BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169E22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 30,892,231 - 31,033,224
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUnc5d, LOC100041237
Downstream geneEG628189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169E22.bB6Ng01-169E22.g
ACCDH960321DH960322
length1,1541,118
definitionDH960321|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169E22, 5' end.DH960322|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169E22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,032,067 - 31,033,224)(30,892,231 - 30,893,355)
sequence
gaattcactaagagcttctctagagtaaaagaatagtgactactgtggag
ggaatgtactactgtcaggaatgacccacttgccaatattcaagtgttca
ttaagaccctagggaatctcaaattgatggacagagactttaatggatgc
acactagagtcgggcacttgtatctttgcagcacagcttccaagtacgtg
gagttctcattctaaccatctggtcatcgacatgactctttcttttatgg
tagtttggggatactcttaatcctagagctggtcagagcagaaggaattc
cccttcagtactgatggacatgtcctagccaccagctttctactggttat
tcccccaagtcttttggagctcacactgttcctttgtctgatgtggaacc
tctccccttgtgatcaattttctcaccaccctggcatcaggtcattccct
ctattgagccatttcatctgactctgaagctagcttgtgcattttcctca
aaatgaatttaatcttgggtcctgcaaatgaaaaagaggttctttttctg
gactctggctcccataatatattctatttatttcgatcccactcttccta
tcattattaatacaaacttctataactgtgaatccaaatgtgtcactctt
ccccttaagtcactctgtcaggaactgtgtcacagcaaggccaagtcaga
cataatttcccacctacaaagacaagtcaggcataatctctcacctacaa
agactcccttaatcaagaccactgtttaattatttattaaggtctatact
caaccaatgttctcaggtgttgaagcagtaaaataactaatgtagcaatt
taaaaaaaacatccaacacataattaatttgctattatcatcatcactga
tttatcaataaacatcagatctgtattgacaattactttttaattacaag
tagtccatatctccatatttatctggtagggcttttgatcaaatctatag
ttaatataatgtttaaagaaggaaatgaaagatgagttccttttcccaaa
attatgccactctcttctgggaaagggtggttccctcgattgatcagtgg
aacaaaattctagaagggcattttaagttcagggaggagaatgatgccat
gcac
gaattcaaggtgtcttattaaatttggcttgagatccagcacaaggtaca
gtctcttaaaatgggaaagatattttcaaaatattgcaacatcacagagg
aggacaccacttagtcataggaaacaatgggaatgccttgatacaatgga
aataaactcttttaagcttgtttttcacatgagttcaatttaagccacac
ttatggctacattcattggttgcttcctttatagattatctctcagtctc
aaaataattgcctcctagattaaataccactagttatatggctgtagaag
agatatgcaaatatgttttataagcaaatgtatctaatattaatttacca
agaaaaggatattatgttagaagaaaaaacagagaattcagagccagtat
atttacatgttcataggcaaacaatgttgagttttccattgtccttttag
aaaagaatgctaacatctgtaacttggcgaaggttacacagactgccttc
cacattgggaattttgtttaggaccagcttttgtggtgttagggagtgac
attattggcagagtggccttgttgaaatacctgtagctttgttggaagac
gatgtcaaggggttgttgggctttgagttttcagacgctcaagccaggcc
caatgtcactctctcttcctgctgcctaaggattcagatgtagatctctt
agcttcactccagcaccatgtctgcttgagtgcctccatgaaatgctgat
aatagactaaaactcagaaagtgtaagcaagcccaaatcaaatactttcc
tctctaagagttgctgttaccattgcaatgtctcttcattgcaatataaa
agcctaaccaagacagcttccaatcttatgggactcttcctcaactcttc
ctgatagaaatttagaaagcactcaggcaaaatataagaacttcctaaac
cataatatattcgcttcactttcatcactgtgacaaaaagtctgggacag
ggcagaaaagtgacttagatggctatgtagagaaagacttctttaaagca
ttcaggaggcattggataatccagaggagcagattcttgatatacctcta
agagcaatgttttcagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_31032067_31033224
seq2: B6Ng01-169E22.b_44_1197 (reverse)

seq1  GTGCATGGCATCA-TCTCCTCCCTTGACTAAAAATG-CCTTCTAGATATT  48
      ||||||||||||| ||||||||||  ||| |||||| ||||||||  | |
seq2  GTGCATGGCATCATTCTCCTCCCTGAACTTAAAATGCCCTTCTAG--AAT  48

seq1  TTTGTTCCACTGATCAATACGAGGGAACCACCCCTTTCCCAGAAGAG-GT  97
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTTGTTCCACTGATCAAT-CGAGGGAACCA-CCCTTTCCCAGAAGAGAGT  96

seq1  GGCATTAATTTTGGGAAAAGGAACTCATCTTTCATTTCCCTTCTTTAAAC  147
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGCA-TAATTTTGGGAAAAGGAACTCATCTTTCATTT-CCTTCTTTAAAC  144

seq1  ATTATATTAACTATAGATTTGATCAAAAGCCCTTACCAGATAAATATGGA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTATATTAACTATAGATTTGATCAAAAGCCC-TACCAGATAAATATGGA  193

seq1  GATATGGACTACTTGTAATTAAAAAGTAATTGTCAATACAGATCTGATGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGGACTACTTGTAATTAAAAAGTAATTGTCAATACAGATCTGATGT  243

seq1  TTATTGATAAATCAGTGATGATGATAATAGCAAATTAATTATGTGTTGGA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGATAAATCAGTGATGATGATAATAGCAAATTAATTATGTGTTGGA  293

seq1  TGTTTTTTTTAAATTGCTACATTAGTTATTTTACTGCTTCAACACCTGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTTTAAATTGCTACATTAGTTATTTTACTGCTTCAACACCTGAG  343

seq1  AACATTGGTTGAGTATAGACCTTAATAAATAATTAAACAGTGGTCTTGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGGTTGAGTATAGACCTTAATAAATAATTAAACAGTGGTCTTGAT  393

seq1  TAAGGGAGTCTTTGTAGGTGAGAGATTATGCCTGACTTGTCTTTGTAGGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGAGTCTTTGTAGGTGAGAGATTATGCCTGACTTGTCTTTGTAGGT  443

seq1  GGGAAATTATGTCTGACTTGGCCTTGCTGTGACACAGTTCCTGACAGAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTATGTCTGACTTGGCCTTGCTGTGACACAGTTCCTGACAGAGT  493

seq1  GACTTAAGGGGAAGAGTGACACATTTGGATTCACAGTTATAGAAGTTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAAGGGGAAGAGTGACACATTTGGATTCACAGTTATAGAAGTTTGT  543

seq1  ATTAATAATGATAGGAAGAGTGGGATCGAAATAAATAGAATATATTATGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAATGATAGGAAGAGTGGGATCGAAATAAATAGAATATATTATGG  593

seq1  GAGCCAGAGTCCAGAAAAAGAACCTCTTTTTCATTTGCAGGACCCAAGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGAGTCCAGAAAAAGAACCTCTTTTTCATTTGCAGGACCCAAGAT  643

seq1  TAAATTCATTTTGAGGAAAATGCACAAGCTAGCTTCAGAGTCAGATGAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCATTTTGAGGAAAATGCACAAGCTAGCTTCAGAGTCAGATGAAA  693

seq1  TGGCTCAATAGAGGGAATGACCTGATGCCAGGGTGGTGAGAAAATTGATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAATAGAGGGAATGACCTGATGCCAGGGTGGTGAGAAAATTGATC  743

seq1  ACAAGGGGAGAGGTTCCACATCAGACAAAGGAACAGTGTGAGCTCCAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGGGAGAGGTTCCACATCAGACAAAGGAACAGTGTGAGCTCCAAAA  793

seq1  GACTTGGGGGAATAACCAGTAGAAAGCTGGTGGCTAGGACATGTCCATCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGGGGGAATAACCAGTAGAAAGCTGGTGGCTAGGACATGTCCATCA  843

seq1  GTACTGAAGGGGAATTCCTTCTGCTCTGACCAGCTCTAGGATTAAGAGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGAAGGGGAATTCCTTCTGCTCTGACCAGCTCTAGGATTAAGAGTA  893

seq1  TCCCCAAACTACCATAAAAGAAAGAGTCATGTCGATGACCAGATGGTTAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAACTACCATAAAAGAAAGAGTCATGTCGATGACCAGATGGTTAG  943

seq1  AATGAGAACTCCACGTACTTGGAAGCTGTGCTGCAAAGATACAAGTGCCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAACTCCACGTACTTGGAAGCTGTGCTGCAAAGATACAAGTGCCC  993

seq1  GACTCTAGTGTGCATCCATTAAAGTCTCTGTCCATCAATTTGAGATTCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGTGTGCATCCATTAAAGTCTCTGTCCATCAATTTGAGATTCCC  1043

seq1  TAGGGTCTTAATGAACACTTGAATATTGGCAAGTGGGTCATTCCTGACAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTCTTAATGAACACTTGAATATTGGCAAGTGGGTCATTCCTGACAG  1093

seq1  TAGTACATTCCCTCCACAGTAGTCACTATTCTTTTACTCTAGAGAAGCTC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACATTCCCTCCACAGTAGTCACTATTCTTTTACTCTAGAGAAGCTC  1143

seq1  TTAGTGAATTC  1158
      |||||||||||
seq2  TTAGTGAATTC  1154

seq1: chr8_30892231_30893355
seq2: B6Ng01-169E22.g_68_1185

seq1  GAATTCAAGGTGTCTTATTAAATTTGGCTTGAGATCCAGCACAAGGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGTGTCTTATTAAATTTGGCTTGAGATCCAGCACAAGGTACA  50

seq1  GTCTCTTAAAATGGGAAAGATATTTTCAAAATATTGCAACATCACAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTAAAATGGGAAAGATATTTTCAAAATATTGCAACATCACAGAGG  100

seq1  AGGACACCACTTAGTCATAGGAAACAATGGGAATGCCTTGATACAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCACTTAGTCATAGGAAACAATGGGAATGCCTTGATACAATGGA  150

seq1  AATAAACTCTTTTAAGCTTGTTTTTCACATGAGTTCAATTTAAGCCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACTCTTTTAAGCTTGTTTTTCACATGAGTTCAATTTAAGCCACAC  200

seq1  TTATGGCTACATTCATTGGTTGCTTCCTTTATAGATTATCTCTCAGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGCTACATTCATTGGTTGCTTCCTTTATAGATTATCTCTCAGTCTC  250

seq1  AAAATAATTGCCTCCTAGATTAAATACCACTAGTTATATGGCTGTAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATTGCCTCCTAGATTAAATACCACTAGTTATATGGCTGTAGAAG  300

seq1  AGATATGCAAATATGTTTTATAAGCAAATGTATCTAATATTAATTTACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGCAAATATGTTTTATAAGCAAATGTATCTAATATTAATTTACCA  350

seq1  AGAAAAGGATATTATGTTAGAAGAAAAAACAGAGAATTCAGAGCCAGTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGATATTATGTTAGAAGAAAAAACAGAGAATTCAGAGCCAGTAT  400

seq1  ATTTACATGTTCATAGGCAAACAATGTTGAGTTTTCCATTGTCCTTTTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATGTTCATAGGCAAACAATGTTGAGTTTTCCATTGTCCTTTTAG  450

seq1  AAAAGAATGCTAACATCTGTAACTTGGCGAAGGTTACACAGACTGCCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGCTAACATCTGTAACTTGGCGAAGGTTACACAGACTGCCTTC  500

seq1  CACATTGGGAATTTTGTTTAGGACCAGCTTTTGTGGTGTTAGGGAGTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGGGAATTTTGTTTAGGACCAGCTTTTGTGGTGTTAGGGAGTGAC  550

seq1  ATTATTGGCAGAGTGGCCTTGTTGAAATACCTGTAGCTTTGTTGGAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGCAGAGTGGCCTTGTTGAAATACCTGTAGCTTTGTTGGAAGAC  600

seq1  GATGTCAAGGGGTTGTTGGGCTTTGAGTTTTCAGACGCTCAAGCCAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAAGGGGTTGTTGGGCTTTGAGTTTTCAGACGCTCAAGCCAGGCC  650

seq1  CAATGTCACTCTCTCTTCCTGCTGCCTAAGGATTCAGATGTAGATCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCACTCTCTCTTCCTGCTGCCTAAGGATTCAGATGTAGATCTCTT  700

seq1  AGCTTCACTCCAGCACCATGTCTGCTTGAGTGCCTCCATGAAATGCTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCACTCCAGCACCATGTCTGCTTGAGTGCCTCCATGAAATGCTGAT  750

seq1  AATAGACTAAAACTCAGAAAGTGTAAGCAAGCCCAAATCAAATACTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGACTAAAACTCAGAAAGTGTAAGCAAGCCCAAATCAAATACTTTCC  800

seq1  TCTCTAAGAGTTGCTGTTACCATTGCAATGTCTCTTCATTGCAATATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGAGTTGCTGTTACCATTGCAATGTCTCTTCATTGCAATATAAA  850

seq1  AGCCTAACCAAGACAGCTTCCAATCTTATGGGACTCTTCCTCAACTCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAACCAAGACAGCTTCCAATCTTATGGGACTCTTCCTCAACTCTTC  900

seq1  CTGATAGAAATTTAGAAAGCACTCAAGGCAAAAATATAAGAACTTCCTAA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGAAATTTAGAAAGCACTC-AGGC-AAAATATAAGAACTTCCTAA  948

seq1  ACCATAATATATTCGCTTCACTTTCATCACTGTGACAAAAAGGTCTGGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCATAATATATTCGCTTCACTTTCATCACTGTGACAAAAA-GTCTGGGA  997

seq1  CAGGGCAGAAAAGTGACATCAGATGGCTATTGTAGAGAAAGACTTC-TTA  1049
      ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  CAGGGCAGAAAAGTGAC-TTAGATGGCTA-TGTAGAGAAAGACTTCTTTA  1045

seq1  TAGCATCCAGGAGGCATTGGATAATCCAGGAAGGAGCCAGATACATGATA  1099
       ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| | |||||
seq2  AAGCATTCAGGAGGCATTGGATAATCCAG--AGGAG-CAGATTCTTGATA  1092

seq1  TACCTCTATAGAGC-ATGTCTTCAGTA  1125
      |||||||| ||||| |||| |||||||
seq2  TACCTCTA-AGAGCAATGTTTTCAGTA  1118