BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-193G15
Chromosome8 (Build37)
Map Location 113,149,023 - 113,313,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVac14, BC060632, 2010004A03Rik
Upstream genePkd1l3, 2400003C14Rik, 4930566A11Rik, D8Ertd587e, LOC668089, LOC672735, Ap1g1, Phlppl, Marveld3, LOC100041884, Tat, Chst4, Zfp612, Gm1467, Calb2, BC025546, Hydin, LOC672398
Downstream geneSf3b3, Cog4, Fuk, St3gal2, Ddx19a, Ddx19b, Aars, Exosc6, Mrcl, 4930402E16Rik, 9430091E24Rik, Glg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl, Fa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-193G15.bB6Ng01-193G15.g
ACCGA016394GA016395
length1,149548
definitionB6Ng01-193G15.b B6Ng01-193G15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,149,023 - 113,150,167)(113,312,467 - 113,313,020)
sequence
gaattctaaaagcctatcaatgtggtgccctttgagaacccaggcaaagt
taggtaccagagctctgagtgctactcacataattggagttcctgggcat
ggcctagagtggtttgaggcaatttgtggagtttggagtttgggctcagt
cctgctgttcataagcagattgcttagacctggggtcagaggctggtgct
tgctacgttctgcctacagactgttctggtctgaatctcagagcaagttc
acgatgaaatttgagtttctgtagagttatggctgggggtgccacattcc
tgttcaacaagagccaacccctccccaccatcctgctggcatgctcacca
aggcttcccacaccagtacccccactggctttgtttgactcccctgtcta
cccactgtgaagattgccttttgtttttgttttttcgaaacagggttact
ctgtgtagctctgactgtcctggaactcattctgtagaccaggctggcct
caaacttagagatctgcctgcctctgcttcccaagtgctgggattaaaag
tgtgcactcttgccacccagcaaagattacatgtatgacttctggttgaa
tgtctctgtgccttggcttactgtttatttatttatttatttttaatgtg
ccttgaaaacattatgctgggtgagagaagcaggcagctatgaaaggcca
gaagtactgtgtctctagcgacagcagattgtggttgccagaggttgaga
agaaaaagctagagatggagtgacagctcagaggcacagggtttctttag
agcttatggaaatgccttaaagtgatggagctctacaagtctacacgtga
taaaaaatcactgggctgtgtacttgcaagtaagactggcggcttgtaga
tcatatctcatctttgaagtaagaggatagacggtacatcattgggagga
gggcacttactatggtcacagttgtcacctacagtcaggttccccttttg
ttccaagccaatagccagtgagtgctcagtatggtttttggttaagggag
caatattcagacttttggttatatgtgaatgatgtttcccctgccatgtc
tgcaccgatgtgtgtgtaggcccatggatgccataagattggcctggaa
catgtctccattgttcccctccaggaacattcctgaaatggtgagaaagt
gaccagctcagtccaagtccccagcatatgatctgctgtgctgggtgact
caaaaagaaatggagaggaggtggtgggggtgcggggaaggagacagggc
tggagaggtggttcagcagttaagagcactgactactcttccaaaggtcc
tgagttcaaatcccaggaatcacatggtggctcacaaccacccgtaatga
gatctgatgccctcttctggcacagtgtacttatttaataacaaataact
ctttgggccagggtaagcagcgttgactgctgctcaacaaccacatgaag
gctcacaaccatctgtactcatatacataaaaaataaataaataattttt
aaaaacgtctgagaaaaactatttaaatccccagctattgaaggacattg
gctataaaataaggtgcaacaattggaatagcgtgttcaattttaattat
gtattttataatcaagataaggagaaggtagggagaggagggaatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_113149023_113150167
seq2: B6Ng01-193G15.b_46_1194

seq1  GAATTCTAAAAGCCTATCAATGTGGTGCCCTTTGAGAACCCAGGCAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAAAGCCTATCAATGTGGTGCCCTTTGAGAACCCAGGCAAAGT  50

seq1  TAGGTACCAGAGCTCTGAGTGCTACTCACATAATTGGAGTTCCTGGGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACCAGAGCTCTGAGTGCTACTCACATAATTGGAGTTCCTGGGCAT  100

seq1  GGCCTAGAGTGGTTTGAGGCAATTTGTGGAGTTTGGAGTTTGGGCTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGAGTGGTTTGAGGCAATTTGTGGAGTTTGGAGTTTGGGCTCAGT  150

seq1  CCTGCTGTTCATAAGCAGATTGCTTAGACCTGGGGTCAGAGGCTGGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGTTCATAAGCAGATTGCTTAGACCTGGGGTCAGAGGCTGGTGCT  200

seq1  TGCTACGTTCTGCCTACAGACTGTTCTGGTCTGAATCTCAGAGCAAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACGTTCTGCCTACAGACTGTTCTGGTCTGAATCTCAGAGCAAGTTC  250

seq1  ACGATGAAATTTGAGTTTCTGTAGAGTTATGGCTGGGGGTGCCACATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGAAATTTGAGTTTCTGTAGAGTTATGGCTGGGGGTGCCACATTCC  300

seq1  TGTTCAACAAGAGCCAACCCCTCCCCACCATCCTGCTGGCATGCTCACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAACAAGAGCCAACCCCTCCCCACCATCCTGCTGGCATGCTCACCA  350

seq1  AGGCTTCCCACACCAGTACCCCCACTGGCTTTGTTTGACTCCCCTGTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCCCACACCAGTACCCCCACTGGCTTTGTTTGACTCCCCTGTCTA  400

seq1  CCCACTGTGAAGATTGCCTTTTGTTTTTGTTTTTTCGAAACAGGGTTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGTGAAGATTGCCTTTTGTTTTTGTTTTTTCGAAACAGGGTTACT  450

seq1  CTGTGTAGCTCTGACTGTCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCTCTGACTGTCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCT  500

seq1  CAAACTTAGAGATCTGCCTGCCTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAGAGATCTGCCTGCCTCTGCTTCCCAAGTGCTGGGATTAAAAG  550

seq1  TGTGCACTCTTGCCACCCAGCAAAGATTACATGTATGACTTCTGGTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACTCTTGCCACCCAGCAAAGATTACATGTATGACTTCTGGTTGAA  600

seq1  TGTCTCTGTGCCTTGGCTTACTGTTTATTTATTTATTTATTTTTAATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGTGCCTTGGCTTACTGTTTATTTATTTATTTATTTTTAATGTG  650

seq1  CCTTGAAAACATTATGCTGGGTGAGAGAAGCAGGCAGCTATGAAAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAAACATTATGCTGGGTGAGAGAAGCAGGCAGCTATGAAAGGCCA  700

seq1  GAAGTACTGTGTCTCTAGCGACAGCAGATTGTGGTTGCCAGAGGTTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTACTGTGTCTCTAGCGACAGCAGATTGTGGTTGCCAGAGGTTGAGA  750

seq1  AGAAAAAGCTAGAGATGGAGTGACAGCTCAGAGGCACAGGGTTTCTTTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAGCTAGAGATGGAGTGACAGCTCAGAGGCACAGGGTTTCTTTAG  800

seq1  AGCTTATGGAAATGCCTTAAAGTGATGGAGCTCTACAAGTCTACACGTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATGGAAATGCCTTAAAGTGATGGAGCTCTACAAGTCTACACGTGA  850

seq1  T-AAAAATCACTGGGCTGTGTACTTGCAAGTAAGACTGGCGGCTTGTAGA  899
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATCACTGGGCTGTGTACTTGCAAGTAAGACTGGCGGCTTGTAGA  900

seq1  TCATATCTCATCTTTGAAAGTAAGAAGATAGACGGTACATCATTGGGA-G  948
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  TCATATCTCATCTTTG-AAGTAAGAGGATAGACGGTACATCATTGGGAGG  949

seq1  AGGGCACTTACTAATGGTCACAGTTGTCACCTACAGTCAGG-TCCCCTTT  997
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGGGCACTTACT-ATGGTCACAGTTGTCACCTACAGTCAGGTTCCCCTTT  998

seq1  TG-TCCCAGCC-ATAGCCAGTGAGTGCTCAGTATGGTTTTTGGTT-AGGG  1044
      || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGTTCCAAGCCAATAGCCAGTGAGTGCTCAGTATGGTTTTTGGTTAAGGG  1048

seq1  AGCAATA-TCAGACTTTTTGTTTATTATGTGAATGAGTGTTTCCCCTG-C  1092
      ||||||| |||||||||| |||   ||||||||||| ||||||||||| |
seq2  AGCAATATTCAGACTTTTGGTT--ATATGTGAATGA-TGTTTCCCCTGCC  1095

seq1  ATGTCTGCACCG-TGTGTGTGTAGTGCCCATGGAGGCCATAAGA-TAGCC  1140
      |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||
seq2  ATGTCTGCACCGATGTGTGTGTAG-GCCCATGGATGCCATAAGATTGGCC  1144

seq1  TGGAA  1145
      |||||
seq2  TGGAA  1149

seq1: chr8_113312467_113313020
seq2: B6Ng01-193G15.g_64_617 (reverse)

seq1  CCCATTCCCTCCTCTCCCTACCTTCTCCTTATCTTGATTATAAAATACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCCTCCTCTCCCTACCTTCTCCTTATCTTGATTATAAAATACAT  50

seq1  AATTAAAATTGAACACGCTATTCCAATTGTTGCACCTTATTTTATAGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAATTGAACACGCTATTCCAATTGTTGCACCTTATTTTATAGCCA  100

seq1  ATGTCCTTCAATAGCTGGGGATTTAAATAGTTTTTCTCAGACGTTTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTTCAATAGCTGGGGATTTAAATAGTTTTTCTCAGACGTTTTTAA  150

seq1  AAATTATTTATTTATTTTTTATGTATATGAGTACAGATGGTTGTGAGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTATTTATTTTTTATGTATATGAGTACAGATGGTTGTGAGCCT  200

seq1  TCATGTGGTTGTTGAGCAGCAGTCAACGCTGCTTACCCTGGCCCAAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGTTGTTGAGCAGCAGTCAACGCTGCTTACCCTGGCCCAAAGAG  250

seq1  TTATTTGTTATTAAATAAGTACACTGTGCCAGAAGAGGGCATCAGATCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTTATTAAATAAGTACACTGTGCCAGAAGAGGGCATCAGATCTC  300

seq1  ATTACGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGATTCCTGGGATTTGAACTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGATTCCTGGGATTTGAACTCAGG  350

seq1  ACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAACCACCTCTCCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAACCACCTCTCCAGC  400

seq1  CCTGTCTCCTTCCCCGCACCCCCACCACCTCCTCTCCATTTCTTTTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCTTCCCCGCACCCCCACCACCTCCTCTCCATTTCTTTTTGAG  450

seq1  TCACCCAGCACAGCAGATCATATGCTGGGGACTTGGACTGAGCTGGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGCACAGCAGATCATATGCTGGGGACTTGGACTGAGCTGGTCAC  500

seq1  TTTCTCACCATTTCAGGAATGTTCCTGGAGGGGAACAATGGAGACATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCACCATTTCAGGAATGTTCCTGGAGGGGAACAATGGAGACATGGA  550

seq1  ATTC  554
      ||||
seq2  ATTC  554