BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190F20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 117,120,466 - 117,290,083
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWwox
Upstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18, Nudt7, AI427515, Clec3a
Downstream geneMaf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190F20.bB6Ng01-190F20.g
ACCGA014138GA014139
length1,1901,189
definitionB6Ng01-190F20.b B6Ng01-190F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,120,466 - 117,121,643)(117,288,886 - 117,290,083)
sequence
gaattcccgacaagaatgtggcttccactgaaggttggcttcagtctgac
cccaacaggagctcctggagggccaagtgatgctacccaaattggccctg
cctgagacaaggctttaactgacggcagtccgtgattggagaacatctgc
cagggaaggcgggctatgtgggagaagtccctggggaatagggggaggtg
gcagattagaagcatgtgatcataattcatcaatagctggtgtctcctgg
gctgggtagctctgctcagagaaagggtctggggcaagaaggcggtacta
cagcagagtgctcaccttcagatggcagtactacagagtgctcaccttca
tccagaagctcctctcaaacaagtcctccatgcagagaggaacagagcat
tcatgaaatgctctgaagtcaggtcttgcacccatgcattctacaggatc
ccccttctttgaccccagcacaggtgtgcaagctgacatcaggctcttcc
cgctgaaatcttctcaggctcactttctgcagtctgacctgtttcctccc
gtggtgatcctcaagttaagttttgtttagtgaaacgcaaggctattcag
gatgctgggctaacatcttcccgttgtaattgagtaaatatattatacac
agctgggtaggtggtttccgtgctggcctggctgctatggtttcaagatg
gacaccatcttctttaaaacacactcggcggtgaaggcatttgttcctgg
tttcccgtggcgctcctcctctagaaaaatgcagttacctggacatttca
gaagcactttttcgtacgatactgaaagagtgaaaaaggaaagccccttg
ccctccccaaacaatggttacacagagacaacagtgggctgtgctgaatg
cagccacgtcaagggaagtgcaataaacggagatagattgttctccaagc
ctcactttattggatattgtaaattgacatatagttgtcatttataatca
tctgtccattcctgggagtttgggagcagtaaagttaaattgtggcggct
catttgcattaatctcaccttctgaaggtacagtaacccaataatatcca
cggtcatgatgaaattatcgcaaataacattgagcattatgaattaaatg
atccctggaatttgtatctccgtttaaaacattttgttag

gaattcaatcttcggagtccacacggtggagaaaatggagtcccacaact
tgtcctctgactgctaagtgcacacttgggtatatgtgtcctcctacaac
gtatatatacactacaaatacattttaaaaattaaatgccattatgatac
tgatagtttatatgctgatttaaaattttaactttaattaaacattttct
tttcaaattcccctcagaatattggtctcttaaattaattatctggaagt
ctggtatctctttctaagccacaaaccgggctctcacccagccacagtcc
caccaaggcaagtctgagctcccacacttgccttgagccccaaggaacat
gtatttattaagctgcgggagaccaaggggtagatatgccatttctgtcc
tcaggccagtcatagaaagctagtcactgttatcacctcccccaaaacag
attctgaggcctcacgagcagggagcctgtgacttaactcagagcctttg
ttccttcactgtcctggtggccggaagctgtgtagctatggccctgaagg
aagagaccagtctagtctacttcagtccaaatagcttcccatctacagca
cgccaactcttctgttgggagcatacacacctctctgggcacttaaaaga
caaggtgactgtccttgaatttgagagggtggacacaggaggggtcagga
cagaggggagtataaacgatgtgagcacaggaagttctcaacacaacagc
agtgagtcagcccattgctttgtttgctgacctgagagcctcccccccat
cccccatgaaatctctggtcatgagaagtaaattcaacgatctttatttt
caatcttatgaaattatctatgttaacttgagaggaaaaaggaaaaaaaa
acatgcttggtttaaagtaaaacctaatcacttcatcacaaattagtgca
gtggccaagcgtcatcggaggagtctcttcttttgtagatggcaggagat
attggagacccacgccgatcagggttcaactgctgagagcctcgtcatta
tgcagaaagccggggactaatgtgacaggccacgggacgagttgctaaca
aggaactagtgtgctgggcacagctgagcagtggcacgttaaggactcca
agcagtgagacatacagctgacctgcacagtccacgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_117120466_117121643
seq2: B6Ng01-190F20.b_48_1237

seq1  GAATTCCCGACAAGAATGTGGCTTCCACTGAAGGTTGGCTTCAGTCTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGACAAGAATGTGGCTTCCACTGAAGGTTGGCTTCAGTCTGAC  50

seq1  CCCAACAGGAGCTCCTGGAGGGCCAAGTGATGCTACCCAAATTGGCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACAGGAGCTCCTGGAGGGCCAAGTGATGCTACCCAAATTGGCCCTG  100

seq1  CCTGAGACAAGGCTTTAACTGACGGCAGTCCGTGATTGGAGAACATCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACAAGGCTTTAACTGACGGCAGTCCGTGATTGGAGAACATCTGC  150

seq1  CAGGGAAGGCGGGCTATGTGGGAGAAGTCCCTGGGGAATAGGGGGAGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAGGCGGGCTATGTGGGAGAAGTCCCTGGGGAATAGGGGGAGGTG  200

seq1  GCAGATTAGAAGCATGTGATCATAATTCATCAATAGCTGGTGTCTCCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTAGAAGCATGTGATCATAATTCATCAATAGCTGGTGTCTCCTGG  250

seq1  GCTGGGTAGCTCTGCTCAGAGAAAGGGTCTGGGGCAAGAAGGCGGTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTAGCTCTGCTCAGAGAAAGGGTCTGGGGCAAGAAGGCGGTACTA  300

seq1  CAGCAGAGTGCTCACCTTCAGATGGCAGTACTACAGAGTGCTCACCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGTGCTCACCTTCAGATGGCAGTACTACAGAGTGCTCACCTTCA  350

seq1  TCCAGAAGCTCCTCTCAAACAAGTCCTCCATGCAGAGAGGAACAGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAGCTCCTCTCAAACAAGTCCTCCATGCAGAGAGGAACAGAGCAT  400

seq1  TCATGAAATGCTCTGAAGTCAGGTCTTGCACCCATGCATTCTACAGGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAATGCTCTGAAGTCAGGTCTTGCACCCATGCATTCTACAGGATC  450

seq1  CCCCTTCTTTGACCCCAGCACAGGTGTGCAAGCTGACATCAGGCTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTCTTTGACCCCAGCACAGGTGTGCAAGCTGACATCAGGCTCTTCC  500

seq1  CGCTGAAATCTTCTCAGGCTCACTTTCTGCAGTCTGACCTGTTTCCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGAAATCTTCTCAGGCTCACTTTCTGCAGTCTGACCTGTTTCCTCCC  550

seq1  GTGGTGATCCTCAAGTTAAGTTTTGTTTAGTGAAACGCAAGGCTATTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGATCCTCAAGTTAAGTTTTGTTTAGTGAAACGCAAGGCTATTCAG  600

seq1  GATGCTGGGCTAACATCTTCCCGTTGTAATTGAGTAAATATATTATACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGGCTAACATCTTCCCGTTGTAATTGAGTAAATATATTATACAC  650

seq1  AGCTGGGTAGGTGGTTTCCGTGCTGGCCTGGCTGCTATGGTTTCAAGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGTAGGTGGTTTCCGTGCTGGCCTGGCTGCTATGGTTTCAAGATG  700

seq1  GACACCATCTTCTTTAAAACACACTCGGCGGTGAAGGCATTTGTTCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCATCTTCTTTAAAACACACTCGGCGGTGAAGGCATTTGTTCCTGG  750

seq1  TTTCCCGTGGCGCTCCTCCTCTAGAAAAATGCAGTTACCTGGACATTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCGTGGCGCTCCTCCTCTAGAAAAATGCAGTTACCTGGACATTTCA  800

seq1  GAAGCAC-TTTTCGTACGATACTGAAAGAGTGAAAAAGGAAAGCCCCTTG  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACTTTTTCGTACGATACTGAAAGAGTGAAAAAGGAAAGCCCCTTG  850

seq1  CCCTCCCCAAACAATGGTTACACAGAGACAACAGTGGGCTGTGCTGAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCAAACAATGGTTACACAGAGACAACAGTGGGCTGTGCTGAATG  900

seq1  CAGCCACGTCAA-GGAAGTGCAATAAACGGAGATAGATTGTTCTCCAAGC  948
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACGTCAAGGGAAGTGCAATAAACGGAGATAGATTGTTCTCCAAGC  950

seq1  CTCACTTTATTGGATATTGT-AATTGACATATAGTTGTCATTTATAATCA  997
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTTATTGGATATTGTAAATTGACATATAGTTGTCATTTATAATCA  1000

seq1  TCTGTCCATTCCTGGGAG-TTGGGAGCAGTAAAGTT-AATTGTGGCGGCT  1045
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTGTCCATTCCTGGGAGTTTGGGAGCAGTAAAGTTAAATTGTGGCGGCT  1050

seq1  CATTTGCATTAATCTCACC-TCTGAAGGGTACAGTAACCCATTAATAT-C  1093
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |
seq2  CATTTGCATTAATCTCACCTTCTGAA-GGTACAGTAACCCAATAATATCC  1099

seq1  AC-GTCATGATG-AATTATCGCAAATAACATTGAGCATATTGA--TTAAT  1139
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  | |||
seq2  ACGGTCATGATGAAATTATCGCAAATAACATTGAGCATTATGAATTAAAT  1149

seq1  GATCTCTGAGATTTGTATCTC--GTTAAAACATTTTGTTAG  1178
      |||| |||  |||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGGAATTTGTATCTCCGTTTAAAACATTTTGTTAG  1190


seq1: chr8_117288886_117290083
seq2: B6Ng01-190F20.g_64_1252 (reverse)

seq1  CAGCGTGAACCTGTGCAGGTCAGCTTGTATTGTCTCAACTGCTGTGAGTC  50
      ||||||| | |||||||||||||| |||| |||||| ||||||  |||||
seq2  CAGCGTGGA-CTGTGCAGGTCAGC-TGTA-TGTCTC-ACTGCTTGGAGTC  46

seq1  CTTAACGTGCAACTGCTCAGCTGTGCCCAAGGCACACTGGTTCCTTTGTA  100
      |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||  ||
seq2  CTTAACGTGCCACTGCTCAGCTGTGCCCA--GCACACTAGTTCCTTGTTA  94

seq1  GCCACTCGTCCCCCGTGG-CTGTCACATTATGTCCCCCGGCTTTCTGCCA  149
      || ||||||  ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||
seq2  GCAACTCGT--CCCGTGGCCTGTCACATTA-GT-CCCCGGCTTTCTG-CA  139

seq1  TAATGGACGA-GCTCTCAGCAGTTGACCCTTGATCGGCCGTGGGTCTCC-  197
      |||| ||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| 
seq2  TAAT-GACGAGGCTCTCAGCAGTTGAACCCTGATCGG-CGTGGGTCTCCA  187

seq1  ATATTCTCTGCCATCTACAAA--GAGAGACTCCTCCGATGACGCTTGGCC  245
      ||||   ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCCTGCCATCTACAAAAGAAGAGACTCCTCCGATGACGCTTGGCC  237

seq1  ACTGCACTAATTTGTGATGAAGTGATTAGGTTTTACTTTAAACCAAGCAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACTAATTTGTGATGAAGTGATTAGGTTTTACTTTAAACCAAGCAT  287

seq1  GTTTTTTTTTCCTTTTTCCTCTCAAGTTAACATAGATTATTTTCATAAGA  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  GTTTTTTTTTCCTTTTTCCTCTCAAGTTAACATAGA-TAATTTCATAAGA  336

seq1  TTGAAAATAAAGATCGTTGAATTTACTTCTCATGACCAGAGATTTCATGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAAAGATCGTTGAATTTACTTCTCATGACCAGAGATTTCATGG  386

seq1  GGGATGGGGGGGAGGCTCTCAGGTCAGCAAACAAAGCAATGGGCTGACTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGGGGGAGGCTCTCAGGTCAGCAAACAAAGCAATGGGCTGACTC  436

seq1  ACTGCTGTTGTGTTGAGAACTTCCTGTGCTCACATCGTTTATACTCCCCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTTGTGTTGAGAACTTCCTGTGCTCACATCGTTTATACTCCCCT  486

seq1  CTGTCCTGACCCCTCCTGTGTCCACCCTCTCAAATTCAAGGACAGTCACC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGACCCCTCCTGTGTCCACCCTCTCAAATTCAAGGACAGTCACC  536

seq1  TTGTCTTTTAAGTGCCCAGAGAGGTGTGTATGCTCCCAACAGAAGAGTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTTAAGTGCCCAGAGAGGTGTGTATGCTCCCAACAGAAGAGTTG  586

seq1  GCGTGCTGTAGATGGGAAGCTATTTGGACTGAAGTAGACTAGACTGGTCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGCTGTAGATGGGAAGCTATTTGGACTGAAGTAGACTAGACTGGTCT  636

seq1  CTTCCTTCAGGGCCATAGCTACACAGCTTCCGGCCACCAGGACAGTGAAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCAGGGCCATAGCTACACAGCTTCCGGCCACCAGGACAGTGAAG  686

seq1  GAACAAAGGCTCTGAGTTAAGTCACAGGCTCCCTGCTCGTGAGGCCTCAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAAGGCTCTGAGTTAAGTCACAGGCTCCCTGCTCGTGAGGCCTCAG  736

seq1  AATCTGTTTTGGGGGAGGTGATAACAGTGACTAGCTTTCTATGACTGGCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTTTGGGGGAGGTGATAACAGTGACTAGCTTTCTATGACTGGCC  786

seq1  TGAGGACAGAAATGGCATATCTACCCCTTGGTCTCCCGCAGCTTAATAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACAGAAATGGCATATCTACCCCTTGGTCTCCCGCAGCTTAATAAA  836

seq1  TACATGTTCCTTGGGGCTCAAGGCAAGTGTGGGAGCTCAGACTTGCCTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTCCTTGGGGCTCAAGGCAAGTGTGGGAGCTCAGACTTGCCTTG  886

seq1  GTGGGACTGTGGCTGGGTGAGAGCCCGGTTTGTGGCTTAGAAAGAGATAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGACTGTGGCTGGGTGAGAGCCCGGTTTGTGGCTTAGAAAGAGATAC  936

seq1  CAGACTTCCAGATAATTAATTTAAGAGACCAATATTCTGAGGGGAATTTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCCAGATAATTAATTTAAGAGACCAATATTCTGAGGGGAATTTG  986

seq1  AAAAGAAAATGTTTAATTAAAGTTAAAATTTTAAATCAGCATATAAACTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAATGTTTAATTAAAGTTAAAATTTTAAATCAGCATATAAACTA  1036

seq1  TCAGTATCATAATGGCATTTAATTTTTAAAATGTATTTGTAGTGTATATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATCATAATGGCATTTAATTTTTAAAATGTATTTGTAGTGTATATA  1086

seq1  TACGTTGTAGGAGGACACATATACCCAAGTGTGCACTTAGCAGTCAGAGG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTGTAGGAGGACACATATACCCAAGTGTGCACTTAGCAGTCAGAGG  1136

seq1  ACAAGTTGTGGGACTCCATTTTCTCCACCGTGTGGACTCCGAAGATTGAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTGTGGGACTCCATTTTCTCCACCGTGTGGACTCCGAAGATTGAA  1186

seq1  TTC  1198
      |||
seq2  TTC  1189


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |