BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-191L06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 43,133,651 - 43,300,178
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp353
Upstream geneMtus1, Fgl1, Pcm1, Asah1, Frg1, LOC100039376, Gm1815, LOC671994
Downstream geneEG620772, LOC628212, Triml1, LOC622082, EG622117, LOC100039417
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-191L06.bB6Ng01-191L06.g
ACCGA015129GA015130
length1,140865
definitionB6Ng01-191L06.b B6Ng01-191L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,299,049 - 43,300,178)(43,133,651 - 43,134,514)
sequence
gaattctgcgattggaaatcttgtctgcttagaatttttagggtacactg
agcccttatctttgcattttagaaaaaaaatgtattcattgaatagaaaa
ttttgtgctaggactatggaaatataagtatgttcatgacatgctcagtc
ttcttgcatactgagaactcatgaaagcaaatatatgaaatagcccataa
tgtaaagcccagtcttctctgagttattcttccatttggtcatacccact
tgagaaatctttcatcccacagagcatcatgactcatacatcacttgttc
tactgtgtcattcccagtaggtcttttccctacagagccctagcagccaa
tgctgggtgccctaatgtagcacatcctatcattcacctctcctttttct
tcacagtatttatcacctttcaataaaaaacataccttcattttgtgtat
tttttatcttttgtgtgtgcatatgcatgaataggtatgtttgtgattgc
gagttctcatgtaggagaaacatatgtgatggacagaggtcaatgtatgg
tcctgttctttgccttttacattattttaagccagtctcttattgttctc
ccctgtgtattacatatttgcatgatacatgtatctagctaaatgctcca
tgaattaacagggattattgtgtgtctgactagcacactgctgtaggagc
attgagattatagacacttttcctacatgtgaatatatgtagatccttag
agttcaaactcaagttctcactcttacatggaaagttttttactcatacc
gccatctgtctgtccctgtttttgtttttgttttgttttgttttgttttt
acatgttttctactaaaatgggcattttcttaaaggcatggatctttttg
tggtttttattccttgctatatctttaataggtctagaactgggccagct
cttaagagactcactcattatttgaacaactgggatgatgttcccaaaat
gacgagtttataaatcccatttttaagaatcagatctttttttccacaga
gagtatttctatcttcaacatgcatattatgtcttaaaaatacttccaag
aaatattgtatacattgtcagaaaggttacttcgtatact

gaattccaaataaacatttcctcggaaaggtgtgctttgttcccggtagt
gccatggttgaggtccaagcttttaagacaaaggcttgtaaaggtacttg
tttaaatgttagcatatactgtagacagtcaaactgactacattgatatc
atcctattaaacttgatttagcttttatatataagtgaatataaactgga
cagtcgaagaaataaaatgtgttggttaaaatttataagactatctagaa
gtcacagatttccccagcccctaaaaagaatttatgtttatataatatgt
tacaagttagaataagatgttttcaaatttcttctaacaaaagccttttg
gcctaatgtaacttatatatttgtttgtggagaaaggacaatatataaaa
tcaaaaattaagtgtctatgaagaaatttgtcttagggggcattgtagag
aagttagatgaagattaggagtgaagtgggtgagaacaaatattggttgt
attcagagtaggtcttgatgctttggtgaagacataaagttgataagaaa
ataagccagacatgtaataaagggaatatcataggatgcacaaacagcag
catgtcccacatagtttgtctcacatagcctctaagacagcagcctatgg
gaagctgtgctcagaggtaaagaactgtagggagaacctttgaaaaggca
taagaggtacagaaggaatttttcccctgtgcccatatcttcaaggcttt
tccccactttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtgaagt
tccttgatctacttagatttgaccttagtacaaggagataagtatggatc
gattcgccatatatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_43299049_43300178
seq2: B6Ng01-191L06.b_42_1181 (reverse)

seq1  ---------AGTATACTTTTCTGACAATGTATACAATTCCTTTCTTGG-A  40
               |||| || ||||||||||||||||||||   |||||||| |
seq2  AGTATACGAAGTA-ACCTTTCTGACAATGTATACAAT--ATTTCTTGGAA  47

seq1  GTATTTTT-AGACATAATTATGCATGTTGGAAGATAG-AATACTCTCTGT  88
      |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GTATTTTTAAGACATAA-TATGCATGTT-GAAGATAGAAATACTCTCTGT  95

seq1  GGAAAAAAAGATCTGATTCTTAAAAATGGGATTTATAAACTTCGTCATTT  138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAAAAAAAGATCTGATTCTTAAAAATGGGATTTATAAAC-TCGTCATTT  144

seq1  TGGGAACATCAT-CCAGTTGTTCATAT-ATGAGTGAGTCTCTTTAAGAGC  186
      |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||
seq2  TGGGAACATCATCCCAGTTGTTCAAATAATGAGTGAGTCTC-TTAAGAGC  193

seq1  TGG-CCAGTTCTAGACCTATTAAAGATATAGCAAGGAATAAAAACCAC-A  234
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGCCCAGTTCTAGACCTATTAAAGATATAGCAAGGAATAAAAACCACAA  243

seq1  AAAGATCCATGCCTTTAAG-AAATGCCCATTTTAGTAGAAAACATGTAAA  283
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATCCATGCCTTTAAGAAAATGCCCATTTTAGTAGAAAACATGTAAA  293

seq1  AACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACAGGGACAGACAGATGGCGGT  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAAACAGGGACAGACAGATGGCGGT  343

seq1  ATGAGTAAAAAACTTTCCATGTAAGAGTGAGAACTTGAGTTTGAACTCTA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAAAAACTTTCCATGTAAGAGTGAGAACTTGAGTTTGAACTCTA  393

seq1  AGGATCTACATATATTCACATGTAGGAAAAGTGTCTATAATCTCAATGCT  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTACATATATTCACATGTAGGAAAAGTGTCTATAATCTCAATGCT  443

seq1  CCTACAGCAGTGTGCTAGTCAGACACACAATAATCCCTGTTAATTCATGG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGCAGTGTGCTAGTCAGACACACAATAATCCCTGTTAATTCATGG  493

seq1  AGCATTTAGCTAGATACATGTATCATGCAAATATGTAATACACAGGGGAG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTAGCTAGATACATGTATCATGCAAATATGTAATACACAGGGGAG  543

seq1  AACAATAAGAGACTGGCTTAAAATAATGTAAAAGGCAAAGAACAGGACCA  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAGAGACTGGCTTAAAATAATGTAAAAGGCAAAGAACAGGACCA  593

seq1  TACATTGACCTCTGTCCATCACATATGTTTCTCCTACATGAGAACTCGCA  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGACCTCTGTCCATCACATATGTTTCTCCTACATGAGAACTCGCA  643

seq1  ATCACAAACATACCTATTCATGCATATGCACACACAAAAGATAAAAAATA  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAACATACCTATTCATGCATATGCACACACAAAAGATAAAAAATA  693

seq1  CACAAAATGAAGGTATGTTTTTTATTGAAAGGTGATAAATACTGTGAAGA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATGAAGGTATGTTTTTTATTGAAAGGTGATAAATACTGTGAAGA  743

seq1  AAAAGGAGAGGTGAATGATAGGATGTGCTACATTAGGGCACCCAGCATTG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGAGGTGAATGATAGGATGTGCTACATTAGGGCACCCAGCATTG  793

seq1  GCTGCTAGGGCTCTGTAGGGAAAAGACCTACTGGGAATGACACAGTAGAA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTAGGGCTCTGTAGGGAAAAGACCTACTGGGAATGACACAGTAGAA  843

seq1  CAAGTGATGTATGAGTCATGATGCTCTGTGGGATGAAAGATTTCTCAAGT  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGATGTATGAGTCATGATGCTCTGTGGGATGAAAGATTTCTCAAGT  893

seq1  GGGTATGACCAAATGGAAGAATAACTCAGAGAAGACTGGGCTTTACATTA  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGACCAAATGGAAGAATAACTCAGAGAAGACTGGGCTTTACATTA  943

seq1  TGGGCTATTTCATATATTTGCTTTCATGAGTTCTCAGTATGCAAGAAGAC  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTATTTCATATATTTGCTTTCATGAGTTCTCAGTATGCAAGAAGAC  993

seq1  TGAGCATGTCATGAACATACTTATATTTCCATAGTCCTAGCACAAAATTT  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGTCATGAACATACTTATATTTCCATAGTCCTAGCACAAAATTT  1043

seq1  TCTATTCAATGAATACATTTTTTTTCTAAAATGCAAAGATAAGGGCTCAG  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCAATGAATACATTTTTTTTCTAAAATGCAAAGATAAGGGCTCAG  1093

seq1  TGTACCCTAAAAATTCTAAGCAGACAAGATTTCCAATCGCAGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCTAAAAATTCTAAGCAGACAAGATTTCCAATCGCAGAATTC  1140


seq1: chr8_43133651_43134514
seq2: B6Ng01-191L06.g_63_927

seq1  GAATTCCAAATAAACATTTCCTCGGAAAGGTGTGCTTTGTTCCCGGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATAAACATTTCCTCGGAAAGGTGTGCTTTGTTCCCGGTAGT  50

seq1  GCCATGGTTGAGGTCCAAGCTTTTAAGACAAAGGCTTGTAAAGGTACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTTGAGGTCCAAGCTTTTAAGACAAAGGCTTGTAAAGGTACTTG  100

seq1  TTTAAATGTTAGCATATACTGTAGACAGTCAAACTGACTACATTGATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTTAGCATATACTGTAGACAGTCAAACTGACTACATTGATATC  150

seq1  ATCCTATTAAACTTGATTTAGCTTTTATATATAAGTGAATATAAACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATTAAACTTGATTTAGCTTTTATATATAAGTGAATATAAACTGGA  200

seq1  CAGTCGAAGAAATAAAATGTGTTGGTTAAAATTTATAAGACTATCTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGAAGAAATAAAATGTGTTGGTTAAAATTTATAAGACTATCTAGAA  250

seq1  GTCACAGATTTCCCCAGCCCCTAAAAAGAATTTATGTTTATATAATATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGATTTCCCCAGCCCCTAAAAAGAATTTATGTTTATATAATATGT  300

seq1  TACAAGTTAGAATAAGATGTTTTCAAATTTCTTCTAACAAAAGCCTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTAGAATAAGATGTTTTCAAATTTCTTCTAACAAAAGCCTTTTG  350

seq1  GCCTAATGTAACTTATATATTTGTTTGTGGAGAAAGGACAATATATAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATGTAACTTATATATTTGTTTGTGGAGAAAGGACAATATATAAAA  400

seq1  TCAAAAATTAAGTGTCTATGAAGAAATTTGTCTTAGGGGGCATTGTAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATTAAGTGTCTATGAAGAAATTTGTCTTAGGGGGCATTGTAGAG  450

seq1  AAGTTAGATGAAGATTAGGAGTGAAGTGGGTGAGAACAAATATTGGTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGATGAAGATTAGGAGTGAAGTGGGTGAGAACAAATATTGGTTGT  500

seq1  ATTCAGAGTAGGTCTTGATGCTTTGGTGAAGACATAAAGTTGATAAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAGTAGGTCTTGATGCTTTGGTGAAGACATAAAGTTGATAAGAAA  550

seq1  ATAAGCCAGACATGTAATAAAGGGAATATCATAGGATGCACAAACAGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCCAGACATGTAATAAAGGGAATATCATAGGATGCACAAACAGCAG  600

seq1  CATGTCCCACATAGTTTGTCTCACATAGCCTCTAAGACAGCAGCCTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCCACATAGTTTGTCTCACATAGCCTCTAAGACAGCAGCCTATGG  650

seq1  GAAGCTGTGCTCAGAGGTAAAGAACTGTAGGGAGAACCTTTGAAAAGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTGCTCAGAGGTAAAGAACTGTAGGGAGAACCTTTGAAAAGGCA  700

seq1  TAAGAGGTACAGAAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGTACAGAAGGAATTTTTCCCCTGTGCCCATATCTTCAAGGCTTT  750

seq1  TCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTGTCTCTGGTTTTATGTGAAGT  800

seq1  TCCTTGATCTACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGATCTACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAAGTATGGATC  850

seq1  GATTCG-CATATATG  864
      |||||| ||||||||
seq2  GATTCGCCATATATG  865


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |