BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160G02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,762,761 - 12,882,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtp11a, LOC100040229
Upstream geneArhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3
Downstream geneMcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160G02.bB6Ng01-160G02.g
ACCDH953767DH953768
length1,1481,174
definitionDH953767|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160G02, 5' end.DH953768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160G02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,881,050 - 12,882,193)(12,762,761 - 12,763,972)
sequence
gaattcagagcagccaggtcggtatcgacctgggactgaccagcaggctg
ctccctggacggccttaaccctgcacctgtgaggctcacccagaagccca
aggaaggccagggagtaccaactggtggcaactggcacaggatcacacaa
ccaaagtggcttgagcaccaagggactcatcacactccaactagagtaaa
cattgctaagggagtttccatcaaacagccccctcaaggacttcttgggg
agccccccttctgcacagcccttggatggcagcctctctctgatcatctc
tcctcagtctggaccagagcctgggagaagcagaaacatggggctcatgc
tgagaaaggctccaacccccggttcccacttggggtccaccttggaagac
cggactgtagctgttccttgcggacagggcagtcaccagcagagagagat
gggagctgaaacacaagccgcagacctcaggtagggccaccacaagaaat
gccatctctccttaagccaaggtatggctcacaataccaggtccagagag
ccctgagccgtggtcactgggcaaagcactattccttagaaactagcata
agaacgcaaggcctaaaccttagattgttaccatagacaccctgaataag
acacccagaattgttcctgtctaaagaaaatacagggactgagtggagca
gagactgaaggaaaggccatccagagaccgccccacctggggatccagca
tatatgcagacacccaagccagacactatggctgatgaccagaagcactt
gctgacaggaacctggtatagtggtcccctgagaggccctgccagagtct
gaccaatacagattgcggatgctcacagacaacaatcggactgagcacgg
gggccccaaaggaagagttagggaaaggactgaagagccaaaaggggatt
acaacccttaggaagaaccattatcaaccaaccagaacctccaccccaga
gcttcccagggactaaaccacaaccaagagtacacatggaggacccatgg
ctccagctgccatatgtagcagaggaatggcttatctgacatcaagtggg
aggggaaagtcttagttcctgtggagcttgatggctccattgtagggg
gaattcattactatgttaatctgttgatcaggtcagaaccttcatagtcc
agttgtctgccatgactgactggcagctgggggtcacaccatgataagcc
ttttgcagggggatgctttgtattcagaccataccattggtccagcaggt
cccattgggcaacatcccgagggctgagggactgactgagtctgagctgg
gtagtgtgtccagtggagaaagggggcagtgtgaaggctgtgggggcctg
agcgtctgatgcctggtgcctgccttgttgcttgccatcacccttaggtg
ccttgtgaactcttctccccttgttaggaccctggccccagcactgaggc
ctcctgtctctgtcactcccttatcttgggaggagataacctccctgtgt
gtgccagggatcctgtgcccgtgtacagctgctctgtgacctctctgctg
gctgatgctcaccttcgtcttagctgtggttggaggaagcgctgcagggc
agttctgaagggagcattcccgggctctggagcggttaacaagtctttca
gtcttgttcagcagtatcgcagattctagattctctttccttagttcatt
gcatacaatcccagggatgtgggacagactggactctgaaggcttctggc
ccttcaagccgagttcctaagctctctgccttcgtgcctccgatgatatc
ctgtgccttcccgggctcctgcccaccccactgactacccgactgggctc
ttggggcttgattccagttttcttctgtcatttcattggatcttagggcc
tggaggacagcagcctctcagaacctggtttcagagcaaagctctgaaag
tttccacagagtttaaattgtcattctcaagagttactctgaccccttgg
aagggacttccgttctgtgtcttagagactggtctgatcagcagctgggt
gcctccactgtagatgcagtagctgggatgtagtgactttctgcaattct
aggatacggtgatgctgcttctgacttcccagaatactgatggattcttt
ttctaagccctgcctgctcggaaggtacagctaccatgagctgcccaact
gctgtcctgtctctggcttgaccgatctctcaccatgatagaatcatgct
ctcttgttgacctcatgtgatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12881050_12882193
seq2: B6Ng01-160G02.b_46_1193 (reverse)

seq1  CCCCTACACTGG-GGCATCAAGCCTCCACAGG-ACTAAGGACCTCCCCTC  48
      |||||||| ||| | ||||||| ||||||||| ||||||    |||||||
seq2  CCCCTACAATGGAGCCATCAAG-CTCCACAGGAACTAAGACTTTCCCCTC  49

seq1  CCAC-TGATGTCAGATAAGGCCATCCTCTGCTACATAT-GCAGCTGGAGC  96
      |||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCACTTGATGTCAGATAAGCCATTCCTCTGCTACATATGGCAGCTGGAGC  99

seq1  CATGGGTCCCTCCATGTGTACTCTTTGGTTGTTGGTTTAGTCCCTGGG-A  145
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |
seq2  CATGGGT-CCTCCATGTGTACTC-TTGGTTG-TGGTTTAGTCCCTGGGAA  146

seq1  GCTCTGGGGT-GAGG-TCTGGTTGGTTGAT-ATTGTTCTTCCTATGGGGT  192
      |||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||||
seq2  GCTCTGGGGTGGAGGTTCTGGTTGGTTGATAATGGTTCTTCCTA-AGGGT  195

seq1  TGTAATCCCC-TTTGGCTCCTTCAGTCCTTCCCCTAACTCTTCCTTTGGG  241
      |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCCCCTTTTGGCT-CTTCAGTCCTTTCCCTAACTCTTCCTTTGGG  244

seq1  GCCCCCGTGCTCAGTCCGATTGTTGTCTGTGAGCATCCGC-ATCTGTATT  290
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCCCCCGTGCTCAGTCCGATTGTTGTCTGTGAGCATCCGCAATCTGTATT  294

seq1  GGTCAGACTCTGGCAGGGCCTCTCAGGGGACCACTATACCAGGTTCCTGT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGACTCTGGCAGGGCCTCTCAGGGGACCACTATACCAGGTTCCTGT  344

seq1  CAGCAAGTGCTTCTGGTCATCAGCCATAGTGTCTGGCTTGGGTGTCTGCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGTGCTTCTGGTCATCAGCCATAGTGTCTGGCTTGGGTGTCTGCA  394

seq1  TATATGCTGGATCCCCAGGTGGGGCGGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCTGGATCCCCAGGTGGGGCGGTCTCTGGATGGCCTTTCCTTCAG  444

seq1  TCTCTGCTCCACTCAGTCCCTGTATTTTCTTTAGACAGGAACAATTCTGG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTCCACTCAGTCCCTGTATTTTCTTTAGACAGGAACAATTCTGG  494

seq1  GTGTCTTATTCAGGGTGTCTATGGTAACAATCTAAGGTTTAGGCCTTGCG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTATTCAGGGTGTCTATGGTAACAATCTAAGGTTTAGGCCTTGCG  544

seq1  TTCTTATGCTAGTTTCTAAGGAATAGTGCTTTGCCCAGTGACCACGGCTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATGCTAGTTTCTAAGGAATAGTGCTTTGCCCAGTGACCACGGCTC  594

seq1  AGGGCTCTCTGGACCTGGTATTGTGAGCCATACCTTGGCTTAAGGAGAGA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTCTCTGGACCTGGTATTGTGAGCCATACCTTGGCTTAAGGAGAGA  644

seq1  TGGCATTTCTTGTGGTGGCCCTACCTGAGGTCTGCGGCTTGTGTTTCAGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTTCTTGTGGTGGCCCTACCTGAGGTCTGCGGCTTGTGTTTCAGC  694

seq1  TCCCATCTCTCTCTGCTGGTGACTGCCCTGTCCGCAAGGAACAGCTACAG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCTCTCTCTGCTGGTGACTGCCCTGTCCGCAAGGAACAGCTACAG  744

seq1  TCCGGTCTTCCAAGGTGGACCCCAAGTGGGAACCGGGGGTTGGAGCCTTT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGTCTTCCAAGGTGGACCCCAAGTGGGAACCGGGGGTTGGAGCCTTT  794

