BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172N08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 90,039,809 - 90,146,535
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040294, 4933402J07Rik
Upstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819, Cbln1
Downstream geneZfp423, LOC100040328, 5033428A16Rik, Heatr3, Papd5, Adcy7, Brd7, LOC100040369, Nkd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172N08.bB6Ng01-172N08.g
ACCGA001345GA001346
length7581,049
definitionB6Ng01-172N08.b B6Ng01-172N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,145,781 - 90,146,535)(90,039,809 - 90,040,846)
sequence
ggaattcattcatgagttccaggttcagtcaaaaccctgtcttaacatgt
aaggtggacagtgactgaggaagacacatgataccaaaatttgagctgta
actgcacatgtgtgggcacatacacctacacacacacacacacacacaca
cacacacagagacagagacagagagagacagagagacagagaaagacaga
cagacacagacagtcagacacatgcacacaggcatgcatgaatgcacaca
ggcatgcacacacatacacatatgcacacatgcacactcacacaaaagca
aatccaaaggctggggatggaggcagaatttgtggacagttcatttattt
ggaataacactagctagaagggtccaaagaatgtagacttccaaaagcaa
gcccaagaggctggtcagcatgtcatcccctgagcatgccattctcctgc
aatttggcttttggtgaacccatttctgcagttcagtctgcaaactgcaa
agcagttttccgcttctcctgggaaagcagacaactgttggtgcagtttt
ctcagagagagcagatgttgttcacagcccaaggctgaagcccagaagat
gctttcatagggagtgacgggtttagggcgtggtcaggagcctaccaaag
gcccttgaaggcaaagaaggaaaagacccacacagatctgtccgtgacgg
tttgggctggaactggttctttgtgaatgccttttgaggaaaacatgctg
acctaggt
gaattcctttgtagatagcacctgatgacggatggttttacttgggaatg
tcagattttacacaggtgagggagggaagcatgtggtagaaagtcctttg
gtttaatcttttctccagctggtggaaggccccgccctccctcatgatgc
tagacagtagcagcggcccacagtcagccacataatcatgagggcacatg
catgttcggagcattttagatataagcactccacaaatcctataagatat
taagcacttttgttaaaaataggctttgtgttggagatctcggcccagca
ttaggctaaggaaagctctctgtcattaagatgtgagccaggagtcctat
agattaagagtattaaaggcattcctaaggtatccctaacttggtttatt
gggatgtaacccctacataaattggcgtatgagggtttggtttggtttta
gttaattatggcttaggtgaaactcaacccactgggatgacttcccagga
ccagaaagcccaccctgtcacttatcttgtatagacccttctgtcatagc
tttttggtttaagtaaacacacggcctcatttgccactgtcaccacatcc
ttcacactcaaccagggcacacagatgagatgagacgagactggcctctg
cttctgggacacactaccctttcccagctttcatctcacctcaggtcatc
tgaccttaccccgaatctctgctgtctgtgatccttagaaatgcagtcct
cagtgccccagacacctttctcagagagcccctgcctccagggatctcag
cgttgctttgcttttgctctgcttcgatgacatgctatctgctaactttg
gttctcaggatcgtctgcactgcgtttctgagttgctgtgaacccagcat
ggtgttgctcaaggtcagcttttgggtccacattgctaccaacatacctg
cccccgtgaagggcctatggaagtttgtaacggatcattgaaaatcctga
aaggaaggctgggagactctgctggttgtgtggctattaaatggttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_90145781_90146535
seq2: B6Ng01-172N08.b_45_801 (reverse)

seq1  ACCTATGTCATCATG-TTTCCTCAAAATGCATTCACAAAGAACCACTTCC  49
      ||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTAGGTCAGCATGTTTTCCTCAAAAGGCATTCACAAAGAACCAGTTCC  50

seq1  AGCCCAAACCCTCACGGACAGATCTGTGTGGTTCTTTTCCTTCTTTGCCT  99
      |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAACCGTCACGGACAGATCTGTGTGGGTCTTTTCCTTCTTTGCCT  100

seq1  TCAAGGGCCTTTGGTAGGCTCCTGACCACGCCCTAAACCCGTCACTCCCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGGCCTTTGGTAGGCTCCTGACCACGCCCTAAACCCGTCACTCCCT  150

seq1  ATGAAAGCATCTTCT-GGCTTCAGCCTTGGGCTGTGAACAACATCTGCTC  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCATCTTCTGGGCTTCAGCCTTGGGCTGTGAACAACATCTGCTC  200

seq1  TCTCTGAGAAAACTGCACCAACAGTTGTCTGCTTTCCCAGGAGAAGCGGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGAAAACTGCACCAACAGTTGTCTGCTTTCCCAGGAGAAGCGGA  250

seq1  AAACTGCTTTGCAGTTTGCAGACTGAACTGCAGAAATGGGTTCACCAAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTTTGCAGTTTGCAGACTGAACTGCAGAAATGGGTTCACCAAAA  300

seq1  GCCAAATTGCAGGAGAATGGCATGCTCAGGGGATGACATGCTGACCAGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATTGCAGGAGAATGGCATGCTCAGGGGATGACATGCTGACCAGCC  350

seq1  TCTTGGGCTTGCTTTTGGAAGTCTACATTCTTTGGACCCTTCTAGCTAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGCTTGCTTTTGGAAGTCTACATTCTTTGGACCCTTCTAGCTAGT  400

seq1  GTTATTCCAAATAAATGAACTGTCCACAAATTCTGCCTCCATCCCCAGCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCCAAATAAATGAACTGTCCACAAATTCTGCCTCCATCCCCAGCC  450

seq1  TTTGGATTTGCTTTTGTGTGAGTGTGCATGTGTGCATATGTGTATGTGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATTTGCTTTTGTGTGAGTGTGCATGTGTGCATATGTGTATGTGTG  500

seq1  TGCATGCCTGTGTGCATTCATGCATGCCTGTGTGCATGTGTCTGACTGTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCTGTGTGCATTCATGCATGCCTGTGTGCATGTGTCTGACTGTC  550

seq1  TGTGTCTGTCTGTCTTTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGTCTGTCTTTCTCTGTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTGTCTC  600

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTGTATGTGCCCACACA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGTGTATGTGCCCACACA  650

seq1  TGTGCAGTTACAGCTCAAATTTTGGTATCATGTGTCTTCCTCAGTCACTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTTACAGCTCAAATTTTGGTATCATGTGTCTTCCTCAGTCACTG  700

seq1  TCCACCTTACATGTTAAGACAGGGTTTTGACTGAACCTGGAACTCATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTACATGTTAAGACAGGGTTTTGACTGAACCTGGAACTCATGAA  750

seq1  TGAATTC  755
      |||||||
seq2  TGAATTC  757

seq1: chr8_90039809_90040846
seq2: B6Ng01-172N08.g_59_1107

seq1  GAATTCCTTTGTAGATAGCACCTGATGACGGATGGTTTTACTTGGGAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTAGATAGCACCTGATGACGGATGGTTTTACTTGGGAATG  50

seq1  TCAGATTTTACACAGGTGAGGGAGGGAAGCATGTGGTAGAAAGTCCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATTTTACACAGGTGAGGGAGGGAAGCATGTGGTAGAAAGTCCTTTG  100

seq1  GTTTAATCTTTTCTCCAGCTGGTGGAAGGCCCCGCCCTCCCTCATGATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAATCTTTTCTCCAGCTGGTGGAAGGCCCCGCCCTCCCTCATGATGC  150

seq1  TAGACAGTAGCAGCGGCCCACAGTCAGCCACATAATCATGAGGGCACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGTAGCAGCGGCCCACAGTCAGCCACATAATCATGAGGGCACATG  200

seq1  CATGTTCGGAGCATTTTAGATATAAGCACTCCACAAATCCTATAAGATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCGGAGCATTTTAGATATAAGCACTCCACAAATCCTATAAGATAT  250

seq1  TAAGCACTTTTGTTAAAAATAGGCTTTGTGTTGGAGATCTCGGCCCAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCACTTTTGTTAAAAATAGGCTTTGTGTTGGAGATCTCGGCCCAGCA  300

seq1  TTAGGCTAAGGAAAGCTCTCTGTCATTAAGATGTGAGCCAGGAGTCCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTAAGGAAAGCTCTCTGTCATTAAGATGTGAGCCAGGAGTCCTAT  350

seq1  AGATTAAGAGTATTAAAGGCATTCCTAAGGTATCCCTAACTTGGTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAGAGTATTAAAGGCATTCCTAAGGTATCCCTAACTTGGTTTATT  400

seq1  GGGATGTAACCCCTACATAAATTGGCGTATGAGGGTTTGGTTTGGTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTAACCCCTACATAAATTGGCGTATGAGGGTTTGGTTTGGTTTTA  450

seq1  GTTAATTATGGCTTAGGTGAAACTCAACCCACTGGGATGACTTCCCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTATGGCTTAGGTGAAACTCAACCCACTGGGATGACTTCCCAGGA  500

seq1  CCAGAAAGCCCACCCTGTCACTTATCTTGTATAGACCCTTCTGTCATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGCCCACCCTGTCACTTATCTTGTATAGACCCTTCTGTCATAGC  550

seq1  TTTTTGGTTTAAGTAAACACACGGCCTCATTTGCCACTGTCACCACATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGGTTTAAGTAAACACACGGCCTCATTTGCCACTGTCACCACATCC  600

seq1  TTCACACTCAACCAGGGCACACAGATGAGATGAGACGAGACTGGCCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACTCAACCAGGGCACACAGATGAGATGAGACGAGACTGGCCTCTG  650

seq1  CTTCTGGGACACACTACCCTTTCCCAGCTTTCATCTCACCTCAGGTCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGGACACACTACCCTTTCCCAGCTTTCATCTCACCTCAGGTCATC  700

seq1  TGACCTTACCCCGAATCTCTGCTGTCTGTGATCCTTAGAAATGCAGTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTACCCCGAATCTCTGCTGTCTGTGATCCTTAGAAATGCAGTCCT  750

seq1  CAGTGCCCCAGACACC-TTCTCAGAGAGCCCCTGCCTCCAGGGATCTCAG  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCCAGACACCTTTCTCAGAGAGCCCCTGCCTCCAGGGATCTCAG  800

seq1  CGTTGCTTTGC-TTTGCTCTGCTTCGATGACATGCTATCTGCTAAC-TTG  847
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CGTTGCTTTGCTTTTGCTCTGCTTCGATGACATGCTATCTGCTAACTTTG  850

seq1  GTTCTCAGGATCGTCTGCACTGCG-TTCTGAG-TGCTGTGAACCCCAGCA  895
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||
seq2  GTTCTCAGGATCGTCTGCACTGCGTTTCTGAGTTGCTGTGAA-CCCAGCA  899

seq1  T-GTGTTGCTCAAGGTCAGC-TTTGTGTCCACATGCCTA-CAACATACCT  942
      | |||||||||||||||||| |||| ||||||||  ||| ||||||||||
seq2  TGGTGTTGCTCAAGGTCAGCTTTTGGGTCCACATTGCTACCAACATACCT  949

seq1  G-CCCCGTGAAGGGCCTAAGGAAG-CTGGAACGGATCAGTGAAGAATCTG  990
      | |||||||||||||||| |||||  || ||||||||| |||| |  |||
seq2  GCCCCCGTGAAGGGCCTATGGAAGTTTGTAACGGATCATTGAAAATCCTG  999

seq1  AAGAGGAAGGCTGGGAG-CTCTGCT-GTTGTGT-GCTATTTAAATGTTTT  1037
      || |||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||  |||||
seq2  AA-AGGAAGGCTGGGAGACTCTGCTGGTTGTGTGGCTATTAAATGGTTTT  1048

seq1  C  1038
      |
seq2  C  1049