BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186E17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,116,749 - 107,288,465
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050
Upstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007
Downstream gene4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186E17.bB6Ng01-186E17.g
ACCGA011176GA011177
length1,1581,131
definitionB6Ng01-186E17.b B6Ng01-186E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,116,749 - 107,117,913)(107,287,341 - 107,288,465)
sequence
gaattctgtgagaccagcaactgatggctaattctagctaccctggaatc
tgaggcaggaggatctaaagttcaaggctaagtgtgaaagagggctgggg
atgtagctcagtggtagatcaaatagaagagaccttgtgttcagtcccca
gtgatgaataaaacaacaataataaaacaaaacctaaccacgtattgccg
gtgagacacagtatgctaagtagctagagtcagtggggcttcaaaaacac
catatcgagataatattgatgatatttatatataatatattaatgtaata
tatataatgtataccaggtacaggcctggactcaggacagccgctagtca
gcagctacatgactggaattcatggggtaggtagattccttgggggaaca
gatacaaaagggaaaacttaaatactgcaagggagactgaacaaaggacg
tagatagtaggctctggcctgaggaacggtttagaaaggaaaaggaggca
caagttggctggcaggaaggccggaagctctctataaaatcagagagcgc
attagcaaaagtgatgttctagcagtttagtatttttaataacttgaact
ttgaagcttttataaactcttgaaatttcaggctgaaaaaacactccacc
tccacctgccacttgtttcagaatgtcaagtactgtgtcctactggatct
tcaattctgcaaggaatcgtattgctcttttacgaggtgggagacgccta
tactcaagggctgccacgagtaggaacctgctgaagtggaggcccttttc
tccggcattggcatcatcagccctcaagtgtggttctccacctggtggct
ttgccctgcggaaagcctacagacacacatcaaccgaggaagaggatttc
cacctacagctcagccccgaacaggtcagtgacctgctccgagctggcga
gtcatcccacaaggtccttgatttcaacacggagtaccaaattcagtgtt
aagttcgagagcacagctggctgccaattcccctgtggaggaccggcaag
gtggtggctacctgcgttcaaacgaatgggatgaatgtcggattttgatg
gacacggggccaccgcggtgcgcagcgggtgagtgagaggcattctactc
tatggcgg
gaattcctggtgctgcagacatgacctcataaggtaccagggtaggaggg
agaagtcctaattcttctaaactcagaaagaaatctctgggttttggaca
cacctcgaacccactcttactttaggatggctcccagagtcccacggata
cctggccacacacttaaagaagtcatagagaagaagagagagaggatgag
agattaagcaagcaaggctaaaagggcctagctccagtaaactctaaaag
gagataggacattgtggggctcacaaatctgcagttatggaagcacttat
cgagtgggtctaatcaaaggtggcccggcttgataaagagtcacatgcag
agaatttgtgatgaataagaaaaacacacaagtatagaggctttgtgaat
attagaatcaactcaggtttcaatatgtgttgggaaaacccgaagctgac
ttgatcagcagccagccccacacaacactcttcacaaaggacactacata
tctttgtgcatattttcagatctatttaactcctgaatcttctggggcag
agtcttggtccagaactgcagccttcttgccttcagtgcttggcccacag
cagtctgaatgtccagctgtagatacttctcatcttggttcagcatgggc
cagtagggtagaccttcactgttggggttcctgtggataagccaccaaga
aaagaagggtgaggtcactctggtcccatgttttgggtcatggcaatgaa
acaaggaagacagtggttaaggggactagtgagaaaggagtcgtgatacg
cacatacaagtgtcacttgctagtttctgcttcatgtgggggaagactac
atgagctcttttatgtcttccctctatgaggcaagatctaaagagcagta
ccacaacactataccccaccagctcagaaaccgtgagatgaccagtacct
gacaacttacaaagtattcatataaatgggtttattggtgtagagaagac
tctcaatcttgtgatcaagtcatgcatgctagaaagtcaccatctaaatt
gagctcgagttagagacccacaatggacatgtggggcaaggaggtgtgtt
tctcacctatggtctgcaaaggttggtccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107116749_107117913
seq2: B6Ng01-186E17.b_43_1200

seq1  GAATTCTGTGAGACCAGCAACTGATGGCTAATTCTAGCTACCCTGGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGAGACCAGCAACTGATGGCTAATTCTAGCTACCCTGGAATC  50

seq1  TGAGGCAGGAGGATCTAAAGTTCAAGGCTAAGTGTGAAAGAGGGCTGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGGAGGATCTAAAGTTCAAGGCTAAGTGTGAAAGAGGGCTGGGG  100

seq1  ATGTAGCTCAGTGGTAGATCAAATAGAAGAGACCTTGTGTTCAGTCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTCAGTGGTAGATCAAATAGAAGAGACCTTGTGTTCAGTCCCCA  150

seq1  GTGATGAATAAAACAACAATAATAAAACAAAACCTAACCACGTATTGCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGAATAAAACAACAATAATAAAACAAAACCTAACCACGTATTGCCG  200

seq1  GTGAGACACAGTATGCTAAGTAGCTAGAGTCAGTGGGGCTTCAAAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACACAGTATGCTAAGTAGCTAGAGTCAGTGGGGCTTCAAAAACAC  250

seq1  CATATCGAGATAATATTGATGATATTTATATATAATATATTAATGTAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCGAGATAATATTGATGATATTTATATATAATATATTAATGTAATA  300

seq1  TATATAATGTATACCAGGTACAGGCCTGGACTCAGGACAGCCGCTAGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAATGTATACCAGGTACAGGCCTGGACTCAGGACAGCCGCTAGTCA  350

seq1  GCAGCTACATGACTGGAATTCATGGGGTAGGTAGATTCCTTGGGGGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTACATGACTGGAATTCATGGGGTAGGTAGATTCCTTGGGGGAACA  400

seq1  GATACAAAAGGGAAAACTTAAATACTGCAAGGGAGACTGAACAAAGGACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAAAAGGGAAAACTTAAATACTGCAAGGGAGACTGAACAAAGGACG  450

seq1  TAGATAGTAGGCTCTGGCCTGAGGAACGGTTTAGAAAGGAAAAGGAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGTAGGCTCTGGCCTGAGGAACGGTTTAGAAAGGAAAAGGAGGCA  500

seq1  CAAGTTGGCTGGCAGGAAGGCCGGAAGCTCTCTATAAAATCAGAGAGCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGCTGGCAGGAAGGCCGGAAGCTCTCTATAAAATCAGAGAGCGC  550

seq1  ATTAGCAAAAGTGATGTTCTAGCAGTTTAGTATTTTTAATAACTTGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCAAAAGTGATGTTCTAGCAGTTTAGTATTTTTAATAACTTGAACT  600

seq1  TTGAAGCTTTTATAAACTCTTGAAATTTCAGGCTGAAAAAACACTCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTTTTATAAACTCTTGAAATTTCAGGCTGAAAAAACACTCCACC  650

seq1  TCCACCTGCCACTTGTTTCAGAATGTCAAGTACTGTGTCCTACTGGATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTGCCACTTGTTTCAGAATGTCAAGTACTGTGTCCTACTGGATCT  700

seq1  TCAATTCTGCAAGGAATCGTATTGCTCTTTTACGAGGTGGGAGACGCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTGCAAGGAATCGTATTGCTCTTTTACGAGGTGGGAGACGCCTA  750

seq1  TACTCAAGGGCTGCCACGAGTAGGAACCTGCTGAAGTGGAGGCCCTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAAGGGCTGCCACGAGTAGGAACCTGCTGAAGTGGAGGCCCTTTTC  800

seq1  TCCGGCATTGGCATCATCAGCCCTCAAGTGTGGTTCTCCACCTGGTGGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGCATTGGCATCATCAGCCCTCAAGTGTGGTTCTCCACCTGGTGGCT  850

seq1  TTGCCCTGCGGAAAGCCTACAGACACACATCAACCGAGGAAGAGGATTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGCGGAAAGCCTACAGACACACATCAACCGAGGAAGAGGATTTC  900

seq1  CACCTACAGCTCAGCCCCGAACAGGTCAGTGACCTGCTCCGAGCTGGCGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACAGCTCAGCCCCGAACAGGTCAGTGACCTGCTCCGAGCTGGCGA  950

seq1  GTCATCCCACAAGGTCCTTGATTTCAACAACGGAGTACCAAATTCAGTGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCCACAAGGTCCTTGATTTCAAC-ACGGAGTACCAAATTCAGTGT  999

seq1  TAAGGTTCGAGAGCAACCAGCTGGCTGCCAATTCCCCTGTGGAGGACCGG  1050
      ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAA-GTTCGAGAGCA--CAGCTGGCTGCCAATTCCCCTGTGGAGGACCGG  1046

seq1  CAAGGT-GTGGCTACCTGCGTCCAAACGAATGGGATGATGTTCGGTATTT  1099
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||   ||
seq2  CAAGGTGGTGGCTACCTGCGTTCAAACGAATGGGATGAATGTCGG--ATT  1094

seq1  TTGATGGACACGGGGGCCACGCGTGTGCGCAAGCGGTGAGTGAGAGGCTT  1149
      ||||||||||||||| |  |||| |||||||   ||||||||||||||  
seq2  TTGATGGACACGGGGCCACCGCG-GTGCGCAGCGGGTGAGTGAGAGGC-A  1142

seq1  TTCTACTACATGGCGG  1165
      |||||||  |||||||
seq2  TTCTACTCTATGGCGG  1158

seq1: chr8_107287341_107288465
seq2: B6Ng01-186E17.g_67_1197 (reverse)

seq1  CTGGGCCAA-CTTTGCAAGACATGGGTGAG-AACACACCT-CTTGCCCCA  47
      |||| |||| |||||||   ||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CTGGACCAACCTTTGCAGACCATAGGTGAGAAACACACCTCCTTGCCCCA  50

seq1  CATGTCGGTTGTGGGTCTCTAACTCGGGCTCAATTTTAGATGGTGACTTT  97
      ||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  CATGTCCATTGTGGGTCTCTAACTCGAGCTCAA-TTTAGATGGTGACTTT  99

seq1  CTTAGCATGCATGACTTTGATCACAAGAT--GGAGTCTTCTCTACA-CAA  144
      | ||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||| |||
seq2  C-TAGCATGCATGAC-TTGATCACAAGATTGAGAGTCTTCTCTACACCAA  147

seq1  T-AACCCATTTATATGAATACTTTGT-AGTTGTCAGGTACTGGTCATCTC  192
      | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCATTTATATGAATACTTTGTAAGTTGTCAGGTACTGGTCATCTC  197

seq1  ACGGTTTCTGAGCTGGTGGGGTATAGTGTTGTGGTACTGCTCTTTAGATC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTTCTGAGCTGGTGGGGTATAGTGTTGTGGTACTGCTCTTTAGATC  247

seq1  TTGCCTCATAGAGGG-AGACATAAAAGAGCTCATGTAGTCTTCCCCCACA  291
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCATAGAGGGAAGACATAAAAGAGCTCATGTAGTCTTCCCCCACA  297

seq1  TGAAGCAGAAACTAGCAAGTGACACTTGTATGTGCGTATCACGACTCCTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGAAACTAGCAAGTGACACTTGTATGTGCGTATCACGACTCCTT  347

seq1  TCTCACTAGTCCCCTTAACCACTGTCTTCCTTGTTTCATTGCCATGACCC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTAGTCCCCTTAACCACTGTCTTCCTTGTTTCATTGCCATGACCC  397

seq1  AAAACATGGGACCAGAGTGACCTCACCCTTCTTTTCTTGGTGGCTTATCC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGGGACCAGAGTGACCTCACCCTTCTTTTCTTGGTGGCTTATCC  447

seq1  ACAGGAACCCCAACAGTGAAGGTCTACCCTACTGGCCCATGCTGAACCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACCCCAACAGTGAAGGTCTACCCTACTGGCCCATGCTGAACCAA  497

seq1  GATGAGAAGTATCTACAGCTGGACATTCAGACTGCTGTGGGCCAAGCACT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGAAGTATCTACAGCTGGACATTCAGACTGCTGTGGGCCAAGCACT  547

seq1  GAAGGCAAGAAGGCTGCAGTTCTGGACCAAGACTCTGCCCCAGAAGATTC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAAGAAGGCTGCAGTTCTGGACCAAGACTCTGCCCCAGAAGATTC  597

seq1  AGGAGTTAAATAGATCTGAAAATATGCACAAAGATATGTAGTGTCCTTTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTAAATAGATCTGAAAATATGCACAAAGATATGTAGTGTCCTTTG  647

seq1  TGAAGAGTGTTGTGTGGGGCTGGCTGCTGATCAAGTCAGCTTCGGGTTTT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGTGTTGTGTGGGGCTGGCTGCTGATCAAGTCAGCTTCGGGTTTT  697

seq1  CCCAACACATATTGAAACCTGAGTTGATTCTAATATTCACAAAGCCTCTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACACATATTGAAACCTGAGTTGATTCTAATATTCACAAAGCCTCTA  747

seq1  TACTTGTGTGTTTTTCTTATTCATCACAAATTCTCTGCATGTGACTCTTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGTGTTTTTCTTATTCATCACAAATTCTCTGCATGTGACTCTTT  797

seq1  ATCAAGCCGGGCCACCTTTGATTAGACCCACTCGATAAGTGCTTCCATAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCCGGGCCACCTTTGATTAGACCCACTCGATAAGTGCTTCCATAA  847

seq1  CTGCAGATTTGTGAGCCCCACAATGTCCTATCTCCTTTTAGAGTTTACTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATTTGTGAGCCCCACAATGTCCTATCTCCTTTTAGAGTTTACTG  897

seq1  GAGCTAGGCCCTTTTAGCCTTGCTTGCTTAATCTCTCATCCTCTCTCTCT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGCCCTTTTAGCCTTGCTTGCTTAATCTCTCATCCTCTCTCTCT  947

seq1  TCTTCTCTATGACTTCTTTAAGTGTGTGGCCAGGTATCCGTGGGACTCTG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTATGACTTCTTTAAGTGTGTGGCCAGGTATCCGTGGGACTCTG  997

seq1  GGAGCCATCCTAAAGTAAGAGTGGGTTCGAGGTGTGTCCAAAACCCAGAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCATCCTAAAGTAAGAGTGGGTTCGAGGTGTGTCCAAAACCCAGAG  1047

seq1  ATTTCTTTCTGAGTTTAGAAGAATTAGGACTTCTCCCTCCTACCCTGGTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTCTGAGTTTAGAAGAATTAGGACTTCTCCCTCCTACCCTGGTA  1097

seq1  CCTTATGAGGTCATGTCTGCAGCACCAGGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGAGGTCATGTCTGCAGCACCAGGAATTC  1131