BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163A05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,733,126 - 16,890,562
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneLOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163A05.bB6Ng01-163A05.g
ACCDH955705DH955706
length1,1701,095
definitionDH955705|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163A05, 5' end.DH955706|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,733,126 - 16,734,294)(16,889,471 - 16,890,562)
sequence
gaattcacaaggaaacagaatcctgagagtactcttatcagcacagaaag
aactatgcctgctgtatgccatggctgaatgaccctgaggcttagaggaa
agtttagtagagcatctcggagacacaactggtttgatcccaggatacgc
taatccacagatccatctcaatgaggcagttgttaatcaacagtggtatg
ttaaagatggggatactgaaagaacatcttagaagagaggtctgtgttga
gacgtctatgatggtaaccaccacagcacaggcagggcatgaattatagg
aatgggttttcaggcaaggcaaagataggaactgaatacctatggtacag
atgcagaaatgcttgttgatcattgggaaaaagactgtagcctgttagaa
agctcaagtaggacgtaaacataaagaagcacactgggatgtatgtggaa
gaagattggaactgcatgctgggaattataggggaggtaaaactttggat
gtcatcaattggagtaaaaggtaccatgaaaccacaatctgtagaatatt
actggacacttgaagtccatattgagcttagattaggggctggaaaattg
gctgagcagtaaagagtaaaagttcctcattcagaagaccctggttcagt
tcccagaatcctcgtggcagctcacaatcatctattactcgagtttcagg
ggatccaatgccctttccttacctttgcaggcactgaatatatatggtac
acatatgcatgcaggcatgcatgcatgcagacactcacacacataaaata
aatataaaaaaataaatcaagattttgaatagagcaatttcagtagtggc
atcagatgtagggagtatgaatatgaagagcgactctgagacatggagag
aggtacatgccacaggaacaggttgtaagcatttccacccttgaatcagc
caaccactgagccatctctcagccccataaatattttcattgtcctttat
aactgtaatattgctactgttgtgaatcatataatctgaaatgcaggcta
tctgatatacgactcctggtgaaagggtcgttcaaccttgaacgggttgt
tacctcccaggtaggccccaactgatcctcagactttcctcccagggaaa
taaacattcacaaaccttta
gaattctatttcatcttaagtagaggggaggcaatacacagagtggttac
aaccacttatgaaggacacagacagatgttcctagaatggctatatgatt
ggaacttcagtctgtgcactaaaattatggatcaatcagtgttgcatctg
atgctctgcaacaaaagaaaaactttgaccaagttgagtaggtttaaata
ttttcaattagggcctggagaaatagctcagtagttaagcgcatttactg
ttctgaagaagacctgggttggtctcctaccacgcatactaagtggctca
gggttgtctgtcatcccagttctgaggaatctagtgtcctcttctgacct
cattgtactgcaatcatgtgcaccacctgtataaacatacaattaaaata
ttttaaagttttccattgcattccaaatgaaaatggagagctctgtgcaa
atggagtactgcatatcgacctaagcaggcgctgaacatgcttttgaatt
agacaaccagaaaaaatgagcaaaattcacttctccttttcacgtgtcag
ctgtgtcccctcggaaatcatagttggtggcagcagcttgaagaatccca
gaattgtgcccagtatactgattggctcctgcctctgatatacatcaaaa
aatacttttccttcagttttattttgatgctcaactttgatttgcacact
tttaggtgttaacgtttcctgtaactcaaaggtagaggctatttaatatt
ctcagtgtaataagtgaaatacatggtggaataaagttgtgtttcacagt
tgttctgtaattgtctctaaagtggcatgctgattaccataagataaggt
gtgctattgtcctcaaccatggttgaagcatccttccatgcattccaaag
gaaaatggaatgctctgtgcaaattggagttctgcagatagaccaacagc
agatactgaacatgtgacaagatggtaagcacatgacatacagttgagct
ttagcagttctggtacaaacggtacagggacctggactacagcattgcta
catgccaaacaaagttgctgagagaatgctggcctaccaagttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16733126_16734294
seq2: B6Ng01-163A05.b_41_1210

seq1  GAATTCACAAGGAAACAGAATCCTGAGAGTACTCTTATCAGCACAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAGGAAACAGAATCCTGAGAGTACTCTTATCAGCACAGAAAG  50

seq1  AACTATGCCTGCTGTATGCCATGGCTGAATGACCCTGAGGCTTAGAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGCCTGCTGTATGCCATGGCTGAATGACCCTGAGGCTTAGAGGAA  100

seq1  AGTTTAGTAGAGCATCTCGGAGACACAACTGGTTTGATCCCAGGATACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTAGAGCATCTCGGAGACACAACTGGTTTGATCCCAGGATACGC  150

seq1  TAATCCACAGATCCATCTCAATGAGGCAGTTGTTAATCAACAGTGGTATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCACAGATCCATCTCAATGAGGCAGTTGTTAATCAACAGTGGTATG  200

seq1  TTAAAGATGGGGATACTGAAAGAACATCTTAGAAGAGAGGTCTGTGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATGGGGATACTGAAAGAACATCTTAGAAGAGAGGTCTGTGTTGA  250

seq1  GACGTCTATGATGGTAACCACCACAGCACAGGCAGGGCATGAATTATAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTCTATGATGGTAACCACCACAGCACAGGCAGGGCATGAATTATAGG  300

seq1  AATGGGTTTTCAGGCAAGGCAAAGATAGGAACTGAATACCTATGGTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTTTTCAGGCAAGGCAAAGATAGGAACTGAATACCTATGGTACAG  350

seq1  ATGCAGAAATGCTTGTTGATCATTGGGAAAAAGACTGTAGCCTGTTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAAATGCTTGTTGATCATTGGGAAAAAGACTGTAGCCTGTTAGAA  400

seq1  AGCTCAAGTAGGACGTAAACATAAAGAAGCACACTGGGATGTATGTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAAGTAGGACGTAAACATAAAGAAGCACACTGGGATGTATGTGGAA  450

seq1  GAAGATTGGAACTGCATGCTGGGAATTATAGGGGAGGTAAAACTTTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTGGAACTGCATGCTGGGAATTATAGGGGAGGTAAAACTTTGGAT  500

seq1  GTCATCAATTGGAGTAAAAGGTACCATGAAACCACAATCTGTAGAATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAATTGGAGTAAAAGGTACCATGAAACCACAATCTGTAGAATATT  550

seq1  ACTGGACACTTGAAGTCCATATTGAGCTTAGATTAGGGGCTGGAAAATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACACTTGAAGTCCATATTGAGCTTAGATTAGGGGCTGGAAAATTG  600

seq1  GCTGAGCAGTAAAGAGTAAAAGTTCCTCATTCAGAAGACCCTGGTTCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCAGTAAAGAGTAAAAGTTCCTCATTCAGAAGACCCTGGTTCAGT  650

seq1  TCCCAGAATCCTCGTGGCAGCTCACAATCATCTATTACTCGAGTTTCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAATCCTCGTGGCAGCTCACAATCATCTATTACTCGAGTTTCAGG  700

seq1  GGATCCAATGCCCTTTCCTTACCTTTGCAGGCACTGAATATATATGGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCAATGCCCTTTCCTTACCTTTGCAGGCACTGAATATATATGGTAC  750

seq1  ACATATGCATGCAGGCATGCATGCATGCAGACACTCACACACATAAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCATGCAGGCATGCATGCATGCAGACACTCACACACATAAAATA  800

seq1  AATATAAAAAAATAAATCAAGATTTTGAATTAGAGCAATTTCAGTAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAAAAATAAATCAAGATTTTGAA-TAGAGCAATTTCAGTAGTGG  849

seq1  CATCAGATGTAGGGAGTATGAATATGAAGAGCGACTCTGAGACATGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGATGTAGGGAGTATGAATATGAAGAGCGACTCTGAGACATGGAGA  899

seq1  GAGGTACATGCCACAGGAACAGGTTGTAAGCATTTCCACCCTTGAATCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGGTACATGCCACAGGAACAGGTTGTAAGCATTTCCACCCTTGAATCA-  948

seq1  GCCAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCATAAATATTTTCATTGTTCC  1000
      ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GCCAACCACTGAGCCATCTCT-CAG-CCCCATAAATATTTTCATTG-TCC  995

seq1  TTTATAACTGTAATATTGCTACTGTTGTGAATCATAT-ATCTGACATGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TTTATAACTGTAATATTGCTACTGTTGTGAATCATATAATCTGAAATGCA  1045

seq1  GGCTATCTGATATACGACTCCT-GTGAAAGGGTCGTTCAACCCTGAACGG  1098
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCTATCTGATATACGACTCCTGGTGAAAGGGTCGTTCAACCTTGAACGG  1095

seq1  GTTGTGA-CTCACAGGTTAAGCACC-ACTGAT-CTCAGACTTTCCTCCCA  1145
      ||||| | ||| |||| || || || |||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTGTTACCTCCCAGG-TAGGCCCCAACTGATCCTCAGACTTTCCTCCCA  1144

seq1  GGG-AATTAACATTCACAAA-CTTTA  1169
      ||| ||| |||||||||||| |||||
seq2  GGGAAATAAACATTCACAAACCTTTA  1170

seq1: chr8_16889471_16890562
seq2: B6Ng01-163A05.g_68_1162 (reverse)

seq1  ACAACTTGGTAGG-CAGCA-TCTCTCAGCACTTTTGTTTTGCATGTAGCA  48
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||
seq2  ACAACTTGGTAGGCCAGCATTCTCTCAGCAACTTTGTTTGGCATGTAGCA  50

seq1  ATGCTGTTAGTCCATGTCCCTGTACCGTTTGTA-CAGAACTGCTAAAGCT  97
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGCTG-TAGTCCAGGTCCCTGTACCGTTTGTACCAGAACTGCTAAAGCT  99

seq1  CAACTGTATGTCATGTGCTTACCATCTTGTCACATGTTCAGTATCTGCTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTATGTCATGTGCTTACCATCTTGTCACATGTTCAGTATCTGCTG  149

seq1  TTGGTCTATCTGCAGAACTCC-ATTTGCACAGAGCATTCCATTTTCCTTT  196
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTATCTGCAGAACTCCAATTTGCACAGAGCATTCCATTTTCCTTT  199

seq1  GGAATGCATGGAAGGATGCTTCAACCATGGTTGAGGACAATAGCACACCT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCATGGAAGGATGCTTCAACCATGGTTGAGGACAATAGCACACCT  249

seq1  TATCTTATGGTAATCAGCATGCCACTTTAGAGACAATTACAGAACAACTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTATGGTAATCAGCATGCCACTTTAGAGACAATTACAGAACAACTG  299

seq1  TGAAACACAACTTTATTCCACCATGTATTTCACTTATTACACTGAGAATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACACAACTTTATTCCACCATGTATTTCACTTATTACACTGAGAATA  349

seq1  TTAAATAGCCTCTACCTTTGAGTTACAGGAAACGTTAACACCTAAAAGTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATAGCCTCTACCTTTGAGTTACAGGAAACGTTAACACCTAAAAGTG  399

seq1  TGCAAATCAAAGTTGAGCATCAAAATAAAACTGAAGGAAAAGTATTTTTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATCAAAGTTGAGCATCAAAATAAAACTGAAGGAAAAGTATTTTTT  449

seq1  GATGTATATCAGAGGCAGGAGCCAATCAGTATACTGGGCACAATTCTGGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATATCAGAGGCAGGAGCCAATCAGTATACTGGGCACAATTCTGGG  499

seq1  ATTCTTCAAGCTGCTGCCACCAACTATGATTTCCGAGGGGACACAGCTGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCAAGCTGCTGCCACCAACTATGATTTCCGAGGGGACACAGCTGA  549

seq1  CACGTGAAAAGGAGAAGTGAATTTTGCTCATTTTTTCTGGTTGTCTAATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGAAAAGGAGAAGTGAATTTTGCTCATTTTTTCTGGTTGTCTAATT  599

seq1  CAAAAGCATGTTCAGCGCCTGCTTAGGTCGATATGCAGTACTCCATTTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCATGTTCAGCGCCTGCTTAGGTCGATATGCAGTACTCCATTTGC  649

seq1  ACAGAGCTCTCCATTTTCATTTGGAATGCAATGGAAAACTTTAAAATATT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTCTCCATTTTCATTTGGAATGCAATGGAAAACTTTAAAATATT  699

seq1  TTAATTGTATGTTTATACAGGTGGTGCACATGATTGCAGTACAATGAGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGTATGTTTATACAGGTGGTGCACATGATTGCAGTACAATGAGGT  749

seq1  CAGAAGAGGACACTAGATTCCTCAGAACTGGGATGACAGACAACCCTGAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGACACTAGATTCCTCAGAACTGGGATGACAGACAACCCTGAG  799

seq1  CCACTTAGTATGCGTGGTAGGAGACCAACCCAGGTCTTCTTCAGAACAGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAGTATGCGTGGTAGGAGACCAACCCAGGTCTTCTTCAGAACAGT  849

seq1  AAATGCGCTTAACTACTGAGCTATTTCTCCAGGCCCTAATTGAAAATATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCGCTTAACTACTGAGCTATTTCTCCAGGCCCTAATTGAAAATATT  899

seq1  TAAACCTACTCAACTTGGTCAAAGTTTTTCTTTTGTTGCAGAGCATCAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTACTCAACTTGGTCAAAGTTTTTCTTTTGTTGCAGAGCATCAGA  949

seq1  TGCAACACTGATTGATCCATAATTTTAGTGCACAGACTGAAGTTCCAATC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACACTGATTGATCCATAATTTTAGTGCACAGACTGAAGTTCCAATC  999

seq1  ATATAGCCATTCTAGGAACATCTGTCTGTGTCCTTCATAAGTGGTTGTAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCCATTCTAGGAACATCTGTCTGTGTCCTTCATAAGTGGTTGTAA  1049

seq1  CCACTCTGTGTATTGCCTCCCCTCTACTTAAGATGAAATAGAATTC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGTGTATTGCCTCCCCTCTACTTAAGATGAAATAGAATTC  1095