BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193G02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,444,596 - 16,561,945
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193G02.bB6Ng01-193G02.g
ACCGA016368GA016369
length1,0781,005
definitionB6Ng01-193G02.b B6Ng01-193G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,444,596 - 16,445,694)(16,560,939 - 16,561,945)
sequence
gaattcataaagaagagcatttgatgtacaacttttatttccatattgta
tagaaataaaagggcttgtcttactatagaggtgactgttataaaaaagc
tttataaaatccaggggttggtaactcagccattattctctgtaattttt
tggcttgtttctgctgcattgtacactgggggtattttacccagcataat
tgtaactaataacacaggcaagtgatgcatagtgacatatgctcttactt
cttttaagaagtagcatttagtagcaattttcagcatatttgaaatatcc
tcccaccgtctttccctagtgattgtatccttttcaattggacactgtaa
aggatttataattgttaactaacatcttgtttgtcctctcatttactgta
tagaaataatgaattaggggcaggtaggaggaaatctagtagtatttgat
gtgaagcatttatgacattctttttttttatggtcaaagatatttcttat
tttattttttattagatattttctttatatacatttcaggtgctatcccg
aaagttccctataccctccctccgtccccctcctgtacccacacactccc
acaaggaaaaaaaaaatgttttaaagggctttgctaaatgtcatgtttgc
accatggtttctactcaatgtataatcactggcttataattgatatctgt
aattttcttatgatgttgttggctcactgcaagacagaaagtcagtcaac
cattcaacaaagtttcctgagcaagagagtgagagccaatcgcagacctt
cagattttaatttcttttccctttactttgtctttgtcttagatctgtat
tgttggctttgtcagtgatcttaaaatgtaaacaaaggacatctggttca
gccttgtaagccatcttcgcaggaagctggacaggacgaccacagttcaa
gcatccagagctatagtgagctgcataccagacagtcagtttagtgagac
cctgatacaaaacaagcatataaaagaatctgagccagctcagcagtgtg
cactgtgtagcagtacaaactaggttca

gaattcttagtgttcaaattagacaaagacatgtgcattgtttacacaac
aagtgaagtaactatgcttaaataattcagatgatgccacaacatggaac
aactgtgtgtgactcttagaggacaagaatctggaggtgagatgggctgt
ttcagatagtgctaaaggtgcgagtgtttgtaagcttagacatatcaaaa
agggtttgaaggattctaagtgttgtcatggtctttgactcaagccagga
aagagtctctgactctttccctttgacagtaaagggaaagaacaaaggaa
caaaagtagatagagccatctgcaggctggcctccatgtcttgggctcta
catccagggacttagtccatcaaggattggggtaagaataaagtaagtgg
ctgcatctacaagtacaaggtgacttttctatcgatgacattacattagc
accacaaccacttgctcagcacttcctctgcactgatattgtaggtcatc
catccaggaagacctatgtagattatatgcaaacactatacagtgactgt
aagtgacttgaacataaccttcttatcctacttctgaggatctcagaact
acatcccctgacaaacctttcttgtcccactggtcatggctaccctcctc
tttctttggtacttggtacaaatactgtaggcctcaggagtcccctttcc
tccatgcactcattgtctgataaacttgtctgtggggctgtctctcctaa
catggtaccttgagctcctcagaccaaaaactatcctttgatgcattaga
tatagcacttgacacactcagcacagtgctcaggatgcagcacagaagat
tcaaattctactgttctgtaatgcccagatcatcactcaccgtatcagta
gcatcctttctctgaaggaaatgaagagccagcatcttgggcagagctca
taccctgtcagactgaaggggtagggacgaagtgactttcatgatttcct
gtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16444596_16445694
seq2: B6Ng01-193G02.b_43_1120

seq1  GAATTCATAAAGAAGAGCATTTGATGTACAACTTTTATTTCCATATTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAAGAAGAGCATTTGATGTACAACTTTTATTTCCATATTGTA  50

seq1  TAGAAATAAAAGGGCTTGTCTTACTATAGAGGTGACTGTTATAAAAAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAAAGGGCTTGTCTTACTATAGAGGTGACTGTTATAAAAAAGC  100

seq1  TTTATAAAATCCAGGGGTTGGTAACTCAGCCATTATTCTCTGTAATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAATCCAGGGGTTGGTAACTCAGCCATTATTCTCTGTAATTTTT  150

seq1  TGGCTTGTTTCTGCTGCATTGTACACTGGGGGTATTTTACCCAGCATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTTTCTGCTGCATTGTACACTGGGGGTATTTTACCCAGCATAAT  200

seq1  TGTAACTAATAACACAGGCAAGTGATGCATAGTGACATATGCTCTTACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTAATAACACAGGCAAGTGATGCATAGTGACATATGCTCTTACTT  250

seq1  CTTTTAAGAAGTAGCATTTAGTAGCAATTTTCAGCATATTTGAAATATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAGAAGTAGCATTTAGTAGCAATTTTCAGCATATTTGAAATATCC  300

seq1  TCCCACCGTCTTTCCCTAGTGATTGTATCCTTTTCAATTGGACACTGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCGTCTTTCCCTAGTGATTGTATCCTTTTCAATTGGACACTGTAA  350

seq1  AGGATTTATAATTGTTAACTAACATCTTGTTTGTCCTCTCATTTACTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTATAATTGTTAACTAACATCTTGTTTGTCCTCTCATTTACTGTA  400

seq1  TAGAAATAATGAATTAGGGGCAGGTAGGAGGAAATCTAGTAGTATTTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAATGAATTAGGGGCAGGTAGGAGGAAATCTAGTAGTATTTGAT  450

seq1  GTGAAGCATTTATGACATTCTTTTTTTTTATGGTCAAAGATATTTCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCATTTATGACATTCTTTTTTTTTATGGTCAAAGATATTTCTTAT  500

seq1  TTTATTTTTTATTAGATATTTTCTTTATATACATTTCAGGTGCTATCCCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTTATTAGATATTTTCTTTATATACATTTCAGGTGCTATCCCG  550

seq1  AAAGTTCCCTATACCCTCCCTCCGTCCCCCTCCTGTACCCACACACTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCCTATACCCTCCCTCCGTCCCCCTCCTGTACCCACACACTCCC  600

seq1  ACAAGGAAAAAAAAAATGTTTTAAAGGGCTTTGCTAAATGTCATGTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGAAAAAAAAAATGTTTTAAAGGGCTTTGCTAAATGTCATGTTTGC  650

seq1  ACCATGGTTTCTACTCAATGTATAATCACTGGCTTATAATTGATATCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGGTTTCTACTCAATGTATAATCACTGGCTTATAATTGATATCTGT  700

seq1  AATTTTCTTATGATGTTGTTGGCTCACTGCAAGACAGAAAGTCAGTCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTTATGATGTTGTTGGCTCACTGCAAGACAGAAAGTCAGTCAAC  750

seq1  CATTCAACAAAGTTTCCTGAGCAAGAGAGTGAGAGCCAATCGCAGACCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAACAAAGTTTCCTGAGCAAGAGAGTGAGAGCCAATCGCAGACCTT  800

seq1  CAGATTTTAATTTCTTTTCCCTTTACTTTGTCTTTGTCTTAGATCTGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTTAATTTCTTTTCCCTTTACTTTGTCTTTGTCTTAGATCTGTAT  850

seq1  TGTTGGCTTTGTCAGTGATCTTAAAATGTAAACAAAGGACATCTGGTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGCTTTGTCAGTGATCTTAAAATGTAAACAAAGGACATCTGGTTCA  900

seq1  GCCTTGTAAGCCCATCTTCGCAGGAAGCTGGACAGGACGACCACAGTTCA  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCTTGTAAG-CCATCTTCGCAGGAAGCTGGACAGGACGACCACAGTTC-  948

seq1  AAGCATCCCAGAGCTATAGTGAGCTGCATACCAGAACAGTCAGTTTAGTG  1000
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGCAT-CCAGAGCTATAGTGAGCTGCATACCAG-ACAGTCAGTTTAGTG  996

seq1  AGACCCTGATTAACCAAAACAAAGCAATAATAAAAAGAAACCTGAAGGCC  1050
      ||||||||||        ||||| |||  ||| |||  || ||||    |
seq2  AGACCCTGAT--------ACAAAACAAGCATATAAAAGAATCTGA---GC  1035

seq1  CAGCTCAGCAGTGGTGCAACTGTGTAGCAGGTACCAAAACCTAGGTTCA  1099
      |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||   || |||||||||
seq2  CAGCTCAGCAGT-GTGC-ACTGTGTAGCA-GTAC---AAACTAGGTTCA  1078


seq1: chr8_16560939_16561945
seq2: B6Ng01-193G02.g_65_1069 (reverse)

seq1  CACACAGGAAAAACCATGGAAAGTTCACTTCGTCCCTACCCCTTCAGTCT  50
      ||||||||  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGG--AAATCAT-GAAAG-TCACTTCGTCCCTACCCCTTCAGTCT  46

seq1  GACA-GGTATGAGCTCTGCCCAAGATGCTGGCTCCTCATTTCCTTCAGAG  99
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GACAGGGTATGAGCTCTGCCCAAGATGCTGGCTCTTCATTTCCTTCAGAG  96

seq1  -AAGGATGCTACTGATACGGTGAGTGATGATCTGGGCATTACAGAACAGT  148
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGCTACTGATACGGTGAGTGATGATCTGGGCATTACAGAACAGT  146

seq1  AGAATTTGAATCTTCTGTGCTGCATCCTGAGCACTGTGCTGAGTGTGTCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTGAATCTTCTGTGCTGCATCCTGAGCACTGTGCTGAGTGTGTCA  196

seq1  AGTGCTATATCTAATGCATC-AAGGATAGTTTTTGGTCCTGAGGAGCTCA  247
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTGCTATATCTAATGCATCAAAGGATAGTTTTTGGT-CTGAGGAGCTCA  245

seq1  AGGTACCATGTTAGGAGAGACAGCCCCACAGACAAGTTTATCAGACAATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACCATGTTAGGAGAGACAGCCCCACAGACAAGTTTATCAGACAATG  295

seq1  AGTGCATGGAGGAAAGGGGACTCCTGAGGCCTACAGTATTTGTACCAAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATGGAGGAAAGGGGACTCCTGAGGCCTACAGTATTTGTACCAAGT  345

seq1  ACCAAAGAAAGAGGAGGGTAGCCATGACCAGTGGGACAAGAAAGGTTTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGAAAGAGGAGGGTAGCCATGACCAGTGGGACAAGAAAGGTTTGT  395

seq1  CAGGGGATGTAGTTCTGAGATCCTCAGAAGTAGGATAAGAAGGTTATGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGATGTAGTTCTGAGATCCTCAGAAGTAGGATAAGAAGGTTATGTT  445

seq1  CAAGTCACTTACAGTCACTGTATAGTGTTTGCATATAATCTACATAGGTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCACTTACAGTCACTGTATAGTGTTTGCATATAATCTACATAGGTC  495

seq1  TTCCTGGATGGATGACCTACAATATCAGTGCAGAGGAAGTGCTGAGCAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGATGGATGACCTACAATATCAGTGCAGAGGAAGTGCTGAGCAAG  545

seq1  TGGTTGTGGTGCTAATGTAATGTCATCGATAGAAAAGTCACCTTGTACTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGGTGCTAATGTAATGTCATCGATAGAAAAGTCACCTTGTACTT  595

seq1  GTAGATGCAGCCACTTACTTTATTCTTACCCCAATCCTTGATGGACTAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGCAGCCACTTACTTTATTCTTACCCCAATCCTTGATGGACTAAG  645

seq1  TCCCTGGATGTAGAGCCCAAGACATGGAGGCCAGCCTGCAGATGGCTCTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGATGTAGAGCCCAAGACATGGAGGCCAGCCTGCAGATGGCTCTA  695

seq1  TCTACTTTTGTTCCTTTGTTCTTTCCCTTTACTGTCAAAGGGAAAGAGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTTTTGTTCCTTTGTTCTTTCCCTTTACTGTCAAAGGGAAAGAGTC  745

seq1  AGAGACTCTTTCCTGGCTTGAGTCAAAGACCATGACAACACTTAGAATCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCTTTCCTGGCTTGAGTCAAAGACCATGACAACACTTAGAATCC  795

seq1  TTCAAACCCTTTTTGATATGTCTAAGCTTACAAACACTCGCACCTTTAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACCCTTTTTGATATGTCTAAGCTTACAAACACTCGCACCTTTAGC  845

seq1  ACTATCTGAAACAGCCCATCTCACCTCCAGATTCTTGTCCTCTAAGAGTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGAAACAGCCCATCTCACCTCCAGATTCTTGTCCTCTAAGAGTC  895

seq1  ACACACAGTTGTTCCATGTTGTGGCATCATCTGAATTATTTAAGCATAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGTTGTTCCATGTTGTGGCATCATCTGAATTATTTAAGCATAGT  945

seq1  TACTTCACTTGTTGTGTAAACAATGCACATGTCTTTGTCTAATTTGAACA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCACTTGTTGTGTAAACAATGCACATGTCTTTGTCTAATTTGAACA  995

seq1  CTAAGAATTC  1007
      ||||||||||
seq2  CTAAGAATTC  1005


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |