BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159H12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,384,275 - 6,530,934
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC623409, LOC669429, LOC100040360
Downstream geneEG665127, EG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159H12.bB6Ng01-159H12.g
ACCDH953124DH953125
length1,1351,131
definitionDH953124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159H12, 5' end.DH953125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,384,275 - 6,385,440)(6,529,798 - 6,530,934)
sequence
gaattcaatacaattaacaatgtgttttgttagcttttcctgggagaaaa
acacaaattactcattcactctagatttgcatcaatgcagaccatttcaa
caaagtctaacattctgataaatatgagtttgtggaatttttgaatacac
acccaagggtcaagttacttacagaagctggaatgaccccacggggaaaa
caactgtcaccataataaagcccatcactgagattcaggtcacctaaagc
atggtgacagttatgtggtatattgattgttacagaagaaagaaatgtat
cgatcaaaccatatttcaaacacactgatttaacatagtggaggggagaa
attaaagaaatgtttctactattctttgatgacattattagtatgtatgc
tggtttagtggacatcagacactggttttagcattctaaaataactaact
taatcgttacatctgtcagggcacacaagaagtattcagtaaatagcaat
acatgtgcagagttagcctttgatatctcaatcctgatttatattatacc
tttttcaatagctcagtcaaccctaaatatttcacacagctgtaggtgct
cttctaaaagttaacagaccaatccagattaaacaaaatcttaagcaaca
gccaatactttacagctattatcttgagtataaatggctttaacacacag
ttaaatgacacactaatatactgaatttgtcttcaacaaacttatctaga
aacagagacaaagtttgaaactatcaagcaaatggagcatgcacaaacat
catggagtaaacttcatgattattgatgtagacttcaaactgaatcagaa
ggaatgaaatgactttatattagtcagggacataagtgttgtaactatta
atgcatctaatcatagttcattaagtcatgaatgtcacacatggacatgg
tgagaacaggacattcatctacattctaaatctggacagatcatcatctc
agatgcaagatctcagctataaatacctcagtatcactgactgagatttc
taccatatcatcacgcatagcacccattaaagaaagactcagggagctga
ggggaacgctctatggtaaagaacaatcaaccaac

gaattctagaaatagtcactaaaccttctaaaggctatgcaattatttta
ttgatataattataaaaatattaaaattcaaatttcagcatttattgccc
tcttaaatgttacagtgcaccatcagtgaacttcaaagattgcactaaat
aatatttctatatactttcagtcaacataattatatactttatctttcat
aagggagatctgaacagagagtcttggaatctttctcatgtaaatggtaa
taaaaggtacagtgattgtagtagtcaaactttagtgttggcacttgcat
atgttcacaggttcagtctaaatcatatttttaaagcagagctttcagat
ttaatctctccatggcttttcacacaatttttgagtggtatgattggata
accttgttaccattcattaagacttggtttttcctgtgatccttactgat
atttttaataataaaaacaaacctcaatttgttccttagaactgtgatga
tcacatcttattcatattctagtcttcatggttatgctcctttttttaac
cctgtgtgagtaaatatgtttctgtaagaatcagatccatcatatccaca
catgaatcacagcatttgatgtttttgcacctttgtatcagctcctcttc
tcaagctatagctgatttcaatgtacacatcatgtccttctttcctcttt
gtcaccacattgcatgtcatgtaccacaatattctccattttgttcttta
aagcatctggactgttttggctacagggtctttcctcttgtctctgcaaa
ctcattaccctagctacacatagcaattcctttcattacacagatccaga
tctgcaatgaaagtaaatgtaagcttaccataaattatttcatcttactc
aataaacaaaatgcattattaaatgccaatagattactacaaggcactat
gcatgtaacatgtacacactgctgctatgttaatgatgagaatactaatt
tataacttgcactttgctaaccaaaaaccaaattgaattcttaaatgaga
atagtatataacttccttcaaggtaaatgagagtcaaaatgctcttaata
gcctgagcctgtgactcgagaactgcggtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6384275_6385440
seq2: B6Ng01-159H12.b_48_1182

seq1  GAATTCAATACAATTAACAATGTGTTTTGTTAGCTTTTCCTGGGAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACAATTAACAATGTGTTTTGTTAGCTTTTCCTGGGAGAAAA  50

seq1  ACACAAATTACTCATTCACTCTAGATTTGCATCAATGCAGACCATTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAATTACTCATTCACTCTAGATTTGCATCAATGCAGACCATTTCAA  100

seq1  CAAAGTCTAACATTCTGATAAATATGAGTTTGTGGAATTTTTGAATACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTAACATTCTGATAAATATGAGTTTGTGGAATTTTTGAATACAC  150

seq1  ACCCAAGGGTCAAGTTACTTACAGAAGCTGGAATGACCCCACGGGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGGTCAAGTTACTTACAGAAGCTGGAATGACCCCACGGGGAAAA  200

seq1  CAACTGTCACCATAATAAAGCCCATCACTGAGATTCAGGTCACCTAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTCACCATAATAAAGCCCATCACTGAGATTCAGGTCACCTAAAGC  250

seq1  ATGGTGACAGTTATGTGGTATATTGATTGTTACAGAAGAAAGAAATGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGACAGTTATGTGGTATATTGATTGTTACAGAAGAAAGAAATGTAT  300

seq1  CGATCAAACCATATTTCAAACACACTGATTTAACATAGTGGAGGGGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCAAACCATATTTCAAACACACTGATTTAACATAGTGGAGGGGAGAA  350

seq1  ATTAAAGAAATGTTTCTACTATTCTTTGATGACATTATTAGTATGTATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAATGTTTCTACTATTCTTTGATGACATTATTAGTATGTATGC  400

seq1  TGGTTTAGTGGACATCAGACACTGGTTTTAGCATTCTAAAATAACTAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTAGTGGACATCAGACACTGGTTTTAGCATTCTAAAATAACTAACT  450

seq1  TAATCGTTACATCTGTCAGGGCACACAAGAAGTATTCAGTAAATAGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGTTACATCTGTCAGGGCACACAAGAAGTATTCAGTAAATAGCAAT  500

seq1  ACATGTGCAGAGTTAGCCTTTGATATCTCAATCCTGATTTATATTATACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGCAGAGTTAGCCTTTGATATCTCAATCCTGATTTATATTATACC  550

seq1  TTTTTCAATAGCTCAGTCAACCCTAAATATTTCACACAGCTGTAGGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAATAGCTCAGTCAACCCTAAATATTTCACACAGCTGTAGGTGCT  600

seq1  CTTCTAAAAGTTAACAGACCAATCCAGATTAAACAAAATCTTAAGCAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAAAGTTAACAGACCAATCCAGATTAAACAAAATCTTAAGCAACA  650

seq1  GCCAATACTTTACAGCTATTATCTTGAGTATAAATGGCTTTAACACACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATACTTTACAGCTATTATCTTGAGTATAAATGGCTTTAACACACAG  700

seq1  TTAAATGACACACTAATATACTGAATTTGTCTTCAACAAACTTATCTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGACACACTAATATACTGAATTTGTCTTCAACAAACTTATCTAGA  750

seq1  AACAGAGACAAAGTTTGAAACTATCAAGCAAATGGAGCATGCACAAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGACAAAGTTTGAAACTATCAAGCAAATGGAGCATGCACAAACAT  800

seq1  CATGGAGTAAACTTCATGATTATTGATGTAGACTTCAAACTGAATCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGTAAACTTCATGATTATTGATGTAGACTTCAAACTGAATCAGAA  850

seq1  GGAATGAAATGACTTTATATTAGTCAGGGACATAAGTGTTGTAACTATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAAATGACTTTATATTAGTCAGGGACATAAGTGTTGTAACTATTA  900

seq1  ATGCATCTAATCATAGTTCATTAAAGTCATGAAATGTCACACATGGACAT  950
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCTAATCATAGTTCATT-AAGTCATG-AATGTCACACATGGACAT  948

seq1  GGTGAGAACAGGACAATTCAATCTACATTCTAAAATCTGGACAGATCATC  1000
      |||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGAACAGGAC-ATTC-ATCTACATTCT-AAATCTGGACAGATCATC  995

seq1  ATCTCCAGATTGCAAAGAATTCTCAGCTATAAATACCCCAAGTATCAACT  1050
      |||| |||| ||| ||||  ||||||||||||||||| | |||||| |||
seq2  ATCT-CAGA-TGC-AAGA--TCTCAGCTATAAATACCTC-AGTATC-ACT  1038

seq1  GGACTGAAGATATCTACACAATATCACATTCAACGCATAGGCAACACATT  1100
       ||||| |||| |||  || ||||||   || ||||||||   || ||||
seq2  -GACTG-AGATTTCT--ACCATATCA---TC-ACGCATAG--CACCCATT  1078

seq1  AGAGAAAAGACCCAGGGAGCTGAAGGGGTGAACAGCCTCATAGTAAAAAG  1150
      | || |||||| |||||||||||   || |||| ||   || ||  ||||
seq2  AAAG-AAAGACTCAGGGAGCTGA---GGGGAAC-GCTCTATGGT--AAAG  1121

seq1  AACAATATCAACCAAC  1166
      ||||  ||||||||||
seq2  AACA--ATCAACCAAC  1135


seq1: chr8_6529798_6530934
seq2: B6Ng01-159H12.g_71_1201 (reverse)

seq1  ATACCAGCAGATCTCTGAGT-ACAGGCTCAGGCTATT-AGAGCCATTTTG  48
      ||||| |||| |||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  ATACC-GCAGTTCTC-GAGTCACAGGCTCAGGCTATTAAGAG-CATTTTG  47

seq1  ACTTCTCATTTAACCTTGAAGAAAGTTATATACTATTCTCATTTAAAGAA  98
      || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AC-TCTCATTT-ACCTTGAAGGAAGTTATATACTATTCTCATTT-AAGAA  94

seq1  TTCAAATTTGGTTTTTGGTTAGCAAAGTGCAAGTTATAAATTAGTATTCT  148
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTC-AATTTGGTTTTTGGTTAGCAAAGTGCAAGTTATAAATTAGTATTCT  143

seq1  CATCATTAACATAGCAGCAGTGTGTACATGTTACATGCATAGTGCCTTGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTAACATAGCAGCAGTGTGTACATGTTACATGCATAGTGCCTTGT  193

seq1  AGTAATCTATTTGGCATTTAATAATGCATTTTGTTTATTGAGTAAGATGA  248
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATCTA-TTGGCATTTAATAATGCATTTTGTTTATTGAGTAAGATGA  242

seq1  AATAATTTATGGTAAGCTTACATTTACTTTCATTGCAGATCTGGATCTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTATGGTAAGCTTACATTTACTTTCATTGCAGATCTGGATCTGT  292

seq1  GTAATGAAAGGAATTGCTATGTGTAGCTAGGGTAATGAGTTTGCAGAGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAAAGGAATTGCTATGTGTAGCTAGGGTAATGAGTTTGCAGAGAC  342

seq1  AAGAGGAAAGACCCTGTAGCCAAAACAGTCCAGATGCTTTAAAGAACAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAAAGACCCTGTAGCCAAAACAGTCCAGATGCTTTAAAGAACAAA  392

seq1  ATGGAGAATATTGTGGTACATGACATGCAATGTGGTGACAAAGAGGAAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAATATTGTGGTACATGACATGCAATGTGGTGACAAAGAGGAAAG  442

seq1  AAGGACATGATGTGTACATTGAAATCAGCTATAGCTTGAGAAGAGGAGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACATGATGTGTACATTGAAATCAGCTATAGCTTGAGAAGAGGAGCT  492

seq1  GATACAAAGGTGCAAAAACATCAAATGCTGTGATTCATGTGTGGATATGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAAGGTGCAAAAACATCAAATGCTGTGATTCATGTGTGGATATGA  542

seq1  TGGATCTGATTCTTACAGAAACATATTTACTCACACAGGGTTAAAAAAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTGATTCTTACAGAAACATATTTACTCACACAGGGTTAAAAAAAG  592

seq1  GAGCATAACCATGAAGACTAGAATATGAATAAGATGTGATCATCACAGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATAACCATGAAGACTAGAATATGAATAAGATGTGATCATCACAGTT  642

seq1  CTAAGGAACAAATTGAGGTTTGTTTTTATTATTAAAAATATCAGTAAGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAACAAATTGAGGTTTGTTTTTATTATTAAAAATATCAGTAAGGA  692

seq1  TCACAGGAAAAACCAAGTCTTAATGAATGGTAACAAGGTTATCCAATCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAAAAACCAAGTCTTAATGAATGGTAACAAGGTTATCCAATCAT  742

seq1  ACCACTCAAAAATTGTGTGAAAAGCCATGGAGAGATTAAATCTGAAAGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCAAAAATTGTGTGAAAAGCCATGGAGAGATTAAATCTGAAAGCT  792

seq1  CTGCTTTAAAAATATGATTTAGACTGAACCTGTGAACATATGCAAGTGCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTAAAAATATGATTTAGACTGAACCTGTGAACATATGCAAGTGCC  842

seq1  AACACTAAAGTTTGACTACTACAATCACTGTACCTTTTATTACCATTTAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAAAGTTTGACTACTACAATCACTGTACCTTTTATTACCATTTAC  892

seq1  ATGAGAAAGATTCCAAGACTCTCTGTTCAGATCTCCCTTATGAAAGATAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAAAGATTCCAAGACTCTCTGTTCAGATCTCCCTTATGAAAGATAA  942

seq1  AGTATATAATTATGTTGACTGAAAGTATATAGAAATATTATTTAGTGCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATAATTATGTTGACTGAAAGTATATAGAAATATTATTTAGTGCAA  992

seq1  TCTTTGAAGTTCACTGATGGTGCACTGTAACATTTAAGAGGGCAATAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAGTTCACTGATGGTGCACTGTAACATTTAAGAGGGCAATAAAT  1042

seq1  GCTGAAATTTGAATTTTAATATTTTTATAATTATATCAATAAAATAATTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAATTTGAATTTTAATATTTTTATAATTATATCAATAAAATAATTG  1092

seq1  CATAGCCTTTAGAAGGTTTAGTGACTATTTCTAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCTTTAGAAGGTTTAGTGACTATTTCTAGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |