BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177J06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 86,723,570 - 86,832,152
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZswim4, D8Ertd738e, 2410018C20Rik, Ccdc130
Upstream geneTbc1d9, Ucp1, Elmod2, 4933434I20Rik, Clgn, Scoc, LOC546077, LOC675854, Olfr370, Ndufb7, Gpsn2, Dnajb1, Gipc1, Ptger1, Pkn1, Ddx39, Cd97, EG384857, Lphn1, Asf1b, Prkaca, Samd1, 1700067K01Rik, 2210011C24Rik, 4432412L15Rik, Il27ra, Rln3, C330011M18Rik, Rfx1, BC057552, LOC100039920, Podnl1, Cc2d1a, 4930432K21Rik, Nanos3
Downstream geneCacna1a, Ier2, LOC100039975, Btbd14b, Trmt1, LOC100039997, Lyl1, Nfix, Dand5, Gadd45gip1, Rad23a, Calr, LOC546080, Farsa, Syce2, Gcdh, Klf1, Dnase2a, Mast1, Rtbdn, Rnaseh2a, LOC666841, Prdx2, Junb, Hook2, Best2, Asna1, 2310036O22Rik, Tnpo2, Fbxw9, EG436049, Dhps, 1500041N16Rik, BC056474, Man2b1, EG244556, EG624855, Olfr371, Vps35, Orc6l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177J06.bB6Ng01-177J06.g
ACCGA004807GA004808
length978702
definitionB6Ng01-177J06.b B6Ng01-177J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,831,182 - 86,832,152)(86,723,570 - 86,724,267)
sequence
gaattccaggtgcttgctgtagggagaagagaagttaaacttgtaatatg
gccatcaggctatgtgactatatcaagagtgatgaaggtgggagtcccaa
ggatagcactgtggcatcagacagggaggtgagcgagccttactcttgct
gtctcagaatgagattttcgggttttggacttgtcagggcctaagtcttg
ctccaggcatgctccctgacaaccattccacatctcgtgggtcagtttgt
atcacaattaagaaagcatactgtgcttccagagacctgagattggtatc
cagcatccctgtatcaggcagattaaagctatatgtaactccagctccag
gcctctgcaggcaccagacatgagcatacccgactatagctcagttggca
gaggccctgagttttcaacaataaccaggcatggtaccacaagtctgtca
tctcagtattgttcttgtgactttcctgtatgtctgaacacagcctaaat
gaaatgctagtaaaatgtcatacagtttattgctggggtttatgtgtttg
catgagtgtctgccactcatatgcaggtgcccttagaaggcagaagaagg
tgtccaatctcctggagctagagattccagtgaatggggtacagccaccc
agtagggatgctgagaacaggcaaatgtgcatactcacacctacaatccc
agctcttgtatagtgttttgcatgagaatgtcccccacaggctcctgtat
ttgaacacttagtctggtgttggtgctgatgtttggggagacccagaagt
gtggccttgctgaggaagtttcttcacttggaagtaggctttgagcattt
tacacttctctgctttggtgtcctggggttcaagaatggtgaacttttcg
gcttgcgattcggcacagtgcctgcctccatgtttgtccccaatcaaaca
tggccttctaacccttgtgaaccaaata
gaattctgtgccactccaaatcctcccctggggccccaacggggtgggcc
tcctttccctcctgccctaacctgtcagatcttgcactctgggccagcct
gcctgttgggccccacatgggaaggaagctgcagagtccccaagacttgg
gcctctgggctgatggcttggttcggcttcatcccacactcacaccaaag
ttcgagagagtgcagaactaaaccactagtcggttgggtccttagctgaa
gaagtgaccagaggtcacaggtccctccagtgctctacctggcatgtgct
gggtcacccctctcccctagtcttattcaaaggggaggtgtccccttctc
gcccacaggatggggactccgtggcagtatatggaaatgtttgggagtgg
ttggagaaaactgccccgagagcaatagccacccagttctgggaaggccc
agcccgtgctgtgcagaaagatggtgttcagtgtgggctggggtccaccc
gcctctgttctgccctgcagagggccaagtagcagttccaacatgcccaa
ggaggtttggcgtggccacagagggcaccctgcccctccttggctgggtt
tttgttcctggccccctacctgggcacaggccaggccttgaggcagggcc
ccgtcaggggtaacaattaccaccgtgttcctgatggtggaggggaggct
tt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_86831182_86832152
seq2: B6Ng01-177J06.b_42_1019 (reverse)

seq1  TATTTGGTTCCACAAGGGTTAGAA-GCCATG-ATGGCTGGGGAC-AACAT  47
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||
seq2  TATTTGGTT-CACAAGGGTTAGAAGGCCATGTTTGATTGGGGACAAACAT  49

seq1  GGAAGCAGGCATCGTGGCCGAATCCGCAAG-CGGAAAGTTCAC--ATCTT  94
      ||| |||||||  || ||||||| |||||| || |||||||||   ||||
seq2  GGAGGCAGGCACTGT-GCCGAAT-CGCAAGCCGAAAAGTTCACCATTCTT  97

seq1  GAACCCCA-GACA-CAAAGCAGAG-AGTGT-AAATGCTCAAAGCCTACTT  140
      |||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAACCCCAGGACACCAAAGCAGAGAAGTGTAAAATGCTCAAAGCCTACTT  147

seq1  CC-AGTG-AGATACTTCCTCAAGCAAGGCCACACCTTCTGGGTCTCCCCA  188
      || |||| ||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGAAGAAACTTCCTC-AGCAAGGCCACA-CTTCTGGGTCTCCCCA  195

seq1  AACATCAGCACCAACACCAGACTAAGTGTTCAAATACAGGAGCCTGTGGG  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAGCACCAACACCAGACTAAGTGTTCAAATACAGGAGCCTGTGGG  245

seq1  GGACATTCTCATGCAAAACACTATACAAGAGCTGGGATTGTAGGTGTGAG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTCTCATGCAAAACACTATACAAGAGCTGGGATTGTAGGTGTGAG  295

seq1  TATGCACATTTGCCTGTTCTCAGCATCCCTACTGGGTGGCTGTACCCCAT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACATTTGCCTGTTCTCAGCATCCCTACTGGGTGGCTGTACCCCAT  345

seq1  TCACTGGAATCTCTAGCTCCAGGAGATTGGACACCTTCTTCTGCCTTCTA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAATCTCTAGCTCCAGGAGATTGGACACCTTCTTCTGCCTTCTA  395

seq1  AGGGCACCTGCATATGAGTGGCAGACACTCATGCAAACACATAAACCCCA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACCTGCATATGAGTGGCAGACACTCATGCAAACACATAAACCCCA  445

seq1  GCAATAAACTGTATGACATTTTACTAGCATTTCATTTAGGCTGTGTTCAG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAAACTGTATGACATTTTACTAGCATTTCATTTAGGCTGTGTTCAG  495

seq1  ACATACAGGAAAGTCACAAGAACAATACTGAGATGACAGACTTGTGGTAC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGGAAAGTCACAAGAACAATACTGAGATGACAGACTTGTGGTAC  545

seq1  CATGCCTGGTTATTGTTGAAAACTCAGGGCCTCTGCCAACTGAGCTATAG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGGTTATTGTTGAAAACTCAGGGCCTCTGCCAACTGAGCTATAG  595

seq1  TCGGGTATGCTCATGTCTGGTGCCTGCAGAGGCCTGGAGCTGGAGTTACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGTATGCTCATGTCTGGTGCCTGCAGAGGCCTGGAGCTGGAGTTACA  645

seq1  TATAGCTTTAATCTGCCTGATACAGGGATGCTGGATACCAATCTCAGGTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTTAATCTGCCTGATACAGGGATGCTGGATACCAATCTCAGGTC  695

seq1  TCTGGAAGCACAGTATGCTTTCTTAATTGTGATACAAACTGACCCACGAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGCACAGTATGCTTTCTTAATTGTGATACAAACTGACCCACGAG  745

seq1  ATGTGGAATGGTTGTCAGGGAGCATGCCTGGAGCAAGACTTAGGCCCTGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAATGGTTGTCAGGGAGCATGCCTGGAGCAAGACTTAGGCCCTGA  795

seq1  CAAGTCCAAAACCCGAAAATCTCATTCTGAGACAGCAAGAGTAAGGCTCG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCAAAACCCGAAAATCTCATTCTGAGACAGCAAGAGTAAGGCTCG  845

seq1  CTCACCTCCCTGTCTGATGCCACAGTGCTATCCTTGGGACTCCCACCTTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCCCTGTCTGATGCCACAGTGCTATCCTTGGGACTCCCACCTTC  895

seq1  ATCACTCTTGATATAGTCACATAGCCTGATGGCCATATTACAAGTTTAAC  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCTTGATATAGTCACATAGCCTGATGGCCATATTACAAGTTTAAC  945

seq1  TTCTCTTCTCCCTACAGCAAGCACCTGGAATTC  971
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTCTCCCTACAGCAAGCACCTGGAATTC  978

seq1: chr8_86723570_86724267
seq2: B6Ng01-177J06.g_60_761

seq1  GAATTCTGTGCCACTCCAAATCCTCCCCTGGGGCCCCAACGGGGTGGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCCACTCCAAATCCTCCCCTGGGGCCCCAACGGGGTGGGCC  50

seq1  TCCTTTCCCTCCTGCCCTAACCTGTCAGATCTTGCACTCTGGGCCAGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCCTCCTGCCCTAACCTGTCAGATCTTGCACTCTGGGCCAGCCT  100

seq1  GCCTGTTGGGCCCCACATGGGAAGGAAGCTGCAGAGTCCCCAAGACTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTGGGCCCCACATGGGAAGGAAGCTGCAGAGTCCCCAAGACTTGG  150

seq1  GCCTCTGGGCTGATGGCTTGGTTCGGCTTCATCCCACACTCACACCAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGGGCTGATGGCTTGGTTCGGCTTCATCCCACACTCACACCAAAG  200

seq1  TTCGAGAGAGTGCAGAACTAAACCACTAGTCGGTTGGGTCCTTAGCTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGAGAGTGCAGAACTAAACCACTAGTCGGTTGGGTCCTTAGCTGAA  250

seq1  GAAGTGACCAGAGGTCACAGGTCCCTCCAGTGCTCTACCTGGCATGTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGACCAGAGGTCACAGGTCCCTCCAGTGCTCTACCTGGCATGTGCT  300

seq1  GGGTCACCCCTCTCCCCTAGTCTTATTCAAAGGGGAGGTGTCCCCTTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCACCCCTCTCCCCTAGTCTTATTCAAAGGGGAGGTGTCCCCTTCTC  350

seq1  GCCCACAGGATGGGGACTCCGTGGCAGTATATGGAAATG-TTGGGAGTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCCCACAGGATGGGGACTCCGTGGCAGTATATGGAAATGTTTGGGAGTGG  400

seq1  TTGGAGAAAACTGCCCCGAGAGCAATAGCCACCCAGTTCTGGGAAGGCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGAAAACTGCCCCGAGAGCAATAGCCACCCAGTTCTGGGAAGGCCC  450

seq1  AGCCCGTGCTGTGCAGAAAGATGGTGTTCAGTGTGGGCTGGGGTCCACCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCGTGCTGTGCAGAAAGATGGTGTTCAGTGTGGGCTGGGGTCCACCC  500

seq1  GCCTCTGTTCTGCCCTGCAGAGGGCCAAGTAGCAG-TCCAACATGCCCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCTCTGTTCTGCCCTGCAGAGGGCCAAGTAGCAGTTCCAACATGCCCAA  550

seq1  GGAGG-TTGGCGTGGCCACAGAGGGCACCCTGCCCCTCCTTGGCTGGG-T  596
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAGGTTTGGCGTGGCCACAGAGGGCACCCTGCCCCTCCTTGGCTGGGTT  600

seq1  TTTGTTCCTGGCCCCCTACCTGGGCACCAGGCCAGGCCCTGAGGCAGGGC  646
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGTTCCTGGCCCCCTACCTGGGCA-CAGGCCAGGCCTTGAGGCAGGGC  649

seq1  CCCGTCCAGGGGAACAA-TACCACCGTGTTCCTGATGGTGGAGGGGAGGC  695
      ||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCAGGGGTAACAATTACCACCGTGTTCCTGATGGTGGAGGGGAGGC  699

seq1  CTT  698
       ||
seq2  TTT  702