BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166J17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 103,502,286 - 103,626,889
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042069, LOC436054, LOC100042078, LOC100042086, LOC100042092, LOC384895
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166J17.bB6Ng01-166J17.g
ACCDH958337DH958338
length1,1941,067
definitionDH958337|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166J17, 5' end.DH958338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166J17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,502,286 - 103,503,208)(103,625,818 - 103,626,889)
sequence
gaattctttggtcagggacaaaagccattttcaaaaatttgttttattca
ttcttttttgttttgttttctttatgtattctgatactaatctctgtcag
atataaagtgggcaaagattgtctcctattctttgtaattcttagtccag
tttgttttagttggtcaaaaggttttttcatttcatgaagtcacattttg
ctaatttttggacttaactcttgtcaaaaggacatagagagtccttttat
acatcaatataatgtagattattgcctgcgtgatgtcttgccttccaaac
taaccatttctgtgttttgggttgtatgtttaagtctttgacacacttgg
tcttgtttttatgcgaagtggtagataacttgactcttctgcatatagac
tttcaattttcctggtaccatttgtcgaagatgctctcttttcgtcagtt
tgagtttttggcactttgtcaaatatcaggtaagtgtagttgaatgtatg
tatacctgtttttcaattttgttgagcaatgggcatatcttaacaacaga
cacagttatagcttccatgtgtaacattggggtaaaaatgaagattaatt
ttctcctctggtagcaggcacctaccagatttcagaactctgaaatctgg
ccagtagagatatgactttaaggccaatcagtacatgcttgaggtctcct
tattatatgactcaagcatatggtgtttttagaagtagtgtcttacaaac
taggaatggagggtaaccatgaacaatggtactatgggaggaatagggaa
cagatgaattgcattcaaagtggctccactgagacatgcatccctactgt
gtgaaagaaggtatctccctgagtatatggtaagcagaatgttacatgaa
agtcattaaactccacccccccttcccaggaatacaggcatatctcacca
tgcacagcttttaaaatgatttttgggctattacgttttatgcttgtgta
atagttgtttttctgactaagccatctcctcagaacctggaagccttcat
ttgaaatttatttttacttacacaaaatctacatcaatactctttataga
agagttgctattgaattttgaatggaaaccagcttaaccccaagttacct
taaggtacaacaacgcaagtgctggtctcggccccttcatgggt
gaattcaagaaggactgcctaattgcccatttcctctaaattgtacttaa
ttaatgcatgagtcttgctattctttcttagagccaaactttgattttta
ataagaaaccatacgagatctatatacttttaaatacaaagggtatagtg
ctgtaaaaaagcaggagattttagaacaaaatcactttaattctctggga
tttaactaagtcctgttttgtctttgttatctactttcgtttccatcatc
aggaaaataagtactctggtattaatgcgactaacactaacaaaaattac
ttataacagcatgagagtcagaaaatagacacaccaactttgctagaaac
atccgagtttatcctaggaaaacgtccatgccccaccccacagtatgtgt
gtgtgtgtgtttttgtgtgtgtgtgtgtgtatacacatgtgcgtacactt
gtgactttgcttgcacatgtcagaagtctgtgtacttgtgtatgtttctg
tctctttcactttatcaaagcactgacatgtgtacttccccacctggcat
ttcacatgtatgttggagatatgatatcaagacttaatatagaggaattt
taatccagcaacatagcagctctggcaacagatcatatacatagtccctc
caagtctgcattatctggctgaaatacagacacacctttaactctaggta
acagagggaagcagatctctgagatcgaggccagcctgggacagaacaag
ttccaggcaaagaaaagcttacatccaggcaaggtggactcccagaactc
tggacacacaggcacacagatctctcatttctagtcagtccaatccattg
agccagtgagttgagagccattttagggtagttgatttatagagtcagtt
catgtcagtagaggcagttggagctatagaataagaagcagagagttcaa
caaattgttgagacttagtttgaagccacacagaaaactcattaggaagc
tgaatgaagacatattggatcagtctgattgggaaagaagtttgatccga
atagttgagtggaacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_103502286_103503208
seq2: B6Ng01-166J17.b_332_1240

seq1  TCTTGCCTTCCAAACTAACCATTTCTGTGTTTTGGGTTGTATGTTTAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCTTCCAAACTAACCATTTCTGTGTTTTGGGTTGTATGTTTAAGT  50

seq1  CTTTGACACACTTGGTCTTGTTTTTATGCGAAGTGGTAGATAACTTGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACACACTTGGTCTTGTTTTTATGCGAAGTGGTAGATAACTTGACT  100

seq1  CTTCTGCATATAGACTTTCAATTTTCCTGGTACCATTTGTCGAAGATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCATATAGACTTTCAATTTTCCTGGTACCATTTGTCGAAGATGCT  150

seq1  CTCTTTTCGTCAGTTTGAGTTTTTGGCACTTTGTCAAATATCAGGTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCGTCAGTTTGAGTTTTTGGCACTTTGTCAAATATCAGGTAAGT  200

seq1  GTAGTTGAATGTATGTATACCTGTTTTTCAATTTTGTTGAGCAATGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGAATGTATGTATACCTGTTTTTCAATTTTGTTGAGCAATGGGCA  250

seq1  TATCTTAACAACAGACACAGTTATAGCTTCCATGTGTAACATTGGGGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAACAACAGACACAGTTATAGCTTCCATGTGTAACATTGGGGTAA  300

seq1  AAATGAAGATTAATTTTCTCCTCTGGTAGCAGGCACCTACCAGATTTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGATTAATTTTCTCCTCTGGTAGCAGGCACCTACCAGATTTCAG  350

seq1  AACTCTGAAATCTGGCCAGTAGAGATATGACTTTAAGGCCAATCAGTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGAAATCTGGCCAGTAGAGATATGACTTTAAGGCCAATCAGTACA  400

seq1  TGCTTGAGGTCTCCTTATTATATGACTCAAGCATATGGTGTTTTTAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGGTCTCCTTATTATATGACTCAAGCATATGGTGTTTTTAGAAG  450

seq1  TAGTGTCTTACAAACTAGGAATGGAGGGTAACCATGAACAATGGTACTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCTTACAAACTAGGAATGGAGGGTAACCATGAACAATGGTACTAT  500

seq1  GGGAGGAATAGGGAACAGATGAATTGCATTCAAAGTGGCTCCACTGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAATAGGGAACAGATGAATTGCATTCAAAGTGGCTCCACTGAGAC  550

seq1  ATGCATCCCTACTGTGTGAAAGAAGGTATCTCCCTGAGTATATGGTAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCCCTACTGTGTGAAAGAAGGTATCTCCCTGAGTATATGGTAAGC  600

seq1  AGAATGTTACATGAAAGTCATTAAACTCCACCCCCCCTTCCCAGGAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTACATGAAAGTCATTAAACTCCACCCCCCCTTCCCAGGAATAC  650

seq1  AGGCATATCTCACCATGCACAGCTTTTAAAATGATTTTTGGGCTATTACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATATCTCACCATGCACAGCTTTTAAAATGATTTTTGGGCTATTACG  700

seq1  TTTTATGCTTGTGTAATAAGTTGTTTTTCTGACTAAGCCATCTCCTCAGA  750
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCTTGTGTAAT-AGTTGTTTTTCTGACTAAGCCATCTCCTCAGA  749

seq1  ACCTGGAAGCCTTCATTTGAAATTTATTTTTTACTAACACAAAAATCTAA  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |
seq2  ACCTGGAAGCCTTCATTTGAAATTTA-TTTTTACTTACAC-AAAATCT-A  796

seq1  CATTCAATACTTCTTTATAG-AGAGTTTGCTATTGATTTTTGAATTGAAA  849
      || ||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  CA-TCAATAC-TCTTTATAGAAGAG-TTGCTATTGAATTTTGAATGGAAA  843

seq1  CCCAGCTTTTAACCCACAGAGTTACCTTATAGTACACACAACGCACAGTG  899
       |||||  ||||||| || ||||||||||  ||||| |||||||| ||||
seq2  -CCAGC--TTAACCC-CA-AGTTACCTTAAGGTACA-ACAACGCA-AGTG  886

seq1  TCGTGGCTCTG-CCCTTCATTGGGT  923
       |  | ||| | ||||||| |||||
seq2  -CTGGTCTCGGCCCCTTCA-TGGGT  909

seq1: chr8_103625818_103626889
seq2: B6Ng01-166J17.g_66_1132 (reverse)

seq1  TGGTTCAACTCAACTATTCTGGATCAAAACTCTTTCCCAATCTGACTGAT  50
      |||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||
seq2  TGGTTCCACTCAACTATTC-GGATCAAACTTCTTTCCCAATCAGACTGAT  49

seq1  TCAATATGTCTTCTATCAGCTTCTTAATGAGTTTTTCTGTGTGGCTTCAA  100
       ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAATATGTCTTCATTCAGCTTCCTAATGAG-TTTTCTGTGTGGCTTCAA  98

seq1  ACTAAGTCTC-ACAATTTGTTGAACTCTTCTTGCTTCTTATTCTATAGCT  149
      |||||||||| |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTCTCAACAATTTGTTGAACTCT--CTGCTTCTTATTCTATAGCT  146

seq1  CCAACTGCCTCTACTGACATGAACTGAACTCTATAAATTCAACTACCCTA  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  CCAACTGCCTCTACTGACATGAACTG-ACTCTATAAA-TCAACTACCCTA  194

seq1  AAATGGCTCTCAACTCACTGGCTCAATGGATTGGACTGACTAGAAATGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCTCTCAACTCACTGGCTCAATGGATTGGACTGACTAGAAATGAG  244

seq1  AGATCTGTGTGCCTGTGTGTCCAGAGTTCTGGGAGTCCACCTTGCCTGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTGTGCCTGTGTGTCCAGAGTTCTGGGAGTCCACCTTGCCTGGA  294

seq1  TGTAAGCTTTTCTTTGCCTGGAACTTGTTCTGTCCCAGGCTGGCCTCGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCTTTTCTTTGCCTGGAACTTGTTCTGTCCCAGGCTGGCCTCGAT  344

seq1  CTCAGAGATCTGCTTCCCTCTGTTACCTAGAGTTAAAGGTGTGTCTGTAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGATCTGCTTCCCTCTGTTACCTAGAGTTAAAGGTGTGTCTGTAT  394

seq1  TTCAGCCAGATAATGCAGACTTGGAGGGACTATGTATATGATCTGTTGCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCAGATAATGCAGACTTGGAGGGACTATGTATATGATCTGTTGCC  444

seq1  AGAGCTGCTATGTTGCTGGATTAAAATTCCTCTATATTAAGTCTTGATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCTATGTTGCTGGATTAAAATTCCTCTATATTAAGTCTTGATAT  494

seq1  CATATCTCCAACATACATGTGAAATGCCAGGTGGGGAAGTACACATGTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTCCAACATACATGTGAAATGCCAGGTGGGGAAGTACACATGTCA  544

seq1  GTGCTTTGATAAAGTGAAAGAGACAGAAACATACACAAGTACACAGACTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGATAAAGTGAAAGAGACAGAAACATACACAAGTACACAGACTT  594

seq1  CTGACATGTGCAAGCAAAGTCACAAGTGTACGCACATGTGTATACACACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATGTGCAAGCAAAGTCACAAGTGTACGCACATGTGTATACACACA  644

seq1  CACACACACAAAAACACACACACACACATACTGTGGGGTGGGGCATGGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAAAAACACACACACACACATACTGTGGGGTGGGGCATGGAC  694

seq1  GTTTTCCTAGGATAAACTCGGATGTTTCTAGCAAAGTTGGTGTGTCTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTAGGATAAACTCGGATGTTTCTAGCAAAGTTGGTGTGTCTATT  744

seq1  TTCTGACTCTCATGCTGTTATAAGTAATTTTTGTTAGTGTTAGTCGCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACTCTCATGCTGTTATAAGTAATTTTTGTTAGTGTTAGTCGCATT  794

seq1  AATACCAGAGTACTTATTTTCCTGATGATGGAAACGAAAGTAGATAACAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAGAGTACTTATTTTCCTGATGATGGAAACGAAAGTAGATAACAA  844

seq1  AGACAAAACAGGACTTAGTTAAATCCCAGAGAATTAAAGTGATTTTGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAACAGGACTTAGTTAAATCCCAGAGAATTAAAGTGATTTTGTTC  894

seq1  TAAAATCTCCTGCTTTTTTACAGCACTATACCCTTTGTATTTAAAAGTAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTCCTGCTTTTTTACAGCACTATACCCTTTGTATTTAAAAGTAT  944

seq1  ATAGATCTCGTATGGTTTCTTATTAAAAATCAAAGTTTGGCTCTAAGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCTCGTATGGTTTCTTATTAAAAATCAAAGTTTGGCTCTAAGAAA  994

seq1  GAATAGCAAGACTCATGCATTAATTAAGTACAATTTAGAGGAAATGGGCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCAAGACTCATGCATTAATTAAGTACAATTTAGAGGAAATGGGCA  1044

seq1  ATTAGGCAGTCCTTCTTGAATTC  1072
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCAGTCCTTCTTGAATTC  1067