BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187M08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 50,227,775 - 50,386,036
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOdz3, 2900073C17Rik, LOC100039866
Downstream gene4930555F03Rik, LOC100039919, EG667495
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187M08.bB6Ng01-187M08.g
ACCGA012258GA012259
length9901,111
definitionB6Ng01-187M08.b B6Ng01-187M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,227,775 - 50,228,764)(50,384,961 - 50,386,036)
sequence
gaattccaagaacatcatttctcccagcttcttacaagctcttgggtaaa
tctttttagtcatccatttctcatagtccttagacctcaactctacttat
gaagtagggtcttctcaaacttagaagcaactctcttggtccatccttta
aataattggataggaatactagcaacaggaggttccagctccactgtatc
ttagtgcctccttccttgcttggcatttcctggcttgtgattctctgatc
aaacctaaatattcttccctttgagggacaacccaaacgttgtcctattc
ttgttgagtccttttgcttctgtctcaccccttgtgccataggtaccttt
aaggtatattttttatgtttatggggttttttttgctatgatgtagatag
agctatgaaaaataattctggtgccatctccttctgagcttcatctaggc
tctggtgttcaggtttcacaccctataagtgattgacacttgaacccaaa
ttacagatgacaaattacaaagacatttccctagtctaggcaaaaggaca
gagcttccaaacttacttccaatattaaagccaattatctttatatctat
taaatgtttcatagaatcatgaaattgtatttactcatgtgaatgggatt
ttttactttcatgttgtttagtgagtccagtagtagcatagcattgatgt
ctcaaagttttattctatctatttaatagtcatgggggtgactctagctg
agactcctagcagtaggagatatggagcctgaagaggacacctgtggtag
caggcaggactcccagtggagtgataaggacaccaatccactcagaaacc
attcagcttcaaactttgtcctgtttacaaagtgcaaggatacagatgga
gccgaggctgagggaattgcctaccaattgactagccccaattgagacca
gtccatgggtaagaaccaatcttctgattttgttaatgat

gaattcaaaatcccctggcttatatgactaccctgaggaaaatttgtgca
tgtgtaatggcggaccggcatgctggaaatgataaacatgtgagagtggg
ttacataagcagattagagcagagagagatggcccaatcacacttgattg
ccttctggtgtgactgatttcttcccgattgccttcaaggtggtgcagga
accacagctgatctacacagaataatctaaagccttcagaacaacagtca
aagctctatgaacatgtctagttcaagtttccattgaaatgttcatatgt
catctttggaaaacatgtcttaatgtgtttggaaatgctgagttaacagt
aaatggcttttccaggtttaattggcacttattaattgcacagaataatt
ggtttcattatgacattttaaacgtgtatctaatatgctttgatcatctt
caattccctattatcacatccagcttccccatattactttctgtacatca
gacctctcctactccaatcatacattaacctagtgttgtattttttctta
gttattactatacatgcatatgtgtacataaattatggacaatttggtgt
ttctcatattttttatggctttaggactggccactttgtattacataacc
aattgtagaactcatccctggggaagactatttcaccctctctcagtagc
cactgtttccctgcagctcctcattgaagaatggcagattatgaaaggtc
cccctccttttggaaggtcaactgatgttgttgttcaggtcgtgtttagg
ctaccatactattaagctgccatgggtgcagcttccccttcatatataga
atatactgcctcatagcagacatccaggtcccccaggctcttacaatctt
tctatctcactccattgagcctgagatataagggttgggttgtagaacta
gcaactgggtccaggaacaccaatgtctctgcatttaatcaggtggtggg
ttactgtaatggtcctatctgctgtaaaaagaagctttgctgatgacggt
taagaaaataataacttgataggaatcctattaggcataggatatgttat
tagatgcagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_50227775_50228764
seq2: B6Ng01-187M08.b_49_1038

seq1  GAATTCCAAGAACATCATTTCTCCCAGCTTCTTACAAGCTCTTGGGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGAACATCATTTCTCCCAGCTTCTTACAAGCTCTTGGGTAAA  50

seq1  TCTTTTTAGTCATCCATTTCTCATAGTCCTTAGACCTCAACTCTACTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAGTCATCCATTTCTCATAGTCCTTAGACCTCAACTCTACTTAT  100

seq1  GAAGTAGGGTCTTCTCAAACTTAGAAGCAACTCTCTTGGTCCATCCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGGGTCTTCTCAAACTTAGAAGCAACTCTCTTGGTCCATCCTTTA  150

seq1  AATAATTGGATAGGAATACTAGCAACAGGAGGTTCCAGCTCCACTGTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGGATAGGAATACTAGCAACAGGAGGTTCCAGCTCCACTGTATC  200

seq1  TTAGTGCCTCCTTCCTTGCTTGGCATTTCCTGGCTTGTGATTCTCTGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCCTCCTTCCTTGCTTGGCATTTCCTGGCTTGTGATTCTCTGATC  250

seq1  AAACCTAAATATTCTTCCCTTTGAGGGACAACCCAAACGTTGTCCTATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAAATATTCTTCCCTTTGAGGGACAACCCAAACGTTGTCCTATTC  300

seq1  TTGTTGAGTCCTTTTGCTTCTGTCTCACCCCTTGTGCCATAGGTACCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGTCCTTTTGCTTCTGTCTCACCCCTTGTGCCATAGGTACCTTT  350

seq1  AAGGTATATTTTTTATGTTTATGGGGTTTTTTTTGCTATGATGTAGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATATTTTTTATGTTTATGGGGTTTTTTTTGCTATGATGTAGATAG  400

seq1  AGCTATGAAAAATAATTCTGGTGCCATCTCCTTCTGAGCTTCATCTAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGAAAAATAATTCTGGTGCCATCTCCTTCTGAGCTTCATCTAGGC  450

seq1  TCTGGTGTTCAGGTTTCACACCCTATAAGTGATTGACACTTGAACCCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTTCAGGTTTCACACCCTATAAGTGATTGACACTTGAACCCAAA  500

seq1  TTACAGATGACAAATTACAAAGACATTTCCCTAGTCTAGGCAAAAGGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGATGACAAATTACAAAGACATTTCCCTAGTCTAGGCAAAAGGACA  550

seq1  GAGCTTCCAAACTTACTTCCAATATTAAAGCCAATTATCTTTATATCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCAAACTTACTTCCAATATTAAAGCCAATTATCTTTATATCTAT  600

seq1  TAAATGTTTCATAGAATCATGAAATTGTATTTACTCATGTGAATGGGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTTCATAGAATCATGAAATTGTATTTACTCATGTGAATGGGATT  650

seq1  TTTTACTTTCATGTTGTTTAGTGAGTCCAGTAGTAGCATAGCATTGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTTTCATGTTGTTTAGTGAGTCCAGTAGTAGCATAGCATTGATGT  700

seq1  CTCAAAGTTTTATTCTATCTATTTAATAGTCATGGGGGTGACTCTAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTTTTATTCTATCTATTTAATAGTCATGGGGGTGACTCTAGCTG  750

seq1  AGACTCCTAGCAGTAGGAGATATGGAGCCTGAAGAGGACACCTGTGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCTAGCAGTAGGAGATATGGAGCCTGAAGAGGACACCTGTGGTAG  800

seq1  CCAGGCAGGACTCCCAGTGGAGTGATAAGGACACCAACCCACTCAGAAAA  850
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  -CAGGCAGGACTCCCAGTGGAGTGATAAGGACACCAATCCACTCAGAAAC  849

seq1  CATTCAGCTCAAAACTTTGTCCTGTTTACAAAGTGCAAGGATACAGATGG  900
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGCTTCAAACTTTGTCCTGTTTACAAAGTGCAAGGATACAGATGG  899

seq1  AGCCGAGGCTGAGGGAATTGCCTACCAA-TGACTAGCCCAATTTGAGACC  949
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |
seq2  AGCCGAGGCTGAGGGAATTGCCTACCAATTGACTAGCCCCAATTGAGA-C  948

seq1  CAGTCCATGGGTAAGAACCAATC-TCTGATTTTGTTAATGAT  990
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCATGGGTAAGAACCAATCTTCTGATTTTGTTAATGAT  990


seq1: chr8_50384961_50386036
seq2: B6Ng01-187M08.g_103_1178 (reverse)

seq1  AACTGCATTCTAAATACATATCCTAATGCCTAATAGGTATCCTAAC-AGG  49
      ||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||  ||||| | || 
seq2  AACTGCA-TCTAATAACATATCCT-ATGCCTAATAGGATTCCTATCAAGT  48

seq1  TAT--ATTTCTTACCCTTCATCAGCAAAGCTTCTTTTTACAGCAGATAGG  97
      |||   ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TATTATTTTCTTAACCGTCATCAGCAAAGCTTCTTTTTACAGCAGATA-G  97

seq1  GACCATTACAGTAACCCA-CACCTGATTAAAATGCAGAGACATTGGTGTT  146
      |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTACAGTAACCCACCACCTGATT-AAATGCAGAGACATTGGTGTT  146

seq1  CCTGGACCCAGTTGCTAGTTCTACAACCCAACCCTTATATCTCAGGCTCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACCCAGTTGCTAGTTCTACAACCCAACCCTTATATCTCAGGCTCA  196

seq1  ATGGAGTGAGATAGAAAGATTGTAAGAGCCTGGGGGACCTGGATGTCTGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTGAGATAGAAAGATTGTAAGAGCCTGGGGGACCTGGATGTCTGC  246

seq1  TATGAGGCAGTATATTCTATATATGAAGGGGAAGCTGCACCCATGGCAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGCAGTATATTCTATATATGAAGGGGAAGCTGCACCCATGGCAGC  296

seq1  TTAATAGTATGGTAGCCTAAACACGACCTGAACAACAACATCAGTTGACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTATGGTAGCCTAAACACGACCTGAACAACAACATCAGTTGACC  346

seq1  TTCCAAAAGGAGGGGGACCTTTCATAATCTGCCATTCTTCAATGAGGAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAAGGAGGGGGACCTTTCATAATCTGCCATTCTTCAATGAGGAGC  396

seq1  TGCAGGGAAACAGTGGCTACTGAGAGAGGGTGAAATAGTCTTCCCCAGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGAAACAGTGGCTACTGAGAGAGGGTGAAATAGTCTTCCCCAGGG  446

seq1  ATGAGTTCTACAATTGGTTATGTAATACAAAGTGGCCAGTCCTAAAGCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTCTACAATTGGTTATGTAATACAAAGTGGCCAGTCCTAAAGCCA  496

seq1  TAAAAAATATGAGAAACACCAAATTGTCCATAATTTATGTACACATATGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATATGAGAAACACCAAATTGTCCATAATTTATGTACACATATGC  546

seq1  ATGTATAGTAATAACTAAGAAAAAATACAACACTAGGTTAATGTATGATT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAGTAATAACTAAGAAAAAATACAACACTAGGTTAATGTATGATT  596

seq1  GGAGTAGGAGAGGTCTGATGTACAGAAAGTAATATGGGGAAGCTGGATGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTAGGAGAGGTCTGATGTACAGAAAGTAATATGGGGAAGCTGGATGT  646

seq1  GATAATAGGGAATTGAAGATGATCAAAGCATATTAGATACACGTTTAAAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAGGGAATTGAAGATGATCAAAGCATATTAGATACACGTTTAAAA  696

seq1  TGTCATAATGAAACCAATTATTCTGTGCAATTAATAAGTGCCAATTAAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATAATGAAACCAATTATTCTGTGCAATTAATAAGTGCCAATTAAAC  746

seq1  CTGGAAAAGCCATTTACTGTTAACTCAGCATTTCCAAACACATTAAGACA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAAGCCATTTACTGTTAACTCAGCATTTCCAAACACATTAAGACA  796

seq1  TGTTTTCCAAAGATGACATATGAACATTTCAATGGAAACTTGAACTAGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCAAAGATGACATATGAACATTTCAATGGAAACTTGAACTAGAC  846

seq1  ATGTTCATAGAGCTTTGACTGTTGTTCTGAAGGCTTTAGATTATTCTGTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCATAGAGCTTTGACTGTTGTTCTGAAGGCTTTAGATTATTCTGTG  896

seq1  TAGATCAGCTGTGGTTCCTGCACCACCTTGAAGGCAATCGGGAAGAAATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCAGCTGTGGTTCCTGCACCACCTTGAAGGCAATCGGGAAGAAATC  946

seq1  AGTCACACCAGAAGGCAATCAAGTGTGATTGGGCCATCTCTCTCTGCTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACACCAGAAGGCAATCAAGTGTGATTGGGCCATCTCTCTCTGCTCT  996

seq1  AATCTGCTTATGTAACCCACTCTCACATGTTTATCATTTCCAGCATGCCG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCTTATGTAACCCACTCTCACATGTTTATCATTTCCAGCATGCCG  1046

seq1  GTCCGCCATTACACATGCACAAATTTTCCT  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCGCCATTACACATGCACAAATTTTCCT  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |