BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196C12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 97,296,146 - 97,478,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCx3cl1, 1700121C10Rik, Ccl17, Ciapin1, LOC664947, Coq9, Polr2c, Dok4, LOC100040942, Ccdc102a, Gpr114
Upstream geneGnao1, Amfr, Nudt21, Ogfod1, Bbs2, Mt4, Mt3, Mt2, Mt1, Nup93, LOC100041555, Slc12a3, Herpud1, EG434339, AI451557, Cpne2, 2310065K24Rik, Rspry1, Arl2bp, Pllp, Ccl22
Downstream geneGpr56, Gpr97, Gm770, Katnb1, Kifc3, BC016201, Map1lc3-ps6, 1700055M20Rik, Zfp319, AA960436, Mmp15, Gtl3, Csnk2a2, 4933406B17Rik, Ccdc113, 4931432M23Rik, EG546088, LOC100041040, Gins3, LOC547022, Ndrg4, Setd6, Cnot1, LOC100041953, LOC100041088, BC031853, LOC100041972, Got2, LOC667445
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196C12.bB6Ng01-196C12.g
ACCGA018371GA018372
length973748
definitionB6Ng01-196C12.b B6Ng01-196C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(97,296,146 - 97,297,109)(97,477,324 - 97,478,071)
sequence
gaattcctgcactccagccatggctccctcgccgctcgcgtggctgctgc
gcctggccgcgttcttccatttgtgtactctgctgccgggtgagtgggtc
ccggaccctacctcggggagaaaggaagggtatgcagactgcatctccct
ggggaaaataggcccccgcgagtcccagccatcccagtggcttctggggt
gggagtcggggagacacctcggaggtgtctgtgggagacagaagctgtgt
ggggaggagagcgagggctgagggaaacctgagcaggctcctggctgacg
gacaagaggtggttcttcctactgaggttaactataacctgtataagctc
tggcccggggccagggactaggtaggactttcccctgccctgtcgctcca
ggcccccagaaatagttaaggtcaaggtcactgcagctcatggggatgga
gcttgtctctagtactggcgtgcagcttgtcgtctctctgcctgtgtctc
ccccatcatccttgccactttctccaaacccagcttagaaaatattttgt
ctctacggacttgcttcctggagtccactacctggtagtacaaggtgtag
acattcctagggacataggaaagatggagagctagagctagagatctgtt
tgaggatgctcagccagtatgcagggcaggagagagtgatgcccagggac
ttaaggaaggagagaccaacagccttgcccaccttctcttttgaccattc
cacctcctttaacctctagagctccatcctcagggagggccgaggctatt
tagccaggctaaattagcaggttgttcgctcagagaaagtggcaactctg
ccttagggcgcactgtgaaacttggaaaaaaattgagagctcaaccccca
gcatcaaggatatctccatggaactaaattcacccagtgccacagggagc
tgggcggggtgaggtgggtggga
gaattctgtttttgcatctgtctcagccagctgcacagcctcacaggaga
tacatctgagtttatatccatttcctgtcctgtgtttgactgtagcaaac
ccagagaagaagtatctgtagtggtggcaactctgcacaactaacctgct
ttgtcccaagtcacccacacttccataggcaggccttagctgagcctctt
gcaggggtgtggctcagcaccctaccatggagatgtcagagttgtgtggt
gacaaagaggacttgaggacacaataagtctgggctgagttaggttctgt
cggggacaaacctaaacccagcagtcaaccacctcactggcgacctcatc
agggactgggtgaaaagggactttccactgagtgctaaccctgtgcctga
cacatctcctcctttgggtagaaactcaccatgaagttctccaaggggaa
accgctctagagcaagagacaggtactaaggcttgctctgggtggagacc
gttctggctggtcagtgggctcctgaagttctctgaaagggtcttgaaga
ggataggatgaagggagcaaatcagcatgaatacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacatacacacacatatatatacatacatatat
atgcatatatacatacatacacacagagatagatagatagatagatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_97296146_97297109
seq2: B6Ng01-196C12.b_44_1016

seq1  GAATTCCTGCACTCCAGCCATGGCTCCCTCGCCGCTCGCGTGGCTGCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCACTCCAGCCATGGCTCCCTCGCCGCTCGCGTGGCTGCTGC  50

seq1  GCCTGGCCGCGTTCTTCCATTTGTGTACTCTGCTGCCGGGTGAGTGGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCCGCGTTCTTCCATTTGTGTACTCTGCTGCCGGGTGAGTGGGTC  100

seq1  CCGGACCCTACCTCGGGGAGAAAGGAAGGGTATGCAGACTGCATCTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACCCTACCTCGGGGAGAAAGGAAGGGTATGCAGACTGCATCTCCCT  150

seq1  GGGGAAAATAGGCCCCCGCGAGTCCCAGCCATCCCAGTGGCTTCTGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAATAGGCCCCCGCGAGTCCCAGCCATCCCAGTGGCTTCTGGGGT  200

seq1  GGGAGTCGGGGAGACACCTCGGAGGTGTCTGTGGGAGACAGAAGCTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCGGGGAGACACCTCGGAGGTGTCTGTGGGAGACAGAAGCTGTGT  250

seq1  GGGGAGGAGAGCGAGGGCTGAGGGAAACCTGAGCAGGCTCCTGGCTGACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAGAGCGAGGGCTGAGGGAAACCTGAGCAGGCTCCTGGCTGACG  300

seq1  GACAAGAGGTGGTTCTTCCTACTGAGGTTAACTATAACCTGTATAAGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAGGTGGTTCTTCCTACTGAGGTTAACTATAACCTGTATAAGCTC  350

seq1  TGGCCCGGGGCCAGGGACTAGGTAGGACTTTCCCCTGCCCTGTCGCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCGGGGCCAGGGACTAGGTAGGACTTTCCCCTGCCCTGTCGCTCCA  400

seq1  GGCCCCCAGAAATAGTTAAGGTCAAGGTCACTGCAGCTCATGGGGATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCCCAGAAATAGTTAAGGTCAAGGTCACTGCAGCTCATGGGGATGGA  450

seq1  GCTTGTCTCTAGTACTGGCGTGCAGCTTGTCGTCTCTCTGCCTGTGTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCTCTAGTACTGGCGTGCAGCTTGTCGTCTCTCTGCCTGTGTCTC  500

seq1  CCCCATCATCCTTGCCACTTTCTCCAAACCCAGCTTAGAAAATATTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATCATCCTTGCCACTTTCTCCAAACCCAGCTTAGAAAATATTTTGT  550

seq1  CTCTACGGACTTGCTTCCTGGAGTCCACTACCTGGTAGTACAAGGTGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACGGACTTGCTTCCTGGAGTCCACTACCTGGTAGTACAAGGTGTAG  600

seq1  ACATTCCTAGGGACATAGGAAAGATGGAGAGCTAGAGCTAGAGATCTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCCTAGGGACATAGGAAAGATGGAGAGCTAGAGCTAGAGATCTGTT  650

seq1  TGAGGATGCTCAGCCAGTATGCAGGGCAGGAGAGAGTGATGCCCAGGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATGCTCAGCCAGTATGCAGGGCAGGAGAGAGTGATGCCCAGGGAC  700

seq1  TTAAGGAAGGAGAGACCAACAGCCTTGCCCACCTTCTCTTTTGACCATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAAGGAGAGACCAACAGCCTTGCCCACCTTCTCTTTTGACCATTC  750

seq1  CACCTCCTTTAACCTCTAGAGCTCCATCCTCAGGGAGGGCCGAGGCTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTTTAACCTCTAGAGCTCCATCCTCAGGGAGGGCCGAGGCTATT  800

seq1  TAGCCAGGCTAAATTAGCAGGTTG-TCGCTCAGAGAAGGTGGC-ACTCTG  848
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TAGCCAGGCTAAATTAGCAGGTTGTTCGCTCAGAGAAAGTGGCAACTCTG  850

seq1  CCTTAGGGCGCACTGTGAAAC-TGGAAAAAAA-TGAGAGC-CAACCCCCA  895
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  CCTTAGGGCGCACTGTGAAACTTGGAAAAAAATTGAGAGCTCAACCCCCA  900

seq1  GCATCAAGGATATCTCCATGGAACTAAA-TCA-CCAGTGCCACAGGGAGC  943
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  GCATCAAGGATATCTCCATGGAACTAAATTCACCCAGTGCCACAGGGAGC  950

seq1  TGGG-TGGGTGA-GTGGGTGGGA  964
      ||||  |||||| ||||||||||
seq2  TGGGCGGGGTGAGGTGGGTGGGA  973

seq1: chr8_97477324_97478071
seq2: B6Ng01-196C12.g_65_812 (reverse)

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  50

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCTCTGTGTGTATGTATGTATATATGCATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATCTATCTCTGTGTGTATGTATGTATATATGCATAT  100

seq1  ATATGTATGTATATATATGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATGTATATATATGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTATTCATGCTGATTTGCTCCCTTCATCCTATCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTATTCATGCTGATTTGCTCCCTTCATCCTATCCTC  200

seq1  TTCAAGACCCTTTCAGAGAACTTCAGGAGCCCACTGACCAGCCAGAACGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGACCCTTTCAGAGAACTTCAGGAGCCCACTGACCAGCCAGAACGG  250

seq1  TCTCCACCCAGAGCAAGCCTTAGTACCTGTCTCTTGCTCTAGAGCGGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACCCAGAGCAAGCCTTAGTACCTGTCTCTTGCTCTAGAGCGGTTT  300

seq1  CCCCTTGGAGAACTTCATGGTGAGTTTCTACCCAAAGGAGGAGATGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGGAGAACTTCATGGTGAGTTTCTACCCAAAGGAGGAGATGTGTC  350

seq1  AGGCACAGGGTTAGCACTCAGTGGAAAGTCCCTTTTCACCCAGTCCCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAGGGTTAGCACTCAGTGGAAAGTCCCTTTTCACCCAGTCCCTGA  400

seq1  TGAGGTCGCCAGTGAGGTGGTTGACTGCTGGGTTTAGGTTTGTCCCCGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCGCCAGTGAGGTGGTTGACTGCTGGGTTTAGGTTTGTCCCCGAC  450

seq1  AGAACCTAACTCAGCCCAGACTTATTGTGTCCTCAAGTCCTCTTTGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTAACTCAGCCCAGACTTATTGTGTCCTCAAGTCCTCTTTGTCAC  500

seq1  CACACAACTCTGACATCTCCATGGTAGGGTGCTGAGCCACACCCCTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAACTCTGACATCTCCATGGTAGGGTGCTGAGCCACACCCCTGCAA  550

seq1  GAGGCTCAGCTAAGGCCTGCCTATGGAAGTGTGGGTGACTTGGGACAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCAGCTAAGGCCTGCCTATGGAAGTGTGGGTGACTTGGGACAAAG  600

seq1  CAGGTTAGTTGTGCAGAGTTGCCACCACTACAGATACTTCTTCTCTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTAGTTGTGCAGAGTTGCCACCACTACAGATACTTCTTCTCTGGGT  650

seq1  TTGCTACAGTCAAACACAGGACAGGAAATGGATATAAACTCAGATGTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACAGTCAAACACAGGACAGGAAATGGATATAAACTCAGATGTATC  700

seq1  TCCTGTGAGGCTGTGCAGCTGGCTGAGACAGATGCAAAAACAGAATTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAGGCTGTGCAGCTGGCTGAGACAGATGCAAAAACAGAATTC  748