BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181F20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 77,145,729 - 77,288,460
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCrry-ps, LOC666146
Downstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229, 1700007B14Rik, LOC666036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181F20.bB6Ng01-181F20.g
ACCGA007544GA007545
length1,125976
definitionB6Ng01-181F20.b B6Ng01-181F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,287,344 - 77,288,460)(77,145,729 - 77,146,696)
sequence
gaattccatcaagatgtacaatattaattaaacatgaggcaaaacttaac
aaaactgttggctgtgaccttgacaatatcttggtgtaccctggaagtgt
gagaactctgtccatcagaaagacaccccagtgaggatgggaagagcagg
tgcagggagctgatagaaagctcatctggtggggagtggacagaggggaa
gcagggtaaggactgcctggatcttagttcctcctggtttcattgcactc
tctgggaagagggctagcttttttggaagcagtttgtttatttttcgaaa
gtggattcacttatcagttcacagacttggtgttcaaaaatgaatgacaa
taaattgtacggtttgatttaactgagcactttctatgtgccttatcctt
ttgggaatttcatagatactgagcctcgtcatgaacaataccttcctatg
aagttaatcataaataccatcctcatttttgatatgaggaaattgaggtt
gaaaacactaagcaacttggtctggttcatacaggaagtaagtgcaaggt
atatagctgcagtcttaaatctttgcctacagggccacaaagctgactca
ttacctcatcagcagagcgttgcaaacctaggcctatgtaactatgcagc
tttctggccacttagagcatgtggccaagaagccaatctcagtaggagtg
cagtctgatctgaggttttcaagctttgtgctagcaatctgtaggctttt
agcagaacatgtgaggaaggacatctgggttgtagtctgtaacctgtccc
tgacagactgtgtcacattggggaaatcatcttcctcctatagatgggaa
actgcaggaagtgctatggtacccaaatagtacagtgtggatcaagatac
cttactacatagcgatgtttgaaaagctgcaacctttttattcccccttt
atactccttgtcttgtatatttaacattttatctatttagaaaattatcc
ttgtgtgcattatggactatggagtgaaacttatttttaggtctagagaa
aaaagtatcagaaagtaagttttttgactttccttaagagacattaggga
ttggactaagtggccaggagcttca

gaattctcagagtctagaaagatgaatttgttggtaaaaaatatttacct
tgcaagtgtgaggacctgagttagaatcccctggacccatgtaaagagcc
aggtatggtgttatttttatagtcatagtggtattgagatgatgggcata
gacaggcagatctctgagacttagtggccacctatgttctcataattttt
aatgcttgcagtatcatgtctgataccagtaaaatgttaataaacccagt
gaatgaatgaatgaatgaatgagtaaaggtaaactaaaactcatgtttat
tatatataaggaagtactaactcactgccaaaggtattattggaaatatt
taacctgtctttttctgatctgtatgtgtggcattcatacgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtttgcatgttcataggtgggtgaccta
cttagaaaagttctaagtgtgtgaaagaccctttctcaaatagaaaggta
gaaaatacatgagaaatgacactcaaggttgttcccccctttcttccttt
tcctctcccaccttccacgctctctcttacacatgcatgctcccacacac
atgtacccatacctacacccacatacacacacatataatacacacacata
cacacctctaggcacaatacacatatacatatacataaataccacagata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatgca
acaaaagggtcatggctttccatagacttctttggcagtgagctactatt
tcgctgcaattattaatgaaggtgattttttagtccatcattaactcact
cattcttggatttattaaaacattatgcggtatggcagggaggtagtaat
agatcatttaggaaccagagatcaaaagctaaaattctacaataaagtgt
caatgggaaaaagggcttatactaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_77287344_77288460
seq2: B6Ng01-181F20.b_47_1171 (reverse)

seq1  TGAAGCT-CTGGCACCTTAGTTC-ATCCCTAATGTCTC-TAAGG-AAGTC  46
      ||||||| |||||  |||||| | |||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TGAAGCTCCTGGCCACTTAGTCCAATCCCTAATGTCTCTTAAGGAAAGTC  50

seq1  -AAAAACTTACTTTCCTGATACTTTTTTCTCTAGACCT-AAAATAGTTTT  94
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  AAAAAACTTACTTT-CTGATACTTTTTTCTCTAGACCTAAAAATAAGTTT  99

seq1  CACTCCATAGT-CATAATGCACACAAGGATAATTTTCTAAATAGAT-AAA  142
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACTCCATAGTCCATAATGCACACAAGGATAATTTTCTAAATAGATAAAA  149

seq1  TGTTAAATATACAAGACAAGGAGTATTAAAGGGGGAAT-AAAAGGTTGCA  191
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTTAAATATACAAGACAAGGAGTA-TAAAGGGGGAATAAAAAGGTTGCA  198

seq1  GCTTTTCAAACATCGCTATGTAGT-AGGTATCTTGATCCACACTGTACTA  240
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCAAACATCGCTATGTAGTAAGGTATCTTGATCCACACTGTACTA  248

seq1  TTTGGGTACCATAGCACTTCCTGCAGTTTCCCATCTATAGGAGGAAGATG  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGTACCATAGCACTTCCTGCAGTTTCCCATCTATAGGAGGAAGATG  298

seq1  ATTTCCCCAATGTGACACAGTCTGTCAGGGACAGGTTACAGACTACAACC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCAATGTGACACAGTCTGTCAGGGACAGGTTACAGACTACAACC  348

seq1  CAGATGTCCTTCCTCACATGTTCTGCTAAAAGCCTACAGATTGCTAGCAC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTCCTTCCTCACATGTTCTGCTAAAAGCCTACAGATTGCTAGCAC  398

seq1  AAAGCTTGAAAACCTCAGATCAGACTGCACTCCTACTGAGATTGGCTTCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGAAAACCTCAGATCAGACTGCACTCCTACTGAGATTGGCTTCT  448

seq1  TGGCCACATGCTCTAAGTGGCCAGAAAGCTGCATAGTTACATAGGCCTAG  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACATGCTCTAAGTGGCCAGAAAGCTGCATAGTTACATAGGCCTAG  498

seq1  GTTTGCAACGCTCTGCTGATGAGGTAATGAGTCAGCTTTGTGGCCCTGTA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAACGCTCTGCTGATGAGGTAATGAGTCAGCTTTGTGGCCCTGTA  548

seq1  GGCAAAGATTTAAGACTGCAGCTATATACCTTGCACTTACTTCCTGTATG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGATTTAAGACTGCAGCTATATACCTTGCACTTACTTCCTGTATG  598

seq1  AACCAGACCAAGTTGCTTAGTGTTTTCAACCTCAATTTCCTCATATCAAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGACCAAGTTGCTTAGTGTTTTCAACCTCAATTTCCTCATATCAAA  648

seq1  AATGAGGATGGTATTTATGATTAACTTCATAGGAAGGTATTGTTCATGAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGATGGTATTTATGATTAACTTCATAGGAAGGTATTGTTCATGAC  698

seq1  GAGGCTCAGTATCTATGAAATTCCCAAAAGGATAAGGCACATAGAAAGTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCAGTATCTATGAAATTCCCAAAAGGATAAGGCACATAGAAAGTG  748

seq1  CTCAGTTAAATCAAACCGTACAATTTATTGTCATTCATTTTTGAACACCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTAAATCAAACCGTACAATTTATTGTCATTCATTTTTGAACACCA  798

seq1  AGTCTGTGAACTGATAAGTGAATCCACTTTCGAAAAATAAACAAACTGCT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTGAACTGATAAGTGAATCCACTTTCGAAAAATAAACAAACTGCT  848

seq1  TCCAAAAAAGCTAGCCCTCTTCCCAGAGAGTGCAATGAAACCAGGAGGAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAAAGCTAGCCCTCTTCCCAGAGAGTGCAATGAAACCAGGAGGAA  898

seq1  CTAAGATCCAGGCAGTCCTTACCCTGCTTCCCCTCTGTCCACTCCCCACC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATCCAGGCAGTCCTTACCCTGCTTCCCCTCTGTCCACTCCCCACC  948

seq1  AGATGAGCTTTCTATCAGCTCCCTGCACCTGCTCTTCCCATCCTCACTGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGCTTTCTATCAGCTCCCTGCACCTGCTCTTCCCATCCTCACTGG  998

seq1  GGTGTCTTTCTGATGGACAGAGTTCTCACACTTCCAGGGTACACCAAGAT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTTTCTGATGGACAGAGTTCTCACACTTCCAGGGTACACCAAGAT  1048

seq1  ATTGTCAAGGTCACAGCCAACAGTTTTGTTAAGTTTTGCCTCATGTTTAA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAAGGTCACAGCCAACAGTTTTGTTAAGTTTTGCCTCATGTTTAA  1098

seq1  TTAATATTGTACATCTTGATGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTGTACATCTTGATGGAATTC  1125


seq1: chr8_77145729_77146696
seq2: B6Ng01-181F20.g_68_1043

seq1  GAATTCTCAGAGTCTAGAAAGATGAATTTGTTGGTAAAAAATATTTACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGAGTCTAGAAAGATGAATTTGTTGGTAAAAAATATTTACCT  50

seq1  TGCAAGTGTGAGGACCTGAGTTAGAATCCCCTGGACCCATGTAAAGAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGTGAGGACCTGAGTTAGAATCCCCTGGACCCATGTAAAGAGCC  100

seq1  AGGTATGGTGTTATTTTTATAGTCATAGTGGTATTGAGATGATGGGCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGGTGTTATTTTTATAGTCATAGTGGTATTGAGATGATGGGCATA  150

seq1  GACAGGCAGATCTCTGAGACTTAGTGGCCACCTATGTTCTCATAATTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCAGATCTCTGAGACTTAGTGGCCACCTATGTTCTCATAATTTTT  200

seq1  AATGCTTGCAGTATCATGTCTGATACCAGTAAAATGTTAATAAACCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGCAGTATCATGTCTGATACCAGTAAAATGTTAATAAACCCAGT  250

seq1  GAATGAATGAATGAATGAATGAGTAAAGGTAAACTAAAACTCATGTTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATGAATGAATGAATGAGTAAAGGTAAACTAAAACTCATGTTTAT  300

seq1  TATATATAAGGAAGTACTAACTCACTGCCAAAGGTATTATTGGAAATATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAAGGAAGTACTAACTCACTGCCAAAGGTATTATTGGAAATATT  350

seq1  TAACCTGTCTTTTTCTGATCTGTATGTGTGGCATTCATACGTGTGTGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTCTTTTTCTGATCTGTATGTGTGGCATTCATACGTGTGTGTGT  400

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTTTGCATGTTCATAGGTGGGTGACCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTTTGCATGTTCATAGGTGGGTGACCTA  450

seq1  CTTAGAAAAGTTCTAAGTGTGTGAAAGACCCTTTCTCAAATAGAAAGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAAAGTTCTAAGTGTGTGAAAGACCCTTTCTCAAATAGAAAGGTA  500

seq1  GAAAATACATGAGAAATGACACTCAAGGTTGTTCCCCCCTTTCTTCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACATGAGAAATGACACTCAAGGTTGTTCCCCCCTTTCTTCCTTT  550

seq1  TCCTCTCCCACCTTCCACGCTCTCTCTTACACATGCATGCTCCCACACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCCCACCTTCCACGCTCTCTCTTACACATGCATGCTCCCACACAC  600

seq1  ATGTACCCATACCTACACCCACATACACACACATATAATACACACACATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACCCATACCTACACCCACATACACACACATATAATACACACACATA  650

seq1  CACACCTCTAGGCACAATACACATATACATATACATAAATACCACAGATA  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  CACACCTCTAGGCACAATACACATATACATATACATAAATACCACAG--A  698

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATG  748

seq1  CAACAAAAGGGTCATGGCTTTCCATAGAC-TCTTTGGCAGTGAGCTACTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAGGGTCATGGCTTTCCATAGACTTCTTTGGCAGTGAGCTACTA  798

seq1  TTTCCCTGCAATTATT-ATGAATGTGA-TTTTTAGTCCATCATTAACTCA  847
      |||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGCTGCAATTATTAATGAAGGTGATTTTTTAGTCCATCATTAACTCA  848

seq1  CTCATTTCTTGGATTTATT-AAACATGATGCAGTAT-GCA-GGAGGTAGT  894
      |||| |||||||||||||| |||||| |||| |||| ||| |||||||||
seq2  CTCA-TTCTTGGATTTATTAAAACATTATGCGGTATGGCAGGGAGGTAGT  897

seq1  AA-AGATCA-TTAGGACCTAGAGATCAAAAAGCTAAAATTCTAC-ATAAA  941
      || |||||| |||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  AATAGATCATTTAGGAACCAGAGATC-AAAAGCTAAAATTCTACAATAAA  946

seq1  GTG-CAGTGTG-AAAAGGGC-TATACTAAA  968
      ||| || || | |||||||| |||||||||
seq2  GTGTCAATGGGAAAAAGGGCTTATACTAAA  976


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |