BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185J03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 116,620,553 - 116,759,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNudt7, AI427515
Upstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
Downstream geneClec3a, Wwox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185J03.bB6Ng01-185J03.g
ACCGA010645GA010646
length812926
definitionB6Ng01-185J03.b B6Ng01-185J03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,620,553 - 116,621,364)(116,758,348 - 116,759,267)
sequence
gaattcttccatgcccttgccacctctgagaccgtgggtcagtgtaaatc
cttcgtgtctccagttgttctatcacatacgccgtcacagtgacaaggaa
gacaatacaggcaatatggaggatgtacaccatgctttagccagctccta
atattcctctcttgaactaccaccaagaaaaactccagatatatcaatag
taattcgaagaaatattttccagttcctaaaccagctataacatttccca
ccttcttatgctttccaataaatctaaccttcagctagtttattgagaac
cataaatgtgtatgtatgtgtgtgttaggattgaaaccatatgcaaattt
catcttattttgtattctttagatttcctccatgtttgtaacttgatatg
ttcaaatagtagtattggcttaagaacctgttcagaccatacttcaaaat
acatagtttgtattacctttcccaagatggcattgttaggtgtttaaaat
agcctttgaactgagaacatctgagagaagaccccaagacattctacaca
tgggtagtgtataagcaaaacctggatgttaagcacctagatgctaggct
ggagacatggctcagaggttaagagcattggttgctcttccagaggtcct
gagttcaattcccagcatctacatggtgtcttacaaccatctgtaatggg
atctgatgccctcttctggtgtgtctgaagacagctacagggtactcata
tacataaaataaataaataattcttttaaaaagaaagaaaaaaggaggaa
ggaagggaggga

gaattccaagaacagatgatagaatggtgaatgaatgacaatccacactc
ctcaattgttaattttctctgaaaaactgcaggtggcaaatactttgagt
ggcagggcttaaggaggtaattctatctggaaggaatatcttagtagaaa
ataagctcttaagttggtggcatgagaataggggtgcttcagacattatt
ccaaaagagtaaagatcatgttttgctgtatgaaagggttggtgttgtcc
aagagattccatagtagtctgcttcctaaaaccatagtagctctgtgtac
tggggttaaggtggctatccccccagtctataaattcagtgtctataaag
acttaccaaggtaccctggcacctatcagacctgggttaagaggagctca
attagatatgtcatgggatctatagaggcgtgaacctcatttatagtgct
cctcacatctctgtcccagaatcgatgcatccctgcaagaactggaatag
ctcaattcaggagagatatctgagtcaccaaaccctggtagacttaccag
caataggaacaacgtggagcaggtctacttcctccgagagagcaattaat
ccccacagtgatctgatggctggacacagaggaatatctgatacctccat
ctttcccttttctcaggagatttggcttacacacacacacaggttctcct
gtctctgactcctctctggtctagacggtgagaggtccttgatcaaactt
tatctgtgggctctggttcaaacttgactttttttttcttccttctctca
agcctgtaagtactcccagactcactgaatatctggatagaagaagatct
ccactttagtggacagatttagatttcaagtttaacataaatatattttg
ataattttggggggtggggaaggttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_116620553_116621364
seq2: B6Ng01-185J03.b_41_852

seq1  GAATTCTTCCATGCCCTTGCCACCTCTGAGACCGTGGGTCAGTGTAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCATGCCCTTGCCACCTCTGAGACCGTGGGTCAGTGTAAATC  50

seq1  CTTCGTGTCTCCAGTTGTTCTATCACATACGCCGTCACAGTGACAAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTGTCTCCAGTTGTTCTATCACATACGCCGTCACAGTGACAAGGAA  100

seq1  GACAATACAGGCAATATGGAGGATGTACACCATGCTTTAGCCAGCTCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATACAGGCAATATGGAGGATGTACACCATGCTTTAGCCAGCTCCTA  150

seq1  ATATTCCTCTCTTGAACTACCACCAAGAAAAACTCCAGATATATCAATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTCTCTTGAACTACCACCAAGAAAAACTCCAGATATATCAATAG  200

seq1  TAATTCGAAGAAATATTTTCCAGTTCCTAAACCAGCTATAACATTTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCGAAGAAATATTTTCCAGTTCCTAAACCAGCTATAACATTTCCCA  250

seq1  CCTTCTTATGCTTTCCAATAAATCTAACCTTCAGCTAGTTTATTGAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTATGCTTTCCAATAAATCTAACCTTCAGCTAGTTTATTGAGAAC  300

seq1  CATAAATGTGTATGTATGTGTGTGTTAGGATTGAAACCATATGCAAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATGTGTATGTATGTGTGTGTTAGGATTGAAACCATATGCAAATTT  350

seq1  CATCTTATTTTGTATTCTTTAGATTTCCTCCATGTTTGTAACTTGATATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTATTTTGTATTCTTTAGATTTCCTCCATGTTTGTAACTTGATATG  400

seq1  TTCAAATAGTAGTATTGGCTTAAGAACCTGTTCAGACCATACTTCAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATAGTAGTATTGGCTTAAGAACCTGTTCAGACCATACTTCAAAAT  450

seq1  ACATAGTTTGTATTACCTTTCCCAAGATGGCATTGTTAGGTGTTTAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTTTGTATTACCTTTCCCAAGATGGCATTGTTAGGTGTTTAAAAT  500

seq1  AGCCTTTGAACTGAGAACATCTGAGAGAAGACCCCAAGACATTCTACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGAACTGAGAACATCTGAGAGAAGACCCCAAGACATTCTACACA  550

seq1  TGGGTAGTGTATAAGCAAAACCTGGATGTTAAGCACCTAGATGCTAGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGTGTATAAGCAAAACCTGGATGTTAAGCACCTAGATGCTAGGCT  600

seq1  GGAGACATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATTGGTTGCTCTTCCAGAGGTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACATGGCTCAGAGGTTAAGAGCATTGGTTGCTCTTCCAGAGGTCCT  650

seq1  GAGTTCAATTCCCAGCATCTACATGGTGTCTTACAACCATCTGTAATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATTCCCAGCATCTACATGGTGTCTTACAACCATCTGTAATGGG  700

seq1  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGGGTACTCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGGGTACTCATA  750

seq1  TACATAAAATAAATAAATAATTCTTTTAAAAAGAAAGAAAAAAGGAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAAATAAATAAATAATTCTTTTAAAAAGAAAGAAAAAAGGAGGAA  800

seq1  GGAAGGGAGGGA  812
      ||||||||||||
seq2  GGAAGGGAGGGA  812


seq1: chr8_116758348_116759267
seq2: B6Ng01-185J03.g_67_992 (reverse)

seq1  GAACCT--CCCACCCCCCAAAATTATC-AAATATATTTATGTTTAAACTT  47
      ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GAACCTTCCCCACCCCCCAAAATTATCAAAATATATTTATG-TTAAACTT  49

seq1  GAAATCTAAATCTGTCCACTAAAGTGGAGATCTTCTTCTATCCAG-TATT  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAATCTAAATCTGTCCACTAAAGTGGAGATCTTCTTCTATCCAGATATT  99

seq1  CAGTGAGTCTGGGAGTACTTACAGGCTTGAGAGAAGG-AGAAAAAAAAAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAGTGAGTCTGGGAGTACTTACAGGCTTGAGAGAAGGAAGAAAAAAAAAG  149

seq1  TCAAGTTTGAACCAGAG-CCACAGAT-AAGTTTGATCAAGGACCTCTCAC  193
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTGAACCAGAGCCCACAGATAAAGTTTGATCAAGGACCTCTCAC  199

seq1  CGTCTAGACCAGAGAGGAGTCAGAGACAGGAGAACCTGTGTGTGTGTGTA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTAGACCAGAGAGGAGTCAGAGACAGGAGAACCTGTGTGTGTGTGTA  249

seq1  AGCCAAATCTCCTGAGAAAAGGGAAAGATGGAGGTATCAGATATTCCTCT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAATCTCCTGAGAAAAGGGAAAGATGGAGGTATCAGATATTCCTCT  299

seq1  GTGTCCAGCCATCAGATCACTGTGGGGATTAATTGCTCTCTCGGAGGAAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAGCCATCAGATCACTGTGGGGATTAATTGCTCTCTCGGAGGAAG  349

seq1  TAGACCTGCTCCACGTTGTTCCTATTGCTGGTAAGTCTACCAGGGTTTGG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTGCTCCACGTTGTTCCTATTGCTGGTAAGTCTACCAGGGTTTGG  399

seq1  TGACTCAGATATCTCTCCTGAATTGAGCTATTCCAGTTCTTGCAGGGATG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGATATCTCTCCTGAATTGAGCTATTCCAGTTCTTGCAGGGATG  449

seq1  CATCGATTCTGGGACAGAGATGTGAGGAGCACTATAAATGAGGTTCACGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGATTCTGGGACAGAGATGTGAGGAGCACTATAAATGAGGTTCACGC  499

seq1  CTCTATAGATCCCATGACATATCTAATTGAGCTCCTCTTAACCCAGGTCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAGATCCCATGACATATCTAATTGAGCTCCTCTTAACCCAGGTCT  549

seq1  GATAGGTGCCAGGGTACCTTGGTAAGTCTTTATAGACACTGAATTTATAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTGCCAGGGTACCTTGGTAAGTCTTTATAGACACTGAATTTATAG  599

seq1  ACTGGGGGGATAGCCACCTTAACCCCAGTACACAGAGCTACTATGGTTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGGGATAGCCACCTTAACCCCAGTACACAGAGCTACTATGGTTTT  649

seq1  AGGAAGCAGACTACTATGGAATCTCTTGGACAACACCAACCCTTTCATAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGACTACTATGGAATCTCTTGGACAACACCAACCCTTTCATAC  699

seq1  AGCAAAACATGATCTTTACTCTTTTGGAATAATGTCTGAAGCACCCCTAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAACATGATCTTTACTCTTTTGGAATAATGTCTGAAGCACCCCTAT  749

seq1  TCTCATGCCACCAACTTAAGAGCTTATTTTCTACTAAGATATTCCTTCCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGCCACCAACTTAAGAGCTTATTTTCTACTAAGATATTCCTTCCA  799

seq1  GATAGAATTACCTCCTTAAGCCCTGCCACTCAAAGTATTTGCCACCTGCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATTACCTCCTTAAGCCCTGCCACTCAAAGTATTTGCCACCTGCA  849

seq1  GTTTTTCAGAGAAAATTAACAATTGAGGAGTGTGGATTGTCATTCATTCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCAGAGAAAATTAACAATTGAGGAGTGTGGATTGTCATTCATTCA  899

seq1  CCATTCTATCATCTGTTCTTGGAATTC  920
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTATCATCTGTTCTTGGAATTC  926


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |