BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186N05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,604,899 - 13,747,029
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasa3, 4932443I19Rik, LOC665516
Upstream geneTubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik
Downstream geneCdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2, LOC100041140, C030037F17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186N05.bB6Ng01-186N05.g
ACCGA011569GA011570
length1,049898
definitionB6Ng01-186N05.b B6Ng01-186N05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,745,991 - 13,747,029)(13,604,899 - 13,605,781)
sequence
gaattcttggcctcggcagaatcagaagagaggtggccaccgtaatgcag
tcctttggaatgaatactgtaggctatgaccccatcatctctcctaagtc
tctgcctcctttggtgttcagcagctgccgctggaggagatctggcctct
ctgtgactttataactgtccataccccactcctgccctctaccacaggct
tgctgaatgacagcacctttgctcagtgcaagaaagtcgtgcgagtggtg
aactgtgctcgaggaggcatcgtggatgaaggtgccctgccgcgtgccct
gcagtctggtcagtgtgctggggctgcactggatgtgtttacagaagagc
cgccacgggaccaggccttagtggaccacgagaatgtcatcagctgtccc
cacctgggtgccagcaccaaggaagcccagagctgctgtggggaggaaat
cgtagtccagtttgtggacatggtgaaggggaaatctctaacaggtgtcg
tgaacgcccaggccctcaccagtgccttctctccacacaccaagccttgg
attgatctggcagaagcaatgggcatgctgatgcatgcctgggctgactc
ccctaaagggaccatccaggtggttgcacaaggaacatctctgaagaatg
ctgggacctgcctgagccctgcagtcattgtcggccttctgagagaagca
tctaagcagacagacatgaacttggtgaacgctaagctactggtgaaaga
ggctggcctcaatgtcaccacctcccacaaccctggggttccaggggagc
agggcagcggggaatgcctcctgactgtggccctggcaggtgccccctac
caagctgtgggcttgggtccagggcaccacacccaatgctgcagatgctc
aacagagctgtcttcagaccagaggtgccactacgcaaggtgccaacccc
tgctcatattccgggcttcagcccttcttacttgtgtgatggtgcccact
atgaattggtctcttggcagaaggggggggtgtatagctgctgtcctac
gaattctgtgacccagctcccagccataacatggacatagcaggcaaagt
gaaaggtcattgcagctgtcctttatctaaaaccagggctcatgacaagg
gccacagtcataaacaggtttgcaccctgggcatgtgacacctgccatcc
cctcttacaggcaattttaagagtggccatgctaaggtcagtgtgatggt
ttatatatgcttggtccaggaagtggcactattagaggtgtggccttgtt
gaggtgggtgtgtcactgtgggtgtgggcttaagaccctcatcctagctg
cctggaagtctgtcttccactagcagccttcagatgaagatgtagaactc
tcagctcctcctgcactgtgcctgcctggatgctgccctgctcccctgca
ctccccctccccatgataatggactgaacctctgaacctttaagccagcc
ccaatcaaatgttgtcctttataagactagccttggttatggtgtctgtt
tacagcagtaaaaacctaactaagacagttagaaaagccaggttaggagg
ttttatgctgctcatcaagggacagccatgccaggcctacctacctaagt
gcgcatgatctctctatttccgtaagccgggtgctccgtcccagaggaca
cactatgcaggcacgccatggggtggttggcagttctgtggctcagctac
tctctccaggaatagcagcactgagcatgctacccaagttacgattgctc
tttgccgctttctttcccccacctcctgtattttaaagttgcttccatct
gcctgacaacgcacacagcatcagagcaacaaacatgaccgaggaacagg
tctgcagagctcagccacagagtgaagactcatcctgttggttcctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13745991_13747029
seq2: B6Ng01-186N05.b_46_1094 (reverse)

seq1  GTAGGACAGCAGCTATACACCCCCC---TCTGCCAAGAGGCCAA-TCATA  46
      |||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||| |||||
seq2  GTAGGACAGCAGCTATACACCCCCCCCTTCTGCCAAGAGACCAATTCATA  50

seq1  GTGGGCACCATCACAC-AGTTAG-AGGGCTG-AGCCCGGAATATGAGCAG  93
      |||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCACCATCACACAAGTAAGAAGGGCTGAAGCCCGGAATATGAGCAG  100

seq1  GGGTTGGCACC-TGCGTAGTGGCACCTCTGGTCTGAAGACAGCTCTGTTG  142
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGCACCTTGCGTAGTGGCACCTCTGGTCTGAAGACAGCTCTGTTG  150

seq1  AGCATCTGCAGCATT-GGTGTGGTGCCCTGGA-CCAAGCCCACAGCTTGG  190
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGCAGCATTGGGTGTGGTGCCCTGGACCCAAGCCCACAGCTTGG  200

seq1  TAGGGGGCACCTGCCAGGGCCACAGTCAGGAGGCATTCCCCGCTGCCCTG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCACCTGCCAGGGCCACAGTCAGGAGGCATTCCCCGCTGCCCTG  250

seq1  CTCCCCTGGAACCCCAGGGTTGTGGGAGGTGGTGACATTGAGGCCAGCCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTGGAACCCCAGGGTTGTGGGAGGTGGTGACATTGAGGCCAGCCT  300

seq1  CTTTCACCAGTAGCTTAGCGTTCACCAAGTTCATGTCTGTCTGCTTAGAT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACCAGTAGCTTAGCGTTCACCAAGTTCATGTCTGTCTGCTTAGAT  350

seq1  GCTTCTCTCAGAAGGCCGACAATGACTGCAGGGCTCAGGCAGGTCCCAGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCTCAGAAGGCCGACAATGACTGCAGGGCTCAGGCAGGTCCCAGC  400

seq1  ATTCTTCAGAGATGTTCCTTGTGCAACCACCTGGATGGTCCCTTTAGGGG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCAGAGATGTTCCTTGTGCAACCACCTGGATGGTCCCTTTAGGGG  450

seq1  AGTCAGCCCAGGCATGCATCAGCATGCCCATTGCTTCTGCCAGATCAATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCCCAGGCATGCATCAGCATGCCCATTGCTTCTGCCAGATCAATC  500

seq1  CAAGGCTTGGTGTGTGGAGAGAAGGCACTGGTGAGGGCCTGGGCGTTCAC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTTGGTGTGTGGAGAGAAGGCACTGGTGAGGGCCTGGGCGTTCAC  550

seq1  GACACCTGTTAGAGATTTCCCCTTCACCATGTCCACAAACTGGACTACGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTGTTAGAGATTTCCCCTTCACCATGTCCACAAACTGGACTACGA  600

seq1  TTTCCTCCCCACAGCAGCTCTGGGCTTCCTTGGTGCTGGCACCCAGGTGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCCCCACAGCAGCTCTGGGCTTCCTTGGTGCTGGCACCCAGGTGG  650

seq1  GGACAGCTGATGACATTCTCGTGGTCCACTAAGGCCTGGTCCCGTGGCGG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTGATGACATTCTCGTGGTCCACTAAGGCCTGGTCCCGTGGCGG  700

seq1  CTCTTCTGTAAACACATCCAGTGCAGCCCCAGCACACTGACCAGACTGCA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGTAAACACATCCAGTGCAGCCCCAGCACACTGACCAGACTGCA  750

seq1  GGGCACGCGGCAGGGCACCTTCATCCACGATGCCTCCTCGAGCACAGTTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACGCGGCAGGGCACCTTCATCCACGATGCCTCCTCGAGCACAGTTC  800

seq1  ACCACTCGCACGACTTTCTTGCACTGAGCAAAGGTGCTGTCATTCAGCAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTCGCACGACTTTCTTGCACTGAGCAAAGGTGCTGTCATTCAGCAA  850

seq1  GCCTGTGGTAGAGGGCAGGAGTGGGGTATGGACAGTTATAAAGTCACAGA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGTAGAGGGCAGGAGTGGGGTATGGACAGTTATAAAGTCACAGA  900

seq1  GAGGCCAGATCTCCTCCAGCGGCAGCTGCTGAACACCAAAGGAGGCAGAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGATCTCCTCCAGCGGCAGCTGCTGAACACCAAAGGAGGCAGAG  950

seq1  ACTTAGGAGAGATGATGGGGTCATAGCCTACAGTATTCATTCCAAAGGAC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGAGAGATGATGGGGTCATAGCCTACAGTATTCATTCCAAAGGAC  1000

seq1  TGCATTACGGTGGCCACCTCTCTTCTGATTCTGCCGAGGCCAAGAATTC  1039
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTACGGTGGCCACCTCTCTTCTGATTCTGCCGAGGCCAAGAATTC  1049

seq1: chr8_13604899_13605781
seq2: B6Ng01-186N05.g_69_947

seq1  GAATTCTGTGACCCAGCTCCCAGCCATAACATGGACATAGCAGGCAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGACCCAGCTCCCAGCCATAACATGGACATAGCAGGCAAAGT  50

seq1  GAAAGGTCATTGCAGCTGTCCTTTATCTAAAACCAGGGCTCATGACAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCATTGCAGCTGTCCTTTATCTAAAACCAGGGCTCATGACAAGG  100

seq1  GCCACAGTCATAAACAGGTTTGCACCCTGGGCATGTGACACCTGCCATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGTCATAAACAGGTTTGCACCCTGGGCATGTGACACCTGCCATCC  150

seq1  CCTCTTACAGGCAATTTTAAGAGTGGCCATGCTAAGGTCAGTGTGATGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTACAGGCAATTTTAAGAGTGGCCATGCTAAGGTCAGTGTGATGGT  200

seq1  TTATATATGCTTGGTCCAGGAAGTGGCACTATTAGAGGTGTGGCCTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATGCTTGGTCCAGGAAGTGGCACTATTAGAGGTGTGGCCTTGTT  250

seq1  GAGGTGGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGACCCTCATCCTAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGGTGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTAAGACCCTCATCCTAGCTG  300

seq1  CCTGGAAGTCTGTCTTCCACTAGCAGCCTTCAGATGAAGATGTAGAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAGTCTGTCTTCCACTAGCAGCCTTCAGATGAAGATGTAGAACTC  350

seq1  TCAGCTCCTCCTGCACTGTGCCTGCCTGGATGCTGCCCTGCTCCCCTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTCCTGCACTGTGCCTGCCTGGATGCTGCCCTGCTCCCCTGCA  400

seq1  CTCCCCCTCCCCATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTTTAAGCCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTCCCCATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTTTAAGCCAGCC  450

seq1  CCAATCAAATGTTGTCCTTTATAAGACTAGCCTTGGTTATGGTGTCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCAAATGTTGTCCTTTATAAGACTAGCCTTGGTTATGGTGTCTGTT  500

seq1  TACAGCAGTAAAAACCTAACTAAGACAGTTAGAAAAGCCAGGTTAGGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAGTAAAAACCTAACTAAGACAGTTAGAAAAGCCAGGTTAGGAGG  550

seq1  TTTTATGCTGCTCATCAAGGGACAGCCATGCCAGGCCTACCTACCTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCTGCTCATCAAGGGACAGCCATGCCAGGCCTACCTACCTAAGT  600

seq1  GCGCATGATCTCTCTATTTCCGTAAGCCGGGTGCTCCGTCCCAGAGGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCATGATCTCTCTATTTCCGTAAGCCGGGTGCTCCGTCCCAGAGGACA  650

seq1  CACTATGCAGGCACGCCATGGGGTGGTTGGCAGTTCTGTGGCTCAGCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGCAGGCACGCCATGGGGTGGTTGGCAGTTCTGTGGCTCAGCTAC  700

seq1  TCTCTCCAGGAATAGCAGCACTGAGCATGCTACCCAAGTTTACGATTTGC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  TCTCTCCAGGAATAGCAGCACTGAGCATGCTACCCAAG-TTACGA-TTGC  748

seq1  TCTTTGCCGC-TTCTTTCCCCCACCTTCTGTATTTTAAAGTTGCTTCCAT  799
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGCCGCTTTCTTTCCCCCACCTCCTGTATTTTAAAGTTGCTTCCAT  798

seq1  CTGCCTGACAACGCACACCAGCAGCCAGAGCAACAAACATGACCGAGGAA  849
      ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGACAACGCACA-CAGCA-TCAGAGCAACAAACATGACCGAGGAA  846

seq1  CAGGGCTGCAGAGCTCAGCCACAGAGGTGAAGAC  883
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGGTCTGCAGAGCTCAGCCACAGA-GTGAAGAC  879