seq1  CTCAGCATGAGCCCCATGTTTCTGCTTCTCCCAGGCTCTGGTCCAGACTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATGAGCCCCATGTTTCTGCTTCTCCCAGGCTCTGGTCCAGACTG  844

seq1  AGGAGAGATGATCAGAGAGAGGCTGCCATCCAAGGGCTGTGCAGAAGGGG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGATGATCAGAGAGAGGCTGCCATCCAAGGGCTGTGCAGAAGGGG  894

seq1  GGCTCCCCAAGAAGTCCTTGAGGGGGCTGTTTGATGGAAACTCCCTTAGC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCCAAGAAGTCCTTGAGGGGGCTGTTTGATGGAAACTCCCTTAGC  944

seq1  AATGTTTACTCTAGTTGGAGTGTGATGAGTCCCTTGGTGCTCAAGCCACT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTACTCTAGTTGGAGTGTGATGAGTCCCTTGGTGCTCAAGCCACT  994

seq1  TTGGTTGTGTGATCCTGTGCCAGTTGCCACCAGTTGGTACTCCCTGGCCT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTGTGATCCTGTGCCAGTTGCCACCAGTTGGTACTCCCTGGCCT  1044

seq1  TCCTTGGGCTTCTGGGTGAGCCTCACAGGTGCAGGGTTAAGGCCGTCCAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGGCTTCTGGGTGAGCCTCACAGGTGCAGGGTTAAGGCCGTCCAG  1094

seq1  GGAGCAGCCTGCTGGTCAGTCCCAGGTCGATACCGACCTGGCTGCTCTGA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCCTGCTGGTCAGTCCCAGGTCGATACCGACCTGGCTGCTCTGA  1144

seq1  ATTC  1144
      ||||
seq2  ATTC  1148

seq1: chr8_12762761_12763972
seq2: B6Ng01-160G02.g_68_1241

seq1  GAATTCATTACTATGTTAATCTGTTGATCAGGTCAGAACCTTCATAGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACTATGTTAATCTGTTGATCAGGTCAGAACCTTCATAGTCC  50

seq1  AGTTGTCTGCCATGACTGACTGGCAGCTGGGGGTCACACCATGATAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCTGCCATGACTGACTGGCAGCTGGGGGTCACACCATGATAAGCC  100

seq1  TTTTGCAGGGGGATGCTTTGTATTCAGACCATACCATTGGTCCAGCAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAGGGGGATGCTTTGTATTCAGACCATACCATTGGTCCAGCAGGT  150

seq1  CCCATTGGGCAACATCCCGAGGGCTGAGGGACTGACTGAGTCTGAGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTGGGCAACATCCCGAGGGCTGAGGGACTGACTGAGTCTGAGCTGG  200

seq1  GTAGTGTGTCCAGTGGAGAAAGGGGGCAGTGTGAAGGCTGTGGGGGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGTGTCCAGTGGAGAAAGGGGGCAGTGTGAAGGCTGTGGGGGCCTG  250

seq1  AGCGTCTGATGCCTGGTGCCTGCCTTGTTGCTTGCCATCACCCTTAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCTGATGCCTGGTGCCTGCCTTGTTGCTTGCCATCACCCTTAGGTG  300

seq1  CCTTGTGAACTCTTCTCCCCTTGTTAGGACCCTGGCCCCAGCACTGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGAACTCTTCTCCCCTTGTTAGGACCCTGGCCCCAGCACTGAGGC  350

seq1  CTCCTGTCTCTGTCACTCCCTTATCTTGGGAGGAGATAACCTCCCTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCTCTGTCACTCCCTTATCTTGGGAGGAGATAACCTCCCTGTGT  400

seq1  GTGCCAGGGATCCTGTGCCCGTGTACAGCTGCTCTGTGACCTCTCTGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAGGGATCCTGTGCCCGTGTACAGCTGCTCTGTGACCTCTCTGCTG  450

seq1  GCTGATGCTCACCTTCGTCTTAGCTGTGGTTGGAGGAAGCGCTGCAGGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATGCTCACCTTCGTCTTAGCTGTGGTTGGAGGAAGCGCTGCAGGGC  500

seq1  AGTTCTGAAGGGAGCATTCCCGGGCTCTGGAGCGGTTAACAAGTCTTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAAGGGAGCATTCCCGGGCTCTGGAGCGGTTAACAAGTCTTTCA  550

seq1  GTCTTGTTCAGCAGTATCGCAGATTCTAGATTCTCTTTCCTTAGTTCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTTCAGCAGTATCGCAGATTCTAGATTCTCTTTCCTTAGTTCATT  600

seq1  GCATACAATCCCAGGGATGTGGGACAGACTGGACTCTGAAGGCTTCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACAATCCCAGGGATGTGGGACAGACTGGACTCTGAAGGCTTCTGGC  650

seq1  CCTTCAAGCCGAGTTCCTAAGCTCTCTGCCTTCGTGCCTCCGATGATATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAAGCCGAGTTCCTAAGCTCTCTGCCTTCGTGCCTCCGATGATATC  700

seq1  CTGTGCCTTCCCGGGCTCCTGCCCACCCCACTGACTACCCGACTGGGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTTCCCGGGCTCCTGCCCACCCCACTGACTACCCGACTGGGCTC  750

seq1  TTGGGGCTTGATTCCAGTTTTCTTCTGTCATTTCATTGGATCTTAGGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTTGATTCCAGTTTTCTTCTGTCATTTCATTGGATCTTAGGGCC  800

seq1  TGGAGGACAGCAGCCTCTCAGAACCTGGTTTCAGGAGCAAAGCTCTGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  TGGAGGACAGCAGCCTCTCAGAACCTGGTTTCA-GAGCAAAGCTCTGAAA  849

seq1  GTTTCCACAGAGTTTAAATTGTCAATTCTCAAGAGTTAACTCTGACCCCT  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTTCCACAGAGTTTAAATTGTC-ATTCTCAAGAGTT-ACTCTGACCCCT  897

seq1  TGGAAGGGACTTTCCGGTTCTGTGTCTTAGAAGAACTGGTCCTGGATCAG  950
      ||||||||||||  | |||||||||||||||   |||||||   ||||| 
seq2  TGGAAGGGACTT--CCGTTCTGTGTCTTAGA--GACTGGTC--TGATCA-  940

seq1  GCAGCTGGGTGGCCCTCCACTGGTTAGATGCAGTAGCTGGGATGGTAGTT  1000
      |||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |
seq2  GCAGCTGGGTG--CCTCCACTG--TAGATGCAGTAGCTGGGAT-GTAG-T  984

seq1  GACTTTCTGGCCAATTCTTAGATACGGGTGAGTGCCTGCTTTCTGACCTT  1050
      |||||||||  |||||||  ||||| ||||| || |||| |||||| |||
seq2  GACTTTCTG--CAATTCTAGGATAC-GGTGA-TG-CTGC-TTCTGA-CTT  1027

seq1  CCCAGAATACTGATGGATTCTTTTTCTTAGGGCTCTG-CTGCT-GGAGGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||| |  || ||| ||||| ||| ||
seq2  CCCAGAATACTGATGGATTCTTTTTCTAA--GCCCTGCCTGCTCGGAAGG  1075

seq1  TACAGCTACCAGTGAGGCTGCTCTAAGCTGCCTGGCCTGTCTCTGGCTTG  1148
      ||||||||||| ||| ||||| |  | ||| ||| |||||||||||||  
seq2  TACAGCTACCA-TGA-GCTGCCC--AACTG-CTGTCCTGTCTCTGGCT--  1118

seq1  TGACCGGTCTCTCACCCACTGATAAGGATTCAGGCTCTTCTGGTTTGGGC  1198
      |||||| |||||||||   |||||  || ||| |||| ||| |||   | 
seq2  TGACCGATCTCTCACC--ATGATA--GAATCATGCTC-TCTTGTT---GA  1160

seq1  CCTCATGTGATGAG  1212
      ||||||||||||||
seq2  CCTCATGTGATGAG  1174