BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-178E05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,221,845 - 6,349,511
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC623409, LOC669429, LOC100040360
Downstream geneEG665127, EG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-178E05.bB6Ng01-178E05.g
ACCGA005305GA005306
length1,206442
definitionB6Ng01-178E05.b B6Ng01-178E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,348,298 - 6,349,511)(6,221,845 - 6,222,292)
sequence
gaattctctgtgacatacatggagggtgacttataaattataaataagta
caattttactcatggtcttggcatacttatctttaacaaagcatgaataa
acgtgatacctatcttcccaaaggtaaataaaccacaatatgaaaacaaa
agtagctggctctcttacgtgagtaaaacctgattctccctagaattgct
cccaaacttgtgtcactgatgaccacggtgaccgtggtgatctgacactt
tctcactccattgggctttcttacatcacctccagcctgatagtcagtgg
tagtcggaataacatgtcccaatggtatcagactcttgccatattcaatt
ctgatttgactttatgcgtgatcactatgatatcattctctaagttagcc
ttctctctttttctgtaaaaaattgctctgggagcttgggagttgagttt
gcccagagctggagaaagcctaaagctagcaatattccacaagtgcatta
ctgtgtgagaatcccctataacaaataaaacactccctacataacaaaga
tttccaaattcttgccaaaggcatctttagcataagctgtaatcaataaa
actattgttaaatacagaaaaatcattaggaatgttgttaatagatataa
tatgattcattcaaaatggaagcatcattctatttttattgatgcctcca
cactattttctgtaacagatgttttagagaaaatatattttataaagtga
aacatgaaattttatgcacataatcaatctcattttatagataaggaata
agtcaaagtgaagacgtttggtcttttctgtagcattccagtgtgcagag
acataagaacataaaaataagaaagtctgcatatggcatcatgaaatata
tcagctagcaagtggaaagtctctgtctagcattttcacgtgacctttgg
aacattatatgactcacataattccagaactctatttgtaaattcagtat
tccatatttctccaaattatctctcactcttcttcatctgaaaacacagc
attcttttcttaattgtattgttgttgaccttttctatgggtgaaatagt
gatgttcacttaagagagagaagctaagacacaaagtctcaatagtgctt
aaacaagtaaaggcatcggacaactcaggtcctagctgctcaatgggatt
gtaagc

tgccttttgccctctgagttttctgcttcctaaattttagtaaaagtgta
ttagatggctttaattgtttatgcaactttatctttattctcaaattaaa
ataactgtgggagcataaattgtgaggactgttatacgaatacaaaattt
cctacatgtaataataaagctatttgtgtaagcatcatgaaaacattgcc
attcttcctgtctgataaagttcctattgatgaagggaaaagaaaacata
cttttcatttgacacaacaataaactacaaataagttgcttttaatatgt
tatcttaactatgtatgcaagaatatctgtaagggttctataagaagatg
taaagaacaagcagatctgaactggttctatggagcaactgggttgttga
acaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6348298_6349511
seq2: B6Ng01-178E05.b_45_1250 (reverse)

seq1  GCTTACACATATCACATTGAAGCAAGCTAGCGACCCTGAAGTTGGTCCGA  50
      |||||||   ||| ||||| ||| |||||| || |||| |||| ||||||
seq2  GCTTACA---ATCCCATTG-AGC-AGCTAG-GA-CCTG-AGTT-GTCCGA  41

seq1  TGCCTTTAACTTGTTTAAGCACTATTGAGACTTTGTG-CTTAGCTTCTCT  99
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCCTTT-ACTTGTTTAAGCACTATTGAGACTTTGTGTCTTAGCTTCTCT  90

seq1  CT-TTAAGTG-ACATCACTATTTCA-CCATAGAAAAGGTCAACAACAATA  146
      || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAGTGAACATCACTATTTCACCCATAGAAAAGGTCAACAACAATA  140

seq1  CAATTTTAAGGAAAAGAATGCTGTGTTATCAGATGAAG-AGAGTGGAGAG  195
      |||||   | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||
seq2  CAATT---AAGAAAAGAATGCTGTGTTTTCAGATGAAGAAGAGT-GAGAG  186

seq1  ATAATTTGGAG-AATATGGAATACTGAATTTACAAATAGAGTTCTGGAAT  244
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGGAGAAATATGGAATACTGAATTTACAAATAGAGTTCTGGAAT  236

seq1  TATGTGAGTCATATAATGTTCCAAAGGTCACGTGAAAATGCTAGACAGAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAGTCATATAATGTTCCAAAGGTCACGTGAAAATGCTAGACAGAG  286

seq1  ACTTTCCACTTGCTAGCTGATATATTTCATGATGCCATATGCAGACTTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCACTTGCTAGCTGATATATTTCATGATGCCATATGCAGACTTTC  336

seq1  TTATTTTTATGTTCTTATGTCTCTGCACACTGGAATGCTACAGAAAAGAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTATGTTCTTATGTCTCTGCACACTGGAATGCTACAGAAAAGAC  386

seq1  CAAACGTCTTCACTTTGACTTATTCCTTATCTATAAAATGAGATTGATTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGTCTTCACTTTGACTTATTCCTTATCTATAAAATGAGATTGATTA  436

seq1  TGTGCATAAAATTTCATGTTTCACTTTATAAAATATATTTTCTCTAAAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATAAAATTTCATGTTTCACTTTATAAAATATATTTTCTCTAAAAC  486

seq1  ATCTGTTACAGAAAATAGTGTGGAGGCATCAATAAAAATAGAATGATGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTACAGAAAATAGTGTGGAGGCATCAATAAAAATAGAATGATGCT  536

seq1  TCCATTTTGAATGAATCATATTATATCTATTAACAACATTCCTAATGATT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTGAATGAATCATATTATATCTATTAACAACATTCCTAATGATT  586

seq1  TTTCTGTATTTAACAATAGTTTTATTGATTACAGCTTATGCTAAAGATGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTATTTAACAATAGTTTTATTGATTACAGCTTATGCTAAAGATGC  636

seq1  CTTTGGCAAGAATTTGGAAATCTTTGTTATGTAGGGAGTGTTTTATTTGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCAAGAATTTGGAAATCTTTGTTATGTAGGGAGTGTTTTATTTGT  686

seq1  TATAGGGGATTCTCACACAGTAATGCACTTGTGGAATATTGCTAGCTTTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGGATTCTCACACAGTAATGCACTTGTGGAATATTGCTAGCTTTA  736

seq1  GGCTTTCTCCAGCTCTGGGCAAACTCAACTCCCAAGCTCCCAGAGCAATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCTCCAGCTCTGGGCAAACTCAACTCCCAAGCTCCCAGAGCAATT  786

seq1  TTTTACAGAAAAAGAGAGAAGGCTAACTTAGAGAATGATATCATAGTGAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACAGAAAAAGAGAGAAGGCTAACTTAGAGAATGATATCATAGTGAT  836

seq1  CACGCATAAAGTCAAATCAGAATTGAATATGGCAAGAGTCTGATACCATT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCATAAAGTCAAATCAGAATTGAATATGGCAAGAGTCTGATACCATT  886

seq1  GGGACATGTTATTCCGACTACCACTGACTATCAGGCTGGAGGTGATGTAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATGTTATTCCGACTACCACTGACTATCAGGCTGGAGGTGATGTAA  936

seq1  GAAAGCCCAATGGAGTGAGAAAGTGTCAGATCACCACGGTCACCGTGGTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCCAATGGAGTGAGAAAGTGTCAGATCACCACGGTCACCGTGGTC  986

seq1  ATCAGTGACACAAGTTTGGGAGCAATTCTAGGGAGAATCAGGTTTTACTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGACACAAGTTTGGGAGCAATTCTAGGGAGAATCAGGTTTTACTC  1036

seq1  ACGTAAGAGAGCCAGCTACTTTTGTTTTCATATTGTGGTTTATTTACCTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAAGAGAGCCAGCTACTTTTGTTTTCATATTGTGGTTTATTTACCTT  1086

seq1  TGGGAAGATAGGTATCACGTTTATTCATGCTTTGTTAAAGATAAGTATGC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGATAGGTATCACGTTTATTCATGCTTTGTTAAAGATAAGTATGC  1136

seq1  CAAGACCATGAGTAAAATTGTACTTATTTATAATTTATAAGTCACCCTCC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACCATGAGTAAAATTGTACTTATTTATAATTTATAAGTCACCCTCC  1186

seq1  ATGTATGTCACAGAGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTCACAGAGAATTC  1206


seq1: chr8_6221845_6222292
seq2: B6Ng01-178E05.g_65_512

seq1  GAATTCTGCCTTTTGCCCTCTGAGTTTTCTGCTTCCTAAATTTTAGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTTTTGCCCTCTGAGTTTTCTGCTTCCTAAATTTTAGTAAA  50

seq1  AGTGTATTAGATGGCTTTAATTGTTTATGCAACTTTATCTTTATTCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTAGATGGCTTTAATTGTTTATGCAACTTTATCTTTATTCTCAA  100

seq1  ATTAAAATAACTGTGGGAGCATAAATTGTGAGGACTGTTATACGAATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATAACTGTGGGAGCATAAATTGTGAGGACTGTTATACGAATACA  150

seq1  AAATTTCCTACATGTAATAATAAAGCTATTTGTGTAAGCATCATGAAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCTACATGTAATAATAAAGCTATTTGTGTAAGCATCATGAAAAC  200

seq1  ATTGCCATTCTTCCTGTCTGATAAAGTTCCTATTGATGAAGGGAAAAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCATTCTTCCTGTCTGATAAAGTTCCTATTGATGAAGGGAAAAGAA  250

seq1  AACATACTTTTCATTTGACACAACAATAAACTACAAATAAGTTGCTTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTTTTCATTTGACACAACAATAAACTACAAATAAGTTGCTTTTA  300

seq1  ATATGTTATCTTAACTATGTATGCAAGAATATCTGTAAGGGTTCTATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTATCTTAACTATGTATGCAAGAATATCTGTAAGGGTTCTATAAG  350

seq1  AAGATGTAAAGAACAAGCAGATCTGAACTGGTTCTATGGAGCAACTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTAAAGAACAAGCAGATCTGAACTGGTTCTATGGAGCAACTGGGT  400

seq1  TGTTGAACAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAACAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  448


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |