BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162I18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 87,420,513 - 87,512,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlf1, Dnase2a, Mast1, Rtbdn, Rnaseh2a, LOC666841, Prdx2, Junb
Upstream geneLphn1, Asf1b, Prkaca, Samd1, 1700067K01Rik, 2210011C24Rik, 4432412L15Rik, Il27ra, Rln3, C330011M18Rik, Rfx1, BC057552, LOC100039920, Podnl1, Cc2d1a, 4930432K21Rik, Nanos3, Zswim4, D8Ertd738e, 2410018C20Rik, Ccdc130, Cacna1a, Ier2, LOC100039975, Btbd14b, Trmt1, LOC100039997, Lyl1, Nfix, Dand5, Gadd45gip1, Rad23a, Calr, LOC546080, Farsa, Syce2, Gcdh
Downstream geneHook2, Best2, Asna1, 2310036O22Rik, Tnpo2, Fbxw9, EG436049, Dhps, 1500041N16Rik, BC056474, Man2b1, EG244556, EG624855, Olfr371, Vps35, Orc6l, D830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798, Phkb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162I18.bB6Ng01-162I18.g
ACCDH955360DH955361
length1,1171,161
definitionDH955360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I18, 5' end.DH955361|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,420,513 - 87,421,646)(87,511,600 - 87,512,758)
sequence
gaattcactctatagaccatgctggccttgaactcaaagatgcacctggc
tctgcctcctccttacaagtgctgggactagaggtgtatgccaccacccc
tgggctctgtcgagtgctcttcaccactagggccaattctccagctccta
catggtttcctcctcctcagaaagttgtatttgtttactgtgtatgtaca
taccaagtcactcctgtgtgtgtcagctcactcccaccactatgagtccc
aaggaggaactgaggttttcaggcttggtgggaaatacctttaccttctg
tggccctccttctcctgctactactatggattaaacccagggcctcagaa
acactaaacaagccctccagcattgatttacaacctcaacctgaaacagg
actccagaccttagcacaactgactccatgatggaagtgccattcagtct
gtagaactcagcaggcagacagaaatacctgccaaaggcctgttcctgtt
aacctaagtgtgccaacccaggacatgttttttatgattaaaagctcacc
ctagggggctagagagatgatggttcagcggttaagagcactgattgctc
ttccagagatcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggcttacaac
catccgtaatgagatctgatgccctcttctggtgcgtccgaagacagcta
cagtgtacttacatataataataaataaatctaaaaaaaaaaaaaaaagc
tcaccctgaaaaaggctcatggctacactgagaccctgaacactcagtgt
agacatcagccagctaataaagaccttctattggcttgaacttatatccg
agcagtcttctctggtgaacacctcacaacaaaccccagtgcttgagtcc
tgactgttcctatgtctctgttgactgtgggtgactgagagagacagaaa
ctctgactgttcatgtgatgaaacatgagtccctgcctccctcttccctc
ccttctatctggggatcaaacttagcacttagcacagatagcagcactct
acttctgactacaacccagctcagtctacaggttaaatattgttgaggat
tatttatagccagtatg
gaattccaggacatccagggctacacacagaccctgtctcaaaaaaaaac
aaacaaacaaacaaaaaaaccaaaaacccaaaacaaaaagatttaaatga
agcttaggagctgagtatgacggtgctcctgcctttaatagcagcactcc
agaggcagaggcgggtggcctgccatgagcctgaggccagcttggcctac
atattgagtttcatgatagcaaggaccacattagagagaccctatttcaa
aataaataaacacataaggaaacaaatagtgaagatacttcactctctga
tggggaagaagttataatcttccacagggtcagcaagagtcccatctttt
agggggaagaaaagaaagctttggtgttggcaacaaggcaatctcttttt
acaaccaaggagcaatgctctggatataagtgcatttaattctgcaaaaa
gagccacaaatccttcctttgagagggaccttgcatttagaaggatgcca
acccattttaggtgtagggaacctccaagtttgcagagatccgaaggccc
ccatttataggaacctagaatccctgctctgcaagtttggaagcctctag
ctggtttggggaccccacctcgaacatgtttccaggaacagctggaccca
gcctgagttgtactgctgggaagtgagtgactcaacccctccctaaggcc
acagctggaccccagcccatccccttcagcctgcacatctggatgttgat
ccagtcatcacagctgggatggggaccctgggttccacaccagaggccag
tacccacccacccccatttagtatgcaaaattctctgtgaattccatgtt
ccattggcttggggactctgataatcttcccgtaccttgttactgcagtt
ctgctggagctcctatcctgttcccacctctcaacactgagtatctaagt
ccaaggaaatgtgatcctatctgcgtaggtgcgaggtggtgggttttatg
attgggttagcctcacttgtgttttggatcctgagtttgttcagctgagt
gtatgtgtggtgatttgaatgctgtcaggaagttcaagcatttatctgca
taaattacttattcttagaagacagaggtcatgggctggaagtgttgttc
aagcggttgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_87420513_87421646
seq2: B6Ng01-162I18.b_47_1163

seq1  GAATTCACTCTATAGACCATGCTGGCCTTGAACTCAAAGATGCACCTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTATAGACCATGCTGGCCTTGAACTCAAAGATGCACCTGGC  50

seq1  TCTGCCTCCTCCTTACAAGTGCTGGGACTAGAGGTGTATGCCACCACCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTCCTTACAAGTGCTGGGACTAGAGGTGTATGCCACCACCCC  100

seq1  TGGGCTCTGTCGAGTGCTCTTCACCACTAGGGCCAATTCTCCAGCTCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGTCGAGTGCTCTTCACCACTAGGGCCAATTCTCCAGCTCCTA  150

seq1  CATGGTTTCCTCCTCCTCAGAAAGTTGTATTTGTTTACTGTGTATGTACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTCCTCCTCCTCAGAAAGTTGTATTTGTTTACTGTGTATGTACA  200

seq1  TACCAAGTCACTCCTGTGTGTGTCAGCTCACTCCCACCACTATGAGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGTCACTCCTGTGTGTGTCAGCTCACTCCCACCACTATGAGTCCC  250

seq1  AAGGAGGAACTGAGGTTTTCAGGCTTGGTGGGAAATACCTTTACCTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGGAACTGAGGTTTTCAGGCTTGGTGGGAAATACCTTTACCTTCTG  300

seq1  TGGCCCTCCTTCTCCTGCTACTACTATGGATTAAACCCAGGGCCTCAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCTCCTTCTCCTGCTACTACTATGGATTAAACCCAGGGCCTCAGAA  350

seq1  ACACTAAACAAGCCCTCCAGCATTGATTTACAACCTCAACCTGAAACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAACAAGCCCTCCAGCATTGATTTACAACCTCAACCTGAAACAGG  400

seq1  ACTCCAGACCTTAGCACAACTGACTCCATGATGGAAGTGCCATTCAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGACCTTAGCACAACTGACTCCATGATGGAAGTGCCATTCAGTCT  450

seq1  GTAGAACTCAGCAGGCAGACAGAAATACCTGCCAAAGGCCTGTTCCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAACTCAGCAGGCAGACAGAAATACCTGCCAAAGGCCTGTTCCTGTT  500

seq1  AACCTAAGTGTGCCAACCCAGGACATGTTTTTTATGATTAAAAGCTCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAGTGTGCCAACCCAGGACATGTTTTTTATGATTAAAAGCTCACC  550

seq1  CTAGGGGGCTAGAGAGATGATGGTTCAGCGGTTAAGAGCACTGATTGCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGGGCTAGAGAGATGATGGTTCAGCGGTTAAGAGCACTGATTGCTC  600

seq1  TTCCAGAGATCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAGATCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTTACAAC  650

seq1  CATCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCCGAAGACAGCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCGTCCGAAGACAGCTA  700

seq1  CAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTAAAAAAAAAAAAAAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTACTTACATATAATAATAAATAAATCTAAAAAAAAAAAAAAAAGC  750

seq1  TCACCCTGAAAAAGGCTCATGGCTACACTGAGACCCTGAACACTCAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTGAAAAAGGCTCATGGCTACACTGAGACCCTGAACACTCAGTGT  800

seq1  AGACATCAGCCAGCTAATAAAGACCTTCTATTGGCTTGAACTTATATCCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCAGCCAGCTAATAAAGACCTTCTATTGGCTTGAACTTATATCCG  850

seq1  AGCAGTCTTCTCTGGTGAACACCTCACAACAAACCCCAGTGCTTGAGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCTTCTCTGGTGAACACCTCACAACAAACCCCAGTGCTTGAGTCC  900

seq1  TGACTGTTCCTATGTCTCTGTTGACTGTGGGTGACTGAGAGAAGACAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGACTGTTCCTATGTCTCTGTTGACTGTGGGTGACTGAGAG-AGACAGAA  949

seq1  ACTCTGACTGTTCATGTGAATGAAACATGAGTCCCTGCCTCCCTCTTCCC  1000
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGACTGTTCATGTG-ATGAAACATGAGTCCCTGCCTCCCTCTTCCC  998

seq1  TCCCTTCTATCCTGGGGAATCAAACTTAGCACCTAGCACAGGATAAGCAG  1050
      |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||| 
seq2  TCCCTTCTAT-CTGGGG-ATCAAACTTAGCACTTAGCACA-GAT-AGCA-  1043

seq1  GCACTCTACCTCTGAACTACAAACCCAGCTCAGTCTTACAGGGTTTAAAA  1100
      ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||||||   | |||
seq2  GCACTCTACTTCTG-ACTAC-AACCCAGCTCAGTC-TACAGG---TTAAA  1087

seq1  TATTGTTTTAAAGATTTATTTATAGCCAGGTATG  1134
      |||||||    ||  ||||||||||||| |||||
seq2  TATTGTT---GAGGATTATTTATAGCCA-GTATG  1117

seq1: chr8_87511600_87512758
seq2: B6Ng01-162I18.g_69_1229 (reverse)

seq1  CTCATCCGC-TGAACAACCACTCCAGCCCCTACACTC-GTCTTCTAAGAT  48
      |||| |||| ||||||||   |||||||| |   ||| ||||||||||| 
seq2  CTCAACCGCTTGAACAACACTTCCAGCCCATGACCTCTGTCTTCTAAGAA  50

seq1  TATGTA--TTATGCAGATTGATGCCTTGAACTTCCTGACAGCCATCAAAT  96
      || |||  ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TAAGTAATTTATGCAGATAAATG-CTTGAACTTCCTGACAGCATTCAAAT  99

seq1  CA-CACACATACACTCAGCTGAACAAACTCCAGGATCCCAAGACACAAGT  145
      || |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||
seq2  CACCACACATACACTCAGCTGAACAAACT-CAGGAT-CCAAAACACAAGT  147

seq1  GGAGGCTAACCCAATCAT-AGACCCACCACCTCGCACCTACGCAGATAGG  194
       ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GAGGCTAACCCAATCATAAAACCCACCACCTCGCACCTACGCAGATAGG  196

seq1  ATCACATTTCCCTTGGACTTAGATACTCAGTGTTGAGAGGTGGGAACAGG  244
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATTT-CCTTGGACTTAGATACTCAGTGTTGAGAGGTGGGAACAGG  245

seq1  ATAGGAGCTCCAGCAGAACTGCAGTAACCAGGTACGGGAAGATTATCAGA  294
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGCTCCAGCAGAACTGCAGTAACAAGGTACGGGAAGATTATCAGA  295

seq1  GTCCCCAAGCCAATGGAACATGGAATTCACAGAGAATTTTGCATACT-AA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCCCCAAGCCAATGGAACATGGAATTCACAGAGAATTTTGCATACTAAA  345

seq1  TGGGGGTGGGTGGGTACTGGCCTCTGGTGTGGAACCCAGGGTCCCCATCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTGGGTGGGTACTGGCCTCTGGTGTGGAACCCAGGGTCCCCATCC  395

seq1  CAGCTGTGATGACTGGATCAACATCCAGATGTGCAGGCTGAAGGGGATGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTGATGACTGGATCAACATCCAGATGTGCAGGCTGAAGGGGATGG  445

seq1  GCTGGGGTCCAGCTGTGGCCTTAGGGAGGGGTTGAGTCACTCACTTCCCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCCAGCTGTGGCCTTAGGGAGGGGTTGAGTCACTCACTTCCCA  495

seq1  GCAGTACAACTCAGGCTGGGTCCAGCTGTTCCTGGAAACATGTTCGAGGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTACAACTCAGGCTGGGTCCAGCTGTTCCTGGAAACATGTTCGAGGT  545

seq1  GGGGTCCCCAAACCAGCTAGAGGCTTCCAAACTTGCAGAGCAGGGATTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCCCAAACCAGCTAGAGGCTTCCAAACTTGCAGAGCAGGGATTCT  595

seq1  AGGTTCCTATAAATGGGGGCCTTCGGATCTCTGCAAACTTGGAGGTTCCC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTATAAATGGGGGCCTTCGGATCTCTGCAAACTTGGAGGTTCCC  645

seq1  TACACCTAAAATGGGTTGGCATCCTTCTAAATGCAAGGTCCCTCTCAAAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTAAAATGGGTTGGCATCCTTCTAAATGCAAGGTCCCTCTCAAAG  695

seq1  GAAGGATTTGTGGCTCTTTTTGCAGAATTAAATGCACTTATATCCAGAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGATTTGTGGCTCTTTTTGCAGAATTAAATGCACTTATATCCAGAGC  745

seq1  ATTGCTCCTTGGTTGTAAAAAGAGATTGCCTTGTTGCCAACACCAAAGCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCCTTGGTTGTAAAAAGAGATTGCCTTGTTGCCAACACCAAAGCT  795

seq1  TTCTTTTCTTCCCCCTAAAAGATGGGACTCTTGCTGACCCTGTGGAAGAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCTTCCCCCTAAAAGATGGGACTCTTGCTGACCCTGTGGAAGAT  845

seq1  TATAACTTCTTCCCCATCAGAGAGTGAAGTATCTTCACTATTTGTTTCCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTTCTTCCCCATCAGAGAGTGAAGTATCTTCACTATTTGTTTCCT  895

seq1  TATGTGTTTATTTATTTTGAAATAGGGTCTCTCTAATGTGGTCCTTGCTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTTTATTTATTTTGAAATAGGGTCTCTCTAATGTGGTCCTTGCTA  945

seq1  TCATGAAACTCAATATGTAGGCCAAGCTGGCCTCAGGCTCATGGCAGGCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAACTCAATATGTAGGCCAAGCTGGCCTCAGGCTCATGGCAGGCC  995

seq1  ACCCGCCTCTGCCTCTGGAGTGCTGCTATTAAAGGCAGGAGCACCGTCAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGCCTCTGCCTCTGGAGTGCTGCTATTAAAGGCAGGAGCACCGTCAT  1045

seq1  ACTCAGCTCCTAAGCTTCATTTAAATCTTTTTGTTTTGGGTTTTTGGTTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTCCTAAGCTTCATTTAAATCTTTTTGTTTTGGGTTTTTGGTTT  1095

seq1  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTGTGTGTAGCCCT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTGTGTGTAGCCCT  1145

seq1  GGATGTCCTGGAATTC  1159
      ||||||||||||||||
seq2  GGATGTCCTGGAATTC  1161