BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174D03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 51,584,480 - 51,701,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039966
Upstream geneLOC100039919, EG667495, LOC100039954
Downstream geneLOC667517
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174D03.bB6Ng01-174D03.g
ACCGA002343GA002344
length1,1041,127
definitionB6Ng01-174D03.b B6Ng01-174D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,584,480 - 51,585,572)(51,700,809 - 51,701,942)
sequence
gaattccattcacattgcttacatgtgttttggtcaaagttcaaaccctt
attagtgattaacttggggccacaatttattaagaaaattttatttgaag
agttaacgttaactgttcaaatgaatagtccttagaaaagaagtgtacat
ttatacttttatatttttcagtgaagtttatcatcccatttaatcaagtt
ttattgctaagtgtttagtgtgttcaggatgacctgataagaactggatg
ttaaaggcttagtcaaatacaactattgatttggaggctgctcggtgttt
cagaccgacatctcatgattctatcatgaagttacaaggcaagtgacaga
ttattccatataatgaggttttccatggtaatggaggaactgattgagct
aggtgatgagacttttggagtgagctgaagaatacaaaatgtatttgtgg
aagcaagaatgattccagttagagaaaagtgcctatgcaaatgacagatg
cagaacggaaactctgatatattggctgaatgaaaatcaaagtaaatcag
cttgtctggaatatgcagtagatagaaagctgtcaatacccttcctttgc
acatcactgagacttatccatactgggataagatatttaatggaataaat
tgtttataaagaatataccccaaaaatttccaacatataacaaggacaca
tgctctactatgtccatagcagctttattcataatagccagaagctggaa
acaacccagatgtccctcaacaaaggaatgaatacagaaaatatggtaca
tattcacaatggagtactactgagtgattaaaaacaatgaatttatgaaa
tcaacaggcaaatggatggaaatagaaaatatcatcccaaaccctgcaca
gaagaacacacatggtatgtacttgctgattagtggaatataagcccaaa
ttgcccatggttcaatccacagaccttataagaatttacgaaggaaggga
aggtcagagggtgggatgctccagtccctaccttggagaagaagaagaac
aggatcataacaggaggaggatggaaggagagggggacctggactaaaga
gaga

gaattctccttaaggatattttgttcctagtaattctaagtcctttaata
ataggttttcctgaaagtgtaatcagttcctaagaaaaataggggaggag
ttattcctactatacttttattatgattttctaattataagaaaatgtat
taaaataaatatgagcttttattggaaacattattaaattagatttggtt
tactaaaagttttaaaaacaaaaacatttataaaagataaggcacatata
ttttctataactaagtaatgcatctagggtctcaaagaagcctaggtaac
tacatcagagagcaaaactatttcacaacatagaaacaatgcaaatcatg
atgatgatgattgcttcatgttcttaagggaataaattcttaaaatgaga
gggaaactgtgaatagtggacatctgtgtcttctcttgctcccttaaaaa
cagtaatagcaatgcacctatagtgatgagatagaagttgattccttgaa
aacaagaatctcatgtctacaagtctggaatgccacaattaatacatcct
cagagtataggaattctcacaacatgagtttaatatacagaaaataaatt
gtatcacataggtcatgaccttgggaaagaaaaatgtaaatgaagaaatg
aagttgttctgaatctcctttcatatgtttgtcccaagatttcctactgc
tctcagataaggcacccaggtctttccacacacctcattgacaacagctt
ctgagtaaatgttgaacacaaaaagaatttttactgactttttggctgat
gccaagaagagctttgctgccaggagtctggtagagctgttgccttagag
gctctgcaagagcctgactaatatagatgcagatgctgacagccaaccat
cagctgagcacaggacccccaatggaggagttacagtaagggctgaaaga
gctaatggggtttgcaacccctcaagaagagtaacatatcagccaaccag
actcccagacctcccaggactaaactaccacaaaagatacacatggagag
ccatagctccgaagggatattgtagcagaggatgacctatcttgcaatca
ttggggaggaccgccctggtcttgtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_51584480_51585572
seq2: B6Ng01-174D03.b_45_1148

seq1  GAATTCCATTCACATTGCTTACATGTGTTTTGGTCAAAGTTCAAACCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCACATTGCTTACATGTGTTTTGGTCAAAGTTCAAACCCTT  50

seq1  ATTAGTGATTAACTTGGGGCCACAATTTATTAAGAAAATTTTATTTGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTGATTAACTTGGGGCCACAATTTATTAAGAAAATTTTATTTGAAG  100

seq1  AGTTAACGTTAACTGTTCAAATGAATAGTCCTTAGAAAAGAAGTGTACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACGTTAACTGTTCAAATGAATAGTCCTTAGAAAAGAAGTGTACAT  150

seq1  TTATACTTTTATATTTTTCAGTGAAGTTTATCATCCCATTTAATCAAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTTTTATATTTTTCAGTGAAGTTTATCATCCCATTTAATCAAGTT  200

seq1  TTATTGCTAAGTGTTTAGTGTGTTCAGGATGACCTGATAAGAACTGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTAAGTGTTTAGTGTGTTCAGGATGACCTGATAAGAACTGGATG  250

seq1  TTAAAGGCTTAGTCAAATACAACTATTGATTTGGAGGCTGCTCGGTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCTTAGTCAAATACAACTATTGATTTGGAGGCTGCTCGGTGTTT  300

seq1  CAGACCGACATCTCATGATTCTATCATGAAGTTACAAGGCAAGTGACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCGACATCTCATGATTCTATCATGAAGTTACAAGGCAAGTGACAGA  350

seq1  TTATTCCATATAATGAGGTTTTCCATGGTAATGGAGGAACTGATTGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCATATAATGAGGTTTTCCATGGTAATGGAGGAACTGATTGAGCT  400

seq1  AGGTGATGAGACTTTTGGAGTGAGCTGAAGAATACAAAATGTATTTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATGAGACTTTTGGAGTGAGCTGAAGAATACAAAATGTATTTGTGG  450

seq1  AAGCAAGAATGATTCCAGTTAGAGAAAAGTGCCTATGCAAATGACAGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAATGATTCCAGTTAGAGAAAAGTGCCTATGCAAATGACAGATG  500

seq1  CAGAACGGAAACTCTGATATATTGGCTGAATGAAAATCAAAGTAAATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACGGAAACTCTGATATATTGGCTGAATGAAAATCAAAGTAAATCAG  550

seq1  CTTGTCTGGAATATGCAGTAGATAGAAAGCTGTCAATACCCTTCCTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGGAATATGCAGTAGATAGAAAGCTGTCAATACCCTTCCTTTGC  600

seq1  ACATCACTGAGACTTATCCATACTGGGATAAGATATTTAATGGAATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTGAGACTTATCCATACTGGGATAAGATATTTAATGGAATAAAT  650

seq1  TGTTTATAAAGAATATACCCCAAAAATTTCCAACATATAACAAGGACACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATAAAGAATATACCCCAAAAATTTCCAACATATAACAAGGACACA  700

seq1  TGCTCTACTATGTCCATAGCAGCTTTATTCATAATAGCCAGAAGCTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTACTATGTCCATAGCAGCTTTATTCATAATAGCCAGAAGCTGGAA  750

seq1  ACAACCCAGATGTCCCTCAACAAAGGAATGAATACAGAAAATATGGTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCCAGATGTCCCTCAACAAAGGAATGAATACAGAAAATATGGTACA  800

seq1  TATTCACAATGGAGTACTACTGAGTGATTAAAAACAATGAATTTATGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACAATGGAGTACTACTGAGTGATTAAAAACAATGAATTTATGAAA  850

seq1  TCAACAGGCAAATGGATGGAAATAGAAAATATCATCCCAAACCCTGCACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGGCAAATGGATGGAAATAGAAAATATCATCCCAAACCCTGCACA  900

seq1  GAAGAACACACATGGTATGTACTTGCTGATTAGTGG-ATATAAGCCCAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAGAACACACATGGTATGTACTTGCTGATTAGTGGAATATAAGCCCAAA  950

seq1  ATGCCCATGGTTCAATCCACAGACCTTAT-AGAATTTACG-AGGAA-GGA  996
       |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||
seq2  TTGCCCATGGTTCAATCCACAGACCTTATAAGAATTTACGAAGGAAGGGA  1000

seq1  AGGTCAGAGGGT-GGATGCTTCAGT-CCTACCTT-GAGAAGAAG-AGAAC  1042
      |||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||||||| |||||
seq2  AGGTCAGAGGGTGGGATGCTCCAGTCCCTACCTTGGAGAAGAAGAAGAAC  1050

seq1  AGGATCATAACAGGAGGAGGAAGG-AGGAGAGGGGGACCTGG--GACAGA  1089
      ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||   | |||
seq2  AGGATCATAACAGGAGGAGGATGGAAGGAGAGGGGGACCTGGACTAAAGA  1100

seq1  GAGA  1093
      ||||
seq2  GAGA  1104


seq1: chr8_51700809_51701942
seq2: B6Ng01-174D03.g_69_1195 (reverse)

seq1  CCACAAGACCAAGGGCCGTCCCTCCCAATGA-TGCCAGATAAGGTCATCC  49
      |||||||||| ||||| ||||  |||||||| ||| |||| |||||||||
seq2  CCACAAGACC-AGGGCGGTCCTCCCCAATGATTGCAAGAT-AGGTCATCC  48

seq1  TCTGCTAC-ATATCCCTCTGGAGCTATGGCTTCCTCCATGTGTATTCTTT  98
      |||||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||
seq2  TCTGCTACAATATCCCTTCGGAGCTATGGCT--CTCCATGTGTA-TCTTT  95

seq1  TGTTGTTGGTTTAGTCCCTGGGAGGTCTGGGGAGTCTGGTTGGCTGATAT  148
      || || | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  TG-TGGTAGTTTAGT-CCTGGGAGGTCT-GGGAGTCTGGTTGGCTGATA-  141

seq1  TGTTACTCTTCTTGAGGGGTTGCAAACCCCATTAGCTCTTTCAGCCCTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTCTTCTTGAGGGGTTGCAAACCCCATTAGCTCTTTCAGCCCTTA  191

seq1  CTGTAACTCCTCCATTGGGGGTCCTGTGCTCAGCCTGATGGTTGGCTGTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTCCTCCATTGGGGGTCCTGTGCTCAG-CTGATGGTTGGCTGTC  240

seq1  AGCATCTGCATCTATATTAGTCAGGCTCTTGCAGAGCCTCTAAGGCAACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGCATCTATATTAGTCAGGCTCTTGCAGAGCCTCTAAGGCAACA  290

seq1  GCTCTACCAGACTCCTGGCAGC-AAGCTCTTCTTGGCATCAGCCAAAAAG  347
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACCAGACTCCTGGCAGCAAAGCTCTTCTTGGCATCAGCCAAAAAG  340

seq1  TCAGTAAAAATTCTTTTTGTGTTCAACATTTACTCAGAAGCTGTTGTCAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAAAATTCTTTTTGTGTTCAACATTTACTCAGAAGCTGTTGTCAA  390

seq1  TGAGGTGTGTGGAAAGACCTGGGTGCCTTATCTGAGAGCAGTAGGAAATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGTGTGGAAAGACCTGGGTGCCTTATCTGAGAGCAGTAGGAAATC  440

seq1  TTGGGACAAACATATGAAAGGAGATTCAGAACAACTTCATTTCTTCATTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACAAACATATGAAAGGAGATTCAGAACAACTTCATTTCTTCATTT  490

seq1  ACATTTTTCTTTCCCAAGGTCATGACCTATGTGATACAATTTATTTTCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTCTTTCCCAAGGTCATGACCTATGTGATACAATTTATTTTCTG  540

seq1  TATATTAAACTCATGTTGTGAGAATTCCTATACTCTGAGGATGTATTAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAACTCATGTTGTGAGAATTCCTATACTCTGAGGATGTATTAAT  590

seq1  TGTGGCATTCCAGACTTGTAGACATGAGATTCTTGTTTTCAAGGAATCAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCATTCCAGACTTGTAGACATGAGATTCTTGTTTTCAAGGAATCAA  640

seq1  CTTCTATCTCATCACTATAGGTGCATTGCTATTACTGTTTTTAAGGGAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATCTCATCACTATAGGTGCATTGCTATTACTGTTTTTAAGGGAGC  690

seq1  AAGAGAAGACACAGATGTCCACTATTCACAGTTTCCCTCTCATTTTAAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGACACAGATGTCCACTATTCACAGTTTCCCTCTCATTTTAAGA  740

seq1  ATTTATTCCCTTAAGAACATGAAGCAATCATCATCATCATGATTTGCATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCCCTTAAGAACATGAAGCAATCATCATCATCATGATTTGCATT  790

seq1  GTTTCTATGTTGTGAAATAGTTTTGCTCTCTGATGTAGTTACCTAGGCTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATGTTGTGAAATAGTTTTGCTCTCTGATGTAGTTACCTAGGCTT  840

seq1  CTTTGAGACCCTAGATGCATTACTTAGTTATAGAAAATATATGTGCCTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGACCCTAGATGCATTACTTAGTTATAGAAAATATATGTGCCTTA  890

seq1  TCTTTTATAAATGTTTTTGTTTTTAAAACTTTTAGTAAACCAAATCTAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTATAAATGTTTTTGTTTTTAAAACTTTTAGTAAACCAAATCTAAT  940

seq1  TTAATAATGTTTCCAATAAAAGCTCATATTTATTTTAATACATTTTCTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAATGTTTCCAATAAAAGCTCATATTTATTTTAATACATTTTCTTA  990

seq1  TAATTAGAAAATCATAATAAAAGTATAGTAGGAATAACTCCTCCCCTATT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGAAAATCATAATAAAAGTATAGTAGGAATAACTCCTCCCCTATT  1040

seq1  TTTCTTAGGAACTGATTACACTTTCAGGAAAACCTATTATTAAAGGACTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAGGAACTGATTACACTTTCAGGAAAACCTATTATTAAAGGACTT  1090

seq1  AGAATTACTAGGAACAAAATATCCTTAAGGAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTACTAGGAACAAAATATCCTTAAGGAGAATTC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |