTGAGCTGTGGGTGTT  590

seq1  GGGAATTGAACAAGGCTCTTCTGGAAGAGCTTGCAGCATTCATAACCCCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGAACAAGGCTCTTCTGGAAGAGCTTGCAGCATTCATAACCCCC  640

seq1  GTGTCAGCTTTGCAGCTCCAGGGAGAGAGTTTTGGTTGGCATGGATCACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGCTTTGCAGCTCCAGGGAGAGAGTTTTGGTTGGCATGGATCACA  690

seq1  GGGAAAAAGGGGAGCGGAGGGGGGGGGGTCAGAAGCCAAAACATCTGGAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAGGGGAGCGGAGGGGGGGGGGTCAGAAGCCAAAACATCTGGAG  740

seq1  CTATAGTTTCAGAAAATTTTATCTAACAGCATTGAAGCTTTGGATTTAAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTTTCAGAAAATTTTATCTAACAGCATTGAAGCTTTGGATTTAAA  790

seq1  TGTTGCAACAGGGGCAGCTAACATTTCCTTCCTTCACCCTGATTTCGTGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCAACAGGGGCAGCTAACATTTCCTTCCTTCACCCTGATTTCGTGA  840

seq1  GCAGGGAACATTCAACTTAACCGGATCTGTTTGTTTTCGCCAAGTTCAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGAACATTCAACTTAACCGGATCTGTTTGTTTTCGCCAAGTTCAAA  890

seq1  ATCACAACTCTTAAAAACTTAAGTATGGTTTTATTTACACTGAAGATGGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAACTCTTAAAAACTTAAGTATGGTTTTATTTACACTGAAGATGGT  940

seq1  TAGGGAGTGAAATTAAAATGCACCAACTGTAAGTGTTATTCTAGCTAGAG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGTGAAATTAAAATGCACCAACTGTAAGTGTTATTCTAGCTAGAG  990

seq1  CTGATCCCAGCTAATCTCACACCAAGGAGTGAAAGCAAGCAGAAAACACC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCCAGCTAATCTCACACCAAGGAGTGAAAGCAAGCAGAAAACACC  1040

seq1  TTCCAGAGTAATGGGTGATTGGGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGTAATGGGTGATTGGGAATTC  1068